Konpetisyon Variants SARS-CoV-2 Sou Dinamik Transmisyon Pandemi yo

A B S T R A C T 

SARS-CoV-2 te pwodwi plizyè varyant pandan evolisyon kontinyèl li. Konpòtman konpetitif ki te kondwi pa ko-transmisyon nan variants sa yo te enfliyanse dinamik transmisyon pandemik la. Se poutèt sa, etidye enpak konpetisyon ant SARS-CoV-2 variants sou dinamik transmisyon pandemik se yon enpòtans pratik konsiderab. Pou fòmalize mekanis konpetisyon ant varyant SARS-CoV-2, nou pwopoze yon modèl epidemi ki pran an konsiderasyon ko-transmisyon variants konpetisyon an. Modèl la konsantre sou fason kwa-iminite enfliyanse dinamik transmisyon SARS-CoV-2 atravè mekanis konpetitif ant tansyon yo. Nou te jwenn ke konpetisyon entè-souch afekte pa sèlman gwosè final la ak tan an ranplasman nan variants yo, men tou, konpòtman an pwogrese nan nouvo varyant nan lavni an. Akòz limit limite nan kwa-iminite nan popilasyon anvan yo, nou predi ke nouvo souch la ka enfekte pi gwo kantite moun nan Lachin san entèvansyon kontwòl. Anplis, nou te tou obsève posiblite pou epidemi peryodik nan menm liy lan ak posibilite pou rezurjans liyaj anvan yo. San yo pa envazyon an nan yon nouvo Variant, Variant anvan an (Variant Delta) prevwa rezurjans osi bonè ke 2023. Sepandan, rezurjans li yo ka anpeche pa yon Variant nouvo ak yon pi gwo avantaj konpetitif.

cistanche tubulosa-amelyore sistèm iminitè

Klike la a pou w wè pwodwi Cistanche Enhance Immunity

【Mande plis】 Imèl:cindy.xue@wecistanche.com / Whats App: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692

1. Entwodiksyon

COVID-19 gaye rapidman atravè mond lan depi premye fwa yo te idantifye l nan Wuhan, Lachin, nan Novanm 2019 [1]. Premye mitasyon dekouvri, D614G, te pran sou mond lan an Jiyè 2020 [2]. Nan mwa septanm nan menm ane a, ak premye dekouvèt variant B.1.1.7 (Alpha) nan UK a [3], istwa evolisyonè COVID-19 te kòmanse nèt, epi lagè ant moun ak COVID. -19 variantes te kòmanse ofisyèlman. Avèk dekouvèt variant B.1.351 (Beta) nan Lafrik di sid [4], chape iminitè te vin tounen yon enkyetid mondyal [5]. Sepandan, dominasyon tansyon Beta yo te byento ranplase pa souch B.1.617.2 (Delta) [6]. Jis lè nou te panse ke souch Delta a te rive nan pik evolisyon viris SARS-CoV-2, li te rapidman ranplase pa souch B.1.1.529 (Omicron), ki gen tou de pi gwo transmisyon ak kapasite iminitè chape [ 7–11]. Pandan evolisyon subvariants Omicron yo, te gen yon amelyorasyon nan tou de kapasite transmisyon ak kapasite evazyon iminitè subvariants Omicron [12,13]. BA.4/5, sa vle di, yon sèl subvariant Omicron, premye idantifye nan Lafrik di sid, se kounye a souch dominan atravè lemond akòz avantaj li yo nan konpetisyon [14,15]. Konpetisyon ant tansyon komen nan mond reyèl la [16-18]. Patojèn tankou grip A, deng, ak menenjit yo se egzanp enfeksyon ki gen plizyè tansyon ki konpòte yo yon fason konpetitif nan yon popilasyon oswa nan yon sèl lame. Relasyon konpetitif la egziste tou nan varyant SARS-CoV-2 [19–21]. Varyan SARS-CoV-2 siprime youn ak lòt atravè konpòtman konpetitif, ak varyant ki gen avantaj konpetitif domine, ki afekte dinamik transmisyon SARS-CoV-2. Konpetisyon ant tansyon souvan rezilta nan Aparisyon nan tansyon mutan, ak nouvo tansyon sa yo gen yon avantaj konpetitif an tèm de transmisyon, ki mennen nan epidemi epidemi sou yon echèl mondyal [22,23]. Konpòtman konpetitif ant tansyon pa sèlman afekte evolisyon patojèn nan tèt li nan echèl mikwoskopik la, men tou jwe yon wòl trè enpòtan nan pwopagasyon maladi a nan popilasyon an nan echèl makwoskopik [24-27].

Ekolojikman, konpetisyon ant tansyon yo kondwi pa kwa-iminite, ki mennen nan dinamik transmisyon konplèks nan epidemi, tankou Aparisyon nan vag epidemi peryodik [28-30]. Aktyèl epidemi mondyal SARS-CoV-2 montre yon tandans plizyè onn akòz mitasyon nan tansyon yo. Moun ki gen yon istwa enfeksyon SARS-CoV-2- 2 gen anpil chans pou yo reenfekte ak nouvo variant la akòz iminite pasyèl kwa [31]. Pwoteksyon kwa-iminitè yo jwenn apre enfeksyon ak souch Omicron a pi fò pase sa yo jwenn apre enfeksyon ak souch Delta [32-36]. Sepandan, li pa klè ki jan mekanis konpetitif kondwi pa kwa-iminite afekte dinamik transmisyon SARS-CoV-2. Anplis, kontrèman ak etid ekolojik konpetisyon entè-souch, nou bezwen etidye mekanis matematik konpetisyon ant tansyon yo. Plizyè modèl matematik yo te itilize pou etidye efè konpetisyon ant tansyon sou dinamik epidemi yo. Pou egzanp, Newman et al. demontre papòt la kote de patojèn ki fè konpetisyon pou menm lame a ka tou de gaye nan yon popilasyon [37]. Girvan et al. te montre ke kat dinamik epidemyolojik tankou epidemi epidemi peryodik yo te obsève pandan mitasyon an nan patojèn [38]. Etid Poletto et al. adrese wòl nan mobilite lame osi byen ke kwa-iminite nan fòme rejim dominasyon posib [39]. Sepandan, modèl matematik anvan yo pa aplikab nan etap aktyèl transmisyon pandemi an akòz kèk karakteristik espesyal nan SARS CoV-2 varyant konpetisyon, tankou kapasite super iminitè chape ak nivo iminite dezekilib.

Modèl matematik anvan yo te konsantre sou karakteristik espesifik SARS-CoV-2 te egziste tou, plizyè ladan yo te baze sou varyant ak vaksen. Pou egzanp, Barreiro et al. devlope yon modèl entèval pwolonje ki gen ladann divès kalite ak estrateji vaksinasyon, ki pèmèt etid la nan aparisyon ak dinamik nouvo COVID-19 varyant [40]. Plizyè etid modèl enpak varyant SARS-CoV-2 ak vaksen sou pwopagasyon COVID-19 [41–43]. Morris et al. etidye ki jan distribisyon an bay dezyèm dòz la ta afekte rezilta epidemyolojik ak variant evolisyonè nan lavni [44]. Sepandan, yo pa t etidye enpak konpetisyon ant variants sou dinamik transmisyon SARS-CoV-2. Se poutèt sa, gen yon mank de yon modèl epidemyoloji ki konsantre sou efè a nan konpetisyon ant varyant yo sou dinamik transmisyon SARS-CoV-2. Atik la ankadre jan sa a. Nan Seksyon 3.1, nou pwopoze yon modèl epidemi ko-transmisyon souch pou ofisyèlman konpetisyon ant SARS-CoV-2 tansyon yo. Seksyon 3 prezante rezilta yo nan adapte done yo reyèl pou kèk peyi yo nan lòd yo valide presizyon nan modèl nou an. Nan Seksyon 4, nou te etidye faktè kle ki afekte rezilta konpetisyon ant SARS-CoV-2 tansyon yo. Seksyon 5 te mezire enpak konpetisyon ant tansyon yo sou dinamik transmisyon epi li te revele de nouvo posiblite pou dinamik transmisyon SARS-CoV-2 nan lavni. Finalman, nan Seksyon 6, nou konkli konklizyon nou yo ansanm ak limit epi prezante pèspektiv nou an.

cistanche tubulosa-amelyore sistèm iminitè

2. Modèl matematik ko-transmisyon nan tansyon konpetisyon

Nou devlope yon modèl matematik ki te pran iminite kwa ak chape iminitè an kont. Modèl sa a dekri relasyon konpetitif ant souch Omicron ak souch ki pa Omicron nan pandemi sa a, kote souch ki pa Omicron ak souch Omicron yo te deziye pa souch 1 ak souch 2, respektivman. Sipozisyon yo nan modèl la yo ki nan lis jan sa a.

