Evalyasyon bonè nan severite klinik SARS-CoV-2 Omicron Variant nan Lafrik di sid: yon etid lyen done

joanna.jia@wecistanche.com/ WhatsApp: 008618081934791

Rezime

Background

Yo te idantifye SARS-CoV-2 varyant omikwon ki konsène nan Lafrik di sid nan Novanm 2021 e li te asosye ak yon ogmantasyon nanCOVID-19ka yo. Nou te vize pou evalye gravite nan klinik enfeksyon ak variant omicron a lè l sèvi avèk S Gene target failure (SGTF) nan tès PCR Thermo Fisher Scientific TaqPath COVID-19 kòm yon prokurasyon.

Metòd

Nou te fè lyen done pou nasyonal, Sid AfrikenCOVID-19done ka yo, done tès laboratwa SARS-CoV-2, done jenom SARS-CoV-2, akCOVID-19done admisyon lopital. Pou moun ki dyagnostike akCOVID-19atravè tès TaqPath PCR, enfeksyon yo te deziyen kòm swa SGTF oswa ki pa SGTF. Variant delta a te idantifye pa sekans genomic. Sèvi ak modèl regresyon lojistik miltivaryab, nou evalye gravite maladi a ak entène lopital lè nou konpare moun ki gen SGTF ak enfeksyon ki pa SGTF yo te dyagnostike ant 1ye oktòb ak 30 novanm 2021, epi nou te evalye severite maladi a lè nou konpare moun ki enfekte ak SGTF yo te dyagnostike ant 1ye oktòb ak novanm. 30, 2021, ak moun ki enfekte ak variants delta yo te dyagnostike ant 1 avril ak 9 novanm 2021.

Konklizyon yo

Soti 1ye oktòb (semèn 39), 2021, rive 6 desanm (semèn 49), 2021, 161 328 kaCOVID-19yo te rapòte nan Lafrik di sid. Yo te dyagnostike {{0}} moun atravè tès TaqPath PCR ak 29 721 enfeksyon SGTF ak 1412 enfeksyon ki pa SGTF yo te idantifye. Pwopòsyon enfeksyon SGTF te ogmante soti nan de (3·2 pousan) nan 63 nan semèn 39 pou rive nan 21 978 (97·9 pousan) nan 22 455 nan semèn 48. Apre yo fin kontwole faktè ki asosye ak entène lopital, moun yo. ak enfeksyon SGTF te gen anpil chans pou yo admisyon pase moun ki te gen enfeksyon ki pa SGTF yo (256 [2·4 pousan ] nan 10 547 kont 121 [12·8 pousan ] nan 948; ajiste odds ratio [aOR] {{ 25}}·2, 95 pousan CI 0·1–0·3). Apre yo fin kontwole faktè ki asosye ak severite maladi a, chans pou maladi grav yo te menm jan an ant moun ki te entène lopital ak enfeksyon SGTF kont enfeksyon ki pa SGTF (42 [21 pousan] nan 204 kont 45 [4{0 pousan). ] nan 113; aOR 0·7, 95 pousan CI 0·3–1·4). Konpare ak moun ki te gen enfeksyon Variant Delta pi bonè, moun ki enfekte SGTF te gen yon chans siyifikativman pi ba pou maladi grav (496 [62·5 pousan] nan 793 vs 57 [23·4 pousan] nan 244; aOR 0·3, 95 pousan CI. 0·2–0·5), apre yo fin kontwole faktè ki asosye ak severite maladi a.

Entèpretasyon

Analiz bonè nou yo sijere anpil redwi chans pou entène lopital pami moun ki gen SGTF kont enfeksyon ki pa SGTF yo dyagnostike pandan menm peryòd tan an. Moun ki enfekte ak SGTF te gen yon chans siyifikativman redwi nan maladi grav konpare ak moun ki enfekte pi bonè ak variant delta a. Gen kèk nan severite redwi sa a se pwobableman yon rezilta nan iminite anvan yo.

Finansman

Konsèy Rechèch Medikal Sid Afriken an, Depatman Sante Nasyonal Sid Afriken an, Sant Ameriken pou Kontwòl ak Prevansyon Maladi, Sosyete Afriken Medsin Laboratwa, Sant Afriken pou Kontwòl ak Prevansyon Maladi, Fondasyon Bill & Melinda Gates, Wellcome Trust, ak Fon Fleming la.

cistanche pharma espesyal pou iminite

Entwodiksyon

Depi premye ka SARS-CoV-2 nan mwa mas 2020, Lafrik di sid te gen twa vag epidemi, ak beta (B.1.351) ak delta (B.1.617.2) varyant enkyetid domine dezyèm ak twazyèm lan. vag, respektivman. Nan dat 24 novanm 2021, Network for Genomics Surveillance in South Africa (NGS-SA) te rapòte yon nouvo variant SARS-CoV-2, ki te detekte nan espesimèn yo te kolekte 14 novanm 2021, nan Lafrik di sid1 ak 26 novanm 2021, sou rekòmandasyon Gwoup Konsiltatif Teknik sou Evolisyon Viris SARS-CoV-2, OMS te deziyen B.1.1.529 kòm omikwon. ,3 senkyèm varyant enkyetid. Parallèman, te gen yon ogmantasyon rapid nanCOVID-19ka nan pwovens Gauteng,2 Lafrik di sid, depi semèn 15 novanm 2021 la, ak laboratwa tès SARS-CoV-2 ki rapòte yon ogmantasyon nan kantite echantiyon ki gen echèk sib jèn S (SGTF) lè yo teste sou TaqPath la.COVID-19Tès PCR (Thermo Fisher Scientific; Waltham, MA, USA). Ansuit, yo te obsève ogmantasyon nan ka COVID-19 ak echantiyon ak SGTF nan lòt pwovens nan Lafrik di sid, sa ki lakòz katriyèm vag enfeksyon SARS-CoV-2. Rive 16 desanm 2021, omikron te detekte nan 87 peyi, ak anpil peyi rapòte transmisyon kominotè.

