ADN methylome ak transcriptom idantifye jèn kle ak chemen ki enplike nan fòmasyon koki ze tachete nan poul ponn ki aje.

Résumé

Jan nou koumanse

Bon jan kalite a nan kokiy ze bèt volay se pre relasyon ak rentabilité nan pwodiksyon ze. Eggshell speckles reflete yon karakteristik kalite enpòtan ki enfliyanse aparans ze ak preferans kliyan yo. Sepandan, mekanis nan fòmasyon tachte rete mal konprann. Nan etid sa a, nou te konpare sistematikman iminitè serom ak endis antioksidan nan poul ponn ze takte ak nòmal. Analiz transcriptome ak methylome yo te itilize pou elicide mekanis fòmasyon speckle ze.

benefis cistanche pou gason-ranfòse sistèm iminitè

Klike la a pou w wè pwodwi Cistanche Enhance Immunity

【Mande plis】 Imèl:cindy.xue@wecistanche.com / Whats App: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692

Rezilta yo

Rezilta yo te montre ke sèt jèn ki eksprime diferans (DEG) yo te idantifye ant gwoup nòmal ak tachte. Gene set enrichment analysis (GSEA) te revele ke jèn yo eksprime yo te sitou anrichi nan chemen siyal kalsyòm, adezyon fokal, ak chemen siyal MAPK. Anplis de sa, yo te detekte 282 jèn diferan methylated (DMGs), ki gen 15 jèn ki asosye ak aje, ki gen ladan ARNTL, CAV1, ak GCLC. Analiz chemen yo te montre ke DMG yo te asosye ak iminite selil T medyatè, repons a estrès oksidatif, ak repons selilè nan estimilis domaj ADN. Analiz entegre transcriptom ak done methylation ADN te idantifye BFSP2 kòm sèl jèn ki sipèpoze, ki te eksprime nan nivo ki ba ak ipometilasyon nan gwoup la tachte.

Konklizyon

An jeneral, rezilta sa yo endike ke jèn ak chemen ki gen rapò ak aje ak iminitè jwe yon wòl enpòtan nan fòmasyon koki ze tachte, bay enfòmasyon itil pou amelyore kalite ze.

cistanche tubulosa-amelyore sistèm iminitè

Mo kle

Ponn poul, ze tachete, transcriptom, metilation ADN, iminite

Jan nou koumanse

Ze bèt volay yo se youn nan sous pwoteyin ki pi enpòtan, ak pri relativman ba yo fè yo popilè nan mitan konsomatè yo. Pandan kat dènye deseni ki sot pase yo, pwodiksyon ze te amelyore konsiderableman akòz devlopman elve ze espesyalize ak seleksyon jenetik, ak objektif "Manje poul ponn jiska 100 semèn pou pwodui 500 ze" [ 1, 2]. Sepandan, atenn objektif sa a te limite pa tikal pa tikal bès nan bon jan kalite ze ak fizyoloji ki asosye ak aje poul, sa ki lakòz ogmante pwa koki ze, pi lejè koulè koki ze, ak kokiy ze tachte [3]. Tachte wouj-mawon an, yon karakteristik enpòtan bon jan kalite koki ze, souvan parèt sou fen a bouche nan koki ze mawon an, konsiderableman afekte aparans ze ak preferans kliyan yo. Yo evalye degre nan takte koki ze ak yon metòd ki fè nòt. Tach yo ka bay nòt selon entansite pigman, distribisyon, ak gwosè tach [4]. Anplis, eritabilite nan koki ze takte varye ant 0.15-0.2, ki endike detèminasyon jenetik [5]. Anplis de sa, yon etid anvan te endike ke poul ki gen laj yo gen yon pi gwo pousantaj nan kokiy takte pase pi piti poul, rive 20% apre 60 semèn ki gen laj [6]. Glann koki ze a se yon ògàn fòmasyon ze ki jwe yon wòl enpòtan nan estrikti koki ze ak fòmasyon koulè. Pandan fòmasyon ze a, jònze a vwayaje atravè enfondibul, magnum, ak istm epi li rive nan glann koki ze a, ki sekrete yon gwo kantite kalsyòm, pigman, kutikul, ak lòt sibstans, ki fòme yon estrikti koki ze konplè ak yon kutikul ekstèn [7–9. ]. Nenpòt modifikasyon oswa domaj nan glann koki ze afekte fòmasyon estrikti koki ze ak pigmantasyon [10-12]. Methylation ADN se youn nan premye chemen modifikasyon li te ye e li enplike transfè gwoup methyl yo nan senkyèm sit kabòn cytosine pou fòme 5-methylcytosine [13]. Metilasyon ADN jwe yon wòl enpòtan nan pwosesis aje bèt yo, reglemante ekspresyon jèn ki gen rapò ak laj ak etyoloji maladi newolojik, iminolojik ak metabolik [14-17]. Anplis de sa, metilation ADN konbine avèk faktè anviwònman an ka lakòz diferan fenotip pandan aje [18]. Plizyè fenotip bèt konplèks yo te lye nan metilation ADN [19, 20]. Dènyèman, sekans RNA (RNA-seq) te itil nan revele jèn yo ak chemen ki kache nan nivo transkripsyon [21-24], tankou devlopman misk anbriyon, efikasite manje, ak gwosè fatra. Etid anvan nou an te montre ke, byenke ensidan an nan kokiy ze takte pa afekte pèfòmans nan poul ponn (done ki pa pibliye), takte ka afekte aparans nan ze ak diminye valè ekonomik yo konsiderableman. Anplis, mekanis molekilè fòmasyon ze takte yo mal konprann. Se poutèt sa, etid sa a te vize pou elicide mekanis nan fòmasyon koki ze tachte lè l sèvi avèk teknik transcriptomic ak ADN methylation. Piske koki ze takte yo eritye ak ki gen rapò ak laj, nou te itilize yon konbinezon analiz transcriptomic ak metilation ADN pou eksplore jèn kle yo ak chemen ki enplike nan fòmasyon koki ze takte. Yo prevwa ke rezilta etid sa a pral amelyore konpreyansyon yo genyen sou mekanis molekilè fòmasyon karakteristik koki ze, ki ta itil pou elvaj bèt.