• Pwen depa pou chak peyi se lè premye ka konfime Omicron yo te rapòte nan peyi sa a, nan moman sa a tansyon Delta yo reprezante plis pase 99% souch ki pa Omicron nan tout peyi [45,46], kidonk, nou te inyore. lòt tansyon ak sipoze ke Delta ak Omicron tansyon yo konpetisyon ak chak

• lòt. Piske Omicron subvariant BA.4/5 a gen yon pi gwo diferans ak Omicron variantes anvan yo, konpetisyon an te ranplase pa konpetisyon ant Omicron subvariants lè BA.4/5 • te parèt. Etid yo montre ke efikasite nan de dòz anvan yo nan vaksen kont souch Omicron a se neglijab [47,48]. Pakonsekan, nou te sipoze ke sèlman dòz rapèl la te afekte siyifikativman transmisyon tansyon Omicron, pandan de dòz anvan yo te limite sèlman transmisyon souch ki pa Omicron. Akòz pèt iminite, pasyan ki te refè soti nan tansyon Delta ak Omicron yo ap vin sansib ankò. Pasyan ki te refè soti nan tansyon Delta yo pral jwenn ti iminite nan tansyon Omicron ak iminite prèske konplè nan tansyon Delta [32,33]. Pasyan ki te refè soti nan tansyon Omicron yo pral jwenn gwo iminite kwa-nan tansyon Delta ak iminite trè fò nan tansyon Omicron [34-36]. Pasyan ki retabli de tansyon Omicron yo pral resevwa iminite pèmanan apre piki rapèl la akòz iminite ibrid la [35,49].

Dyagram transfè a te reprezante pa sistèm sa a nan ekwasyon diferans òdinè:

Popilasyon total 𝑁(𝑡) te defini nan 11 eta. Fig. 1 montre koule popilasyon ant konpatiman sa yo. 𝑆(𝑡): Moun ki sansib ki pa te resevwa vaksen rapèl; 𝑆1 (𝑡): Moun ki sansib ki te resevwa dòz rapèl; 𝐸0 (𝑡): Moun ki ekspoze a souch 1; 𝐼0 (𝑡): Moun ki enfekte ak souch 1 epi ki enfekte; 𝐿0 (𝑡): Moun ki fèk enfekte ak souch 1 men ki pa enfekte ankò; 𝑆0 (𝑡): Moun ki sansib a souch 2 epi ki gen enfeksyon ki pi resan se pa souch 1; 𝐸𝑉 (𝑡): Moun ki ekspoze a souch 2; 𝐼𝑉 (𝑡): Moun ki enfekte ak souch 2 epi ki enfekte; 𝐿𝑉 (𝑡): Moun ki fèk enfekte ak souch 2 men ki pa enfekte ankò; 𝑆𝑉 (𝑡): Moun ki sansib a souch 1 epi ki gen enfeksyon ki pi resan se pa souch 2; 𝐷(𝑡): Moun ki te mouri akòz enfeksyon ak souch 1 oswa souch 2. Relasyon ant popilasyon total la ak chak popilasyon eta a se:

kote 𝛼1 vle di pousantaj vaksinasyon rapèl; 𝛽 se koyefisyan transmisyon popilasyon an ki enfekte pa souch 1 a; 𝛽1 se koyefisyan transmisyon relatif popilasyon an ki enfekte pa souch 2 san vaksen rapèl; 𝛽2 se koyefisyan transmisyon relatif popilasyon an ki enfekte pa souch 2 ak vaksen rapèl la; 𝑘1 se pousantaj moun ki ekspoze nan souch 1 a vin enfektye; 𝑘2 se pousantaj moun ki ekspoze nan souch 2 a vin enfektye; 𝛿1 se pousantaj lanmò nan popilasyon ki enfekte souch 1; 𝛿2 se pousantaj lanmò nan popilasyon ki enfekte souch 2;

Fig. 1. Transfè dyagram nan modèl la.

Tablo 1 Valè mwayèn nan paramèt modèl ki koresponn ak sitiyasyon Kore di Sid la.

𝛾1 se pousantaj pèt enfeksyon nan popilasyon an ki enfekte pa souch 1 a;

𝛾2 se pousantaj pèt enfeksyon nan popilasyon an ki enfekte pa souch 2 a;

𝜂1 se pousantaj pèt iminite kwa a souch 1;

𝜂2 se pousantaj pèt iminite kwa a souch 2.

Koefisyan transmisyon relatif 𝛽1 refere a relasyon miltiplikasyon ak koyefisyan transmisyon 𝛽. Pa egzanp, souch 1 se 2–4 fwa plis transmisyon pase souch 2, sa vle di, 𝛽1 ∈ [2𝛽, 4𝛽]. 𝛽2 se koyefisyan transmisyon relatif 𝛽1. Pa egzanp, si efikasite dòz rapèl la se 40%–60%, lè sa a 𝛽2 ∈ [0.4𝛽1, 0.6𝛽1 ]. 𝜂𝑖 (𝑖=1, 2) se kapasite iminite kwaze yon souch ak yon lòt souch. 𝜂𝑖=0 vle di iminite konplè kont yon lòt souch pandan ke 𝜂𝑖=1 vle di rekiperasyon nan yon souch pa pral jwenn pwoteksyon kont yon lòt souch. 𝜂𝑖 ∈ (0, 1) vle di iminite kwa limite a yon lòt souch. Nan ekwasyon 𝜂𝑖=1 (1−𝜓𝑖 )−1𝑇𝑖, kote 𝜂𝑖 endike pousantaj pèt iminite pou yon lòt souch. 𝜓𝑖 se iminite kwa limite a yon lòt souch akeri apre rekiperasyon nan enfeksyon, pandan y ap 𝑇𝑖 se longè tan nan pèt nan kwa iminite nan yon lòt souch. 𝜓𝑖 ak 𝑇𝑖 yo te chwazi nan referans yo site nan Tablo 1.

3. Valide presizyon nan modèl la

3.1. Estimasyon paramèt

Detay yo nan pwosesis Fitting nou an se jan sa a.

• Nou anfòm chak jou nouvo ka yo, chak jou ka kimilatif yo, ak pwopòsyon de variantes konpetisyon, ansanm. Yon pwen done se pou pwopòsyon variants konkirans nan chak 14-entèval jou, kidonk nou adapte pwopòsyon variants konpetisyon pou peryòd sa a nan 14-entèval jou yo. Anfòm final la oblije koresponn byen ak tout twa endikatè yo, sa vle di, nouvo ka chak jou, ka kimilatif chak jou, ak pwopòsyon variants konpetisyon nan 14-entèval jou.

• Yo itilize metòd ajisteman koub pi piti kare ki pa lineyè pou jwenn valè pi bon paramèt yo nan yon seri rezonab, kote valè paramèt sa yo (𝛼1, 𝛽, 𝛽1, 𝛽2, 𝛿1, 𝛿2, 𝛾1, 𝛜2, 𝛼1, 𝛜2,) yo jwenn pa Fitting. Ranje rezonab la refere a ranje fluctuation paramèt ki defini dapre referans yo. Nou fè kontrent sou seri valè paramèt yo pandan pwosesis fitting, sa vle di, seri valè paramèt yo ki konsistan avèk mond reyèl la. Nan egzanp paramèt Kore di Sid yo, yo montre paramèt yo nan Tablo 1. Anplis de sa, paramèt yo pou lòt peyi yo montre nan Tablo A.2 nan Apendis la.

• Nan chak peyi, pwen depa se jou anvan yo te rapòte premye ka Omicron. Kantite popilasyon enkubasyon ki enfekte pa souch Delta nan moman sa a ka kalkile pa 𝐼{{0}} (𝑡)=𝑘1𝐸0 (𝑡 − 1). Valè inisyal 𝐿0 se kantite moun ki rekipere nan tansyon anvan yo. Moun sa yo ta konvèti nan sansiblite nan tansyon Omicron nan yon sèten pousantaj lè souch Omicron a parèt. Yon nouvo varyant (souch Omicron) ta parèt nan demen, kidonk nou ta konnen ke 𝐼𝑉=1 pou demen, epi nou ta ka kalkile 𝐸𝑉 pou jodi a tou. Pou valè inisyal 𝑆1, nou konsidere ke peyi yo kòmanse pran vaksen ak vaksen rapèl pou souch Omicron a soti nan premye ka Omicron rapòte a, sa vle di, 𝑆1=1 lè souch Omicron te parèt. Valè inisyal D se kantite moun ki mouri nan chak peyi nan jou sa a, epi 𝑁 se popilasyon total chak peyi. Valè inisyal 𝑆𝑉, 𝐿𝑉, ak 𝑆0 yo tout se 0 paske yo pwodwi pa yon nouvo souch (souch Omicron) kondwi, pandan ke nouvo souch la pa prezan nan moman sa a.

Fig. 2. Konparezon rezilta modèl nou an ak done reyèl sou epidemi an nan Kore di Sid. (a) montre anfòm modèl la ak nouvo ka chak jou yo. (b) montre anfòm modèl la ak ka kimilatif yo. (c) montre anfòm modèl la nan pwopòsyon de tansyon Omicron ak ki pa Omicron.