Variant omicron nan enkyetid gen yon gwo kantite mitasyon, kèk nan yo ki konsène akòz prevwa evazyon iminitè ak ogmante enfeksyon. Malgre ke Variant omicron a pataje kèk mitasyon komen ak C.1.2 (yon liy trè mitasyon deja idantifye nan Lafrik di sid), 4 beta, ak variants delta, li gen tou 22 sibstitisyon adisyonèl (ki gen ladan ensèsyon ak sipresyon) pa wè nan okenn lòt. Variant nan enkyetid oswa Variant nan enterè nan dat. Pami sibstitisyon sa yo, se li te ye pou His69_Val70del nan pwoteyin Spike a, ki te deja obsève nan variant alfa (B.1.1.7), lakòz SGTF sou TaqPath la.COVID-19Tès PCR.

Done sou gravite klinik variant omicron an konpare ak ansyen SARS-CoV-2 yo bezwen pou gide planifikasyon ak repons sante piblik. DATCOV-Gen5 se yon rezo siveyans potansyèl ki konekte done genomic SARS-CoV-2 an tan reyèl ak done epidemyolojik ak klinik detaye sou ka entène lopital pou pèmèt yon evalyasyon rapid sou gravite ak prezantasyon klinik SARS-CoV émergentes{{8. }} varyant enkyetid. Nou te vize pou evalye gravite enfeksyon SARS-CoV-2 ak variant omicron an nan Lafrik di sid lè l sèvi avèk SGTF kòm yon prokurasyon pou variant omicron an.6

benefis cistanche salsanan iminite

Metòd

Sous done ak lyen

Nan etid koneksyon done sa a, nou te konekte done nasyonal, Sid Afriken, nivo endividyèl ki soti nan kat sous: (1) done nasyonal COVID-19 pou peryòd 1ye janvye rive 6 desanm 2021, te rapòte an tan reyèl bay la. Enstiti Nasyonal pou Maladi Kontajye yo (NICD) Sistèm Siveyans Kondisyon Medikal Notifikasyon (NMCSS); (2) Done tès laboratwa SARS-CoV-2 (tès yo itilize ak valè papòt sik PCR) pou peryòd 1ye oktòb rive 6 desanm 2021, pou laboratwa sektè piblik yo (Sèvis Laboratwa Sante Nasyonal la rapòte tout done tès yo) epi yon gwo laboratwa sektè prive (taqPath PCR te rapòte sèlman); (3) Done jenom SARS-CoV-2 pou peryòd 31 mas 2020–6 desanm 2021, pou echantiyon klinik yo voye bay NICD nan laboratwa dyagnostik prive ak piblik (sitou nan Gauteng, North West, Mpumalanga, ak pwovens Northern Cape) ak kolekte atravè pwogram siveyans nemoni7 nan senk pwovens (Western Cape, KwaZulu-Natal, North West, Gauteng, ak Mpumalanga); epi (4) DATCOV (ant 31 mas 2020, ak 21 desanm 2021), ki se yon sistèm siveyans aktif pou admisyon nan lopital COVID-19, ak kouvèti konplè sou tout lopital nan Lafrik di sid.8

Done ka ak entène lopital nou te itilize yo soti nan seri done nasyonal, konplè, ki baze sou popilasyon an, ki gen ladan tout Lafrik di sid la. Baz done nasyonal COVID-19 ka (NICD NMCSS) se yon pwogram siveyans ki baze sou laboratwa ki resevwa done elektwonik an tan reyèl sou tout ka SARS-CoV-2 ki konfime nan laboratwa nan Lafrik di sid. Lalwa mande pou rapòte ka yo epi yo fè odit. Ofisyèl sante piblik yo envestige chak ka epi yo korije erè done yo sou baz done a. Done tès laboratwa SARS-CoV-2 yo itilize nan analiz sa a se done nasyonal. Laboratwa enkli yo (tout laboratwa sektè piblik ak yon laboratwa sektè prive) yo te chwazi paske laboratwa sa yo te kapab bay done sou metòd tès PCR la ak valè papòt sik la, epi yo reprezante plis pase mwatye nan tout SARS-CoV-2 tès yo te fè nan Lafrik di sid ant 1ye oktòb ak 6 desanm 2021. Pwogram siveyans DATCOV yo te dekri an detay deja.8 Sèvi ak DATCOV, nou te enkli done sou tout pasyan entène lopital ak SARS-CoV ki konfime nan laboratwa-2 toupatou. Afrik di Sid. Nan lopital sektè piblik yo, done yo abstrè nan dosye pasyan yo ak dirèkteman kaptire pa devwe done kaptire, epi, nan lopital prive ak nan pwovens Western Cape sektè piblik la, done yo transfere elektwonikman nan ekstrè chak jou an gwo soti nan sistèm done lopital. DATCOV gen ladan pasyan yo admèt nan lopital la pou sentòm COVID-19, pasyan ki genyen enfeksyon nosocomial SARS-CoV-2, ak moun ki te teste pozitif ensidswit lè yo admèt nan lopital la pou lòt rezon. Done ka ak tès yo te jwenn nan dat 6 desanm 2021, epi done DATCOV yo te jwenn nan dat 21 desanm 2021. Pou entène lopital ak analiz severite, ka yo te sansi pou moun ki te kolekte yon echantiyon anvan 1ye desanm 2021.

