Divèsite ak evolisyon nan epitop selil T ki prevwa nan òdinatè kont viris respiratwa sinsityal imen

Résumé

Viris respiratwa syncytial imen (RSV) se yon gwo kòz enfeksyon respiratwa pi ba yo. Malgre plis pase 60 ane rechèch, pa gen okenn vaksen ki gen lisans. Pandan ke repons selil B yo se yon gwo konsantre pou konsepsyon vaksen an, pwofil epitop selil T nan RSV enpòtan tou pou devlopman vaksen an. Isit la, nou te prevwa enfòmatik epitopes selil T yo nan pwoteyin Fusion (F) ak Glycoprotein (G) nan tansyon sikile sovaj RSV lè nou predi Gwo Histocompatibility Complex (MHC) klas I ak klas II afinite obligatwa. Nou limite enferans nou yo nan epitop konsève nan tou de pwoteyin F ak G ki te valide eksperimantal. Nou aplike dekale miltidimansyonèl (MDS) pou konstwi jaden flè epitop selil T pou mennen ankèt sou divèsite ak evolisyon pwofil selil T atravè diferan tansyon RSV. Nou jwenn tansyon RSV yo gwoupe nan twa gwoup RSV-A ak de gwoup RSV-B sou peyizaj T epitop sa a. Gwoup sa yo reprezante tansyon RSV divèjan ak pwofil iminojenik potansyèlman diferan. Anplis de sa, rezilta nou yo montre yon pi gwo pwopòsyon nan konsèvasyon kontni epitop selil F pwoteyin T nan mitan tansyon epidemi resan yo, tandiske kontni an epitop selil G pwoteyin T te diminye. Sa ki enpòtan, rezilta nou yo sijere ke RSV-A ak RSV-B gen diferan modèl derive epitop ak ranplasman e ke vaksen RSV-B ka bezwen mizajou pi souvan. Etid nou an bay yon kad nouvo pou etidye evolisyon epitop selil RSV T. Konprann modèl konsèvasyon epitop selil T ak chanjman yo ka gen anpil valè pou konsepsyon ak evalyasyon vaksen an.

Benefis cistanche tubulosa-ranfòse sistèm iminitè

Rezime otè

Enfeksyon respiratwa ki pi ba yo ki te koze pa viris respiratwa syncytial imen (RSV) se yon defi sante mondyal. Repons iminitè epitop selil B yo se pi gwo konsantre nan vaksen RSV ak devlopman terapetik. Sepandan, iminite epitop selil T yo jwe yon wòl enpòtan nan rezolisyon enfeksyon RSV. Pandan ke yo te rapòte divèsite jenetik RSV, kèk etid konsantre sou divèsite epitop selil RSV T, ki ka enfliyanse efikasite vaksen an. Isit la, nou itilize enfòmatik prevwa pwofil epitop selil T nan tansyon sikile yo karakterize divèsite ak evolisyon nan epitop selil T nan RSV A ak B. Nou sistematik evalye pwofil la epitop selil T nan RSV F ak G pwoteyin. Nou bay yon vizyalizasyon jaden flè epitop selil T ki montre ko-sikilasyon twa gwoup RSV-A ak de gwoup RSV-B, ki sijere iminite selil T potansyèlman diferan. Anplis de sa, etid nou an montre diferan nivo konsèvasyon kontni epitop selil F ak G pwoteyin T, ki ka enpòtan pou korelasyon ak dire pwoteksyon vaksen an. Etid sa a bay yon nouvo kad pou etidye evolisyon epitop selil RSV T, dedwi iminite selil T RSV nan nivo popilasyon an, epi kontwole efikasite vaksen RSV.

Entwodiksyon

Viris sinsityal respiratwa imen (RSV) se yon viris RNA negatif ki klase nanÒtopneumovirisgenus nan fanmi anPneumoviridae. Li se yon gwo kòz maladi respiratwa pi ba nan ti bebe, moun ki iminitè, ak granmoun aje, sa ki lakòz epidemi chak ane atravè lemond [1]. Genòm RNA sèl-cheche nan RSV se apeprè 15.2 kb ak kode 11 pwoteyin viral [2]. Pwoteyin Fusion (F) ak Glycoprotein (G) yo se de gwo pwoteyin sifas yo [3]. Pwoteyin F jeneralman panse yo dwe konsève epi kidonk li se konsantre nan pifò konsepsyon vaksen RSV aktyèl yo. Malgre ke pwoteyin G la trè varyab, kontribisyon li nan patojèn maladi ak wòl li nan byoloji enfeksyon sijere li kapab tou yon antijèn vaksen RSV efikas [4]. Malgre fado enpòtan nan enfeksyon RSV atravè lemond, pa gen okenn vaksen ki gen lisans. Sèl entèvansyon ki apwouve a se imino-pwofilaksi pasif ak palivizumab, ki reyalize lè yo administre antikò monoklonal (mAb) nan yon gwoup tibebe ki gen mwens pase 24 mwa epi tretman an dwe repete chak mwa pandan sezon RSV la akòz relativman an. kout mwatye lavi nan antikò a [5,6]. Akòz pri a wo nan tretman antikò monoklonal, entèvansyon sa a limite a ti bebe ki gen gwo risk epi li jeneralman pa disponib nan peyi devlope yo. Yon vaksen RSV se yon priyorite swen sante mondyal ijan, epi li posib ke diferan estrateji yo bezwen pou divès gwoup ki gen gwo risk yo.

cistanche benefis-ranfòse sistèm iminitè

Yon kantite ekip rechèch te travay sou devlopman vaksen RSV la depi izòlman li ak karakterizasyon li an 1956 [7,8]. Sepandan, vaksinasyon ak vaksen RSV ki inaktive ak fòmalin, ki precipite ak alun (FI-RSV) nan ti bebe ak jèn timoun ki nayif RSV, te mennen nan devlopman maladi vaksen ranfòse (VED) ki te anpeche devlopman vaksen pou plizyè dizèn ane apre [9]. ]. Anpil etid yo te fèt pou eksplike rezilta endezirab sa a. Li posib ke fiksasyon fòmalin te mennen nan yon vaksen ki sitou prezante konfòmasyon apre fizyon nan pwoteyin RSV F, ki mennen nan yon eksè nan antikò ki pa netralize ak fòmasyon konplèks iminitè [10-12]. Lòt etid endike ke yon repons selil T ki gen pwoblèm ak Th2 skewing [13,14], osi byen ke konpleman depozisyon nan poumon yo, kontribye nan rekritman netrofil amelyore [12]. Devlopman ki sot pase yo, ki gen ladan rezolisyon an nan pwoteyin F [15] ak devlopman nan RSV modèl wonjè [16] te kontribye nan yon kantite kandida vaksen ak desen nouvo ak fòmilasyon kounye a nan esè klinik [3,17,18]. Pandan ke pifò estrateji vaksen RSV aktyèl konsantre sou yon repons iminitè netralizasyon selil B-pwovoke, iminite selil T jwe tou yon gwo wòl nan rezolisyon enfeksyon viris la epi li esansyèl pou devlopman vaksen RSV [17,18]. Yon fwa yo etabli enfeksyon RSV nan pasaj ki pi ba yo, selil T CD8 yo jwe yon pati enpòtan nan clearance viral ak selil T asistan CD4 yo ka òkestre repons iminitè selilè yo epi ankouraje selil B yo pou pwodui antikò. Sepandan, repons Th2-prejije yo te asosye ak modèl bèt nan RSV VED, epi mezi repons Th1 ak Th2 yo konsidere kòm enpòtan pou predi sekirite kandida vaksen yo [12]. Se poutèt sa, endiksyon yon repons iminitè balanse nan medyatè selil atravè vaksinasyon ta ankouraje clearance RSV, men yo dwe pran prekosyon pou evite potansyèl pou iminopatoloji. Ansanm, yon egzamen pi sere sou iminite selil T ak sekans viris ki pwovoke repons selil T yo nesesè pou devlopman vaksen RSV.