Fig. 3. Konparezon rezilta modèl nou an ak done reyèl sou epidemi an nan Denmark. (a) montre anfòm modèl la ak nouvo ka chak jou yo. (b) montre anfòm modèl la ak ka kimilatif yo. (c) montre anfòm modèl la nan pwopòsyon de tansyon Omicron ak ki pa Omicron.

Fig. 4. Konparezon rezilta modèl nou an ak done reyèl sou epidemi an nan peyi Espay. (a) montre anfòm modèl la ak nouvo ka chak jou yo. (b) montre anfòm modèl la ak ka kimilatif yo. (c) montre anfòm modèl la nan pwopòsyon de tansyon Omicron ak ki pa Omicron.

3.2. Fitting done reyèl ki soti nan Kore di Sid, Denmark, ak Espay

Rezilta simulation nimerik pou twa peyi, Kore di Sid, Denmark, ak Espay, yo montre nan Fig. 2,3,4. Simulasyon yo gen ladan pwopòsyon total pasyan ki enfekte ak souch Omicron, ka chak jou ak ka kimilatif. Rezilta yo montre ke modèl nou an byen adapte ak done yo rapòte reyèl, ki valide presizyon nan modèl la. Done yo te jwenn nan GISAID, Our World In Data, ak Worldometer [53–55]. Pwen depa nan tan pou chak simulation peyi te soti nan premye ka Omicron rapòte nan peyi sa a. Dat fen simulation pou Espay se te 1 me 2022, ak yon echèl tan 155 jou. Dat fen simulation pou Kore di Sid ak Denmark te 3 jiyè 2022, ak yon echèl tan 230 jou.

3.3. Fitting done yo reyèl nan BA.4/5 nan Lafrik di sid

BA.4/5 byen vit ranplase subvariant anvan Omicron nan Lafrik di sid e li te lakòz yon lòt vag epidemi pandan ke lòt peyi yo te toujou domine pa BA.1, BA.2. Nou adapte done yo rapòte nan Lafrik di sid pa modèl nou an pou estime fado BA.4/5 sou Lafrik di sid. Rezilta yo byen adapte valide presizyon nan modèl nou an. Soti nan koub la simulation pou Lafrik di sid, nou ka wè ke san envazyon an nan BA.4/5, epidemi an nan Lafrik di sid ta te lajman estabilize nan mitan mwa Mas 2022. Sepandan, BA.4/5 pwolonje dire a nan. epidemi an nan Lafrik di sid pa apeprè 4 mwa, ak epidemi an pa t 'estabilize jouk nan mitan mwa Jiyè. Jan yo montre nan Fig. 5 (b), rezilta simulation nou yo sijere ke san envazyon an nan BA.4/5, gwosè final la nan epidemi Sid Afriken an ta alantou 3.7 milyon dola, sepandan, Aparisyon nan BA.4/5. ogmante gwosè total epidemi Sid Afriken an plis pase 4.1 milyon dola. Nou te prevwa BA.4/5 finalman lakòz anviwon 400,000 enfeksyon anplis nan Lafrik di sid. Jan ou ka wè nan Fig. 5(c), tan an pran pou souch Omicron an ranplase souch ki pa Omicron an rapid, ak sekans Omicron an pran apeprè 14 jou pou grandi soti nan 5% a 50%, ki sipòte pa. etid Elliott et al. [56]. Sepandan, sekans BA.5 te ale soti nan 5% a 50% nan apeprè 28 jou.

Fig. 5. Konparezon rezilta modèl nou an ak done reyèl sou epidemi an nan Lafrik di sid. (a) ak (b) montre anfòm modèl nou an pou nouvo ka chak jou ak ka kimilatif, respektivman. Liy tirè wouj la endike koub simulation gwosè final la ki t ap lakòz san envazyon nouvo variant BA.4/5 la. Liy solid vèt fonse a endike fado sou Lafrik di sid akòz envazyon BA.4/5 la. variant. (c) ak (d) montre evolisyon souch Omicron ak BA.4/5, respektivman. (Pou entèpretasyon referans yo sou koulè nan lejand figi sa a, yo refere lektè a nan vèsyon entènèt la nan atik sa a.)

Fig. 6. Enfliyans kapasite transmisyon relatif ak chape iminitè sou rezilta konpetitif tansyon yo. (a), (b), ak (c) montre gwosè final souch 2 a nan 10%, 50%, ak 90% kapasite chape iminitè a, respektivman. Ba koulè a ​​se alantou 0%, sa vle di, zòn nan koulè wouj violèt endike ke souch 2 pa pral epidemi, ki vle di ke gayan an nan konpetisyon an ant tansyon se souch 1. Lòt zòn yo endike ke souch 2 se gayan an nan konpetisyon an ant tansyon. .

4. Faktè ki afekte avantaj konpetitif ant tansyon yo

4.1. Enpak transmisyon relatif ak kapasite chape iminitè sou yon souch ki gen yon avantaj konpetitif

Pou mennen ankèt sou enpak transmisyon relatif ak kapasite chape iminitè sou rezilta konpetisyon ant tansyon, nou jis bezwen evalye chanjman nan gwosè final souch la ak yon avantaj konpetitif (souch 2). Nou ka wè nan Fig. 6 (a), (b), ak (c) ke kapasite nan transmisyon se pi wo, pi gwo gwosè final la ki te koze pa souch 2, sa vle di pi gwo avantaj konpetitif la. Sepandan, yon souch ki gen pi gwo kapasite transmisyon pase yon lòt souch pa vle di ke li pral genyen nan konpetisyon an, sa a se akòz nimewo inisyal la akimile pa souch anvan an. Men, kòm nouvo souch la ogmante kapasite iminitè li chape, kapasite transmisyon ki nesesè pou li genyen ap diminye. Soti nan (a) rive nan (c) nan Fig. 6, pati koulè wouj violèt la kontinye ap diminye, ki vle di ke yon sèl souch pi fò pase yon lòt an tèm de kapasite transmisyon pa nesesèman vle di ke li pral genyen depi souch anvan an deja egziste. nan yon sèten gwosè nan popilasyon an. Tansyon ki gen tou de pi wo transmisyon relatif ak kapasite chape iminitè yo gen plis chans pou genyen konpetisyon an. Anplis de sa, kòm kapasite iminitè chape nouvo tansyon diferan, yon nouvo souch ki gen pi gwo chape iminitè pral gen yon pi gwo chans pou genyen kont tansyon anvan yo nan menm kondisyon yo nan kapasite transmisyon.

Fig. 7. Efè diferans ki genyen nan kapasite transmisyon sou tan sibstitisyon tansyon. Kat chalè (a), (b), ak (c) endike tan ki nesesè pou yon souch rive nan 5%, 50%, ak 95% nan sekans li nan pwosesis pou ranplase yon lòt souch respektivman. Ki pa ranplasman vle di ke nouvo souch la pa pral ranplase ansyen an pandan pwosesis konpetisyon an.

Fig. 8. Efè pousantaj pèt iminite kwa a sou gwosè siplemantè ki te koze pa souch 2. Gwosè siplemantè a reprezante kantite enfeksyon ki ajoute nan kantite premye maladi a. (a), (b), ak (c) montre enpak pousantaj pèt iminite kwa a sou konpetisyon ant tansyon yo, sa vle di gwosè siplemantè epidemi ki te koze pa souch 2 a, nan senaryo reyèl la ak nan de senaryo posib nan lavni, respektivman. Reyalite senaryo: Gwosè kwa-iminite pasyèl la te genyen apre rekiperasyon nan enfeksyon ak tou de tansyon yo trè diferan, epi yo kenbe pwoteksyon an pou yon peryòd ki pi long. Senaryo nan lavni I: Diferans nan gwosè a nan kwa-iminite pasyèl yo te jwenn apre rekiperasyon nan enfeksyon ak tou de tansyon se pa gwo ak pwoteksyon an jwenn konsève pou yon peryòd ki pi long. Senaryo nan lavni II: Diferans nan gwosè a nan kwa-iminite pasyèl la te jwenn apre rekiperasyon nan enfeksyon ak de tansyon yo se ti, men pwoteksyon an jwenn kenbe pou yon peryòd ki pi kout. Bò gòch la nan liy tirè blan an montre ke subplot (b) se yon pati nan li.

4.2. Enpak kapasite transmisyon relatif sou tan ranplasman ant tansyon konpetisyon

Kapasite transmisyon relatif afekte entansite konpetisyon ant tansyon pa enfliyanse tan sibstitisyon ant tansyon yo. Figi 7 demontre ke fòs kapasite transmisyon relatif la detèmine tan pou yon sèl souch ranplase lòt la, sa vle di, entansite konpetisyon ant de tansyon yo. Kòm kapasite nan transmisyon relatif ogmante, tan an nan sibstitisyon yo diminye kontinyèlman, sa vle di ke yon sèl souch pi fò nan konpetisyon an. Soti nan twa kat chalè yo, nou ka wè ke se pa tout tansyon yo pral evantyèlman vin souch dominan an lè sekans lan ap grandi a 5%, pandan y ap tansyon ki rive nan 50% sekans pral evantyèlman grandi nan 95% sekans, ki vle di ke yo pral evantyèlman ranplase yon lòt. souch tout ansanm. Sa a ka rezon an ki fè an reyalite kèk varyant parèt sèlman fugazman, pandan ke lòt yo de pli zan pli grandi yo vin tansyon dominan.