Nou te fè lyezon done nan nivo endividyèl lè l sèvi avèk idantifyan inik lè yo te egziste; otreman, nou te itilize yon konbinezon de non, ti non (non fanmi), ak dat nesans. Apre koneksyon done yo, yo te itilize yon konbinezon de chèk otomatik ak manyèl pou asire presizyon. Yo te jwenn apwobasyon etik nan men Komite Etik rechèch Imèn (Medical) nan University of Witwatersrand pou kolekte ka COVID-19 ak done tès yo kòm yon pati nan siveyans esansyèl maladi kontajye (M210752), ak pou pwogram siveyans DATCOV. (M2010108).

Definisyon

Enfeksyon yo te klase kòm SGTF (kòm yon prokurasyon pou variant omikwon an) lè yon moun te teste pozitif nan tès PCR TaqPath COVID-19 ak yon sib jèn S ki pa detektab ak yon papòt sik 30 oswa mwens pou swa ORF1ab la. oswa sib jèn nucleocapsid.9 Nou limite nan yon papòt sik 30 oswa mwens pou evite mal klasifye enfeksyon pou ki jèn S la pa te detekte (akòz chaj viral ki ba) kòm SGTF (sa vle di, valè papòt sik segondè). Enfeksyon yo te klase kòm ki pa SGTF lè yon moun te teste pozitif nan tès PCR TaqPath COVID-19 ak yon papòt sik 30 oswa mwens pou swa ORF1ab oswa sib nucleocapsid jèn e li te gen sib jèn S detektab. Variant delta a te idantifye pa sekans genomic.

Yo te klase yon moun kòm yo te admèt nan lopital la si yo te lye ak yon ka sou baz done DATCOV la ak yon dat admisyon soti nan 7 jou anvan rive nan 21 jou apre dat la nan koleksyon echantiyon an. Nou te enkli admisyon ak yon dat tès anvan admisyon paske klinisyen yo ta ka pa sispèk SARS-CoV-2 enfeksyon nan moman admisyon an, premye tès yo ta ka negatif, oswa enfeksyon ka pran nan nosokomik. Maladi grav te defini kòm yon pasyan entène lopital ki satisfè omwen youn nan kritè sa yo: admèt nan yon inite swen entansif (ICU); te resevwa nenpòt ki nivo nan tretman oksijèn; te vantile; te resevwa oksijenasyon manbràn ekstrakòporèl; te gen sendwòm detrès respiratwa egi, oswa te mouri. Komorbidite te defini kòm prezans nan omwen youn nan kondisyon sa yo: tansyon wo, dyabèt, maladi kadyak kwonik, maladi ren kwonik, opresyon, maladi kwonik obstriktif poumon, maliyans, VIH, ak tibèkiloz aktif oswa anvan. Done sou obezite ak gwosès pa te enkli kòm done sa yo pa te sistematik kolekte. Reinfeksyon te defini pa yon moun ki te gen omwen yon tès pozitif COVID-19 (swa ki baze sou PCR oswa ki baze sou antijèn) plis pase 90 jou anvan tès COVID-19 pozitif aktyèl la. Vaksen an te defini kòm gen omwen yon dòz yon vaksen SARS-CoV-2 (Ad.26.COV2.S [Johnson & Johnson] oswa BNT162b2 [Pfizer-BioNTech]).

Analiz estatistik

Valè papòt sik mwayèn (yon prokurasyon pou chaj viral) pou tout tès PCR COVID-{0}} ki pozitif nan sektè piblik (nenpòt tès PCR) pandan vag omikwon bonè (semèn 46–48; 14 novanm–4 desanm 2021) yo te konpare ak vag bonè delta (semèn 18–20; 2–22 me 2021) lè l sèvi avèk tès t Elèv la. Peryòd vag bonè yo te defini apati semèn anvan peyi a travèse yon ensidans chak semèn nan 30 ka pou chak 100000 moun rive 2 semèn pita. analiz.

Nou dekri karakteristik epidemyolojik enfeksyon SGTF lè nou konpare moun ki enfekte ak SGTF ak moun ki pa enfekte ak SGTF yo dyagnostike ant 1ye oktòb ak 30 novanm 2021, moun ki entène lopital ak moun ki pa enfekte ak SGTF ki te dyagnostike ant 1ye oktòb ak novanm. 30, 2021, ak moun ki entène lopital SGTF ki enfekte dyagnostike ant 1ye oktòb ak 30 novanm 2021, ak moun ki entène lopital delta variant enfekte dyagnostike ant 1 avril ak 9 novanm 2021, lè l sèvi avèk analiz regresyon lojistik miltivaryab.