Viris respiratwa imen an gen yon sikilasyon konplèks nan popilasyon imen an. Nan de gwoup antijenik, RSV-A ak RSV-B, diferan jenotip ka ko-sikile nan menm kominote a, pandan y ap nouvo jenotip RSV ki gen gwo divèsite genomik ka parèt ak potansyèlman ranplase jenotip yo te deja dominan [19]. Nan dènye ane yo, yo te idantifye plizyè modifikasyon jenetik inik nan RSV, ki gen ladan yon 72-nukleotid (nt) duplication (ON jenotip) nan RSV-A G jèn ak yon lòt ki gen yon 60-nt duplication (BA jenotip). ) nan RSV-B nan yon rejyon menm jan an [20]. Divèsite jenetik RSV obsève a te poze yon kesyon sou si li nesesè pou yon vaksen RSV genyen plizyè souch diferan pou li efikas. Pifò devlopman aktyèl vaksen RSV yo baze sou yon souch laboratwa RSV A2, ki se yon souch chimerik ki fè pati subtip A [21]. Pandan ke tretman sa yo kenbe pwomès, gen posibilite pou tansyon viral devlope mitasyon chape. Pou egzanp, tansyon ki reziste palivizumab yo te izole nan tou de modèl rat RSV ak moun [17,22]. Plizyè liy prèv sijere tou varyasyon antijenik ka jwe yon wòl nan kapasite RSV pou chape repons iminitè ak enfeksyon etabli [23]. Pandan ke epitop selil T trè konsève nan vaksen RSV la ka pa bay pwoteksyon konplè kont enfeksyon lè repons antikò pwoteksyon kwa yo manke, epitop selil T trè konsève nan vaksen an ka toujou diminye gravite maladi a epi limite pwopagasyon viris la. Sepandan, varyasyon asid amine nan nivo epitop selil T ak aparisyon potansyèl nouvo epitop selil T nan tansyon sikile RSV ki sot pase yo te rapòte [24], epi yo bezwen plis etid pou ilistre efè varyasyon asid amine sou rekonesans selil T. . Pakonsekan, karakterize pwofil epitop selil T atravè diferan tansyon trè enpòtan pou konprann evolisyon RSV epi li ka enpòtan pou devlopman vaksen RSV.

cistanche plant-ogmante sistèm iminitè

Klike la a pou w wè pwodwi Cistanche Enhance Immunity

【Mande plis】 Imèl:cindy.xue@wecistanche.com / Whats App: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692

Nan etid sa a, nou itilize apwòch iminoenfòmatik ki aplike nan iVAX toolkit [25] pou predi epitop selil T nan RSV atravè diferan tansyon ak yon konsantre sou de gwo pwoteyin sifas F ak G. Avèk analiz yon seri done konplè, nou evalye pwofil epitop selil T ki espesifik nan liyaj RSV la. Nou menm tou nou kreye jaden flè epitop selil T ki baze sou sekans ki baze sou konparezon kontni epitop atravè diferan tansyon ak plis korelasyon chanjman iminite selil T RSV ak evolisyon viris. Yo te kalkile pwopòsyon de kontni epitop selil T ki gen kwa-konsève ant souch kandida vaksen ki te devlope pi bonè ak tansyon ki sikile RSV ak diferan ane izolasyon ak kote yo te tou kalkile. Analiz sa yo ka ede konprann iminite selil RSV T atravè diferan tansyon epi kontribye nan efò konsepsyon vaksen yo kounye a.

Rezilta yo

Distribisyon nan epitop selil T nan pwoteyin sifas RSV

Nou evalye potansyèl iminojenik selil T yo atravè pwoteyin sifas RSV lè nou analize 9 rejyon rezidi yo pou nou prevwa pwobabilite ki genyen pou lye ak MHC klas I ak klas II molekil (figi 1). Dansite epitop nan pwoteyin sifas RSV yo te evalye lè l sèvi avèk yon nòt dansite epitop nòmal, ki se kalkile pa rezime nòt la prevwa peptide-MHC obligatwa atravè pwoteyin nan ak nòmalize li ak longè pwoteyin lan. Nòt pou pwoteyin ki te pwodwi owaza yo fikse a zewo epi antijèn vaksen an jeneral nòt pi wo a +20 sou echèl sa a [25]. Pwoteyin F gen yon nòt dansite epitop ki pi gran pase +20 pou analiz echèl iminojenisite klas I ak klas II, sa ki endike potansyèl iminojenik enpòtan [25]. Sa a diferansye ak pi ba G pwoteyin klas I ak klas II epitop dansite pwoteyin nòt pou tou de subtip RSV. Nòt dansite epitop klas I nan pwoteyin G te pi gran pase +10 nan tou de subtip yo men dansite klas II a te pi ba pase atant o aza nan analiz RSV-B (Figi 1A). Rezilta sa a sijere ke pwoteyin sifas RSV gen chans pou yo gen potansyèl pou estimile selil T ki nesesè pou iminite pwoteksyon. Lè sa a, nou te envestige distribisyon an nan iminojenisite selil T atravè pwoteyin yo epi li te jwenn ke gen rejyon ki gen relativman wo potansyèl iminojenik selil T (figi 1B). Distribisyon iminojenisite selil T nan pwoteyin F te trase sou estrikti pwoteyin li yo ak sipèpoze ant rejyon sekans pwoteyin ki gen gwo potansyèl iminite selil T ak objektif netralize antikò yo te obsève nan sit antijenik F ak sit II.