4.3. Enpak nivo kwa-iminite sou yon souch ki gen avantaj konpetitif

Pousantaj pèt kwa-iminite tou se yon faktè enpòtan ki enfliyanse konpetisyon ant tansyon yo. Fig. 8 montre enpak nivo kwa-iminite sou souch 2 atravè mekanis konpetisyon ant tansyon yo. Nivo kwa-iminite posib nan tansyon konpetisyon anba diferan senaryo tou de kounye a ak nan lavni yo te evalye tou pa nou. Senaryo reyalite vle di ke nan kondisyon konpetitif ant tansyon Omicron ak ki pa Omicron, pwoteksyon an konfere pa anvan enfeksyon an mwens kont tansyon Omicron, men pwoteksyon an kont lòt tansyon apre enfeksyon ak tansyon Omicron se fò [32,36]. Senaryo nan lavni endike seri nivo posib kwa-vaksinasyon nan tansyon nan lavni.

cistanche tubulosa-amelyore sistèm iminitè

Fig. 8(a) montre gwosè siplemantè souch 2 a ogmante ak 𝜂2 epi li prèske totalman detèmine pa 𝜂2, endepandan de 𝜂1. Rezon ki fè la pou sa a se ke nan kout tèm, moun ki gen yon istwa nan enfeksyon ak lòt tansyon gen chans rive nan re-enfekte ak tansyon Omicron, pandan y ap moun ki refè nan enfeksyon nan souch Omicron diman reenfekte ak souch Omicron, ki se ki konsistan avèk reyalite.

Fig. 8(b) montre premye senaryo a nan tan kap vini an alontèm, si souch émergentes a gen yon kapasite chape pi fò nan iminite natirèl ak iminite akeri a se nan menm lòd la nan grandè si enfekte pa tansyon anvan yo oswa poukont li, lè sa a gwosè siplemantè souch sa a detèmine pa tou de 𝜂1, 𝜂2 ansanm. Rezon ki fè rezilta sa a kapab se ke yon ogmantasyon nan lòd grandè 𝜂1 vle di ke plis moun ki enfekte nan souch 1 yo pral antre, epi kòm moun sa yo ki enfekte refè, yo pral ankò vin sansib a souch 2. Kidonk 𝜂1 endirèkteman enfliyanse. gwosè siplemantè souch la 2. Figi 8(c) montre senaryo a dezyèm nan tan ki long la devan yo, kote souch nan nouvo gen kapasite ki pi fò yo chape anba pwoteksyon anvan an oswa pwòp tèt ou-enfekte. Miyò, nou jwenn ke Fig. 8(c) prezante rezilta egzak la opoze ak Fig. 8(a), sa vle di, fenomèn sa a enteresan baskile kote faktè ki detèmine gwosè siplemantè souch 2 a chanje soti nan 𝜂2 rive nan 𝜂1. Pati gòch liy tirè blan an tou se sou-trame Fig. 8(b). Rezon ki fè fenomèn sa a se ke kantite rekiperasyon soti nan souch 1 se anpil mwens pase kantite rekiperasyon ki te pwodwi pa souch 2 nan kondisyon alontèm, kidonk kantite rekiperasyon soti nan souch 1 ki ankò sansib a souch 2 trè limite. . Anplis de sa, akòz gwo pousantaj rekiperasyon souch 2, efè souch 1 sou gwosè total souch 2 nan etap pita yo minim. Kontrèman, yon gwo kantite moun ki refè soti nan souch 2 yo pral re-enfekte ak souch 2 akòz gwo kapasite chape yo nan iminite natirèl.

Fig. 9. Konparezon nivo epidemi ki te koze pa variant la nan lavni ak variant anvan SARS-CoV-2. (a) montre gwosè, pik, ak dire epidemi an ki te koze pa variant nan fiti konpare ak variant Omicron an. Nou konsidere diferan valè pwoteksyon kwa-iminitè kont nouvo souch 𝜂2 akeri apre enfeksyon pa tansyon anvan yo ak diferan valè kapasite transmisyon relatif 𝛽1 nouvo souch la, ansanm ak diferan tan pou aparisyon nouvo souch la. envazyon an reta endike ke nouvo souch la ap parèt an reta nan transmisyon tansyon yo Omicron, ak yon reta nan 150 jou soti nan lòt kondisyon transmisyon. (b) montre rapò gwosè final epidemi an ki te koze pa souch Omicron ak nouvo souch la. Echèl iminite a endike pwopòsyon popilasyon an ki gen yon istwa enfeksyon ak pwoteksyon kwa kont nouvo souch la. 𝜂2 se entansite kwa-vaksinasyon an. (c) montre efè tan envazyon nouvo souch la, fòs iminite kwa-a, ak kapasite transmisyon relatif nan moman ranplasman tansyon an, kote envazyon bonè, envazyon Midterm, ak envazyon an reta reprezante envazyon yon nouvo. souch nan 20, 90, ak 170 jou apre kòmansman an nan transmisyon souch anvan an, respektivman, pandan se tan yo reprezante tou envazyon an nan souch nan nouvo nan kòmansman an nan transmisyon, alantou pik la, ak nan fen dènye epidemi an. (d) montre efè a nan distribisyon an nan aparisyon nan yon nouvo Variant konpetisyon ak kapasite relatif transmisyon li yo sou dinamik transmisyon souch anvan an.

5. Enpak konpetisyon ant tansyon yo sou dinamik transmisyon SARS-CoV-2

5.1. Konpare nivo epidemi ki te koze pa ansyen ak nouvo varyant konpetisyon

Tansyon Omicron pa pral nan fen evolisyon souch. Nou simulation varyant enkyetid (VOCs) ki gen anpil chans parèt nan tan kap vini an ak pi gwo kapasite transmisyon osi byen ke chape iminitè. Nou konpare li ak souch Omicron pou gwosè, pik, ak dire epidemi yo. Anplis, nou konpare diferans ki genyen nan tan ki nesesè pou nouvo souch la ak souch Omicron pou ranplase souch anvan an. Fòs iminite kwa ak tan aparisyon nouvo varyant yo te jwenn enfliyanse siyifikativman dinamik transmisyon SARS-CoV-2 ak rezilta konpetisyon souch. Nan Fig. 9(a), lè 𝜂2=0 vle di iminite pèmanan pou nouvo souch la akeri apre enfeksyon ak souch Omicron an, kidonk, gwosè epidemi nouvo souch la minim nan senaryo sa a. Kòm 𝜂2 ogmante, gwosè epidemi an, pik, ak dire nouvo souch la ogmante kontinyèlman. Kapasite transmisyon relatif la menm gen yon efè enpòtan sou gwosè final la ak pik nouvo souch la ki te koze, sepandan, dire epidemi an diminye ak ogmante 𝛽1 akòz to rapid epidemi an. Anplis, tan an nan envazyon an nan yon nouvo souch gen yon efè enpòtan sou dinamik yo nan pwopagasyon epidemi an. lè yon nouvo souch anvayi an reta nan transmisyon Omicron, gwosè a, ak pik nan epidemi an ki te koze pa li yo siyifikativman pi piti pase lè li anvayi nan kòmansman an nan transmisyon. Ou ka wè lè nouvo souch la anvayi nan kòmansman transmisyon Omicron, nan kondisyon 𝜂2=103, 𝛽1=2𝛽, gwosè epidemi li lakòz yo pral pi gwo pase gwosè epidemi an. epidemi ki te koze pa vag Omicron anvan an. Lè 𝜂2 diminye a 3 × 10−4, gwosè epidemi ki te koze pa li a pi piti pase gwosè epidemi ki te koze pa souch Omicron an. Fig. 9(b) montre rapò gwosè epidemi anvan an ak gwosè pwochen epidemi ki te koze pa nouvo souch la. Echèl iminite a vle di pwopòsyon popilasyon an ki gen yon istwa de tansyon anvan enfeksyon, 𝜂2 vle di pwoteksyon kwa-iminitè kont nouvo souch la akeri apre yo te enfekte pa yon souch anvan. Kòm 𝜂2 ogmante, nouvo souch la pral lakòz epidemi de pli zan pli pi gwo, sepandan, sèlman lè echèl iminite a depase 40% gwosè epidemi nouvo souch la depase sa nan tansyon anvan yo.

Fig. 10. Klasman gwosè final epidemi peyi yo anba transmisyon gratis Variant roman an. Echèl iminite a reprezante pwopòsyon popilasyon an nan chak peyi ki te jwenn pwoteksyon kont iminitè apre enfeksyon anvan an, ak gwosè final la se pwopòsyon enfeksyon final yo ki soti nan transmisyon gratis nan nouvo variant nan peyi sa a. Gwosè bul yo vle di gwosè relatif gwosè final la nan chak peyi. Klasman an endike emotivite yon peyi nan yon nouvo variant, epi depi anwo jouk anba endike klasman ki soti nan pi ba rive nan pi wo a, kote envazyon an nan yon nouvo variant pral lakòz pi gwo gwosè enfeksyon nan Lachin pandan y ap pi piti gwosè enfeksyon an nan Denmark.