Yo te evalye gravite enfeksyon ak varyant omicron SARS-CoV-2 nan de fason: (1) lè w konpare moun ki gen SGTF ak enfeksyon ki pa SGTF yo te dyagnostike ant 1ye oktòb ak 30 novanm 2021, epi (2) pa konpare moun ki gen enfeksyon delta variant yo te dyagnostike ant 1ye avril ak 9 novanm 2021, ak moun ki enfekte ak SGTF ki te dyagnostike ant 1ye oktòb ak 30 novanm 2021. Yo te jwenn done entène lopital ak gravite pou ka 21 desanm 2021, pou pèmèt omwen 3 semèn nan swivi pou admisyon nan lopital ak rezilta nan lopital. Pami moun ki gen COVID-19 nan baz done DATCOV ki te entène lopital ant 5 mas 2020 ak 18 desanm 2021, tan medyàn ant admisyon an nan yon rezilta nan lopital la te 6 jou (IQR 3-11 jou; n{{ 29}}) an jeneral, 5 jou (2–11; n=94938) pou moun ki te mouri, ak 6 jou (3–10; n=304845) pou moun ki te egzeyate vivan. Se poutèt sa, nou pa t 'gen chans yo manke anpil rezilta ak yon swivi minimòm de 3 semèn. Analiz severite yo te limite nan admisyon ki te deja akimile rezilta ak tout pasyan ki te toujou nan lopital yo te eskli paske, nan pwogram DATCOV la, enfòmasyon detaye sou entène lopital nan lopital sektè piblik (pa egzanp, tretman oksijèn oswa admisyon ICU) peple nan moman egzeyat la. oswa lanmò.

De modèl yo te pwodwi pou evalye entène lopital ak maladi grav nan mitan moun ki entène lopital kòm varyab rezilta. Regression lojistik miltivaryab yo te fè pou evalye asosyasyon enfeksyon SGTF kont enfeksyon ki pa SGTF ak entène lopital pami moun ki gen COVID-19 dyagnostike ant 1ye oktòb ak 30 novanm 2021. Nou te kontwole faktè ki te asosye ak entène lopital (sa vle di. , laj, sèks, pwovens, ak sektè swen sante [prive vs piblik]) ak ajiste pou enfeksyon SARS-CoV-2 anvan yo te konnen. Done sou estati vaksinasyon ak komorbidite yo te disponib sèlman pou moun ki entène lopital; Se poutèt sa, nou pa t 'kapab kontwole pou varyab sa yo nan analiz sa a. Regression lojistik miltivaryab te fè pou evalye asosyasyon enfeksyon SGTF kont enfeksyon ki pa SGTF ak severite maladi pami moun ki entène lopital yo te dyagnostike ak COVID-19 ant 1ye oktòb ak 30 novanm 2021, restriksyon sou moun ki gen yon rezilta li te ye nan lopital. le 21 desanm 2021 (eksepte moun ki toujou nan lopital). Nou te kontwole faktè yo konnen ki asosye ak gravite maladi a (sa vle di, laj, prezans komorbidite, sèks, pwovens, ak sektè swen sante) epi ajiste pou kantite jou ant dat koleksyon echantiyon an ak dat admisyon nan lopital, li te ye. enfeksyon SARS-CoV-2 anvan, ak eta vaksinasyon SARS-CoV-2.

Nou konpare enfeksyon delta variant yo te dyagnostike ant 1 avril ak 9 novanm 2021, ak enfeksyon SGTF dyagnostike ant 1ye oktòb ak 30 novanm 2021. Yo te fè regresyon lojistik miltivaryab pou evalye asosyasyon enfeksyon SGTF kont enfeksyon delta variant ak severite maladi nan mitan moun ki entène lopital. , mete restriksyon sou moun ki gen yon rezilta li te ye nan lopital le 21 desanm 2021 (eksepte moun ki toujou nan lopital). Nou te kontwole faktè ki asosye ak severite maladi a (sa vle di, laj, prezans komorbidite, sèks, pwovens, ak sektè swen sante) epi ajiste pou kantite jou ant koleksyon echantiyon ak admisyon nan lopital, yo te konnen anvan SARS-CoV-2 enfeksyon, ak eta vaksinasyon SARS-CoV-2. Nou pa t konpare risk pou yo admisyon nan lopital ant moun ki gen enfeksyon delta variant ak moun ki gen enfeksyon SGTF paske echantiyon sekans pou variant delta a pa t baze sou popilasyon epi yo reprezante sèlman yon ti pati nan enfeksyon variant delta ki te voye bay NICD pou sekans. .

Yo te rezime varyab kategorik yo lè yo itilize distribisyon frekans yo epi yo te konpare yo lè yo itilize tès χ² Pearson a. Entèraksyon pè yo te evalye pa enklizyon tèm pwodwi pou tout varyab ki rete nan dènye modèl aditif miltivaryab yo. Analiz yo te fè pa itilize Stata, vèsyon 14.1. valè p mwens pase 0·05 yo te konsidere estatistik enpòtan.

Wòl sous finansman an

Fonksyonè etid la pa t gen okenn wòl nan konsepsyon etid, koleksyon done, analiz done, entèpretasyon done, oswa ekri rapò a.