Fig 1. Potansyèl iminojenik selil T pou pwoteyin sifas RSV ki baze sou prediksyon obligatwa MHC

Pwofil epitop selil T espesifik nan liyaj

Lè sa a, nou pwolonje prediksyon epitop selil T soti nan tansyon reprezantan RSV nan plizyè tansyon sikile sovaj. Distribisyon ak divèsite nan epitop selil T atravè souch diferan yo ilistre nan heatmaps ak filojeni ki koresponn tan-echèl (S1 ak S2 Figi). Tou de pwoteyin F ak G genyen epitop ki te konsève atravè tout tansyon RSV nan prèske 100% nan echantiyon izole, sijere ke yo ta ka sèvi kòm kandida epitop selil T bon jan kalite pou konsepsyon vaksen. Kontrèman, gen kèk epitop ki te mitasyon nan tansyon chwazi yo, epi epitop sa yo ki te fèt sèlman nan sèten klad nan filojeni a ta ka entèprete kòm "anprent dwèt" espesifik pou klad.

Evènman repetisyon jèn G yo nan RSV, ki se siyati jèn inik, ka swa chanje pozisyon epitop yo (kote yo diferan men asid amine epitop yo idantik ak izolat pwoteyin G yo san repetisyon) oswa lakòz aparisyon epitop nouvo. De roman klas I epitopes, (no. 31 ak no. 40 nan Figi S2A), yo te jwenn nan tansyon RSV-A ki genyen duplication jèn G. Anplis de sa, yo te idantifye yon epitop klas II emerjan (no. 25 nan S2A Fig) nan sekans RSV-A ki gen duplication jèn G, ki te yon chanjman soti nan yon epitop (no. 24) ki te obsève nan lòt tansyon. Soti nan tansyon RSV-B ki gen evènman duplication jèn G la, nou te obsève tou plizyè epitop selil IT klas espesifik, ki te koze pa yon 2-deleksyon asid amine (aa) (aa157 ak aa158) nan tansyon sa yo olye. dirèkteman akòz evènman duplication 60-nt. Pwoteyin RSV-B G ki gen evènman duplication genyen plizyè epitop roman (no. 22, 23, 26, 28, 30, 37) men pa genyen plizyè epitop (no. 24, 25, 27, 29, 31, 38) ki idantifye nan lòt tansyon (S2B Fig). Pou detèmine si wi ou non epitop selil T yo prevwa nan òdinatè ak gwo potansyèl obligatwa MHC yo iminojenik, nou itilize algorithm JanusMatrix [27] pou idantifye epitop selil T yo ki gen anpil chans pou yo kwaze ak peptides imen epi kidonk sistèm iminitè a tolere. . Ki baze sou analiz sa a, 6.45% nan epitop sitatif klas I ak 1.12% nan epitop sitatif klas II nan RSV gwo pwoteyin sifas yo kwa-konsève ak epitop ki sòti nan pwoteome imen nan T selil reseptè (TCR)-fè fas a résidus. Kòm peptides sa yo gen menm jan HLA preferans obligatwa ki genyen nan pwoteyin imen (S3 Fig), yo te Se poutèt sa yo te sipoze pa iminojenik. Apre eksklizyon epitop ki gen gwo nòt JanusMatrix yo idantifye pi wo a, nou te kapab idantifye epitop selil T ki te konsève nan plis pase 60% tansyon RSV k ap sikile kounye a. Nou te chèche baz done epitop IEDB pou detèmine si epitop sa yo te gen rapò ak epitop selil RSV T valide eksperimantal oswa ligand HLA (Tablo A nan Tèks S1). Sekans epitop selil RSV T ki konsève ki ka enpòtan pou devlopman vaksen alavni yo montre nan Tablo 1 ak 2 (Tablo B ak C nan Tèks S1).

Tablo 1. Peptid epitop MHC klas I ki valide expérimentalement nan pwoteyin sifas prensipal RSV

Prevwa RSV T selil epitop paysages 

To investigate the evolution of RSV on T cell immunity profiles, we use a multidimensional scaling (MDS) approach to visualize the T cell immunity profile of multiple RSV strains on a landscape. We performed a T cell epitope content pairwise comparison between RSV strains using in silico predicted peptide-HLA allele binding affinity. The pairwise T-cell epitope distances were then calculated using the algorithm reported in this study (Eq 1). We then applied a multidimensional scaling (MDS) approach using these estimated pair-wise T epitope distances to map RSV strains to a landscape to characterize their T-cell immunity profile. We found both class I and class II T cell immunity profiles of F and G proteins of different RSV strains were clustered into groups on this T cell epitope landscape (S4 Fig). Combining the class I and class II T-cell epitope binding profiles, RSV-A major surface protein isolates can be divided into three clusters and RSV-B major surface protein isolates can be divided into two clusters (Figs 2 and S5). We observe that the G gene sequence isolates that contain 72-nt (RSV-A) or 60-nt (RSV-B) duplications clustered together with other sequences instead of forming isolated groups. To further investigate the T cell epitope diversity, we correlated this clustering pattern with the phylogenetic histories (Fig 2B). The phylogenetic tree topologies of the RSV-A F gene and the G gene are similar. The F gene cluster 1 is paraphyletic, while clusters 2 and 3 are monophyletic. Cluster 1 is the closest to the ancestral sequence and mapping this group onto the phylogeny shows that this cluster has a basal relationship with clusters 2 and 3 indicating that the phylogenetic divergence occurred prior to epitope drift. The RSV-B F and G gene genealogies are very different. In particular, the RSV-B F gene topologies are indicative of strong immune selection, similar to observed human influenza A virus or within host HIV phylogenies [28]. In contrast, the RSV-B G gene phylogeny shows the co-circulation of multiple lineages, though this could reflect the sequencing bias of G genes (Fig 2B). We then calculated the T-cell epitope immune distance of each strain from a reconstructed ancestral sequence (Fig 2C). These distances were then plotted against the year of isolation and colored according to the cluster identified in Fig 2A. RSV-A shows that multiple predicted immune phenotypes co-circulate and persist for long periods (>2 deseni). Analiz de RSV-B montre yon woulman nan fenotip iminitè yo prevwa ak peryòd kout nan ko-sikilasyon (<5 years) for F and G protein T cell epitopes. The limited periods of co-circulation are again consistent with phenotype patterns observed for viruses under strong immune selection (e.g. H3N2 influenza A virus) [29,30]. In contrast, genetic distances from the reconstructed ancestral sequence plotted against year of isolation show patterns typical of gradual genetic drift, except in the G gene where a 72-nt and 60-nt insertion is present (Fig 2D). Taken together, these results suggest that genetic and predicted T-cell epitope immune diversity are different and may be an important factor to consider when evaluating RSV vaccine efficacy.

