Analiz an silico de yon peptide venen parazitoid Drosophila revele prévalans motif clip kation-polè-katyon nan pati 2 Pwoteyin Knottin.

2.6. Yon Clip CPC prezan tou nan Drosomycin Antimicrobienne Peptide la

Kontrèman ak LhKNOT, estrikti Drosomycin gen yon pliye diferan ak yon alfa-helix ak yon trese twa-cheche beta-fèy, ki se estabilize pa twa pon disulfide [43]. Motif estriktirèl sa a, ki rele yon "cysteine ​​stabilized -motif", yo jwenn tou nan lòt pwoteyin defans lame tankou defensin ensèk anti-bakteri A, toksin eskòpyon, tionin plant, ak defensin plant antifonjik [43,44].

-helix se yon polipèptid ki gen gwo aktivite byolojik, ki ka aktive sistèm iminitè imen an ak amelyore iminite imen an, kidonk anpeche ak trete divès maladi. Etid yo montre ke -helix gen efè pou amelyore fonksyon iminitè a, ka amelyore anpil kapasite fagositik nan macrophages ak aktivite selil T yo, amelyore rezistans kò a nan mikwo-òganis patojèn ekstèn, diminye sansiblite kò a nan anviwònman negatif, ak ankouraje sante.

Iminite enpòtan anpil pou sante moun. Li ka ede nou reziste kont divès maladi, kenbe kondisyon fizik, ak amelyore rezistans maladi. Sepandan, moun ap viv nan yon anviwònman ki plen ak divès kalite ekspoze a patojèn ak polisyon nan anviwònman an, epi iminite fasil afekte. Se poutèt sa, amelyore iminite trè nesesè pou kenbe sante moun.

Kòm yon peptide natirèl aktif, -helix ka pa sèlman kontwole sistèm iminitè a ak amelyore iminite, men tou jwe yon bon wòl nan anpeche maladi kadyovaskilè ak maladi metabolik, amelyore fonksyon fwa, diminye lipid nan san, ak sik nan san, ak amelyore fòs fizik ak anti. -kapasite fatig. Se poutèt sa, -helix te lajman itilize nan domèn medikaman, pwodwi swen sante, ak pwodui kosmetik, te reyalize efè remakab, e li te akeyi cho.

Nan ti bout tan, -helix se pre relasyon ak iminite imen, li ka estimile iminite imen ak jwe yon wòl enpòtan nan asire sante moun ak lonjevite. Nan lavi ak travay nan lavni, nou ta dwe aktivman amelyore iminite, amelyore abitid k ap viv, fè egzèsis ak ajisteman rejim byen, konsidere itilize -helix pou amelyore iminite, ak plis aktivman rankontre defi ak opòtinite nan lavni. Li ka wè ke nou bezwen amelyore iminite. Cistanche ka siyifikativman amelyore iminite paske polisakarid yo nan Cistanche ka kontwole repons iminitè a nan sistèm iminitè imen an, amelyore kapasite nan estrès nan selil iminitè, ak amelyore efè a bakterisid nan selil iminitè yo.

Klike sou sipleman cistanche deserticola

Bay fonksyon antimikwòb li te ye nan Drosomycin ak "cysteine ​​stabilized -motif" li yo [43,44], nou te egzamine posiblite pou yon baz komen pou aktivite antimikwòb ak relasyon estrikti-fonksyon pataje ak LhKNOT pou pi byen konprann siyifikasyon potansyèl de motif sa a. nan LhKNOT nan yon kontèks defans lame.

Malgre yon pliye estriktirèl yon ti kras diferan, Drosomycin kouvri nan yon RMSD nan 2.2Å nan tou de LhKNOT ak pB1 (Figi 5A). Lè analiz CPC clip anvan an te pwolonje nan Drosomycin, rezilta yo te revele prezans nan motif CPC clip nan Drosomycin tou. Motif clip CPC nan Drosomycin (R6-S{4-K38) tonbe nan yon devyasyon 2Å nan paramèt motif yo (Figi 5B, Tablo Siplemantè S5).

Anplis de sa, elektwostatik sifas Drosomycin konfime fòmasyon clip CPC a nan yon pòch obligatwa kasyonik jan yo obsève tou pou LhKNOT ak lòt knottins (Figi 5C, Tablo Siplemantè S5).