Fig. 1 Ze nòmal ak ze takte ki soti nan poul ponn ki gen laj. A ze nòmal, B ze mouche

Tablo 1 Paramèt byochimik serom nan gwoup nòmal ak tachte

Rezilta yo

Paramèt byochimik serom

A typical egg and speckled egg are shown in Fig. 1. Serum antioxidant and immune indices were measured to determine the physiological status of the laying hens. Serum biochemical parameters are listed in Table 1. Serum levels of immunoglobulin G (IgG) and immunoglobulin A (IgA) are common indicators of humoral immune function. Birds in the normal group had a higher (p = 0.028) IgA content than those in the speckle group. Superoxide dismutase (SOD), catalase (CAT), total antioxidant capacity (T-AOC), glutathione (GSH), and glutathione peroxidase (GSH-PX) are important antioxidant enzymes in the body. MDA is one of the products formed by the reaction of lipids with oxygen radicals, and its content represents the degree of lipid peroxidation. These indices are important in evaluating the oxidative stress process. However, there were no differences (p >0.05) nan paramèt antioksidan ant gwoup nòmal ak tachte.

Pwofil transcriptom nan glann koki ze a

Sis bibliyotèk cDNA yo te konstwi soti nan gwoup yo tachte ak nòmal. Apre kontwòl kalite, yon total de 615,170,158 lekti anvan tout koreksyon ak 604,275,600 lekti pwòp yo te jwenn (98.22% nan lekti yo anvan tout koreksyon). Apre aliyman lè l sèvi avèk lojisyèl HISAT2, pousantaj kat la te 90.75-93.18%, ak pousantaj kat inik nan tout echantiyon yo te pi gran pase 73.47% (Tablo Siplemantè S3). Nivo ekspresyon jèn yo ilistre lè l sèvi avèk yon kat chalè gwoup ak analiz prensipal eleman (PCA). Pa te gen okenn diferans enpòtan nan pwofil ekspresyon jèn nan echantiyon ki soti nan gwoup yo tachte ak nòmal, kòm echantiyon yo pa t 'fòme grap diferan (Fig. 2A, B). Yo te idantifye yon total sèt jèn diferan eksprime (DEG) ant gwoup nòmal ak gwoup tachte (p<0.05, |log2 Fold Change|>1), ki gen ladan de jèn regilasyon ak senk downregulated (Tablo 2). Analiz anrichisman seri jenetik (GSEA) te montre ke jèn yo eksprime yo te siyifikativman anrichi kat chemen (Tablo Siplemantè S4). Nòt nòmal anrichisman negatif (NES) te endike nivo ekspresyon ki pi ba pou kèk chemen nan gwoup nòmal la konpare ak sa yo ki nan gwoup tachte a, ak chemen siyal kalsyòm, entèraksyon neuroaktif ligand-reseptè, adezyon fokal, ak chemen siyal MAPK ki se chemen ki gen la. pi ba ekspresyon (figi 2C). Tree DEGs (BFSP2, IQSEC, TMOD4) idantifye pa RNA-seq yo te verifye lè l sèvi avèk quantitative PCR an tan reyèl (qRT-PCR). Yon ekspresyon ki sanble nan twa jèn yo te evidan lè l sèvi avèk RNA-Seq ak qRT-PCR, ak koyefisyan detèminasyon an (R2) te rive nan 0.93 (Fig. 2D), ki endike ke done yo RNA-seq yo te serye.

Tablo 2 Jèn ki eksprime diferan (DEG) ant poul ki te ponn tachte ak ze nòmal

Fig. 2 Pwofil transcriptome glann koki ze a. A Heatmap nan nivo ekspresyon jèn yo, B Analiz prensipal eleman tout jèn lè l sèvi avèk valè ekspresyon nòmalize DEseq2, C Twa seri jèn reprezantan ki soti nan rezilta analiz anrichisman seri jèn yo, D Rezilta verifikasyon qPCR jèn yo eksprime diferan.

Pwofil metilation ADN nan glann koki ze a

A total of 564,415,302 and 581,414,308 clean reads were obtained from the speckle and normal groups, respectively, after quality control (Supplementary Table S5), of which 73–78% were uniquely mapped to the converted chicken reference genome (GRCg6a). The cytosine (C) methylation rate of the six eggshell gland samples was approximately 3.4%, and the cytosine site methylation of CpG ranged from 55.5–to 63.9% in the two groups. The cytosine site methylation of CHH and CHG (H represents A, C, or T) was detected at a low proportion (0.3–0.4%) (Supplementary Table S5). Pearson correlation analysis of the CpG bases suggested that all samples were highly correlated (r>{{0}}.89) (Fig. 3A). PCA te montre ke echantiyon ki soti nan de gwoup yo pa t 'siyifikativman diferan, menm jan yo pa t' fòme grap separe (Fig. 3B). Pa te gen okenn diferans enpòtan nan nivo metilasyon CG, CHG, ak CHH ant de gwoup yo (figi 3C). Sepandan, gwoup speckle a te montre yon pi wo nivo methylation CG pase gwoup nòmal la. Te repete ak rejyon ekson yo te montre pi wo nivo CG methylation, tandiske rejyon 5′ UTR la te gen pi ba nivo methylation CG (figi 3D). Yo te idantifye yon total de 2788 rejyon diferan methylated (DMRs) ant gwoup nòmal ak tachte. DMR yo te sitou sitiye nan entron yo (47.45%), ki te swiv pa rejyon an entèjenik (36.05%), ekson (8.29%), pwomotè (5.95%), 3′-UTR (1.18%), ak 5′-UTR ( 0.97%) rejyon yo (figi 4). Anplis de sa, yo te idantifye 282 jèn diferan methylated (DMG), ki gen ladan 172 jèn ipèmetil ak 74 ipometilasyon nan rejyon pwomotè a. Anplis, 36 DMG yo te jwenn nan kò jèn yo, ki gen ladan 30 jèn ipèmetil ak sis jèn ipometilasyon. Nou konvèti DMG yo nan ortholog imen yo epi nou jwenn 158 senbòl jèn ki te telechaje nan Metascape pou anotasyon fonksyonèl, ontoloji jèn (GO), ak analiz chemen. Jèn yo te rich nan 176 pwosesis byolojik GO, ki gen ladan règleman repons selilè a estimilis faktè kwasans ak iminite selil T medyatè, repons a estrès oksidatif, ak repons selilè a estimilis domaj ADN.

Fig. 3 Nivo metilasyon an jeneral nan poul yo ponn tachte ak ze nòmal. Yon analiz korelasyon nivo metilation ant echantiyon ki soti nan de gwoup yo. B Analiz eleman prensipal nivo metilation tout echantiyon yo. C Istogram nivo metilasyon sit sitozin nan de gwoup yo. D Tablo liy nivo metilation diferan rejyon jenomik yo. Rejyon jenomik chak jèn yo te divize an 20 bin; Lè sa a, te fè mwayèn nivo metilasyon sit sitozin nan rejyon fonksyonèl korespondan tout jèn yo.