Tablo 2. Peptid epitop MHC klas II ki valide expérimentalement nan gwo pwoteyin sifas RSV

Fig 2. Prevwa jaden flè epitop selil T ak evolisyon jenetik nan pwoteyin sifas RSV

Gen plizyè metòd ki disponib pou predi epitop selil T [31], ki ka lakòz diferan peyizaj rekonstwi si gen yon patipri sistematik nan metòd prediksyon an. Nou itilize metòd NetMHCpan [32] pou predi epitop selil T epi fè menm rekonstriksyon jaden flè lè l sèvi avèk MHC klas I prediksyon obligatwa pou pwoteyin RSV-A F. Analiz nou an te montre yon modèl gwoupman ki konsistan nan pwofil epitop RSV T sou peyizaj la kèlkeswa metòd prediksyon epitop selil T (S7 Fig).

Fig 3. Evalyasyon tansyon kandida vaksen RSV yo te itilize deja ak kontni epitop selil T nan tansyon sikile.

Evalyasyon souch kandida pou vaksen ak kontni epitop selil T

T cell epitopes that are similar between vaccine strains and wild strains (cross-conserved T epitopes, which are defined as epitopes that share identical T cell receptor-facing residues and are restricted by the same alleles [33]) may be responsible for the T cell immune protection of the vaccine. To quantitatively evaluate whether it might be necessary to include multiple RSV strains to prepare an effective vaccine, two live attenuated RSV strains that are previously considered as vaccine candidates, CP248, a recombinant virus that belongs to subtype A, and CP52, which is a recombinant RSV-B strain, were included in our analysis and we evaluated their T cell epitope conservation with different RSV wild-type strains. We calculated the average proportion of cross-conserved T cell epitope content between the selected vaccine strains and wild-circulating strains from different isolation years and WHO regional groups (Figs 3 and S8). Different proportions of cross-conserved T cell epitope content against isolates from two different subtypes, A and B, were observed in both the F and G protein analyses. In the comparison of the vaccine strains and wild strains belonging to the same subtype, the proportion of cross-conserved T cell epitope in RSV F protein is relatively stable in different groups, all are higher than 78% for RSV-A and higher than 85% for RSV-B. In contrast, changes in the proportion of cross-conserved T cell epitopes were detected among groups within the same RSV subtype, especially in different temporal groups in the G protein analysis (Fig 3). Vaccine strain CP248 appears to have a relatively higher proportion of cross-conserved T cell epitopes within G protein when compared to the RSV-A strains that were isolated before 1991 (>70%) ak yon degre relativman pi ba nan konsèvasyon kont tansyon ki fèk izole. Yon diminisyon menm jan an nan konsèvasyon epitop selil T ak tan te idantifye pou souch vaksen CP52 nan mitan sikile RSV-B tansyon.

Diskisyon

Malgre ke tou de CD4 ak CD8 selil T kontribye nan pwoteksyon kont maladi RSV-induit apre premye enfeksyon [16,34], epitop selil T yo te resevwa atansyon limite nan efò rechèch RSV la. Nou demontre pwoteyin sifas RSV yo sanble gen gwo potansyèl pou kondwi iminite selil T lè l sèvi avèk yon apwòch enfòmatik, ki baze sou nòt dansite selil T yo, jan yo detèmine pa MHC molekilè obligatwa prediksyon. Dansite epitop selil T relativman wo ka fè pwoteyin F yon bon sib pou vaksen RSV la. Anplis analiz de dansite epitop selil T ak distribisyon nan pwoteyin sifas RSV pi gwo, nou menm tou nou demontre varyasyon espesifik filiaj nan kontni epitop selil T. Menmsi yo kwè pwoteyin RSV F yo byen konsève, yo obsève mitasyon epitop yo atravè diferan liy ki nan pwoteyin F, sa ki sijere ke etidye epitop selil T yo espesifik nan RSV ka bay insight sou enpak seleksyon iminitè a sou divèsite viral ak pèsistans. . Kontrèman ak pwoteyin F konsève, yo rapòte pwoteyin RSV G yo trè varyab, nou toujou obsève potansyèl epitop selil T konsève atravè diferan tansyon, ki sijere yon gwo enterè nan domèn nan pwoteyin G konsève kòm sib potansyèl vaksen sou pwoteksyon iminitè selil T. . Pandan ke yo bezwen validation eksperimantal, analiz sa a mete aksan sou enpòtans pou konpreyansyon konsèvasyon epitop nan nivo popilasyon an paske li ka bay yon insight enpòtan sou devlopman vaksen epitop selil T kont enfeksyon RSV.

Yon gwo konsantre nan travay nou an se devlopman yon metòd ki baze sou sekans pou kat evolisyon iminite selil T atravè diferan tach. Apre yon travay ki te deja enpòtan ki te itilize metòd MDS pou kat adaptasyon evolisyonè viris grip A ki te pwovoke pa selil T CD8 yo lè l sèvi avèk prezans ak absans epitop MHC klas I [35], nou te konstwi jaden flè iminite selil T RSV lè l sèvi avèk distans iminitè ki yo te pwodwi pa analiz kwa-konsèvasyon epitop selil T, ki pèmèt vizyalizasyon fasil ak konpreyansyon entwisyon sou potansyèl pou relasyon iminite selil T nan mitan diferan tansyon. Lè nou konpare tout tansyon yo, nou te jwenn ke kontni an epitop selil T nan pwoteyin sifas RSV ki soti nan diferan tansyon ka gwoupe, jan yo te obsève pou relasyon an antijenik rapòte nan lòt patojèn [36,37]. Rezilta nou yo tou demontre korespondans ki genyen ant gwoup iminite selil RSV T ak filojeni ki koresponn yo, ak sekans nan menm klad la jeneralman ki fè pati menm gwoup iminitè selil T. Sa ki enpòtan, nou menm tou nou obsève diferan modèl evolisyon epitop selil T nan tansyon sovaj RSV konpare ak evolisyon jenetik yo. Nou jwenn tansyon RSV yo ak duplication jèn G ka toujou gwoupe ak izolat RSV anvan yo sou espas MDS epitop selil T. Rezilta nou yo mete aksan sou enpòtans pou karakterize chanjman epitop selil T nan RSV.