Rezilta sa yo sijere ke ka gen yon resanblans nan mòd nan aksyon nan Drosomycin ak LhKNOT e ke byochimik entegre nan motif estriktirèl sa a ka kondwi fonksyon antimikwòb nan tou de peptides.

Figi 5. (A) Sipèpozisyon LhKNOT (ble), peptide gerizon blesi nan Pereskia bleo (tan; pB1; kaktis; PDB: 5XBD) ak Drosomycin (vèt; Drosomycin; vole; PDB: 1MYN). (B) Distans yo mezire nan PyMOL ant sant mas rezidi k ap patisipe yo (psedo-atòm gri) nan entèraksyon Drosomycin-Heparin. Distans yo tonbe nan 2Å nan valè ranje motif CPC clip la. (C) Electrostatics andigman nan Drosomycin (vole; PDB: 1MYN), ki montre sifas la obligatwa pozitif ki te fòme pa clip CPC a kote eparin anbakache. Potansyèl elektwostatik sifas yo gradye koulè soti nan -4 kT/e (wouj) a plis 4 kT/e (ble).

3. Diskisyon ak espekilasyon

Fonksyon byochimik pwoteyin yo fasilite pa estrikti jeneral yo, ki rapòte 3-10 fwa pi byen konsève pase estrikti prensipal yo [45]. Kontinwe, aliyman sekans souvan tonbe kout nan mennen ankèt sou potansyèl la fonksyonèl nan pwoteyin tankou knottins, kote estrikti prensipal yo varye ka fènwa relasyon estrikti-fonksyon pataje.

Metòd in silico fasilite analiz laj nan korelasyon potansyèl estrikti-fonksyon pou pli enteresan sa yo [46-50]. Analiz detaye nou an sou estrikti LhKNOT ak omològ estriktirèl li yo sipòte lide ke pwoteyin parazit sa a gen karakteristik yon peptide knottin ak fonksyon nan defans lame: (a) alimèt ki pi pre LhKNOT yo se peptides antimikwòb; (b) Siyati Pfam LhKNOT a dekri li kòm "peptide antifonjik" ki gen sistèn; epi (c) gen yon clip CPC prezan.

Analiz de yon knottin blesi-geri peptide login pB1 soti nan kaktis fèy Pereskia bleo a okòmansman revele prezans nan yon clip CPC, yon siyati estriktirèl konsève nan pwoteyin eparin-obligatwa [42]. Li gen fonksyon ki gen rapò ak iminite ak siyal nan gerizon blesi ak kansè epi li itilize kòm yon anticoagulant [51].

GAG yo prezan sou sifas selil bèt yo epi yo vin tounen yon sib de pli zan pli popilè nan etid ki soti nan klinik ak kosmetik [52]. Motif klip CPC nan pwoteyin obligatwa eparin yo konsidere kòm motif minimòm obligatwa pou afinite eparin-obligatwa epi li defini pa relasyon espasyal espesifik ant twa rezidi, de kasyonik (Arg/Lys) ak yon sèl polè (Asn, Gln, Ser, Thr, Tyr).

Motif clip CPC sa a defini pa distans ant tou de kabòn nan résidus ki enplike yo ak distans ki genyen ant sant mas nan résidus ki enplike yo. Pwoteyin obligatwa eparin yo konnen yo kominike ak lòt substra ki chaje negatif, pi miyò manbràn sifas mikwòb yo [41].

Kòm yon rezilta, pwoteyin obligatwa eparin ka montre aktivite antimikwòb nan diferan degre [53]. Pandan ke mekanis egzak potansyèl antimikwòb sa a pa byen defini, li te ipotèz ke clip CPC a ka fasilite entèraksyon pwoteyin-mikwòb sa yo [41]. Nouvo wòl potansyèl nan eparin-obligatwa ap parèt, tankou nan entèvansyon potansyèl terapetik pou amyloidogenesis [54], kidonk konprann detèminan estriktirèl yo nan clip CPC a nan pwoteyin divès ka kle nan delimiter mekanis nan entèraksyon an ak dezòd li yo.