Rezilta yo

Soti 1ye oktòb (semèn 39), 2021, rive 6 desanm (semèn 49), 2021, yo te rapòte 161328 ka COVID-19 nan nivo nasyonal, nan yo 104529 (64·8 pousan) te soti nan laboratwa ki enkli nan analiz nou an ( anèks pp 6–7). Nan 104 529 sa yo, 38282 (36·6 pousan ) te dyagnostike atravè tès PCR TaqPath COVID-19. Pami ka yo te dyagnostike pa tès TaqPath PCR, 31 133 (81·3 pousan) te gen yon valè papòt sik 30 oswa mwens pou omwen yon sib jèn, nan ki 29721 (95.5 pousan) te enfeksyon SGTF ak 1412. (4·5 pousan) te enfeksyon ki pa SGTF. Tout echantiyon SGTF ki gen done jenom, apati 14 desanm 2021, te konfime kòm omikwon (n=30). Pwopòsyon enfeksyon SGTF te ogmante de (3·2 pousan) nan 63 nan semèn 39 pou rive nan 21978 (97·9 pousan) nan 22455 nan semèn 48 nan 2021 (figi 1). Pwopòsyon enfeksyon SGTF yo te kòmanse ogmante an premye nan pwovens Gauteng nan semèn 43 (semèn ki te kòmanse 24 oktòb 2021; apendis p 8). Ansuit te detekte yon ogmantasyon byen file nan pwopòsyon enfeksyon SGTF nan tout lòt pwovens, epi, nan semèn 47, pifò enfeksyon SARS-CoV-2 nan tout pwovens yo te enfeksyon SGTF (anèks p 8). Valè papòt sik mwayèn pou tout tès PCR pozitif nan sektè piblik la te pi ba pandan vag bonè omikwon an (23·95 [SD 6·06]; n=16542) pase pandan vag bonè nan enfeksyon variant delta ( 26·98 [6·52];n=10022;p<>

Nou te konpare karakteristik tout moun ki gen enfeksyon SGTF yo te dyagnostike ant 1ye oktòb ak 30 novanm 2021, ak sa yo ki nan moun ki te dyagnostike ak enfeksyon ki pa SGTF pandan menm peryòd la. Nan analiz miltivaryab, anplis pwopòsyon SGTF kont enfeksyon ki pa SGTF ki varye siyifikativman pa pwovens jeyografik, moun ki gen enfeksyon SGTF te gen plis chans pou yo gen laj 5-59 ane (vs pi gran pase oswa egal a 60 ane) epi yo te dyagnostike pa sektè prive a (kont sektè piblik la) epi yo te gen mwens chans pou yo admèt nan lopital pase moun ki te gen enfeksyon ki pa SGTF (tablo 1). Yo te jwenn rezilta menm jan an lè yo konpare karakteristik ant moun ki enfekte ak SGTF ki entène lopital yo ak moun ki entène lopital ki pa enfekte ak SGTF yo te dyagnostike ant 1ye oktòb ak 30 novanm 2021 (anèks pp 1–3) ak lè yo konpare moun ki enfekte ak SGTF lopital yo te dyagnostike ant 1ye oktòb ak novanm. 30, 2021, ak moun ki entène lopital delta ki enfekte ak dyagnostike ant 1 avril ak 9 novanm 2021 (anèks pp 3–5).

Nan 10 547 moun ki gen enfeksyon SGTF yo te dyagnostike ant 1ye oktòb ak 30 novanm 2021, 256 (2·4 pousan) te admèt nan lopital la, konpare ak 121 (12·8 pousan) nan 948 moun ki pa gen SGTF. enfeksyon (p<0·001; table="" 2).="" in="" multivariable="" analyses,="" after="" controlling="" for="" factors="" associated="" with="" hospitalization,="" individuals="" with="" sgtf="" infections="" had="" significantly="" lower="" odds="" of="" being="" admitted="" to="" hospital="" than="" did="" individuals="" with="" non-sgtf="" infections="" (adjusted="" odds="" ratio="" [aor]="" 0·2,="" 95%="" ci="" 0·1–0·3;="" table="" 2).="" in="" addition="" to="" variation="" by="" geographical="" province,="" hospital="" admission="" was="" significantly="" associated="" with="" young="" age=""><5 years;="" aor="" 9·3)="" and="" older="" age="" (≥60="" years;="" aor="" 3·1)="" compared="" with="" individuals="" aged="" 19–24="" years,="" and="" female="" sex="" (aor="" 1·3)="" versus="" male="" sex="" (table="" 2).="" individuals="" diagnosed="" by="" the="" private="" versus="" the="" public="" healthcare="" sector="" were="" less="" likely="" to="" be="" admitted="" to="" hospitals="" (aor="" 0·8;="" table="">

Pami 382 moun ki entène lopital yo te dyagnostike ak COVID-19 ant 1ye oktòb ak 3 novanm0, 2021, 317 (83 pousan) te akimile yon rezilta nan lopital anvan 21 desanm 2021. Apre yo fin kontwole faktè ki asosye ak maladi grav, estimasyon pwen pou chans pou maladi grav nan moun ki gen SGTF kont enfeksyon ki pa SGTF te mwens pase 1, men 95 pousan CI a te lajè (aOR 0·7, 95 pousan CI 0). ·3–1·4; tablo 3). Chans pou maladi grav te varye jeyografikman epi yo te siyifikativman pi wo pami moun ki gen laj 60 ane oswa plis (aOR 11·5) pase pami moun ki gen laj 19-24 ane (tablo 3).

Soti 31 mas 2020 rive 6 desanm 2021, te gen 1734 pasyan ki te entène lopital ak COVID-19 pou moun ki te disponib enfòmasyon sou varyant, swa pa sekans genòm (ki pa varyant, alfa, beta, oswa delta) oswa TaqPath PCR. (SGTF kòm yon prokurasyon pou varyant omicron ant 1ye oktòb ak 6 desanm 2021). Nan 1734 sa yo, 792 (45·7 pousan) te enfekte ak variant delta a soti 1 avril 2021, (semèn 13) rive 9 novanm 2021, (semèn 45), ak 212 (12·2 pousan) te gen enfeksyon SGTF soti nan 1ye oktòb 2021, (semèn 39) rive 6 desanm 2021 (semèn 49; figi 2).