cistanche tubulosa-amelyore sistèm iminitè

Nou idantifye epitop selil RSV T ki trè konsève nan etid sa a, kèk nan yo te deja valide eksperimantal epi pibliye nan baz done IEDB. Sepandan, nou menm tou nou idantifye plizyè lòt epitop selil T konsève ki pa te dekri deja. Sa yo ka gen anpil valè pou konsepsyon vaksen, byenke validasyon eksperimantal yo pral bezwen. Anplis de sa, omoloji nan epitop RSV chwazi nan peptides imen sijere ke kèk epitop prevwa selil RSV T ta ka tolere pa sistèm iminitè imen an oswa ka pwovoke yon repons iminitè danjere kwa-reyaktif kont pwoteyin imen lè yo administre ak yon adjuvant [27]. Sèten aspè nan iminite a RSV pa te adrese nan etid sa a. Pou egzanp, repons antikò netralize yo kounye a konsidere kòm korelasyon ki pi enpòtan nan iminite. Pandan ke antikò netralize pa ta dwe dirèkteman pwovoke pa yon vaksen epitop selil T kondwi, epitop selil T asistan (CD4) yo oblije jenere gwo afinite, antikò espesifik. Nou remake tou ke nou limite konsantre nou sou de gwo pwoteyin sifas RSV yo nan analiz aktyèl nou an, men lòt pwoteyin RSV tankou N, M, oswa M2-2 pwoteyin ta ka kontribye tou nan efikasite vaksen an [38].

cistanche tubulosa-amelyore sistèm iminitè

Yon vaksen efikas kont viris varyab ta dwe gen ladan epitop selil T ki trè konsève nan mitan tansyon sikile [39]. Efikasite vaksen an ka diminye si epitop selil T nan yon souch vaksen pa matche ak lè nouvo souch patojèn parèt. Nan etid sa a, nou te itilize yon apwòch ki baze sou imunoenfòmatik pou estime kontni epitop selil T ki konsève ant de souch kandida vaksen atenue ak RSV sikile sovaj. Nou te jwenn ke te gen yon pwopòsyon ki ba nan kontni epitop selil T kwa-konsève ak tansyon vaksen ki fè pati diferan gwoup antijenik, ki endike risk pou yo sèvi ak yon sèl souch subtip nan vaksen RSV. Anplis de sa, nou te obsève yon pwopòsyon ki pi ba nan kontni epitop selil G-pwoteyin T ki gen kwa-konsève ant tansyon vaksen yo ak tansyon ki resan sikile nan menm gwoup antijenik la, ki sijere ke enkli epitop selil T ki soti nan diferan tansyon nan menm gwoup antijenik la ta ka tou. enpòtan pou devlopman vaksen RSV. Malgre ke nou pa t 'obsève yon chanjman enpòtan nan kwa-konsève kontni epitop selil T nan pwoteyin F, nou pa ka ekskli posibilite pou varyasyon nan pwoteyin F nan lavni an ka rann yon vaksen ki baze sou yon sèl souch mwens efikas. Analiz aktyèl nou an baze sou seri done redwi akòz gwo kapasite enfòmatik ki nesesè pou fè konparezon kontni epitop. Nou te konstwi done reprezantatif sa yo pa owaza sou-echantiyon done konplè yo dapre rejyon jewografik ak ane izole. Konklizyon nou yo ka reflete divèsite epitop selil T nan tansyon RSV ki disponib piblikman, sepandan, efò siveyans RSV adisyonèl yo ka oblije jwenn yon foto konplè sou varyasyon epitop selil T nan RSV.

Etid aktyèl nou an limite pa mank validasyon eksperimantal nan prediksyon epitop selil T. Nou konsantre sou enfòmatik prevwa MHC obligatwa yo idantifye epitop T-selil yo. Malgre ke fòs la nan MHC obligatwa se paramèt kle ki detèmine iminojenisite yon peptide a, men li pa ase pou yon modil yo dwe iminojenik [40]. Lòt aspè ki asosye ak repons iminitè selil T patojèn pwovoke, tankou tretman antijèn apwopriye [41] ak rekonesans reseptè selil T [40] yo pa konsidere nan etid sa a, ki ta ka lakòz patipri nan peyizaj epitop selil T ki baze sou enfòmatik. Sepandan, modèl regroupe yo obsève nan pwoteyin sifas RSV sou jaden flè epitop selil T nan etid sa a reflete divèsite epitop selil T nan diferan tansyon. Konklizyon sa a bay bonjan enfòmasyon sou evolisyon viris nan aspè iminite selil T yo epi li ka kontribye nan seleksyon souch pou konsepsyon vaksen an. An jeneral, etid sa a bay yon analiz konsantre sou epitop selil T nan gwo pwoteyin sifas RSV lè l sèvi avèk zouti enfòmatik. Nou te fè yon prediksyon konplè epitop selil T pou RSV ki montre relasyon iminolojik nan epitop selil T nan pwoteyin sifas RSV. Etid sa a demontre ke evolisyon epitop selil T ka diferan de varyasyon jenetik epi li bay yon kad pou devlope yon vaksen RSV ki baze sou epitop ak metòd evalyasyon ki ta ka itilize pou optimize estrateji vaksinasyon yo.

Referans

1. Crowe JE Jr., Williams JV. Paramyxoviruses: Viris Respiratwa Syncytial ak Metapneumovirus Imèn: Enfeksyon Viral Moun. 2014 fevriye 27:601–27. https://doi.org/10.1007/978-1-4899-7448-8_26

2. Yun MR, Kim AR, Lee HS, Kim DW, Lee WJ, Kim K, et al. Konplete sekans genòm nan jenotip viris respiratwa sinsityal imen A ak B izole ki soti nan Kore di Sid. Genomic Anons. 2015; 3(2). Epub 2015/04/25. https://doi.org/10.1128/genomeA.00332-15 PMID: 25908140; PubMed Santral PMCID: PMC4408341.

3. McLellan JS, Ray WC, Peeples ME. Estrikti ak fonksyon nan glikoprotein sifas respiratwa sinsityal viris. Curr Top Microbiol Immunol. 2013; 372:83–104. Epub 2013/12/24. https://doi.org/10.1007/ 978-3-642-38919-1_4 PMID: 24362685; PubMed Santral PMCID: PMC4211642.

4. Lee J, Klenow L, Coyle EM, Golding H, Khurana S. Pwoteksyon sit antijenik nan pwoteyin respiratwa syncytial viris G atachman andeyò domèn konsèvasyon santral ak sistenin. PLOS Patojèn. 2018; 14(8):e1007262. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1007262 PMID: 30142227

5. Mizajou konsèy pou pwofilaktik palivizumab pami tibebe ak jèn timoun ki gen plis risk pou yo entène lopital pou enfeksyon viris respiratwa syncytial. Pedyatri. 2014; 134(2):e620–38. Epub 2014/07/30. https://doi.org/10.1542/peds.2014-1666 PMID: 25070304.

6. Palivizumab, yon antikò monoklonal viris respiratwa syncytial imanize, diminye entène lopital nan enfeksyon viris respiratwa syncytial nan tibebe ki gen gwo risk. Gwoup etid IMpact-RSV. Pedyatri. 1998; 102(3 Pt 1):531–7. Epub 1998/09/17. PMID: 9738173.