Fig. 4 Istogram nan anotasyon nan rejyon diferansyèlman methylated (DMRs) nan rejyon fonksyonèl jenomik

Fig. 5 A GO tèm DMG yo. B Relasyon ant ekspresyon jèn ak nivo metilation ADN nan gwoup speckle a. C Relasyon ant ekspresyon jèn ak nivo metilation ADN nan gwoup nòmal. D Venn dyagram nan sipèpoze jèn ant DEG ak DMG

Analiz chemen te montre ke jèn yo te rich nan 19 Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) chemen, ki gen ladan degradasyon RNA, règleman medyatè enflamatwa nan chanèl TRP, ak chemen an siyal TNF. Anplis, yo te detekte 25 seri jèn, ki gen ladan siyal Rho GTPase, sik RHO GTPase, ak sik CDC42 GTPase. Top 20 grap ontoloji anrichi yo montre nan Fig. 5A. Pami 158 jèn omològ imen yo, 15 te gen rapò ak aje oswa lonjevite (Tablo Siplemantè S6). Yon analiz entegre nan sekans bisulfite antye-genom (WGBS) ak done RNA-seq yo te fèt pou detèmine relasyon ki genyen ant metilation ADN ak nivo ekspresyon jèn yo (Fig. 5B ak C). Te gen yon korelasyon negatif ant metilation ADN ak nivo ekspresyon jèn en nan sit la kòmanse transcription (TSS) ak en nan sit la revokasyon transcription (TTS); sepandan, pa te gen okenn korelasyon ant metilation ADN ak nivo ekspresyon jèn nan kò jèn la. Dyagram Venn la te montre ke BFSP2 te sèl jèn sipèpoze ant DMG ak DEG (Fig. 5D).

Diskisyon

Etid sou plizyè ane yo montre ke fòmasyon nan takte sou koki ze se eritye, ak poul ponn ki gen laj pwodui yon pi gwo pousantaj nan koki ze tachte pase pi piti poul [6]. Aje nan poul ponn souvan akonpaye pa enflamasyon kwonik ak estrès oksidatif [25, 26]. Paramèt san bèt yo reflete estati fizyolojik ak nitrisyonèl yo. SOD, GSH-PX, GSH, CAT, ak T-AOC se eleman nan sistèm defans antioksidan. Rezilta yo nan etid la prezan endike ke pa te gen okenn diferans enpòtan nan kapasite nan antioksidan nan poul ki gen laj ant tachte yo ak gwoup nòmal, ki se kontrè ak rezilta yo nan Moreno ak Osorno [27]. Moreno rapòte ke zwazo k ap ponn ze ak kokiy takte ka soufri estrès fizyolojik akòz fonksyon pro-oksidan nan eleman prensipal la tachte epi yo gen yon pi wo tolerans nan estrès oksidatif [28]. Diferans ki genyen nan rezilta yo ta ka atribiye a diferan espès yo itilize nan etid yo.

cistanche tubulosa-amelyore sistèm iminitè

Imunoglobulin yo se pwoteyin ki enplike nan pwosesis anti-enflamatwa epi jwe wòl regilasyon nan reyaksyon enflamatwa [29]. Yon etid anvan te montre ke zwazo Blue Tit ki tap ponn ze takte montre nivo iminoglobulin total ki ba [30]. Menm jan an tou, rezilta etid la te montre ke zwazo ki nan gwoup speckle a te gen yon nivo serik IgA ki pi ba anpil konpare ak sa yo ki nan gwoup nòmal la, ki endike ke poul nan gwoup speckle a ka gen yon pi ba kapasite anti-enflamatwa, ki konsistan avèk la. konklizyon Martínez ak Merino [30]. IgA, kòm youn nan endikatè enpòtan nan evalye fonksyon iminitè umoral bèt volay, gen fonksyon antiviral, anti-bakteri, ak antitoksin [31]. Etid yo montre ke sipleman dyetetik nan ledven -glucan ka ogmante kontni an IgA serik. Ogmantasyon kontni IgA a ka ogmante kapasite yon moun nan kenbe omeyostazi iminitè, ki mennen nan benefis sante posib [32]. Etid yo montre tou ke lè poul ponn gen laj, rezistans yo nan patojèn ekstèn diminye [33]. Lè patojèn antre nan kò a nan poul ponn ki gen laj, sistèm defans mukoz la nan tisi oviduk yo ka domaje akòz diminisyon koncomitan nan iminite [34]. Sepandan, yon nivo ki pi wo nan IgA ka ogmante kapasite kò a pou kenbe omeyostazi iminitè a, anpeche envazyon patojèn nan tisi submucosal nan oviduk la, kidonk kenbe bon jan kalite koki ze. Anplis de sa, analiz RNA-seq te idantifye sèt DEG ant speckle ak gwoup nòmal yo, ki gen ladan IQSEC3, BFSP2, TMOD4, LOC112530987, GABRA2, TRIQK, ak yon pseudogene. IQSEC3, yon manm nan fanmi Brefeldin A-rezistan ARF guanine nukleotide echanj faktè (GEFs) [35, 36], ankouraje devlopman nan sinaps inhibitory pa obligatwa ak gephyrin [37]. IQSEC3 fonksyonèl enpòtan pou kenbe aktivite rezo an vivo. Knockdown IQSEC3 nan gyrus dante ipokanp lan nan wonjè diminye dansite sinaps GABAèjik ak ogmante sansibilite a kriz grav [38]. Sepandan, pa gen okenn etid sou fonksyon IQSEC3 nan bèt volay.

Gamma-aminobutyric acid (GABA) se prensipal nerotransmetè inhibitor nan sistèm nève santral la nan vètebre [39] epi li ka chanje estrikti a nan reseptè a ak pèmeyabilite iyon nan reseptè ki koresponn lan [40]. GABA ka aji dirèkteman sou selil misk lis tubulaires atravè GABAA-R oswa GABAB-R, ki sitiye sou miray la tib tronp epi patisipe nan reglemante kontraktilite tubulaires nan lapen [39], imen [41], ak rat [42]. Etid yo montre ke GABRA1 jwe yon wòl enpòtan nan pwodiksyon ze. Nivo ekspresyon segondè nan GABRA1 ka anpeche pwopagasyon selil granuloz, amelyore apoptoz selil, ak anpeche sentèz ak sekresyon pwojestewòn, sa ki lakòz pwodiksyon ze redwi [43-45]. Ritm ponn ze poul ponn se yon pwosesis neuromodulatory [46, 47]. Dapre rezilta sa yo, nou espekile ke gen yon relasyon sibtil ant fòmasyon ze tachte ak sistèm nève a, byenke lyen egzak la mande plis envestigasyon.