Yon siy pou yon mekanis antimikwòb posib pou LhKNOT soti nan konklizyon nou an ke ne inhibiteur sistein li yo ak sa yo ki nan lòt knottins egzamine isit la gen yon clip CPC intrinsèque nan pli yo (Tablo Siplemantè S5).

Li te note ke kondisyon estriktirèl ak byofizik pou kapasite pwoteyin eparin-obligatwa yo pou kominike avèk eparin yo frapan menm jan ak karakteristik estriktirèl yo nan anpil AMP li te ye [53]. Kidonk, motif clip CPC a ka anfòm kritè pou tou de kondisyon sa yo [41].

Dekouvèt nou an nan motif clip CPC sa a pa sèlman nan LhKNOT, men tou nan 75 lòt pwoteyin knottin ki gen rapò oswa ki pa gen rapò (Tablo Siplemantè S5) sijere ke motif clip CPC sa a ka yon karakteristik trè konsève nan pwoteyin knottin yo.

Ensidan an konyensidans nan motif nan clip CPC nan estrikti nan ne sistein nan divès pwoteyin sijere ke motif nan clip CPC tèt li ka kache fonksyon an antimikwòb. Sepandan, paske motif estriktirèl sa a idantifye tou nan knottins ofansif (Tablo Siplemantè S5), li ka sèvi tou yon wòl pi jeneral atravè motif entèraksyon clip CPC ki pi jeneralize sa a.

Dekouvèt yon sitatif CPC clip motif nan Drosomycin se curieux, kòm li koule limyè sou posib mekanis nan aksyon nan peptide antifonjik sa a ak sipòte yon posib fonksyon antimikwòb pou motif nan clip CPC tèt li. Etid anvan yo te montre enpòtans Drosomycin a résidus R6 ak K38, ki fè pati motif CPC clip li (R6-S4-K38), pou potansyèl antifonjik li yo; chanjman nan rezidi sa yo diminye aktivite antifonjik [55]. Analiz estriktirèl nou an nan gèp LhKNOT la ak resanblans li yo ak Drosophila Drosomycin ofri apèsi posib sou kapasite L. heterotoma a yo siprime lajman chemen TollNF-κB nan D. melanogaster e ankò reyisi sou lame iminitè-konpwomi.

Nan absans yon chemen iminitè Toll fonksyonèl, ak konsekans, san pwodiksyon Drosomycin, lav Drosophila ka souvan mourir nan patojèn opòtinis [11,13,56]. Aktivite antimikwòb sitatif LhKNOT yo ta ka defann lame a kont patojèn mikwòb opòtinis nan lav lame ki enfekte ak iminitè ki enfekte ak gèp ak devlope pupa. Altènativman, menm jan ak Drosomycin, LhKNOT ka pwovoke apoptoz emosit [57]. L. heteroatom EVs antre nan emosit apre enfeksyon [58], ak aktivite yo nan EVs konpwomi enkapsulasyon [19,21].

Yo montre klip CPC a asosye ak GAGs [41], ki se toujou omniprésente nan ensèk ki gen ladan Drosophila [59]. GAG silfat eparin nan mouch sèvi kòm reseptè faktè kwasans epi patisipe nan kreye ak kenbe gradyan mòfojenik [60]. Yo montre tou klip CPC a asosye avèk lipopolisakarid (LPS) [41]. Bakteri LPS, ki se pi gwo eleman sifas nan bakteri Gram-negatif, yo trè pisan stimulateur nan repons iminitè natirèl la nan divès espès ekaryotik ki gen ladan ensèk [61]. GAGs nan Drosophila kontwole tou obligatwa nan pwoteyin C, yon detèminan virulans nan gwoup B streptococcus [62].

Kidonk, li posib ke yon clip CPC ki gen LhKNOT ak Drosomycin (e petèt lòt AMP mouch, tankou Defensin [63]) ka modile siyal iminitè (ak/oswa obligatwa nan pwoteyin virulans patojèn nan), menm jan an afekte patojèn nan bakteri / metazoan. rezilta parazit. Etid anvan yo te montre ke twa knottins omologues (Alo-1, 2, 3) ki soti nan skarabe arleken Acrocinus longimanus yo aktif kont ledven, Candida glabrata [30]. Anplis de sa, yon peptide kandidasid ki fòme pò, Psacotheasin, atake Candida albicans [64]. Anfen, yon chanpiyon rouye patojèn nan plant, Melampsora lyrics-popilè, pwodui yon peptide knottin kòm efektè kandida li yo [65].