Figi 9 (c) montre efè tan envazyon nouvo souch la, fòs iminite kwa, ak efè transmisyon relatif sou tan ranplasman tansyon an. Twa liy solid endike ke sèlman tan aparisyon nouvo souch la diferan, tout lòt kondisyon yo egal. Nouvo souch la parèt nan fen faz transmisyon souch anvan an. Li pral ranplase souch anvan an byen vit paske gen mwens sekans souch anvan an nan moman sa a. Pou tansyon anvan yo tankou Delta, Omicron, elatriye, nouvo souch la parèt nan yon etap pita nan transmisyon yo, kidonk tan ranplasman an relativman kout. Lè yon nouvo souch parèt nan etap la byen bonè oswa nan mitan transmisyon souch anvan an, li pral pran plis tan pou nouvo souch la rive nan sekans 5% akòz gwo efè konpetitif souch anvan an. Konpare ak aparisyon nan nouvo souch nan peryòd presegondè transmisyon souch anvan an (peryòd pik), Aparisyon nan nouvo souch nan peryòd la byen bonè nan transmisyon souch anvan an (Early envazyon) pral rive nan 50% sekans nan yon vitès pi vit. , akòz lefèt ke nan senaryo a envazyon bonè, sekans nan souch anvan an se nan peryòd la k ap monte ak baz la se pa gwo ase. Sepandan, nan senaryo envazyon midterm, to kwasans sekans nouvo souch la ralanti, depi nan etap sa a kantite sekans souch anvan an rive nan pik li epi li gen yon baz maksimòm. Souch anvan an se pi konpetitif ak nouvo souch la nan peryòd sa a.

Fig. 9(d) montre efè envazyon an nan yon souch konpetisyon sou souch anvan an. Kòm ou ka wè, lè 𝛽1 te ogmante soti nan 1.5 𝛽 a 2 𝛽, te gen yon efè enpòtan sou gwosè epidemi souch anvan an. Pwen aparisyon nouvo souch la afekte tou siyifikativman dinamik transmisyon souch anvan an akòz konpetisyon yo. Envazyon an reta pa te konsidere paske li pa te afekte souch anvan an. Li ka wè ke lè pa te gen okenn konpetisyon ant tansyon, dire a nan souch anvan an te pi long la. Lè te gen konpetisyon ant tansyon yo, pi bonè nouvo souch la parèt, se pi kout dire tansyon anvan an. Envazyon yon nouvo souch siyifikativman afekte dire a ak gwosè pik ak epidemi souch anvan an. Sa a bay yon gid pou kontwole epidemi nan tan kap vini an pa entèvni ak youn nan tansyon yo konpetisyon.

5.2. Klase emotivite diferan peyi yo nan varyant nan lavni 

Sansiblite nèf peyi yo nan Variant nan lavni te simulation nan seksyon sa a. Nou te sipoze ke sèlman enfeksyon ak tansyon Omicron ki soti nan epidemi anvan an ta jwenn pwoteksyon kwa-iminite kont Variant nan nouvo. Enfeksyon anvan yo pa ta pwoteje kont Variant nan nouvo akòz entèval la long tan ak chape iminitè a fò nan Variant nan nouvo. Anplis, pwoteksyon popilasyon ki enfekte a genyen se menm pou chak peyi. Fig. 10 montre klasman sansiblite yo. Nou te jwenn ke gwosè final la nan nouvo Variant nan yon peyi te korelasyon negatif ak echèl la nan kwa-iminite anvan. Sa a se paske moun ki enfekte yo pral jwenn yon pòsyon nan pwoteksyon kont nouvo variant la akòz kwa-iminite, kidonk gwosè final la nan variants fiti ki te koze nan peyi sa a se fòtman korelasyon ak kantite moun ki enfekte nan dènye vag epidemi an. Premye klasman Lachin vle di ke li se pi sansib a pwochen envazyon an nan yon nouvo Variant, ki pral gen konsekans grav si li pèmèt yo gaye lib. Dènye klasman an nan Denmark vle di ke si yon nouvo variant parèt nan Denmark, li pa pral lakòz yon gwo gwosè konpare ak lòt peyi yo. Rezon ki fè yon diferans konsa gwo ant peyi yo se akòz diferans ki genyen nan echèl la nan kwa-vaksinasyon anvan an, ak Denmark te gen yon gwo pousantaj nan popilasyon an ki enfekte ak souch Omicron a pandan peryòd Omicron an, kidonk li te gen yon gwo kwa-vaksinasyon. echèl. Nan Lachin, sepandan, sèlman 0.03% nan popilasyon an te gen pwoteksyon an kwa-iminite te vin jwenn pa souch la Omicron paske nan kontwòl pi sevè. Rezilta sa a se yon gid pou aplikasyon nou an fiti entèvansyon ki pa pharmaceutique (NPI) ak lòt mezi. Peyi ki pi sansib pou yon nouvo variant yo ta dwe enpoze NPI pi fò konpare ak sa yo ki pa sansib.

cistanche tubulosa-amelyore sistèm iminitè

5.3. De senaryo nan lavni ki te koze pa konpetisyon ant tansyon

5.3.1. Epidemi renouvlab nan tansyon omicron ki te koze pa iminite ki pa pèmanan

Epidemi renouvlab nan menm liy lan ki te koze pa pèt iminite. Fig. 11(a) ak (b) yo endike ke aparisyon epidemi renouvlab yo se akòz valè 𝜂1. Nou ka wè lè 𝜂1 < 6𝑒 − 4, epidemi renouvlab p ap rive. Zòn ble a endike epidemi renouvlab souch Omicron an nan yon senaryo reyèl, seri 𝜂1 adapte ak peryòd tansyon Omicron an. Zòn blan an se pou yon tansyon nan lavni ak yon kapasite pi fò yo sove kont iminite natirèl. Se poutèt sa, li gen yon pi wo 𝜂1. Gwosè ak pik epidemi renouvlab la te montre yon relasyon lineyè ak 𝜂1 nan zòn sa a. Fig. 11(c) montre efè 𝜂1 ak 𝜂2 sou epidemi renouvlab souch la. Nan 𝜂2=0, sa vle di ki enfekte pa souch anvan an pral jwenn iminite konplè sou nouvo souch la, nan moman sa a enfeksyon an renouvlab nan nouvo souch la sòti antyèman nan rediksyon iminitè li yo. Sepandan, kòm 𝜂2 ogmante, li pral afekte enfeksyon renouvlab nouvo souch la nan yon pi piti limit, men akòz kantite limite moun ki enfekte nan souch anvan an, enfeksyon renouvlab nouvo souch la pral sitou soti nan fennen pwòp tèt ou. pou yon peryòd ki pi long, nan ki pwen, Fig. 11(c) reprezante menm siyifikasyon ak Fig. 11(a). Fig. 11(d) montre entèval tan ant epidemi re-a ak epidemi anvan an. Tan epidemi an refere a entèval tan depi lè premye ka souch sa a te rapòte a te disponib. Zòn wouj fonse a, sa vle di, lè 𝜂1 < 6𝑒 - 4, endike souch sa a pa pral gen yon epidemi renouvlab. Lè 𝜂1 pi gran pase papòt epidemi an, entèval tan epidemi an diminye pandan 𝜂1 ogmante. Rezilta simulation yo nan Fig. 12 endike posiblite pou epidemi renouvlab san yo pa envazyon yon nouvo souch. Nou te jwenn ke nan enfeksyon renouvlab ak menm liy lan lè souch la ap rive repete, gen yon tandans peryodik nan epidemi sou yon peryòd ki pi long. Kòm 𝜂1 ogmante, ak pwoteksyon iminitè konstan, sa vle di, kòm dire pwoteksyon iminitè 𝑇 diminye, sa ki pral lakòz yon peryòd repetisyon pi kout pou tansyon renouvlab, ak peryodikite korelasyon ak pousantaj la nan pèt iminite kwa. Fig. 12 (a) montre yon senaryo reyalis nan dire pwoteksyon iminitè a anba peryòd aktyèl Omicron [35,57]. Peryòd kout epidemi renouvlab yo ak pi gwo gwosè chak epidemi ka wè lè yo anba kondisyon vaksinasyon kout tèm. Fig. 12(b) montre plis peryodikite epidemi renouvlab anba tout tan pwoteksyon iminitè posib 𝑇 ak kapasite pwoteksyon iminitè 𝜓, ki enfliyanse anpil pa 𝜂1 epi ki pa sansib a 𝜂2, epi nou mansyone rezon ki fè rezilta sa a nan eksplikasyon sou. Figi 11.