TMOD4, yon manm nan yon fanmi pwoteyin ki kouvri pwent pwenti filaman aktin [48], eksprime nan misk skelèt ak kè a [49, 50]. Etid yo te rapòte ke TMOD4 prezan nan lantiy poul adilt, eritrosit, ak fib misk skelèt rapid-kontraksyon [51]. Yo jwenn TMOD4 pou patisipe nan asanble myofibril, kontraksyon misk, ak diferansyasyon [52-54]. Kontraksyon nan misk oviduk la fè ze a vire nan matris la, sa ki pèmèt pigman yo dwe egalman depoze sou sifas la kokiy. Nou espekile ke fòmasyon nan ze takte ka gen rapò ak kontraksyon nan misk oviduct, men plis rechèch ki nesesè. GSEA te itilize pou analize fonksyon byolojik tout jèn ki eksprime pou evite pèt kèk seri jèn enteresan atravè estrateji koupe-gratis. Te eksprime jèn yo sitou anrichi nan chemen siyal kalsyòm, adezyon fokal, chemen siyal MAPK, ak entèraksyon neuroaktif ligand-reseptè. Yo te rapòte ke nan pwosesis la nan mineralizasyon kokiy ze, jèn ki gen rapò ak chemen an siyal kalsyòm yo patisipe nan absòpsyon nan iyon kalsyòm ak kabonat ki soti nan san an epi yo transpòte nan likid la matris atravè selil epitelyal yo nan oviduct la yo patisipe nan koki ze. mineralizasyon [46, 55]. Lè iyon kalsyòm ak kabonat yo kontinye mineralize nan koki ze a, ze a wotasyon kontinyèlman nan matris la, epi pigman koki ze a, protoporphyrin-IX, ka depoze yon fason inifòm sou sifas koki ze a [56]. Nou espekile ke diferans ki genyen nan rezèv la nan kabonat ak iyon kalsyòm ant de gwoup yo ta ka mennen nan distribisyon an inegal nan pigman nan pwosesis la depo sou sifas la koki ze, sa ki lakòz takte koki ze.

cistanche tubulosa-amelyore sistèm iminitè

Adezyon fokal yo se estrikti makromolekilè ki fòme koneksyon mekanik ant sitoskelèt aktin entraselilè ak eleman matris ekstraselilè [57]. Li te montre ke adezyon fokal jwe yon wòl enpòtan anpil nan kenbe mòfoloji a ak fonksyon nan oviduct nan krapo mawon Chinwa [58], pandan y ap adezyon fokal yo te patisipe tou nan mekanis nan diferans pwodiksyon ze nan Jinghai Yellow poul ak Nandan-Yao. poul domestik [59, 60]. Nan etid aktyèl la, adezyon fokal yo te enplike nan fòmasyon nan tach kal ze, men mekanis espesifik patisipasyon an toujou mande pou plis envestigasyon. Chemen MAPK a gen twa manm enpòtan: p38 mitogen-aktive pwoteyin kinaz (p38 MAPK), Jun N-terminal kinaz (JNK), ak kinaz repons ekstraselilè (ERK), ki ansanm kontwole kwasans selil, diferansyasyon, apoptoz, enflamasyon, ak lòt. repons fizyolojik enpòtan [61]. Yo montre chemen ERK 1/2 MAPK a jwe yon wòl enpòtan nan kwasans, devlopman, ak diferansyasyon oviduct ak matris [62]. Wang et al. te itilize Vanadyòm pou pwovoke kwasans selil epitelyal oviduk yo epi li te jwenn ke manm fanmi MAPK yo te aktive, ki mennen nan estrès oksidatif nan oviduct la, aktivite selil redwi, ak apoptoz selil [63]. Nan etid aktyèl la, nou te jwenn ke chemen siyal MAPK nan gwoup la takte te anpil anrichi, ak Se poutèt sa espekile ke poul yo te ponn ze takte ta ka gen kèk estrès, ak kèk enpak sou oviduct la. Entèraksyon neuroaktif ligand-reseptè yo gen rapò ak sentèz òmòn esteroyid nan gonad yo. Yo jwe yon wòl esansyèl nan règleman pwodiksyon ze ak fonksyon ovè nan bèt volay [59, 64]. Jèn ki eksprime diferan, GABRA2, tou fè pati chemen entèraksyon neuroaktif ligand-reseptè a. Depi takte kokiy parèt kòm yon rezilta nan pwodiksyon ze, ak pwodiksyon ze se yon pwosesis ritm, anrichisman sibstansyèl nan entèraksyon neuroaktif ligand-reseptè nan gwoup la takte mennen nou espekile ke ka gen diferans nan pèfòmans pwodiksyon ze ant poul ponn ze mouche. ak poul ponn ze nòmal, men sa mande plis eksplorasyon.

Faktè anviwònman yo ka afekte ekspresyon jèn atravè modifikasyon epigenetik. Konbinezon modifikasyon jenetik ak epigenetik ta ka itil nan eksplike mekanis fòmasyon karakteristik konplèks [19, 65]. Relasyon ki genyen ant metilation ADN nan tout genòm ak ekspresyon jèn yo te etidye pou ane [66, 67]. Anjeneral, metilation ADN reprime ekspresyon jèn [68]. Rezilta yo nan etid la prezan yo ki konsistan avèk konklizyon anvan yo ke nivo ekspresyon jèn ki wo yo asosye ak methylasyon ADN ki ba nan rejyon pwomotè a [67, 68]. Sepandan, pa gen okenn tandans evidan yo te obsève nan rejyon an kò jèn, ki ka paske modèl ekspresyon jèn yo tou reglemante pa lòt faktè [69, 70]. Analiz anrichisman fonksyonèl te revele ke DMG yo te sitou anrichi nan iminite selil T, repons a estrès oksidatif, ak repons selilè a stimuli domaj ADN, ak pi fò nan chemen yo asosye ak aje [71-73]. Lòt jèn ki gen rapò ak aje yo te idantifye tou, tankou GCLC [74], CAV1 [75], ak LYN [76]. Yon konbinezon de transcriptome ak done methylation ADN te montre ke BFSP2 te sèl jèn ki sipèpoze epi li te eksprime siyifikativman nan tou de methylation ADN ak nivo transcriptomic. BFSP2 te hypomethylated ak nivo ekspresyon li yo te ba nan gwoup la speckle, sijere ekspresyon jèn yo reglemante pa lòt faktè transkripsyon anplis modifikasyon methylation. Anplis, BFSP2 te idantifye kòm yon jèn kandida nan katarak konjenital otosomal-dominan [77] ak maladi katarak pwogresif [78]. Malgre ke li te montre ke BFSP2 gen rapò ak devlopman je nan poul [79], etid sou lòt fonksyon nan poul yo limite. Se poutèt sa, plis etid yo nesesè pou elicide wòl li nan fòmasyon koki ze tachte.