Pami 1142 moun ki entène lopital, 1037 (9{0·8 pousan ) te akimile yon rezilta nan lopital anvan 21 desanm, 2021. Apre yo fin kontwole faktè ki asosye ak maladi grav, moun ki gen enfeksyon SGTF yo te dyagnostike ant 1ye oktòb ak 30 novanm 2021, te gen yon chans siyifikativman pi ba pou maladi grav pase moun ki te dyagnostike enfeksyon variant delta ant 1ye avril ak 9 novanm 2021, (aOR). 0·3, 95 pousan CI 0·2–0·5; tablo 4). Anplis de varyasyon pa pwovens jeyografik, pi gran laj (40-59 ane ak pi gran pase oswa egal a 60 ane kont 19-24 ane) ak gen yon kondisyon komorbid te asosye ak yon ogmantasyon chans pou maladi grav (tablo 4). Moun yo gen laj 13-18 ane (kont 19-24 ane) ak fanm (kont gason) te gen pi ba chans pou maladi grav (tablo 4).

Diskisyon

Nan mwa novanm 2021, varyant omicron SARS-CoV-2 te parèt nan Lafrik di sid, ansanm ak yon ogmantasyon rapid nan kantite ka COVID-19 rapòte,2 ki te mennen nan katriyèm vag epidemi an. Malgre ke anpil etid yo ap fèt pou evalye rapidman konpòtman fenotip ak chape iminitè, li enpòtan tou pou konprann gravite klinik enfeksyon ak variant omicron an. Nou evalye gravite enfeksyon SGTF (yon prokurasyon pou varyant omicron an) lè nou konpare yo ak enfeksyon ki pa SGTF yo dyagnostike pandan menm peryòd la ak enfeksyon ki gen varyant delta a, ki te domine twazyèm vag nan Lafrik di sid. Moun ki gen SGTF kont enfeksyon ki pa SGTF yo te gen 80 pousan pi ba chans pou yo te admèt nan lopital la, men nou pa t 'kapab fè okenn konklizyon fèm sou risk pou maladi grav nan mitan moun ki entène lopital, petèt akòz ti kantite moun ki enkli ladan li. nan analiz sa a. Lè yo konpare ak enfeksyon Delta Variant, enfeksyon SGTF yo te asosye ak yon 70 pousan pi ba chans pou maladi grav. Anplis de sa, nou te jwenn ke mwayèn sik PCR papòt la te pi ba pandan vag bonè nan omicron pase pandan vag la byen bonè nan delta a, ki ta ka reflete pi wo chaj viral nan moun ki enfekte ak variant la omicron kont varyant nan delta.

Done ki soti nan pwogram siveyans DATCOV yo montre yon pwopòsyon ki pi wo nan admisyon nan mitan moun ki poko gen 20 ane pandan katriyèm vag la byen bonè konpare ak twazyèm vag la.11 Nan etid nou an, nou te jwenn tou ke moun ki enfekte ak SGTF yo te pi piti pase moun ki pa SGTF oswa delta enfeksyon; efè sa a pa te limite pou timoun yo paske te gen plis enfeksyon SGTF tou (kont ki pa SGTF oswa delta) nan gwoup laj granmoun ki pi piti (egzanp, 19-24 ane) pase nan gwoup laj granmoun ki pi gran (pi gran pase oswa egal a 60 ane). ). Konklizyon sa a ta ka gen rapò ak ogmante iminite nan granmoun ki pi gran yo kòm yon rezilta pi gwo pousantaj enfeksyon anvan yo12 oswa vaksinasyon.13

Konklizyon nou yo gen rapò ak done entène lopital ki montre ke pami 1061 pasyan nan Lafrik di sid ak COVID-19 ak yon rezilta lopital li te ye, 324 (30·5 pousan) te gen maladi grav la pandan kòmansman katriyèm vag la, konpare ak 943 (67·0 pousan ) nan 1408 pasyan pandan twazyèm vag la byen bonè.11 Rive Novanm 2021, yon gwo pwopòsyon nan popilasyon Sid Afriken an te gen kèk nivo iminite SARS-CoV-2 kòm konsekans anvan natirèl. enfeksyon, vaksinasyon, oswa toude. Apre twazyèm vag SARS-CoV-2, 60-70 pousan nan moun nan Lafrik di sid te gen prèv ki te deja enfeksyon SARS-CoV-2.14 Rive 9 desanm 2021, 58 pousan nan moun Sid Afriken yo ki gen laj. 60 ane oswa plis, 55 pousan ki gen laj 50-59 ane, 43 pousan ki gen laj 35-49 ane, ak 24 pousan ki gen laj 18-34 ane te konplètman pran vaksen kont SARS-CoV-2 (yon sèl dòz Ad.26. COV2 .S [Johnson & Johnson] oswa de dòz BNT162b2 [Pfizer–BioNTech]).13 Yo te sigjere ke variant omicron an te ogmante anpil kapasite iminitè chape konpare ak lòt variants.15 Konklizyon sa a, ansanm ak nivo segondè nan pre. -ki egziste iminite nan Lafrik di sid nan moman Aparisyon Variant omicron an, vle di ke yon gwo pwopòsyon nan enfeksyon omicron gen anpil chans yo dwe reinfeksyon e ke pwopòsyon sa a ta ka pi gwo pou omicron pase pou enfeksyon nan konpozan ak lòt varyant. Nan Lafrik di sid, pandan premye ak dezyèm vag COVID-19, yo te dyagnostike mwens pase youn sou dis ka SARS-CoV-2.16 Nou te konte pou moun ki te dyagnostike epi ki te rapòte deja enfeksyon nan analiz nou an. , men, nan anpil ka, li posib ke enfeksyon anvan an te kapab pa dyagnostike. Si re-enfeksyon yo mwens grav pase enfeksyon prensipal, Lè sa a, reyalite sa a ta ka, an pati, konte pou severite maladi a redwi obsève nan moun ki enfekte pa varyant omikwon an. 18,19 Avèk done ki disponib yo, li pa posib pou dekonekte kontribisyon relatif wo nivo iminite popilasyon an parapò ak pi ba virulans intrinsèque nan severite maladi a obsève nan omicron kont varyant delta. Done vaksinasyon enkonplè, ak lefèt ke anpil enfeksyon anvan yo pwobableman pa detekte, te lakòz ajisteman enkonplè pou efè iminite anvan yo nan analiz nou yo.