7. Schwarz TF, Johnson C, Grigat C, Apter D, Csonka P, Lindblad N, et al. Twa nivo dòz yon kandida pou vaksen kont viris respiratwa matènèl yo byen tolere ak iminojenik nan yon esè owaza sou fanm ki pa ansent. J Enfekte Dis. 2022; 225(12):2067–76. Epub 2021/06/2021. https://doi.org/10.1093/infdis/jiab317 PMID: 34146100; PubMed Santral PMCID: PMC9200160.

8. Biagi C, Dondi A, Scarpini S, Rocca A, Vandini S, Poletti G, et al. Eta aktyèl ak defi nan Devlope Vaksen Viris Respiratwa Syncytial. Vaksen (Basel). 2020; 8(4). Epub 2020/11/15. https://doi.org/10.3390/vaccines8040672 PMID: 33187337; PubMed Santral PMCID: PMC7711987.

9. Kim HW, Canchola JG, Brandt CD, Pyles G, Chanock RM, Jensen K, et al. Maladi viris respiratwa syncytial nan tibebe malgre yo te resevwa vaksen antijenik inaktif. Am J Epidemiol. 1969; 89(4):422–34. Epub 1969/04/01. https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.aje.a120955 PMID: 4305198.

10. Murphy BR, Sotnikov AV, Lawrence LA, Banks SM, Prince GA. Yo obsève istopatoloji poumon amelyore nan rat koton vaksinen ak fòmalin-inaktive viris respiratwa syncytial (RSV) oswa pirifye glikoprotein F ak defye ak RSV 3-6 mwa apre vaksinasyon. Vaksen. 1990; 8(5):497–502. Epub 1990/10/01. https://doi.org/10.1016/0264-410x(90)90253-i PMID: 2251875.

11. Killikelly AM, Kanekiyo M, Graham BS. Pre-fizyon F absan sou sifas viris respiratwa syncytial inaktive fòmalin. Rapò syantifik. 2016; 6(1):34108. https://doi.org/10.1038/srep34108 PMID: 27682426

12. Polack FP, Teng MN, Collins PL, Prince GA, Exner M, Regele H, et al. Yon wòl pou konplèks iminitè nan amelyore maladi respiratwa viris sinsityal. J Exp Med. 2002; 196(6):859–65. Epub 2002/09/18. https://doi.org/10.1084/jem.20020781 PMID: 12235218; PubMed Santral PMCID: PMC2194058.

13. Connors M, Giese NA, Kulkarni AB, Firestone CY, Morse HC 3yèm, Murphy BR. Defi sourit BALB/c ki iminize RSV ki inaktive ak fòmalin ki te pwovoke pa viris respiratwa syncytial (RSV) amelyore istopatoloji pulmonè yo anile pa rediksyon interleukin-4 (IL-4) ak IL-10. J Virol. 1994; 68 (8):5321–5. Epub 1994/08/01. https://doi.org/10.1128/JVI.68.8.5321-5325.1994 PMID: 8035532; PubMed Santral PMCID: PMC236482.

14. Waris ME, Tsou C, Erdman DD, Zaki SR, Anderson LJ. Enfeksyon viris respiratwa syncytial nan sourit BALB/c ki te deja vaksinen ak viris inaktive fòmalin pwovoke yon repons enflamatwa poumon pi byen ak yon modèl cytokine ki gen ladan Th2-. J Virol. 1996; 70(5):2852–60. Epub 1996/05/01. https://doi.org/10.1128/JVI.70.5.2852-2860.1996 PMID: 8627759; PubMed Santral PMCID: PMC190142.

15. Gilman MSA, Furmanova-Hollenstein P, Pascual G, BvtW A, Langedijk JPM, McLellan JS. Ouvèti tanporè nan pwoteyin trimerik prefizyon RSV F. Nat Commun. 2019; 10(1):2105. Epub 2019/05/10. https://doi.org/10.1038/s41467-019-09807-5 PMID: 31068578; PubMed Central PMCID: PMC6506550 RSV, te resevwa finansman rechèch nan men MedImmune ak Janssen, li te yon konsiltan peye pou MedImmune, epi li sou konsèy syantifik pou Calder Biosciences. MSAG se yon envanteur nonmen sou yon aplikasyon patant pou antikò yon sèl domèn RSV F-dirije. PF-H., GP, A.vW., ak JPML se anplwaye Janssen, yon konpayi pharmaceutique Johnson & Johnson.

16. Taylor G. Modèl bèt nan enfeksyon viris respiratwa syncytial. Vaksen. 2017; 35(3):469–80. Epub 2016/12/03. https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2016.11.054 PMID: 27908639; PubMed Santral PMCID: PMC5244256.

17. Blunck BN, Rezende W, Piedra PA. Pwofil nan respiratwa syncytial viris prefusogenic fusion pwoteyin nanopartikul vaksen. Ekspè Rev Vaksen. 2021; 20(4):351–64. Epub 2021/03/19. https://doi.org/10. 1080/14760584.2021.1903877 PMID: 33733995.

18. Mazur NI, Higgins D, Nunes MC, Melero JA, Langedijk AC, Horsley N, et al. Peyizaj vaksen kont viris respiratwa syncytial la: leson nan simetyèr la ak kandida pwomèt yo. Lancet Enfekte Dis. 2018; 18(10):e295–e311. Epub 20/06/2018. https://doi.org/10.1016/S1473-3099(18)30292-5 PMID: 29914800.

19. Liang X, Liu DH, Chen D, Guo L, Yang H, Shi YS, et al. Ranplasman gradyèl nan tout viris syncytial respiratwa ki te deja sikile A souch ak jenotip roman ON1 nan Lanzhou soti nan 2010 a 2017. Medsin (Baltimore). 2019; 98(19):e15542. Epub 2019/05/15. https://doi.org/10.1097/MD.0000000000015542 PMID: 31083208; PubMed Santral PMCID: PMC6531141.

20. Ahmed A, Haider SH, Parveen S, Arshad M, Alsenaidy HA, Baaboud AO, et al. Ko-sikilasyon nan 72bp Duplication Group A ak 60bp Duplication Group B Viris Respiratwa Syncytial (RSV) Souch nan Riyad, Arabi Saoudit nan 2014. PLOS ONE. 2016; 11(11):e0166145. https://doi.org/10.1371/journal.pone. 0166145 PMID: 27835664

21. Tian D, Battles MB, Moin SM, Chen M, Modjarrad K, Kumar A, et al. Baz estriktirèl nan netralizasyon sou-tip viris sinsityal respiratwa pa yon antikò ki vize glikoprotein fizyon an. Nati kominikasyon. 2017; 8(1):1877. https://doi.org/10.1038/s41467-017-01858-w PMID: 29187732

22. Hashimoto K, Hosoya M. Neutralizing epitopes nan RSV ak rezistans palivizumab nan Japon. Fukushima J Med Sci. 2017; 63(3):127–34. Epub 2017/09/05. https://doi.org/10.5387/fms.2017-09 PMID: 28867684; PubMed Santral PMCID: PMC5792496.