benefis cistanche pou gason-ranfòse sistèm iminitè

Konklizyon

An konklizyon, endis iminitè serik yo endike ke kontni an IgA nan gwoup la takte te sibstansyèlman pi ba pase sa yo ki nan gwoup la nòmal, epi nou espekile ke yon fonksyon iminitè diminye se byen korelasyon ak fòmasyon ze speckle. Analiz transcriptome te detekte sèt DEG ant gwoup takte ak gwoup nòmal, yo te idantifye IQSEC3, GABRA2, ak BFSP2 kòm jèn ki kapab enpòtan ki asosye ak fòmasyon ze takte. Analiz metilation ADN te idantifye DMG ki asosye ak iminite selil T, repons a estrès oksidatif, ak repons selilè nan estimilis domaj ADN. Nan 282 DMG yo idantifye, 15 te asosye ak aje. Analiz entegratif transcriptom ak metilation ADN te revele ke sèl jèn sipèpoze a te BFSP2, ki te apèn etidye nan poul. Done yo prezante isit la sijere ke chemen iminitè ak aje poul ponn yo ka kontribye nan fòmasyon koki ze takte, amelyore konpreyansyon nou sou mekanis jenerasyon ze tachte.

Referans

1. Bain MM, Nys Y, Dunn IC. Ogmante pèsistans nan ponn ak estabilize bon jan kalite ze nan sik ki pi long. Ki defi yo? Br Poult Sci. 2016;57(3):330–8.

2. Pottgüter R. Manje poul ponn jiska 100 semèn ki gen laj. Lohmann Inf. 2016;50:18–21.

3. Molnar A, Maertens L, Ampe B, Buyse J, Kempen I, Zoons J, Delezie E. Chanjman nan karakteristik kalite ze pandan dènye faz pwodiksyon an: èske gen potansyèl pou yon sik ponn pwolonje? Br Poult Sci. 2016;57(6):842–7.

4. Gosler AG, Higham JP, James Reynolds S. Poukisa ze zwazo yo takte? Ekol Lett. 2005;8(10):1105–13.

5. Arango J, Settar P, Arthur J, O'Sullivan N. Relasyon ant koulè koki ak ensidans tachte nan liy ze mawon. Nan: Proc XIIth Ewopeyen Poultry Conference: 2006. 2006. p. 10–4.

6. Cheng X, Fan C, Ning Z. Kalite ze freckle ak faktè enfliyanman li yo. Chinwa Poult Sci. 2019;41(19):6–9 (An Chinwa).

7. Hincke MT, Nys Y, Gautron J, Mann K, Rodriguez-Navarro AB, McKee MD. Koki ze a: estrikti, konpozisyon ak mineralizasyon. Avant Biosci (Landmark Ed). 2012;17(4):1266–80.

8. Samiullah S, Roberts JR, Chousalkar K. Koulè kokiy nan mawon-ze poul ponn - yon revizyon. Poult Sci. 2015;94(10):2566–75.

9. Wilson PW, Suther CS, Bain MM, Icken W, Jones A, Quinlan-Pluck F, Olori V, Gautron J, Dunn IC. Konprann fòmasyon kutikul ze avyè nan oviduk la: yon etid sou orijin li yo ak depo. Biol Reprod. 2017;97(1):39–49.

10 Zhu M, Li H, Miao L, Li L, Dong X, Zou X. Dyetetik klori Kadmyòm afekte byomineralizasyon koki pa deranje metabolis glann ze nan ponn poul. J Anim Sci. 2020;98(2):skaa025.

11. Qi X, Tan D, Wu C, Tang C, Li T, Han X, Wang J, Liu C, Li R, Wang J. Deteryorasyon nan bon jan kalite koki ze nan ponn poul eksperimantal enfekte ak viris grip avyè H9N2. Vet Res. 2016;47:35.

12. Wang J, Yuan Z, Zhang K, Ding X, Bai S, Zeng Q, Peng H, Celi P. Epigallocatechin-3-galat pwoteje depigmantasyon koki ze pwovoke vanadyòm atravè P38MAPK-Nrf2/HO-1 chemen siyal nan poul ponn. Poult Sci. 2018;97(9):3109–18.

13. Avery OT, Macleod CM, McCarty M. Etid sou nati chimik sibstans ki pwovoke transfòmasyon kalite nemokok: endiksyon transfòmasyon pa yon fraksyon asid desoxyribonukleik izole nan nemokok tip Iii. J Exp Med. 1944;79(2):137–58.

14. Kochmanski J, Marchlewicz EH, Cavalcante RG, Sartor MA, Dolinoy DC. Methylation ADN epigenom ki gen rapò ak laj ak idroksimetilasyon nan san sourit longitudinal. Epigenetik. 2018;13(7):779–92.

15. Zhang X, Hu M, Lyu X, Li C, Thannickal VJ, Sanders YY. Metilasyon ADN kontwole ekspresyon jèn nan fibwoz ògàn. Biochim Biophys Acta Mol Baz Dis. 2017;1863(9):2389–97.

16. Ehrlich M. ADN hypermethylation nan maladi: mekanis ak enpòtans klinik. Epigenetik. 2019;14(12):1141–63.

17. Ling C, Ronn T. Epigenetics nan obezite imen ak dyabèt tip 2. Selil Metab. 2019;29(5):1028–44.

18. Kaminen-Ahola N, Ahola A, Maga M, Mallett KA, Fahey P, Cox TC, Whitelaw E, Chong S. Konsomasyon etanòl matènèl chanje epigenotip ak fenotip pitit nan yon modèl sourit. PLoS Genet. 2010;6(1):e1000811.

19 Tan X, Liu R, Xing S, Zhang Y, Li Q, Zheng M, Zhao G, Wen J. Genome-Wide Deteksyon nan jèn kle ak makè epigenetik pou fwa gra poul. Int J Mol Sci. 2020;21(5):1800.