Fig. 11. Kondisyon papòt pou epidemi renouvlab nan menm liy lan ak faktè ki enfliyanse yo. Sousplot (a), (b) reprezante efè pousantaj pèt iminite kwa a sou gwosè final epidemi epidemi renouvlab nan menm liy lan, kote 𝜂1=6𝑒 − 4 se kondisyon papòt la pou epidemi an. epidemi renouvlab nan menm liy lan. Filler ble a endike seri 𝜂1 valè pou etap Omicron aktyèl la, nan ka sa a epidemi renouvlab tansyon Omicron pral lakòz gwosè final la. Filler blan an endike senaryo posib pou epidemi renouvlab nan tansyon nan lavni. (c), (d) montre efè pousantaj pèt iminite a sou gwosè final epidemi an ak tan espesifik epidemi renouvlab nan menm liy lan. Ki pa Peye-rezurjans reprezante ke souch nan menm filiaj pa pral rezurjans. (Pou entèpretasyon referans yo sou koulè nan lejand figi sa a, yo refere lektè a nan vèsyon entènèt la nan atik sa a.)

Fig. 12. Peryodikite nan epidemi renouvlab nan menm liy lan anba tan alontèm. Twa koub nan sikonskripsyon (a) endike peryodikite epidemi ki repete anba vaksen kout tèm (𝑇=15 𝑤𝑒𝑒𝑘𝑠, 𝑖.𝑒. 𝑏𝑙𝑢𝑏𝑙𝑢𝑒 𝑙𝑢𝑒 𝑙𝑢𝑒 𝑙𝑢𝑒 𝑙𝑛𝑖, 𝑤𝑒𝑒𝑘𝑠, 𝑖.𝑒. 𝑟𝑒𝑑 𝑙𝑖𝑛𝑒.) ak alontèm vaksinasyon (𝑇=90 𝑤𝑒𝑒𝑘𝑠, 𝑖.𝑒. 𝑔𝑟𝑒𝑒𝑛 𝑙𝑖𝑛𝑒.). Sousplot (b) montre efè pousantaj pèt iminite (tou de pwoteksyon 𝜓 ak dire vaksinasyon 𝑇 ) sou peryodikite epidemi renouvlab yo. Ki pa egziste endike ke pral gen yon absans nan epidemi renouvlab nan menm liy lan.

Fig. 13. Konsekans pousantaj pèt kwa-iminite sou re-epidemi souch anvan an. (a) montre efè pousantaj pèt kwa-iminite sou gwosè final re-epidemi soti nan tansyon anvan yo. (b) montre efè pousantaj pèt kwa-iminite sou entèval tan rezurjans tansyon anvan yo. Ki pa Peye-rezurjans reprezante souch anvan an pa pral rezurjans.

5.3.2. Rezurjans nan liy anvan an akòz kwa-vaksinasyon pasyèl

Anba kondisyon kote 𝛼1 pre 0, ki vle di avantaj konpetitif de souch yo pa gen rapò ak kapasite pou yo chape iminite kont vaksen an, nou ka wè kondisyon papòt pou liiaj anvan an pral refè. - epidemi ak 𝜂1 se apeprè 2e-3 nan Fig. 13. Anplis, lè 𝜂2 nan yon ranje minimòm, rezurjans nan liyaj anvan an pral afekte paske 𝜂2 gen sèlman yon efè kout tèm sou liyaj anvan an. Lè 𝜂2 nan rès ranje a, gwosè final epidemi renouvlab la ogmante ak 𝜂1 ogmante. Tan rezurjans la defini kòm entèval tan ki soti 1ye Out 2022 pou rive nan yon dat alavni. Rezilta simulasyon nou yo montre ke liyaj anvan an (souch Delta) ap resurjans apre 250 jou lè 𝜂1 se gwo ase. Anba papòt la, kondisyon an pa pral rive re-epidemi nan liyaj anvan an. Tout posiblite pou valè 𝜂1 yo eksplore nan objektif pou pi bon apèsi sou dinamik transmisyon pandemi nan lavni.

6. Konklizyon ak diskisyon 

Nou pwopoze yon modèl epidemi sou ko-transmisyon tansyon yo pou fòmalize konpetisyon ant SARS-CoV-2 tansyon konpetisyon yo. Li adapte avèk presizyon nan tandans epidemi alontèm nan sèt peyi, ki gen ladan Kore di Sid, Denmark, Espay, ak Lafrik di sid, osi byen ke tandans yo nan varyant. Konpare ak modèl transmisyon tradisyonèl tankou modèl SEIR ak teknik aprantisaj pwofon, li montre avantaj enpòtan nan predi seri tan alontèm. Yo montre rezilta yo nan Anèks A.4. Avantaj konpetitif VOC kounye a ak faktè ki enfliyanse avantaj konpetitif nan mitan tansyon yo te quantifier pa modèl nou an. Atravè mekanis konpetitif ant tansyon yo, faktè sa yo gen yon enpak enpòtan sou dinamik transmisyon SARS-CoV-2 alavni. Men de fenomèn potansyèl nan tansyon SARS-CoV-2 modèl nou an te kaptire. Yo se envazyon an nan yon nouvo souch ak rezurjans nan souch anvan an, respektivman. Nan premye fenomèn nan, diferans ki genyen nan nivo kwa-iminite ak tan an nan envazyon an nan yon tansyon nan lavni pral lakòz gwo diferans nan gwosè a, pik, ak dire nan tansyon an nan lavni kòm byen ke tan an nan ranplasman konpetisyon. Anplis de sa, rezilta etid sa a sijere pou yon envazyon nan lavni nan yon nouvo souch, ki pèmèt li gaye lib ka lakòz gwosè a enfeksyon pi gwo nan Lachin ak pi piti a nan Denmark akòz diferans lan gwo nan echèl la kwa-vaksinasyon anvan yo. de peyi. Konklizyon sa a ka ede gide aplikasyon NPI nan lavni, pou egzanp, NPI yo ka rilaks nan peyi ki pa sansib a nouvo tansyon. Nan dezyèm fenomèn nan, modèl nou an te obsève rezurjans menm liy lan ak liyaj diferan. Pou rezurjans menm liy lan, SARS-CoV-2 ap pwobableman antre nan sikilasyon regilye. Peryòd sik la depann de dire vaksinasyon an. Anplis de sa, kondisyon papòt yo te jwenn nan simulation nimerik yo epi answit, fenomèn tranzisyon faz yo obsève yo mezire nan Seksyon 5.3.1. Pou rezurjans nan diferan liy lan, rezurjans nan Variant anvan an tankou Variant Delta a ap pwobableman rive nan tan kap vini an si nouvo varyant pa parèt ankò. Menm jan an tou, kondisyon papòt pou rezurjans souch anvan an ak tan ki gen anpil chans pou ensidan an te evalye nan Seksyon 5.3.2. Rezilta simulation de fenomèn yo pral non sèlman benefisye nou nan konprann konsekans yon nouvo envazyon varyant ak nan chwazi pi bon NPI yo, men tou ede nou detèmine dinamik transmisyon SARS-CoV nan lavni-2

cistanche benefis-ranfòse sistèm iminitè

Yo te montre rezurjans peryodik epidemi akòz pèt iminite kwa yo prezan nan coronavirus imen [58,59]. Sepandan, nivo kwa-iminite nan SARS-CoV-2 tansyon diferan anpil ak kwa-iminite anvan coronavirus la [32,60]. Se poutèt sa, nou te fè yon delimitasyon trè konplè nan nivo kwa-iminite nan mitan tansyon SARS-CoV-2 epi nou te konsidere nivo posib nan lavni nan kwa-iminite nan simulation nou yo. Malgre ke senaryo sa a pa te obsève nan mitan tansyon SARS-CoV -2, li te tou obsève nan kèk etid atravè simulation [61,62]. Men, fenomèn rezurjans diferan liyaj anvan an pa janm te obsève nan etid modèl SARS-CoV-2. Rezon ki fè fenomèn sa a pa te rive an reyalite se ke Aparisyon yon nouvo Variant anpeche rezurjans nan liyaj diferan anvan yo. Nou nan yon epòk apre epidemi kote varyant SARS-CoV-2 yo toujou evolye pou yo siviv. Jis lè nou te nan fen lespri nou sou vitès evolisyon li yo, nou te neglije ke pandan varyant SARS-CoV-2 yo te evolye, to virulans ak mòtalite li yo te rive nan nivo ki pi ba yo konpare ak souch anvan yo. Nou ta dwe pran yon opinyon pi dyalektik sou evolisyon varyant yo, ki te ogmante kapasite yo pou transmèt ak chape iminitè nan yon wotè enkwayab, pandan y ap menas yo pou nou diminye [63,64]. Rezilta yo nan modèl nou an pou simulation nan lavni ba nou kèk insight ke si pa gen okenn varyant konpetisyon plis parèt, rezurjans nan souch la ak pi gwo patojèn, tankou souch Delta a, yo pral plis fwistre. Se poutèt sa, aparans nan subvariants Omicron ka anpeche rezurjans nan Variant anvan an.