Konklizyon nou an ke plizyè peptides knottin ka sekrete pa gèp parazitoid granmoun nan Drosophila te inatandi ak curieux. Pandan ke fonksyon yo pa konnen, egzistans posib yon fanmi jèn knottin sijere kèk èkse nan fonksyon yo ki ka lye nan istwa a lavi parazit. Eksplorasyon pliye estriktirèl knottin nan knottins ki pa gen rapò ak knottin ki poko dekouvri yo pral pwouve yo gen anpil valè. Travay nou an bay yon ti lis rezidi enpòtan nan aktivite fizyolojik yo pwopoze a pou envestigasyon pwoteyin fanmi Knottin. Enfòmasyon sa yo ka enkòpore nan dekouvèt dwòg rasyonèl ak konsepsyon pou maladi enfeksyon ak terapi ki gen rapò.

4. Metòd

4.1. Sekans analiz

Premye analiz baz done sekans pwoteyin (nr) NCBI ki pa redondant (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein; jwenn aksè nan dat 4 avril 2018), baz done sekans Transcriptome Shotgun Assembly (TSA) (https: //www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/tsa; jwenn aksè nan dat 16 avril 2018) [66], ak Protein Data Bank (PDB; https://www.rcsb.org; jwenn aksè nan dat 5 jiyè 2018) [67] ak tout longè sekans asid amine L. heteroatom knottin peptide (GAJC01011813.1) lè l sèvi avèk NCBI BLAST (BLASTp; https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/ Blast. cgi; jwenn aksè nan 16). Avril 2018) [68] yo te itilize pou rekipere sekans pwoteyin ki gen rapò ak lòt òganis yo. Yo te fouye omològ adistans lè l sèvi avèk Pozisyon Espesifik Iteratif BLAST (PSI-BLAST; https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi; jwenn aksè nan 4 avril 2022) [69], ak Hidden Markov Models (HMMER; https://www.ebi.ac.uk/Tools/hmmer; jwenn aksè nan 6 avril 2022) [70,71]. Rechèch BLAST yo te ajiste a gwosè mo 2, ak matris nòt BLOSUM45, pandan y ap paramèt default yo te itilize pou HMMER.

Pou idantifye omològ knottin nan chwazi Leptopilina ak Ganaspis spp. pa aksesib nan baz done pwoteyin yo, rechèch vize lè l sèvi avèk tradui BLAST kont done jenomik ak transcriptomic yo te anplwaye. Pou idantifye plis L. heteroatom knottins, L. heteroatom fi transcriptome nan vant GAJC [72] ak transcriptomes yo tout kò ki soti nan Ground GHUQ (GenBank Accession: GHUP00000000; TSA: Leptopilina heteroatom souch Lh14, transcriptome shotgun) ak Espas GHUP (GenBank Aksesyon: GHUQ00000000; TSA: Leptopilina heteroatom souch Lh14, transcriptome gè) yo te fouye lè l sèvi avèk tblastn (e-valè papòt mete a 1, BLOSUM62, filtre konpleksite ki ba pèmèt, filtè pwoteksyon rekèt mete a 20 pousan. ) kont LhKNOT.

Menm jan an te fouye transcriptomes sa yo pou idantifye L. boulardi knottins: L. boulardi fanm nan vant transcriptome GAJA [72] ak tout kò transcriptomes yo nan Ground GITC (GenBank Accession: GITC00000000; TSA: Leptopilina boulardi souch Lb17, transcriptome shotgun), Space GISX (GenBank Aksesyon: GISX00000000; TSA: Leptopilina boulardi souch Lb17, transcriptome shotgun), ak GGGI00000000 (fi vant/tèt) [73]. Anplis de sa, rechèch vize pou Ganaspis spp. homolog yo te pote soti. Pou G. hookeri, GAIW00000000 TSA: Ganaspis spp.