20. Hwang JH, An SM, Kwon S, Park DH, Kim TW, Kang DG, Yu GE, Kim IS, Park HC, Ha J, et al. Modèl metilation ADN ak ekspresyon jèn ki asosye ak gwosè fatra nan plasenta kochon Berkshire. PLoS YONN. 2017;12(9):e0184539.

21. Yu C, Qiu M, Zhang Z, Song X, Du H, Peng H, Li Q, Yang L, Xiong X, Xia B, et al. Sekans transcriptom revele jèn ki enplike nan estrès oksidatif kadmyòm nan kè poul la. Poult Sci. 2021;100(3):100932. 22. Boo SY, Tan SW, Alitheen NB, Ho CL, Omar AR, Yeap SK. Transcriptome analiz de lenfosit lenfosit natirèl poul ki enfekte ak viris maladi enfektye ki trè virulent. Sci Rep. 2020;10(1):18348.

23. Ren L, Liu A, Wang Q, Wang H, Dong D, Liu L. Transcriptome analiz de devlopman nan misk anbriyon nan Chengkou Mountain Poul. BMC Genomics. 2021;22(1):431.

24. Yang C, Han L, Li P, Ding Y, Zhu Y, Huang Z, Dann X, Shi Y, Kang X. Karakterizasyon ak analiz transcriptom duodnal nan bèf vyann bèf Chinwa ak efikasite manje divèjan lè l sèvi avèk RNA-Seq. Devan Genet. 2021;12:741878.

25. Wang J, Jia R, Gong H, Celi P, Zhuo Y, Ding X, Bai S, Zeng Q, Yin H, Xu S, et al. Efè estrès oksidatif sou òvèj poul la: Patisipasyon mikrobyota ak entèvansyon Melatonin. Antioksidan (Basel). 2021;10(9):1422.

26. Attia YA, Al-Harthi MA, Abo El-Maaty HM. Nivo kalsyòm ak kolekalsiferol nan poul ponn fen faz: efè sou karakteristik pwodiktif, kalite ze, byochimik san, ak repons iminitè. Devan Vet Sci. 2020;7:389.

27. Moreno J, Osorno JL. Koulè ze avyè ak seleksyon seksyèl: èske pigmantasyon koki ze reflete kondisyon fi ak bon jan kalite jenetik? Ekol Lett. 2003;6(9):803–6.

28. Afonso S, Vanore G, Batlle A. Protoporphyrin IX ak estrès oksidatif. Gratis Radic Res. 1999;31(3):161–70.

29. Schwartz-Albiez R, Monteiro RC, Rodriguez M, Binder CJ, Shoenfeld Y. Antikò natirèl, imunoglobulin venn ak wòl yo nan otoiminite, kansè ak enflamasyon. Clin Exp Immunol. 2009;158(Suppl 1):43–50.

30. Martínez-de la Puente J, Merino S, Moreno J, Tomás G, Morales J, Lobato E, García-Fraile S, Martínez J. Èske eggshell spottiness and color indicators of health and condition in blue tits Cyanistes caeruleus? J Avian Biol. 2007;38(3):377–84.

31. Fagarasan S, Honjo T. Entestinal IgA sentèz: règleman nan defans kò devan liy. Nat Rev Immunol. 2003;3(1):63–72.

32. Zhen W, Shao Y, Wu Y, Li L, Pham VH, Abbas W, Wan Z, Guo Y, Wang Z. Sipleman ledven dyetetik beta-glucan amelyore koulè kokiy ak ze fètil kouve osi byen ke amelyore fonksyon iminitè nan reproduksion. ponn poul. Int J Biol Macromol. 2020;159:607–21.

33. Elhamouly M, Nii T, Isobe N, Yoshimura Y. Modulation ki gen rapò ak laj nan sistèm defans iminitè istmik ak matris mukozal natirèl nan ponn poul. Poult Sci. 2019;98(7):3022–8.

34. Li J, Qin Q, Li YX, Leng XF, Wu YJ. Ekspozisyon tri-ortho-cresyl fosfat mennen nan pwodiksyon ze ki ba ak bon jan kalite koki ze pòv atravè deranje devlopman folikulèr ak fonksyon glann koki nan poul ponn. Ecotoxicol Environ Saf. 2021;225:112771.

35. Fukaya M, Kamata A, Hara Y, Tamaki H, Katsumata O, Ito N, Takeda S, Hata Y, Suzuki T, Watanabe M, et al. SynArfGEF se yon faktè echanj nukleotid guanine pou Arf6 epi li lokalize preferansyèlman nan espesyalizasyon pòs-sinaptik nan sinaps inhibitor. J Neurochem. 2011;116(6):1122–37.

36. Um JW. Fonksyon sinaptik nan fanmi IQSEC nan faktè ADP-ribosilasyon faktè echanj nukleotid guanin. Neurosci Res. 2017;116:54–9.

37. Um JW, Choi G, Park D, Kim D, Jeon S, Kang H, Mori T, Papadopoulos T, Yoo T, Lee Y, et al. IQ Motif ak SEC7 Domèn ki gen Pwoteyin 3 (IQSEC3) reyaji ak Gephyrin pou ankouraje fòmasyon sinaps inhibitor. J Biol Chem. 2016;291(19):10119–30.

38. Kim S, Kim H, Park D, Kim J, Hong J, Kim JS, Jung H, Kim D, Cheong E, Ko J, et al. Pèt IQSEC3 deranje antretyen sinaps GABAergic ak diminye ekspresyon somatostatin nan ipokanp la. Rep. selilè 2020;30(6):1995-2005 e1995.

39. Erdö SL, Riesz M, Kárpáti E, Szporny L. GABAB reseptè-medyatè eksitasyon nan kontraktilite nan oviduct lapen izole. Eur J Pharmacol. 1984;99(4):333–6. 40. Roth FC, Draguhn A. GABA metabolis ak transpò: efè sou efikasite sinaptik. Neural Plast. 2012;2012:805830.

41. Erdő SL, László Á, Szporny L, Zsolnai B. Gwo dansite nan sit espesifik GABA obligatwa nan tib tronp imen an. Neurosci Lett. 1983;42(2):155–60.

42. Erdo SL, Rosdy B, Szporny L. Pi wo konsantrasyon GABA nan tib tronp lan pase nan sèvo rat la. J Neurochem. 1982;38(4):1174–6.

43. Solèy X, Chen X, Zhao J, Ma C, Yan C, Liswaniso S, Xu R, Qin N. Transcriptome analiz konparatif nan folikulèr ovè revele jèn kle yo ak chemen siyal ki enplike nan pwodiksyon ze poul. BMC Genomics. 2021;22(1):899.