23. Sullender WM. Viris respiratwa syncytial divèsite jenetik ak antijenik. Clin Microbiol Rev 2000; 13 (1):1–15, tab matyè. Epub 2000/01/11. https://doi.org/10.1128/CMR.13.1.1 PMID: 10627488; PubMed Santral PMCID: PMC88930.

24. Chen X, Xu B, Guo J, Li C, An S, Zhou Y, et al. Varyasyon jenetik nan pwoteyin fizyon viris respiratwa sinsityal izole nan timoun ki entène lopital ak nemoni akeri nan kominote a nan peyi Lachin. Rapò syantifik. 2018; 8(1):4491. https://doi.org/10.1038/s41598-018-22826-4 PMID: 29540836

25. De Groot AS, Moise L, Terry F, Gutierrez AH, Hindocha P, Richard G, et al. Pi bon dekouvèt epitop, jeni iminitè presizyon, ak konsepsyon vaksen akselere lè l sèvi avèk zouti iminoenfòmatik. Avant Immunol. 2020; 11:442. Epub 23/04/2020. https://doi.org/10.3389/fimmu.2020.00442 PMID: 32318055; PubMed Santral PMCID: PMC7154102.

26. Gilman MS, Castellanos CA, Chen M, Ngwuta JO, Goodwin E, Moin SM, et al. Profilage rapid nan repètwa antikò RSV soti nan selil B memwa donatè adilt ki enfekte natirèlman. Sci Immunol. 2016; 1 (6). Epub 2017/01/24. https://doi.org/10.1126/sciimmunol.aaj1879 PMID: 28111638; PubMed Santral PMCID: PMC5244814.

27. Li L, De Groot AS, Gutierrez AH, Martin WD, Moise L, Bailey-Kellogg C. Evalyasyon entegre nan prevwa MHC obligatwa ak kwa-konsèvasyon ak pwòp tèt ou revele modèl nan kamouflaj viral. BMC Bioinformatics. 2014; 15 Suppl 4(Suppl 4):S1. Epub 2014/08/12. https://doi.org/10.1186/1471-2105-15-S4- S1 PMID: 25104221; PubMed Santral PMCID: PMC4094998.

28. Grenfell BT, Pybus OG, Gog JR, Wood JL, Daly JM, Mumford JA, et al. Inifye dinamik epidemyolojik ak evolisyonè patojèn yo. Syans. 2004; 303(5656):327–32. Epub 2004/01/17. https:// doi.org/10.1126/science.1090727 PMID: 14726583.

29. Smith DJ, Lapedes AS, de Jong JC, Bestebroer TM, Rimmelzwaan GF, Osterhaus AD, et al. Kat evolisyon antijenik ak jenetik viris grip la. Syans. 2004; 305(5682):371–6. Epub 2004/06/ 26. https://doi.org/10.1126/science.1097211 PMID: 15218094.

30. Bedford T, Suchard MA, Lemey P, Dudas G, Gregory V, Hay AJ, et al. Entegre dinamik antijenik grip ak evolisyon molekilè. eLife. 2014; 3:e01914. https://doi.org/10.7554/eLife.01914 PMID: 24497547

31. Korber B, LaBute M, Yusim K. Immunoinformatics vini nan laj. PLOS Biyoloji Konputasyonèl. 2006; 2(6):e71. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.0020071 PMID: 16846250

32. Reynisson B, Alvarez B, Paul S, Peters B, Nielsen M. NetMHCpan-4.1 ak NetMHCIIpan{-4.0: amelyore prediksyon nan prezantasyon antijèn MHC pa dekonvolusyon motif konkouran ak entegrasyon MS MHC eliye done ligand. Rechèch Asid Nukleik. 2020; 48(W1):W449–W54. https://doi.org/10.1093/nar/ gkaa379 PMID: 32406916

33. Gutie´rrez AH, Rapp-Gabrielson VJ, Terry FE, Loving CL, Moise L, Martin WD, et al. T-selil epitop kontni konparezon (EpiCC) nan pòsin H1 grip A viris hemaglutinin. Grip Lòt Viris Respir. 2017; 11(6):531–42. Epub 2017/10/21. https://doi.org/10.1111/irv.12513 PMID: 29054116; PubMed Santral PMCID: PMC5705686.

34. Russell CD, Unger SA, Walton M, Schwarze J. The Human Immune Response to Respiratory Syncytial Virus Infection. Clin Microbiol Rev 2017; 30(2):481–502. Epub 2017/02/10. https://doi.org/10.1128/ CMR.00090-16 PMID: 28179378; PubMed Santral PMCID: PMC5355638.

35. Woolthuis RG, van Dorp CH, Keşmir C, de Boer RJ, van Boven M. Adaptasyon alontèm nan viris grip A pa chape rekonesans cytotoxik T-selil. Rapò syantifik. 2016; 6(1):33334. https://doi. org/10.1038/srep33334 PMID: 27629812

36. Katzelnick LC, Fonville JM, Gromowski GD, Arriaga JB, Green A, James SL, et al. Viris deng gwoupe antijenik men pa kòm serotip disrè. Syans. 2015; 349(6254):1338–43. https://doi.org/10. 1126/science.aac5017 PMID: 26383952

37. Tuju J, Mackinnon MJ, Abdi AI, Karanja H, Musyoki JN, Warimwe GM, et al. Katografi antijenik nan repons iminitè a Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1 (PfEMP1). PLOS Patojèn. 2019; 15(7):e1007870. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1007870 PMID: 31260501

38. Liu J, Ruckwardt TJ, Chen M, Johnson TR, Graham BS. Karakterizasyon Viris Respiratwa Syncytial M- ak M2-Selil T CD4 Espesifik nan yon Modèl Murine. Jounal Viroloji. 2009; 83(10):4934–41. https:// doi.org/10.1128/JVI.02140-08 PMID: 19264776

39. Viboud C, Gnostic K, Nelson MI, Price GE, Perofsky A, Sun K, et al. Beyond esè klinik: Konsiderasyon evolisyonè ak epidemyoloji pou devlopman yon vaksen grip inivèsèl. PLOS Patojèn. 2020; 16(9):e1008583. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1008583 PMID: 32970783

40. Schaap-Johansen AL, Vujović M, Borch A, Hadrup SR, Marcatili P. T selil epitop prediksyon ak aplikasyon li nan imunoterapi. Avant Immunol. 2021; 12:712488. Epub 2021/10/05. https://doi.org/10. 3389/fimmu.2021.712488 PMID: 34603286; PubMed Santral PMCID: PMC8479193.