Yo te fouye seri done G1 [74] (tblastn, papòt e-valè mete sou 1, BLOSUM45, filtre konpleksite ki ba pèmèt, filtè kouvèti rekèt mete sou 20 pousan) lè l sèvi avèk rekèt LhKNOT la. Zouti Expasy (web.expasy.org/translate/; jwenn aksè nan dat 9 desanm 2022) te itilize pou tradui sekans TSA sa yo [75]. Sekans peptide prevwa ki kapab lakòz yo te seleksyone manyèlman baze sou prezans motif sistein la. Pou G. brasiliensis, ki baze sou AUGUSTUS (http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus; jwenn aksè nan 9 avril 2020) [76] prediksyon jèn ki soti nan sekans jenomik ki pasyèlman reyini (Gen-Bank: GCA{{15} }.1) yo te fè lè l sèvi avèk modil fòmasyon nan genomic Nasonia vitripenis.

Pwoteyin yo prevwa ki kapab lakòz yo te fouye lè l sèvi avèk blastp (papòt e-valè mete sou 1, filtre konpleksite ki ba pèmèt, filtè pwoteksyon rechèch mete nan 20 pousan) kont LhKNOT. Yo te fè aliyman ak vizyalizasyon lè l sèvi avèk Clustal Omega EBI a (https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo; jwenn aksè nan dat 9 desanm 2022) [77] pou konfime prezans motif knottin la ak pou plis konsèvasyon. sekans yo.

Ansanm sekans idantifye yo te aliyen ak LhKNOT pou kreye yon aliyman sekans miltip lè l sèvi avèk T-COFFEE (https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/tcoffee; jwenn aksè nan dat 9 desanm 2022) [78] ak vizyalize lè l sèvi avèk ESPript3 (https://espript.ibcp.fr/ESPript/ESPript/index.php; jwenn aksè nan dat 9 desanm 2022) [79] pou idantifye nenpòt rezidi konsève ak/oswa motif (yo) nan sekans ki aliye yo.

4.2. LhKNOT Prensipal Estrikti Analiz

Sekans LhKNOT la te analize tou pa baz done deteksyon domèn/motif Conserved Domain Database (CDD; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml; jwenn aksè nan dat 6 avril 2018) ak Pfam ( pfam.xfam.org; jwenn aksè nan dat 6 avril 2018) pou idantifye nenpòt domèn oswa siyati sekans [80,81].

Sekans lan te analize plis lè l sèvi avèk lojisyèl prediksyon sekans siyal SignalP{{0}}.0 (https://services.healthtech.dtu. dk/service.php?SignalP-5 .0; jwenn aksè nan 6 avril 2018) [82] ak Phobius (https://www.ebi.ac.uk/Tools/pfa/phobias; jwenn aksè nan 6 avril 2018) [83] pou idantifye kote sekans siyal la. epi pèmèt pou karakterizasyon pi egzak nan peptide a. Te peptide ki gen matirite nan 36 asid amine (ak sekans siyal la prevwa, résidus 1-24, retire) yo te itilize pou plis analiz.

Yo te prevwa estrikti segondè peptide a lè l sèvi avèk meta-sèvè Sympred (https://www.ibi.vu.nl/programs/sympredwww; jwenn aksè nan 6 avril 2018) [84] epi yo te analize pou konfime korespondans li ak segondè yo te espere. estrikti pou yon pliye knottin: yon premye segman alfa-helikal (sekans siyal prevwa) ki te swiv pa twa seksyon beta antiparalèl.

4.3. Prediksyon estrikti siperyè ak Evalyasyon LhKNOT ak omològ li yo

Pwogram I-Tasser (https://zhanggroup.org/I-TASSER; jwenn aksè nan dat 16 avril 2018) [85], Modeller (https://salilab.org/modeller; jwenn aksè nan dat 16 avril 2018) [{{7 }}], ak HHPred (https://toolkit.tuebingen.mpg.de/tools/hhpred; jwenn aksè nan 6 avril 2018) [37] yo te itilize pou modèl estrikti siperyè LhKNOT. Twa omològ estriktirèl ak pliye Alo-3 (PDB: 1Q3J) [30], omega-agatoxin-IVA (PDB: 1IVA) [28], ak PAFP-S (PDB: 1DKC) [25] yo te idantifye kòm kandida pi gwo epi yo te itilize kòm modèl nan pwogram bilding modèl.