Modèl nou an gen plizyè limit. Premyèman, nou pa pran an kont eterojenite popilasyon an. Pou egzanp, efè gwoup laj sou dinamik transmisyon pa konsidere pa modèl nou an. Barnard et al. te pran gwoup laj an konsiderasyon nan simulation dinamik mwayen transmisyon SARS-CoV-2 nan Angletè nan epòk Omicron [65]. Konsiderasyon sa a ka pote modèl la pi pre mond reyèl la. Dezyèmman, kèk paramèt yo pa nan tan ki varye oswa fonksyonèl fòm, ki ka anba-reprezante pou evènman ekstrèm pandan tan an Fitting long. Twazyèmman, nou pa konsidere efè mezi entèvansyon ki pa pharmaceutique sou konpetisyon ant tansyon yo. Katriyèmman, rezilta nou yo pou kèk fenomèn fèt atravè rezilta simulation nimerik olye ke prèv matematik solid. Pou egzanp, kondisyon papòt nou jwenn pou rezurjans tansyon anvan yo rezoud nimerik olye ke analiz. Anfen, nou sèlman konsidere de tansyon konpetisyon ki pi dominan yo nan chak peryòd nan pwosesis transmisyon konpetisyon tansyon yo. Sepandan, nan epòk apre epidemi an, kèk lòt tansyon mwens dominan yo ka enfliyanse tou pwosesis transmisyon konpetitif tout antye, kidonk karakteristik epidemyolojik chak varyant yo ta dwe modle ak plis atansyon nan travay nan lavni.

Referans

[1] Huang C, Wang Y, Li X, Ren L, Zhao J, Hu Y, et al. Karakteristik klinik pasyan ki enfekte ak nouvo coronavirus 2019 nan Wuhan, Lachin. Lancet 2020;395(10223):497–506.

[2] Haas EJ, Angulo FJ, McLaughlin JM, Anis E, Singer SR, Khan F, et al. Enpak ak efikasite vaksen mRNA BNT162b2 kont enfeksyon SARS-CoV-2 ak ka COVID{-19, entène lopital, ak lanmò apre yon kanpay vaksen nan tout peyi a ann Izrayèl: Yon etid obsèvasyon ki itilize done siveyans nasyonal la. Lancet 2021;397(10287):1819–29.

[3] Abdool Karim SS, de Oliveira T. New SARS-CoV-2 variants-klinik, sante piblik, ak vaksen enplikasyon. N Engl J Med 2021;384(19):1866–8.

[4] Mwenda M, Saasa N, Sinyange N, Busby G, Chipimo PJ, Hendry J, et al. Deteksyon B. 1.351 SARS-CoV-2 varyant souch-Zambia, Desanm 2020. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2021;70(8):280.

[5] Harvey WT, Carabelli AM, Jackson B, Gupta RK, Thomson EC, Harrison EM, et al. SARS-CoV-2, mitasyon pike, ak chape iminitè. Nat Rev Microbiol 2021;19(7):409–24.

[6] Tegally H, Wilkinson E, Althaus CL, Giovanetti M, San JE, Giandhari J, et al. Ranplasman rapid nan Variant beta a pa Variant nan Delta nan Lafrik di sid. 2021, MedRxiv, Cold Spring Harbor Laboratory Press.

[7] Ren SY, Wang WB, Gao RD, Zhou AM. Variant Omicron (B. 1.1. 529) SARS-CoV-2: Mitasyon, enfeksyon, transmisyon, ak rezistans vaksen. World J Clin Cases 2022;10(1):1.

[8] Kumar R, Murugan NA, Srivastava V. Amelyore afinite obligatwa nan pwoteyin Spike Omicron a pou reseptè anzim anjyotansin-konvèti 2 imen an se kle dèyè virulans ogmante li yo. Int J Mol Sci 2022;23(6):3409.

[9] Willett BJ, Grove J, MacLean OA, Wilkie C, De Lorenzo G, Furnon W, et al. SARS-CoV-2 Omicron se yon variant iminitè pou sove ak yon chemen antre selil ki chanje. Nat Microbiol 2022;1–19.

[10] Zhang X, Wu S, Wu B, Yang Q, Chen A, Li Y, et al. Souch SARS-CoV-2 Omicron montre kapasite pisan pou evazyon iminitè ak antre viral. Siyal Transduct Targeted Therapy 2021;6(1):1–3.

[11] Tian D, Sun Y, Xu H, Ye Q. Aparisyon ak karakteristik epidemi varyant Omicron SARS-CoV-2 ki trè mitasyon. J Med Virol 2022;94(6):2376–83.

[12] Cao Y, Yisimayi A, Jian F, Song W, Xiao T, Wang L, et al. BA. 2.12. 1, BA. 4 ak BA. 5 antikò chape soti nan enfeksyon Omicron. Lanati 2022;1–3.

[13] Ai J, Wang X, Li X, Zhao X, Zhang Y, Jiang Y, et al. Levasyon antikò SARS-CoV-2 Omicron BA. 1, BA. 1.1, BA. 2, ak BA. 3 sub-lineages. Cell Host Microbe 2022.

[14] Zhou Y, Zhi H, Teng Y. Epidemi SARS-CoV-2 Omicron linyon, chape iminitè, ak efikasite vaksen an. J Med Virol 2022.

[15] Wang Q, Guo Y, Iketani S, Nair MS, Li Z, Mohri H, et al. Evasyon antikò pa SARS-CoV-2 Omicron subvariants BA. 2.12. 1, BA. 4,& BA. 5. Nature 2022;1–3.

[16] Nuño M, Feng Z, Martcheva M, Castillo-Chavez C. Dinamik grip de souch ak izolasyon ak iminite kwa pasyèl. SIAM J Appl Math 2005;65(3):964–82.

[17] Alford MA, Mann S, Akhoundsadegh N, Hancock RE. Konpetisyon ant Pseudomonas aeruginosa ak Staphylococcus aureus depann sou siyal entèselilè ak reglemante pa sistèm NtrBC de eleman. Sci Rep 2022;12(1):1–14.

[18] Qiao JQ, Li L. Analiz de konpetitif maladi enfeksyon ak tansyon miltip. Chaos Solitons Fractals 2017;104:215–21.

[19] Gaudreault NN, Cool K, Trujillo JD, Morozov I, Meekins DA, McDowell C, et al. Sensibilite mouton nan ko-enfeksyon eksperimantal ak liy zansèt SARS-CoV-2 ak variant alfa li yo. Emerg Microbes Infect 2022;11(1):662–75.

[20] Popovic M. Strain Wars 3: Diferans nan enfeksyon ak patojèn ant delta ak Omicron tansyon SARS-CoV-2 yo ka eksplike pa paramèt tèmodinamik ak sinetik nan lyezon ak kwasans. Microb Risk Anal 2022;100217.

[21] Layton AT, Sadria M. Konprann dinamik SARS-CoV-2 varyant enkyetid nan Ontario, Kanada: Yon etid modèl. Sci Rep 2022;12(1):1–16.

[22] Genné D, Rossel M, Sarr A, Battilotti F, Rais O, Rego RO, et al. Konpetisyon ant tansyon nan Borrelia afzelii nan tisi yo lame ak konsekans pou transmisyon nan tik. ISME J 2021;15(8):2390–400.

[23] Chen J, Wang R, Wei GW. Revizyon sou mekanis evolisyon ak transmisyon SARS-CoV-2. 2021, arXiv.

[24] Rohani P, Mete HJ, Vasco DA, Huang Y, et al. Konprann sistèm multipathogen lame: modèl entèraksyon ant ekoloji ak iminoloji. Nan: Ekoloji maladi enfeksyon: efè ekosistèm sou maladi ak maladi sou ekosistèm. Princeton University Press Princeton, New Jersey, USA; 2008, p. 48–70.

[25] Zhan J, McDonald BA, et al. Mezi eksperimantal nan konpetisyon patojèn ak kapasite relatif. Annu Rev Phytopathol 2013;51(1):131–53.

[26] Nickbakhsh S, Mair C, Matthews L, Reeve R, Johnson PC, Thorburn F, et al. Entèaksyon viris-viris yo gen enpak sou dinamik popilasyon grip ak grip komen. Proc Natl Acad Sci 2019;116(52):27142–50.

[27] Makau DN, Lycett S, Michalska-Smith M, Paploski IA, Cheeran MC-J, Craft ME, et al. Ekolojik ak evolisyonè dinamik viris RNA milti-souch. Nat Ecol Evol 2022;1–9.

[28] Recker M, Pybus OG, Nee S, Gupta S. Jenerasyon epidemi grip pa yon rezo repons iminitè lame kont yon seri limite kalite antijenik. Proc Natl Acad Sci 2007;104(18):7711–6.

[29] Bhattacharyya S, Gesteland PH, Korgenski K, Bjørnstad ON, Adler FR. Kwa iminite ant tansyon eksplike modèl dinamik paramyxoviruses yo. Proc Natl Acad Sci 2015;112(43):13396–400.

[30] Andreasen V. Epidemi nan konpetisyon: Pasyèl kwa-iminite. Bull Math Biol 2018;80(11):2957–77.