41. Mettu RR, Charles T, Landry SJ. CD4+ Prediksyon epitop selil T lè l sèvi avèk kontrent pwosesis antijèn. J Immunol Metòd. 2016; 432:72–81. Epub 2016/02/20. https://doi.org/10.1016/j.jim.2016.02.013 PMID: 26891811; PubMed Santral PMCID: PMC5321161.

42. Chen J, Qiu X, Avadhanula V, Shepard SS, Kim DK, Hixson J, et al. Nouvo ak sistèm jenotip extensible pou viris respiratwa sinsityal imen ki baze sou analiz sekans antye-genom. Grip Lòt Viris Respir. 2022; 16(3):492–500. https://doi.org/10.1111/irv.12936 PMID: 34894077

43. Shepard SS, Davis CT, Bahl J, Rivailler P, York IA, Donis RO. ETIKÈT: Devwa liy rapid ak egzat ak Evalyasyon emoglutinin grip H5N1 ak H9N2 A. PLOS YONN. 2014; 9(1): e86921. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0086921 PMID: 24466291

44. Òganizasyon UNbtWH. Estatistik Sante Mondyal 2011 2011.

45. Rozewicki J, Li S, Amada KM, Standley DM, Katoh K. MAFFT-DASH: sekans pwoteyin entegre ak aliyman estriktirèl. Rechèch Asid Nukleik. 2019; 47(W1):W5–W10. https://doi.org/10.1093/nar/ gkz342 PMID: 31062021

46. ​​Rice P, Longden I, Bleasby A. EMBOSS: Ewopeyen an Biyoloji Molekilè Open Software Suite. Tandans Genet. 2000; 16(6):276–7. Epub 2000/05/29. https://doi.org/10.1016/s0168-9525(00)02024-2 PMID: 10827456.

47. Whitehead SS, Hill MG, Firestone CY, St Claire M, Elkins WR, Murphy BR, et al. Ranplasman pwoteyin F ak G nan sougwoup A sou viris respiratwa syncytial (RSV) ak sa yo ki nan sougwoup B jenere kandida vaksen VRS sougwoup B ki atenue vivan chimerik. J Virol. 1999; 73(12):9773–80. Epub 1999/ 11/13. https://doi.org/10.1128/JVI.73.12.9773-9780.1999 PMID: 10559287; PubMed Santral PMCID: PMC113024.

48. Stamatakis A. RAxML vèsyon 8: yon zouti pou analiz filojenetik ak apre analiz de gwo filojeni. Bioenfòmatik. 2014; 30(9):1312–3. Epub 2014/01/24. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu033 PMID: 24451623; PubMed Santral PMCID: PMC3998144.

49. Sagulenko P, Puller V, Neher RA. TreeTime: Analiz filodinamik maksimòm chans. Evolisyon viris. 2018; 4(1). https://doi.org/10.1093/ve/vex042 PMID: 29340210

50. Yu G, Smith DK, Zhu H, Guan Y, Lam TT-Y. dakò sou yon pake r pou vizyalizasyon ak anotasyon nan pye bwa filojenetik ak kovarye yo ak lòt done ki asosye yo. Metòd nan Ekoloji ak Evolisyon. 2017; 8(1):28–36. https://doi.org/10.1111/2041-210X.12628

51. Southwood S, Sidney J, Kondo A, del Guercio MF, Appella E, Hoffman S, et al. Plizyè kalite HLADR komen pataje repètwa obligatwa peptide lajman sipèpoze. J Immunol. 1998; 160(7):3363–73. Epub 1998/04/08. PMID: 9531296.

52. Sette A, Sidney J. Nèf gwo sipètip HLA klas I reprezante gwo preponderans polimòfis HLA-A ak -B. Imunogenetics. 1999; 50(3–4):201–12. Epub 1999/12/22. https://doi.org/10.1007/ s002510050594 PMID: 10602880.

53. UniProt: baz konesans inivèsèl pwoteyin nan 2021. Nucleic Acids Res. 2021; 49(D1): D480–d9. Epub 2020/11/26. https://doi.org/10.1093/nar/gkaa1100 PMID: 33237286; PubMed Santral PMCID: PMC7778908.

54. Moise L, Gutierrez A, Kibria F, Martin R, Tassone R, Liu R, et al. iVAX: Yon zouti entegre pou seleksyon ak optimize antijèn ak konsepsyon vaksen epitop yo. Vaksen Imèn ak Imunoterapi. 2015; 11(9):2312–21. https://doi.org/10.1080/21645515.2015.1061159 PMID: 26155959

55. Zhu Q, McLellan JS, Kallewaard NL, Ulbrandt ND, Palaszynski S, Zhang J, et al. Yon antikò mwatye lavi pwolonje ki trè pisan kòm yon ranplasan potansyèl vaksen RSV pou tout tibebe. Sci Transl Med. 2017; 9 (388). Epub 2017/05/05. https://doi.org/10.1126/scitranslmed.aaj1928 PMID: 28469033.

56. McLellan JS, Yang Y, Graham BS, Kwong PD. Èstrikti respiratwa syncytial viris fizyon glycoprotein nan konfòmasyon postfusion revele prezèvasyon netralize epitopes. J Virol. 2011; 85 (15):7788–96. Epub 2011/05/27. https://doi.org/10.1128/JVI.00555-11 PMID: 21613394; PubMed Santral PMCID: PMC3147929.

57. Karosiene E, Lundegaard C, Lund O, Nielsen M. NetMHCcons: yon metòd konsansis pou pi gwo histocompatibility konplèks klas mwen prediksyon. Imunogenetics. 2012; 64(3):177–86. https://doi.org/10. 1007/s00251-011-0579-8 PMID: 22009319

58. GOWER JC. Gen kèk pwopriyete distans nan rasin inaktif ak metòd vektè yo itilize nan analiz miltivarye. Byometrika. 1966; 53(3–4):325–38. https://doi.org/10.1093/biomet/53.3–4.325

59. Sa´nchez J. MARDIA KV, JT KENT JM BIBBY: Multivariate Analysis. Academic Press, LondonNew York-Toronto-Sydney-San Francisco 1979. xv, 518 pp., $ 61.00. Byometrik jounal. 1982;24 (5):502-. https://doi.org/10.1002/bimj.4710240520.

60. Charrad M, Ghazzali N, Boiteau V, Niknafs A. NbClust: An R Package for Determining the Relevant Number of Clusters in a Data Set. Jounal nan lojisyèl estatistik. 2014; 61(6):1–36. https://doi.org/10. 18637/jss.v061.i06

61. de Leeuw J, Mair P. Echèl miltidimansyonèl lè l sèvi avèk majorizasyon: SMACOF nan R. Journal of Statistical Software. 2009; 31(3):1–30. https://doi.org/10.18637/jss.v031.i03