Verify3D (https://www.doe-mbi.ucla.edu/verify3d; jwenn aksè nan 18 avril 2018) [39], VoroMQA (https://bioinformatics.lt/wtsam/voromqa;) te evalye modèl prevwa a pou LhKNOT. jwenn aksè nan 18 avril 2018) [40], ak Prosaweb (https://prosa.services.came.sbg.ac.at/prosa.php; jwenn aksè nan 18 avril 2018) [38]. Evalye ti peptides ak zouti evalyasyon estanda ka gen limit.

Kidonk, yo te itilize nòt ki soti nan estrikti siperyè rezolisyon nan NMR ak peptides kristalografi ki gen menm gwosè ak fòm (PDB: 1Q3J, 1IVA, ak 1DKC) pou entèprete nòt evalyasyon modèl LhKNOT nou yo. Yo te kreye modèl ki pi wo a lè l sèvi avèk HHPred [37], yon pwogram modélizasyon ki sèvi ak pwogram modèl ki kache, Modeller [86] lè l sèvi avèk yon apwòch modèl konparatif ki baze sou kontrent. Anplis de sa, zouti KNOTER3D baz done KNOTTIN la (https://www.dsimb.inserm.fr/KNOTTIN/knoter3d.php; jwenn aksè nan dat 15 me 2020) [36] te itilize pou evalye estrikti siperyè modèl la, ki konfime adopsyon LhKNOT nan Knottin pliye. Tout homolog yo idantifye ki pa gen okenn estrikti li te ye yo te modle lè l sèvi avèk modèl an tèt yo idantifye nan HHPred [37].

4.4. Idantifikasyon CPC Clip Motif

Sipèpozisyon modèl estriktirèl LhKNOT ak estrikti li te ye nan yon clip CPC ki gen peptide knottin ki soti nan kaktis Pereskia bleo (PDB: 5XBD) [26] lè l sèvi avèk pwogram Superpose (http://superpose.wishartlab.com; aksè nan dat 12 septanm 2{ {11}}18) [87] ak MultiProt (http://bioinfo3d.cs.tau.ac.il/MultiProt; jwenn aksè nan 12 septanm 2018) [88] sijere prezans nan yon motif CPC klip eparin-obligatwa. Pou konfime prezans clip CPC a nan LhKNOT, analiz docking lè l sèvi avèk pwogram nan, ClusPro 2.0 (ki ofri paramèt espesifik nan eparin kòm ligand; https://cluspro.org; jwenn aksè nan 2 Mas 2019) [89], ak analiz ki vin apre. nan prevwa senaryo debakadè nan pwogram vizyalizasyon an, PyMOL (https://pymol.org; jwenn aksè nan 10 mas 2019) [90] te fèt.

Tout senaryo debakadè potansyèl yo te analize pou idantifye résidus ki fòme motif clip CPC potatif la lè l sèvi avèk etap sa yo. Tout entèraksyon polè ant LhKNOT ak eparin yo te vizyalize nan PyMOL epi yo te konpile lis rezidi k ap patisipe yo. Lè sa a, prediksyon ki te genyen entèraksyon ki nesesè Cation-Polè-Cation yo te plis egzamine pou aderans ak paramèt motif CPC clip la lè yo mezire distans ant kabòn alfa nan résidus k ap patisipe yo ansanm ak distans ant sant mas nan résidus k ap patisipe yo. Yo te itilize zouti Sòsye "Mezi" PyMOL pou mezire distans ant -kabòn nan résidus k ap patisipe yo.

Pou evalye distans ki genyen ant sant mas yo, gen yon script itilizatè a ki disponib sou sitwèb Pymolwiki (Henschel, https://pymolwiki.org/index.php/Center_of_mass; jwenn aksè sou 15 mas 2019) te itilize pou jenere pseudo-atòm nan sant mas sidechain kalkile a. PyMOL a APBS Electrostatics Plugin [91] te itilize pou rann elektwostatik sifas pou LhKNOT modle a. Etap menm jan an te fèt pou idantifye motif clip CPC nan chak nan pwoteyin knottin ki rete yo nan Tablo Siplemantè S5.