44. Chen X, Solèy X, Chimbaka IM, Qin N, Xu X, Liswaniso S, Xu R, Gonzalez JM. Analiz transcriptom nan folikulèr òvèj yo revele jèn potansyèl enpòtan ki asosye ak ogmantasyon ak diminye pousantaj pwodiksyon ze poul. Devan Genet. 2021;12:622751.

45. Luan X, Liu D, Cao Z, Luo L, Liu M, Gao M, Zhang X. Transcriptome Profiling idantifye diferan jèn eksprime nan òvèj Huoyan zwa ant peryòd la tap mete ak peryòd sispann. PLoS YONN. 2014;9(11):e113211.

46. ​​Cui Z, Zhang Z, Amevor FK, Du X, Li L, Tian Y, Kang X, Shu G, Zhu Q, Wang Y, et al. Sirkadyèn miR-449c-5p kontwole transpò Ca(2+) nan matris pandan kalsifikasyon koki ze nan poul. BMC Genomics. 2021;22(1):764.

47. Mishra SK, Chen B, Zhu Q, Xu Z, Ning C, Yin H, Wang Y, Zhao X, Fan X, Yang M, et al. Analiz transcriptome revele jèn ki eksprime diferan ki asosye ak gwo pousantaj pwodiksyon ze nan aks ipotalamik pitwitè-ovè poul. Sci Rep 2020;10(1):5976.

48. Cox PR, Siddique T, Zoghbi HY. Òganizasyon genomik nan Tropomodulin 2 ak 4 ak entèrjenik ak intraexonic splicing dwòl nan YL-1 ak Tropomodulin 4. BMC Genomics. 2001;2:7.

49. Cox PR, Zoghbi HY. Sekans, analiz ekspresyon, ak kat nan twa jèn inik tropomodulin imen ak ortholog sourit yo. Genomics. 2000;63(1):97–107.

50. Yamashiro S, Gokhin DS, Kimura S, Nowak RB, Fowler VM. Tropomodulins: Pwoteyin kapping pwenti ki kontwole achitekti filaman aktin nan divès kalite selil. Cytoskeleton (Hoboken). 2012;69(6):337–70.

51. Almenar-Queralt A, Lee A, Conley CA, Ribas de Pouplana L, Fowler VM. Idantifikasyon yon izoform tropomodulin roman, tropomodulin skelèt, ki bouchon filaman aktin pwent pwent nan misk skelèt rapid. J Biol Chem. 1999;274(40):28466–75.

52. Ren T, Li Z, Zhou Y, Liu X, Han R, Wang Y, Yan F, Sun G, Li H, Kang X. Sekans ak karakterizasyon lncRNAs nan misk tete Gushi ak Arbor Acres poul. Genòm. 2018;61(5):337–47.

53. Xu L, Zhao F, Ren H, Li L, Lu J, Liu J, Zhang S, Liu GE, Song J, Zhang L, et al. Analiz ko-ekspresyon de jèn ki gen rapò ak pwa fetis nan misk skelèt ovin pandan etap devlopman nan mitan ak fen fetis la. Int J Biol Sci. 2014;10(9):1039–50.

54. Wu Y, Wang Y, Yin D, Mahmood T, Yuan J. Analiz transcriptome revele yon konpreyansyon molekilè sou nikotinamid ak butyrate sodyòm sou bon jan kalite vyann nan broilers anba dansite chosèt segondè. BMC Genomics. 2020;21(1):412.

55. Zhang F, Yin ZT, Zhang JF, Zhu F, Hincke M, Yang N, Hou ZC. Entegre transcriptome, proteome, ak done QTL pou dekouvri jèn fonksyonèl enpòtan pou fòmasyon koki ze kana ak albumen. Genomics. 2020;112(5):3687–95.

56. Nys Y, Gautron J, Garcia-Ruiz JM, Hincke MT. Mineralizasyon koki ze avyè: karakterizasyon byochimik ak fonksyonèl nan pwoteyin matris. CR Palevol. 2004;3(6–7):549–62.

57. Chen CS, Alonso JL, Ostuni E, Whitesides GM, Ingber DE. Fòm selilè bay kontwòl mondyal asanble adezyon fokal. Biochem Biophys Res Commun. 2003;307(2):355–61.

58 Su H, Zhang H, Wei X, Pan D, Jing L, Zhao D, Zhao Y, Qi B. Konparatif Pwoteomik analiz Rana chensinensis Oviduct. Molekil. 2018;23(6):1384.

59. Zhang T, Chen L, Han K, Zhang X, Zhang G, Dai G, Wang J, Xie K. Transcriptome analiz de òvèj nan relativman pi gwo ak pi piti ze pwodwi Jinghai jòn poul. Anim Reprod Sci. 2019;208:106114.

60. Solèy T, Xiao C, Deng J, Yang Z, Zou L, Du W, Li S, Huo X, Zeng L, Yang X. Analiz transcriptome revele jèn kle ak chemen ki asosye ak pwodiksyon ze nan poul domestik Nandan-Yao. Comp Biochem Physiol Pati D Genomics Proteomics. 2021;40:100889.

61. Peter AT, Dhanasekaran N. Apoptosis nan selil granulosa: yon revizyon sou wòl modil siyal MAPK. Reprod Domest Anim. 2003;38(3):209–13.

62. Jeong W, Kim J, Ahn SE, Lee SI, Bazer FW, Han JY, Song G. AHCYL1 se medyatè pa estwojèn-induit ERK1/2 MAPK siyal selil ak règleman microRNA efè fonksyonèl aspè nan oviduct avyè a. PLoS YONN. 2012;7(11):e49204.

63. Wang J, Huang X, Zhang K, Mao X, Ding X, Zeng Q, Bai S, Xuan Y, Peng H. Vanadate efè oksidatif ak apoptotik yo medyatè pa chemen MAPK-Nrf2 nan kouch oviduct magnum selil epitelyal yo. Metalomik. 2017;9(11):1562–75.

64. Tao Z, Song W, Zhu C, Xu W, Liu H, Zhang S, Huifang L. Analiz transcriptomic konparatif nan òvèj kanna ki wo ak ba ki pwodui ze. Poult Sci. 2017;96(12):4378–88.

65. Shioda K, Odajima J, Kobayashi M, Kobayashi M, Cordazzo B, Isselbacher KJ, Shioda T. Transcriptomic ak Epigenetic Prezèvasyon nan idantite sèks jenetik nan estwojèn-feminize Gason poul anbriyon gonad. Andokrinoloji. 2021;162(1):bqaa208.