[31] Pulliam JR, van Schalkwyk C, Govender N, von Gottberg A, Cohen C, Groome MJ, et al. Ogmantasyon risk pou re-enfeksyon SARS-CoV-2 ki asosye ak Aparisyon Omicron nan Lafrik di sid. Syans 2022;376(6593):eabn4947.

[32] Altarawneh HN, Chemaitelly H, Hasan MR, Ayoub HH, Qassim S, AlMukdad S, et al. Pwoteksyon kont variant Omicron kont enfeksyon SARS-CoV-2 anvan yo. N Engl J Med 2022;386(13):1288–90.

[33] Dejnirattisai W, Huo J, Zhou D, Zahradník J, Supasa P, Liu C, et al. SARS-CoV- 2 Omicron-B. 1.1. 529 mennen nan chape toupatou nan repons antikò netralize. Selil 2022;185(3):467–84.

[34] Reynolds CJ, Pade C, Gibbons JM, Otter AD, Lin KM, Muñoz Sandoval D, et al. Ranfòsman iminitè pa b. 1.1. 529 (Omicron) depann de ekspoze anvan SARS-CoV-2. Syans 2022;377(6603):eabq1841.

[35] Stegger M, Edslev SM, Sieber RN, Ingham AC, Ng KL, Tang M-HE, et al. Ensidan ak siyifikasyon nan Omicron BA. 1 enfeksyon ki te swiv pa BA. 2 reinfeksyon. 2022, MedRxiv, Cold Spring Harbor Laboratory Press.

[36] Rössler A, Knabl L, von Laer D, Kimpel J. Pwofil netralizasyon apre rekiperasyon nan enfeksyon SARS-CoV-2 Omicron. N Engl J Med 2022;386(18):1764–6.

[37] Newman ME. Efè papòt pou de patojèn gaye sou yon rezo. Phys Rev Lett 2005;95(10):108701.

[38] Girvan M, Callaway DS, Newman ME, Strogatz SH. Senp modèl epidemi ak mitasyon patojèn. Phys Rev E 2002;65(3):031915.

[39] Poletto C, Meloni S, Van Meter A, Colizza V, Moreno Y, Vespignani A. Karakterize konpetisyon de patojèn nan anviwònman espasyal estriktire. Sci Rep 2015;5(1):1–9.

[40] Barreiro N, Govezensky T, Ventura C, Núñez M, Bolcatto P, Barrio R. Modèl entèraksyon varyant SARS-CoV-2 nan Wayòm Ini a. Sci Rep 2022;12(1):1–8.

[41] de León UA-P, Avila-Vales E, Huang Kl. Modèl dinamik COVID-19 lè l sèvi avèk yon modèl de souch ak vaksen. Chaos Solitons Fractals 2022;157:111927.

[42] Tchoumi S, Rwezaura H, Tchuenche J. Dinamik yon modèl COVID-19 de souch ak vaksen. Rezilta Phys 2022;105777.

[43] Ramos AM, Vela-Pérez M, Ferrández MR, Kubik A, Ivorra B. Modèl enpak varyasyon SARS-CoV-2 ak vaksen sou pwopagasyon COVID-19. Commun Nonlinear Sci Number Simul 2021;102:105937.

[44] Saad-Roy CM, Morris SE, Metcalf CJE, Mina MJ, Baker RE, Farrar J, et al. Konsiderasyon epidemyolojik ak evolisyonè nan rejim dòz vaksen SARS-CoV-2. Syans 2021;372(6540):363–70.

[45] Hamill V, Noll L, Lu N, Tsui WNT, Porter EP, Gray M, et al. Deteksyon molekilè souch SARS-CoV-2 ak diferansyasyon souch variant delta. Transbound Emerg Dis 2021.

[46] Islam MR, Hossain MJ. Deteksyon Variant SARS-CoV-2 Omicron (B. 1.1. 529) te kreye panik nan mitan moun atravè mond lan: Kisa nou ta dwe fè kounye a? J Med Virol 2022;94(5):1768–9.

[47] Andrews N, Stowe J, Kirsebom F, Toffa S, Rickeard T, Gallagher E, et al. Efikasite vaksen Covid-19 kont variant Omicron (B. 1.1. 529). N Engl J Med 2022;386(16):1532–46.

[48] ​​Altarawneh HN, Chemaitelly H, Ayoub H, Tang P, Hasan MR, Yassine HM, et al. Efè enfeksyon anvan, vaksinasyon, ak iminite ibrid kont BA sentòm. 1 ak BA. 2 Enfeksyon Omicron ak grav COVID-19 nan Katar. 2022, MedRxiv, Cold Spring Harbor Laboratory Press.

[49] Lapointe HR, Mwimanzi F, Cheung PK, Sang Y, Yaseen F, Kalikawe R, et al. Enfeksyon seri ak SARS-CoV-2 Omicron BA. 1 ak BA. 2 apre vaksen twa dòz COVID-19. 2022, MedRxiv, Cold Spring Harbor Laboratory Press.

[50] Grant R, Charmet T, Schaeffer L, Galmiche S, Madec Y, Von Platen C, et al. Enpak varyant delta SARS-CoV-2 sou enkubasyon, anviwònman transmisyon, ak efikasite vaksen yo: Rezilta nan yon etid ka-kontwòl nan tout peyi an Frans. Lancet Rejyonal Sante-Ewòp 2022;13:100278.

[51] Tanaka H, ​​Ogata T, Shibata T, Nagai H, Takahashi Y, Kinoshita M, et al. Pi kout peryòd enkubasyon pami ka COVID-19 ak BA a. 1 Variant Omicron. Int J Environ Res Public Health 2022;19(10):6330.

[52] Del Águila-Mejía J, Wallmann R, Calvo-Montes J, Rodríguez-Lozano J, Valle Madrazo T, Aginagalde-Llorente A. Segondè pousantaj atak, peryòd transmisyon ak enkubasyon, ak entèval seri SARS-CoV{{6 }} Variant Omicron, Espay. Emerg Infect Diseases 2022;28(6):1224.

[53] GISAID. Suivi de variantes. 2022, https://gisaid.org/. [Aksè sou 1 avril 2022].

[54] Done OWI. Ka. 2022, https://ourworldindata.org/covid-cases. [Aksè sou 1 avril 2022].

[55] mondomètr. COVID-19 Pandemi kowonaviris. 2022, https://www. worldometers.info/coronavirus/. [Aksè sou 1 avril 2022].

[56] Elliott P, Eales O, Steyn N, Tang D, Bodinier B, Wang H, et al. Twin Peaks: Omicron SARS-CoV-2 BA. 1 ak BA. 2 epidemi nan Angletè. Syans 2022;eabq4411.

[57] Kubale J, Gleason C, Carreño JM, Srivastava K, Gordon A, Krammer F, et al. Lonjevite antikò SARS-CoV-2 ki relye pik ak pwoteksyon kont re-enfeksyon ak varyant SARS-CoV-2 ki sanble antijenik. 2022, MedRxiv, Cold Spring Harbor Laboratory Press.

[58] Killerby ME, Biggs HM, Haynes A, Dahl RM, Mustaquim D, Gerber SI, et al. Sikilasyon kowonaviris imen nan Etazini 2014–2017. J Clin Virol 2018;101:52–6.

[59] Callow K, Parry H, Sèjan M, Tyrrell D. Kou tan repons iminitè a nan enfeksyon coronavirus eksperimantal moun. Epidemiol Infect 1990;105(2):435–46.

[60] Chan KH, Chan JF-W, Tse H, Chen H, Lau CC-Y, Cai JP, et al. Antikò kwa-reyaktif nan seri pasyan konvalesans SARS yo kont nouvo kowonaviris imen imen EMC (2012) pa tou de tès imunofluoresan ak netralize. J Enfekte 2013;67(2):130–40.

[61] Kissler SM, Tedijanto C, Goldstein E, Grad YH, Lipsitch M. Pwojeksyon dinamik transmisyon SARS-CoV-2 atravè peryòd apre pandemi. Syans 2020;368(6493):860–8.

[62] Cohen LE, Spiro DJ, Viboud C. Pwojeksyon tranzisyon SARS-CoV-2 soti nan pandemi nan endemisite: Konsiderasyon epidemyolojik ak iminolojik. PLoS Pathog 2022;18(6):e1010591.

[63] Alizon S, Hurford A, Mideo N, Van Baalen M. Virulence evolution and the trade-off hypothesis: History, the current state of affairs and the future. J Evol Biol 2009;22(2):245–59.

[64] Fan Y, Li X, Zhang L, Wan S, Zhang L, Zhou F. SARS-CoV-2 Variant Omicron: Pwogrè resan ak pèspektiv nan lavni. Terapi sib transduksyon siyal 2022;7(1):1–11.

[65] Barnard RC, Davies NG, Jit M, Edmunds WJ. Modèl dinamik mwayen transmisyon SARS-CoV-2 nan Angletè nan epòk Omicron an. Nature Commun 2022;13(1):1–15.