cistanche propiedadespouiminite

Etid sa a gen plizyè limit. Premyèman, yo te kapab idantifye enfeksyon SGTF sèlman lè yo te itilize tès PCR TaqPath COVID-19 pou echantiyon ki gen gwo chaj viral (papòt sik mwens pase oswa egal a 30); Se poutèt sa, kantite enfeksyon SGTF yo souzèstime ak patipri nan direksyon pou rejyon jeyografik kote yo te pi souvan itilize tès TaqPath la. Dezyèmman, SGTF te itilize kòm yon prokurasyon pou deteksyon Variant omicron. SGTF ta ka idantifye tou varyant alfa a epi rive detanzantan nan lòt varyant, e konsa kèk enfeksyon ta ka mal klase kòm omicron.

Sepandan, nou te itilize sèlman SGTF kòm yon prokurasyon pou omicron apre 1ye oktòb 2021, epi done genòm ki te pwodwi pa NGS-SA pa te idantifye varyant alfa a nan Lafrik di sid depi mwa Out 2021, epi, nan pi gwo, variant alfa a te sèlman. detekte nan 58 (6 pousan ) nan 965 echantiyon an Me, 2021.20 Omicron te klase nan twa sublineages, youn (BA.2) nan yo ki pa genyen His69_ Val70del epi se poutèt sa pa idantifye pa SGTF. Done genòm ki soti Novanm 2021, nan Lafrik di sid, te montre ke, nan 881 sekans omikwon, 872 (99 pousan) te BA.1, youn (<1%) was="" ba.2,="" and="" eight="" (1%)="" were="" ba.3.20="" although="" genome="" data="" for="" non-sgtf="" infections="" were="" not="" available,="" of="" samples="" sequenced="" in="" south="" africa,="" 617="" (84·2%)="" of="" 733="" were="" delta="" and="" one="" (0·1%)="" of="" 733="" was="" omicron="" in="" october="" 2021,="" and="" 148="" (13·7%)="" of="" 1082="" were="" delta="" and="" 881="" (81·4%)="" of="" 1082="" were="" omicron="" in="" november="" 2021,="" suggesting="" that="" the="" majority="" of="" non-sgtf="" infections="" were="" delta.20="" third,="" our="" analysis="" was="" done="" during="" the="" early="" fourth="" wave,="" in="" which="" numbers="" of="" people="" with="" covid-19="" were="" small,="" patients="" with="" milder="" symptoms="" were="" more="" likely="" to="" be="" admitted="" to="" the="" hospital="" (compared="" with="" peak="" wave="" periods),="" and="" there="" could="" have="" been="" a="" lag="" in="" hospitalizations="" and="" severe="" disease="" outcomes="" caused="" by="" the="" omicron="" variant.="" we="" accounted="" for="" this="" limitation="" by="" only="" including="" hospitalized="" patients="" with="" known="" outcomes,="" censoring="" cases="" to="" ensure="" at="" least="" 3="" weeks="" of="" follow-up,="" and="" adjusting="" for="" the="" time="" interval="" between="" diagnosis="" and="" hospitalization="" in="" the="" severity="" models.="" the="" inclusion="" of="" individuals="" only="" with="" accumulated="" in-hospital="" outcomes="" could="" have="" biased="" individuals="" with="" sgtf="" infections="" towards="" shorter="" hospital="" stays;="" hence,="" this="" result="" should="" be="" interpreted="" with="" caution.="" fourth,="" we="" compared="" individuals="" with="" covid-19="" during="" the="" full="" delta="" wave="" to="" those="" with="" covid-19="" during="" the="" ascending="" phase="" of="" the="" omicron="" wave,="" which="" could="" have="" biased="" comparisons="" if="" case="" characteristics="" differ="" between="" ascending="" and="" descending="" wave="" phases="" or="" if="" the="" threshold="" for="" hospitalization="" changed="" in="" the="" different="" time="" periods.="" data="" from="" the="" datcov="" program="" suggest="" that="" the="" proportion="" of="" patients="" with="" severe="" covid-19="" does="" not="" vary="" substantially="" through="" the="" different="" wave="" phases.11="" finally,="" we="" only="" had="" information="" on="" vaccination="" status="" for="" hospitalized="" individuals="" with="" covid-19,="" which="" was="" also="" based="" on="">