66. Huang YZ, Solèy JJ, Zhang LZ, Li CJ, Womack JE, Li ZJ, Lan XY, Lei CZ, Zhang CL, Zhao X, et al. Pwofil methylation ADN nan tout genòm ak relasyon yo ak mRNA ak transcriptome microRNA nan tisi nan misk bèf (Bos taurine). Sci Rep 2014;4:6546.

67. Tan X, Liu R, Zhang Y, Wang X, Wang J, Wang H, Zhao G, Zheng M, Wen J. Analiz entegre nan methylome a ak transcriptome nan poul ak sendwòm emorajik fwa gra. BMC Genomics. 2021;22(1):8.

68. Fu Y, Li J, Tang Q, Zou C, Shen L, Jin L, Li C, Fang C, Liu R, Li M, et al. Analiz entegre methylome, transcriptome, ak miRNAome nan twa elve kochon. Epigenomics. 2018;10(5):597–612.

69. Lawrence M, Daujat S, Schneider R. Panse lateral: ki jan modifikasyon histon kontwole ekspresyon jèn. Tandans Genet. 2016;32(1):42–56.

70. Zhao BS, Roundtree IA, He C. Règleman jèn apre transkripsyon pa modifikasyon mRNA. Nat Rev Mol Cell Biol. 2017;18(1):31–42.

71. Chakravarti B, Abraram GN. Aje ak T-selil-medyatè iminite. Mech Aging Dev. 1999;108(3):183–206.

72. Camougrand N, Rigoulet M. Aging ak estrès oksidatif: etid sou kèk jèn ki enplike tou de nan aje ak an repons a estrès oksidatif. Respir Physiol. 2001;128(3):393–401.

73. Ribezzo F, Shiloh Y, Schumacher B. Systemic DNA domaj repons nan aje ak maladi. Semin Kansè Biol. 2016;37–38:26–35.

74. Orr WC, Radyuk SN, Prabhudesai L, Toroser D, Benes JJ, Luchak JM, Mockett RJ, Rebrin I, Hubbard JG, Sohal RS. Ekspresyon twòp nan glutamat-cysteine ​​ligase pwolonje span lavi nan Drosophila melanogaster. J Biol Chem. 2005;280(45):37331–8.

75. Park DS, Cohen AW, Frank PG, Razani B, Lee H, Williams TM, Chandra M, Shirani J, De Souza AP, Tang B, et al. Sourit Caveolin-1 nil (-/-) montre rediksyon dramatik nan dire lavi yo. Byochimi. 2003;42(51):15124–31.

76. Park JW, Ji YI, Choi YH, Kang MY, Jung E, Cho SY, Cho HY, Kang BK, Joung YS, Kim DH, et al. Polymorphism jèn kandida pou dyabèt melitus, maladi kadyovaskilè, ak kansè yo asosye ak lonjevite nan Koreyen. Exp Mol Med. 2009;41(11):772–81.

77. Jakobs PM, Hess JF, FitzGerald PG, Kramer P, Weleber RG, Litt M. Otozomal-dominan katarak konjenital ki asosye ak yon mitasyon sipresyon nan jèn pwoteyin filaman pèl imen BFSP2. Am J Hum Genet. 2000;66(4):1432–6.

78. Conley YP, Erturk D, Keverline A, Mah TS, Keravala A, Barnes LR, Bruchis A, Hess JF, FitzGerald PG, Weeks DE, et al. Yon sit katarak pwogresif ki kòmanse nan jèn timoun sou kwomozòm 3q21-q22 asosye ak yon mitasyon missense nan pwoteyin estriktirèl flamant pèl-2. Am J Hum Genet. 2000;66(4):1426–31.

79. Kumar P, Kasiviswanathan D, Sundaresan L, Kathirvel P, Veeriah V, Dutta P, Sankaranarayanan K, Gupta R, Chatterjee S. Harvesting indices from genome-wide transcriptome analysis for explore thalidomide mediated anomalies in eye development of chick anbriyon: Nitric. oksid rektifye anomalies thalidomid medyatè pa balanse tounen sistèm nan nan modèl transcriptome nòmal. Biochimie. 2016;121:253–67.

80. Chen S, Zhou Y, Chen Y, Gu J. fastp: yon ultra-rapid all-in-one FASTQ preprocessor. Bioenfòmatik. 2018;34(17):i884–90.

81. Kim D, Paggi JM, Park C, Bennett C, Salzberg SL. Aliyman genòm ki baze sou graf ak jenotip ak HISAT2 ak HISAT-genotip. Nat Biotechnol. 2019;37(8):907–15.

82. Li H, Handsaker B, Wysoker A, Fennell T, Ruan J, Homer N, Marth G, Abecasis G, Durbin R, Genome Project Data Processing S. Fòma Sequence Alignment/Map ak SAMtools. Bioenfòmatik. 2009;25(16):2078–9.

83. Liao Y, Smyth GK, Shi W. featureCounts: yon pwogram jeneral efikas pou asiyen sekans lekti nan karakteristik jenomik. Bioenfòmatik. 2014;30(7):923–30.

84. Love MI, Huber W, Anders S. Modere estimasyon chanjman pliye ak dispèsyon pou done RNA-seq ak DESeq2. Genomic Biol. 2014;15(12):550.

85. Subramanian A, Tamayo P, Mootha VK, Mukherjee S, Ebert BL, Gillette MA, Paulovich A, Pomeroy SL, Golub TR, Lander ES, et al. Analiz anrichisman seri jen: yon apwòch ki baze sou konesans pou entèprete pwofil ekspresyon nan tout genòm. Proc Natl Acad Sci US A. 2005;102(43):15545–50.

86. Krueger F, Andrews SR. Bismark: yon aliyman fleksib ak moun k ap rele metilasyon pou aplikasyon Bisulfte-Seq. Bioenfòmatik. 2011;27(11):1571–2.

87. Jones PA. Fonksyon metilation ADN: zile, sit kòmanse, kò jèn, ak pi lwen. Nat Rev Genet. 2012;13(7):484–92.

88. Akalin A, Kormaksson M, Li S, Garrett-Bakelman FE, Figueroa ME, Melnick A, Mason CE. methylKit: yon pake R konplè pou analiz pwosesis metilasyon ADN nan tout genòm. Genomic Biol. 2012;13(10):R87.

89. Zhou Y, Zhou B, Pache L, Chang M, Khodabakhshi AH, Tanaseichuk O, Benner C, Chanda SK. Metascape bay yon resous byolojis oryante pou analiz de done nivo sistèm yo. Nat Commun. 2019;10(1):1523.