Malgre ke variant omicron yo te detekte sèlman dènyèman, te gen yon ogmantasyon rapid nan prévalence de enfeksyon SGTF atravè tout pwovens Sid Afriken yo pandan Novanm 2021, ak ranplasman prèske nèt sou tout pwen nan variant delta nan yon peryòd de 4 semèn. Analiz byen bonè nou yo endike yon risk siyifikativman redwi pou admisyon nan lopital pami moun ki enfekte ak SGTF konpare ak moun ki pa enfekte ak SGTF yo te dyagnostike ant 1ye oktòb ak 30 novanm 2021, ak yon risk redwi pou maladi grav nan mitan moun ki enfekte ak SGTF konpare ak variant delta. moun ki enfekte. Iminite (akòz enfeksyon anvan, vaksinasyon, oswa toude) nan moun ki enfekte ak variant omicron an ta ka, an pati, konte pou severite redwi sa a. Potansyèl virilans intrinsèque redwi anrapò ak variant omikwon an ta ka kontribiye tou nan rediksyon obsève nan severite COVID-19. Etid alavni ki konekte done sou estati vaksinasyon ki soti nan rejis vaksen yo ta ka bay enfòmasyon sou diminisyon nan severite maladi a nan ka dekouvèt COVID-19 apre vaksinasyon an. Done sa yo byen bonè epi rezilta yo ka chanje ak tan anplis pou swivi pou moun ki enfekte ak SGTF yo te fèk dyagnostike yo.

benefis cistanche salsapouiminite

Referans

1 Viana R, Moyo S, Amoako DG, et al. Ekspansyon epidemi rapid nan varyant omicron SARS-CoV-2 nan Sid Afrik. Lanati 2022; pibliye sou entènèt 7 janvye.

2 Enstiti Nasyonal pou Maladi Kontajye yo. Brèf epidemyoloji COVID-19 chak semèn. Afrik di Sid. Semèn 48 2021. 2021.

3 KI MOUN. Klasifikasyon omicron (B.1.1.529): SARS-CoV-2 varyant enkyetid. 26 novanm 2021.

4 Scheepers C, Everatt J, Amoako DG, et al. Evolisyon kontinyèl SARS-CoV-2 nan Lafrik di sid: yon nouvo liy ak akimilasyon rapid nan mitasyon enkyetid ak deteksyon mondyal. medRxiv 2021; pibliye sou entènèt 24 out.

5 Enstiti Nasyonal pou Maladi Kontajye yo. Etabli yon platfòm siveyans pou evalye enpak klinik SARS-CoV-2 (DATCOV-Gen) nan Lafrik di sid. Oktòb 2021.

6 Scott L, Hsiao N, Moyo S, et al. Swiv gaye omicron ak done molekilè. Syans 2021; 374: 1454–55.

7 Cohen C, Moyes J, Tempia S, et al. Enfeksyon respiratwa grav ki asosye ak grip nan anviwònman gwo prévalence VIH, Lafrik di sid, 2009-2011.

8 Jassat W, Cohen C, Tempia S, et al. Faktè risk pou mòtalite nan lopital ki gen rapò ak COVID-19- nan yon anviwònman gwo VIH ak tibèkiloz nan Lafrik di sid: yon etid kòwòt. Lancet VIH 2021; 8: e554–67.

9 Sante Piblik Angletè. Ankèt sou nouvo variant SARS-CoV-2. Variant nan enkyetid 202012/01. Brèf teknik 5. 2021.

10 Enstiti Nasyonal pou Maladi Kontajye yo. Definisyon pwopoze vag COVID-19 nan Lafrik di sid. Novanm 2021.

11 Enstiti Nasyonal pou Maladi Kontajye yo. Mizajou siveyans lopital chak semèn (DATCOV). Semèn 48. 2021.

12 Madhi SA, Kwatra G, Myers JE, et al. Iminite popilasyon Sid Afriken ak grav Covid-19 ak variant omicron. medRxiv 2021; pibliye sou entènèt 21 desanm.

13 Depatman Sante Nasyonal. Dènye estatistik vaksen yo.

14 Sid Afriken COVID-19 Modeling Consortium. Mizajou modèl COVID-19: konsiderasyon pou yon potansyèl katriyèm vag. 17 novanm 2021.

15 Pulliam JRC, van Schalkwyk C, Govender N, et al. Ogmantasyon risk pou re-enfeksyon SARS-CoV-2 ki asosye ak aparisyon variant omicron an nan Lafrik di sid. medRxiv 2021; pibliye sou entènèt 2 desanm.

16 Kleynhans J, Tempia S, Wolter N, et al. Seroprevalans SARS-CoV-2 nan yon kowòt kay riral ak iben pandan premye ak dezyèm vag enfeksyon, Lafrik di sid, Jiyè 2020-Mas 2021. Emerg Infect Dis 2021; 27: 3020–29.

17 Abu-Raddad LJ, Chemaitelly H, Bertollini R. Gravite re-enfeksyon SARS-CoV-2 an konparezon ak enfeksyon prensipal yo. N Engl J Med 2021; 385: 2487–89.

18 Meng B, Ferreira IATM, Abdullahi A, et al. SARS-CoV-2 omicron spike medyatè chape iminitè, enfeksyon, ak fizyon selil-selil. bioRxiv 2021; pibliye sou entènèt 22 desanm.

19 HKUMed. HKUMed jwenn omicron SARS-CoV-2 ka enfekte pi vit ak pi bon pase delta nan bwonch imen men ak yon enfeksyon mwens grav nan poumon an. 15 desanm 2021.

20 Enstiti Nasyonal pou Maladi Kontajye yo. Rezo pou siveyans jenomik nan Lafrik di sid. Mizajou siveyans jenomik SARS-CoV-2. 17 desanm 2021.