4.5. Asosyasyon LhKNOT ak lòt GAG

Pou evalye si clip CPC a ta fasilite obligatwa ak GAG adisyonèl, yo te fè plis debakadè ak asid hyaluronik (PDB: 1HYA) ak silfat keratan (PDB: 1KES). Nan ka asid hyaluronik, atòm etranje (O, Na) yo te retire nan espas ki antoure molekil la. Yo te itilize modèl Keratan sulfat la jan li ye. Docking te fèt lè l sèvi avèk AutoDock (https://autodock.scripps.edu; jwenn aksè nan 7 avril 2020) [92], ak rezilta yo te vizyalize nan PyMOL. Lè sa a, rezilta yo te antre nan PDBSum (http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/pdbsum/Generate.html; jwenn aksè nan 10 avril 2020) [93] pou jenere Ligplots pou konfime GAG-CPC clip obligatwa. .

4.6. Pwoteyin-Heparin Docking analiz pou Mitasyon CPC Clip nan LhKNOT

Pou mennen ankèt sou enpòtans klip CPC a nan lyezon eparin, yo te pwodwi modèl mitasyon LhKNOT lè l sèvi avèk zouti mutajenèz PyMOL la, ranplase résidus clip CPC yo ak alanin. Modèl yo te kreye pa moso, premye ranplase jis R14, Lè sa a, R1 ak R14, epi finalman R14, R1, ak S3. Yo te fè debakadè eparin nan tout modèl lè l sèvi avèk ClusPro, epi yo te fè analiz jan sa dekri deja.

4.7. Pwoteyin-Heparin Docking analiz nan Omolog estriktirèl ak Drosomycin

Pou evalye plis prezans motif CPC clip nan fanmi knottin peptide a, metòd anvan yo te plis elaji nan (a) homolog estriktirèl nan LhKNOT (PDB: 5XBD, 1Q3J, 1IVA, ak 1DKC) [25,26,28,30. ]; (b) Drosophila Drosomycin (PDB: 1MYN) [43], yon peptide ak aktivite antifonjik li te ye; (c) modle pwoteyin knottin omològ ak (d) knottins reprezantan ki soti nan diferan kategori nan baz done a KNOTTIN. Yo te konsidere rezilta yo konfòme yo ak motif la si mezi yo te tonbe nan 3Å nan paramèt clip CPC yo, pou pèmèt pou kèk fleksibilite nan konformasyon bouk pwoteyin.

Materyèl siplemantè:

Ou ka telechaje enfòmasyon sipò sa yo nan https://www.mdpi.com/article/10.3390/pathogens12010143/s1. Tablo S1. Idantifye homolog nan LhKNOT lè l sèvi avèk diferan apwòch ki baze sou sekans. Tablo S2. Sitatif L. heterotoma homolog nan LhKNOT. Sekans yo te idantifye atravè tblastn nan twa seri done transcriptome Lh14 (gade Metòd pou nimewo asansyon).

Transkripsyon gwoupe pa selil lonbraj kode peptides knottin ki idantik. Nimewo aksesyon transkripsyon yo montre an fonse kode de peptides diferan. Rezilta yo te jwenn nan Tablo Deskripsyon ki disponib nan rezilta eksplozyon NCBI. Tablo S3. Sitatif L. boulardi knottin homolog nan LhKNOT. Sekans yo te idantifye atravè tblastn ki soti nan kat done transcriptome L. boulardi (gade Metòd pou nimewo asansyon). Peptid knottin ki idantik ki sòti nan diferan transkripsyon yo gwoupe pa koulè. Rezilta yo te rekipere nan Tablo Deskripsyon nan rezilta eksplozyon NCBI. Tablo S4.

Sekans knottin sitatif soti nan Ganaspis spp., omològ ak LhKNOT. G. hookeri sekans yo te idantifye ak tblastn, pandan y ap G. brasiliensis sekans yo te idantifye ak yon eksplozyon. Yo te jwenn rezilta pou G. hookeri ak G. brasiliensis nan Tablo Deskripsyon ki disponib nan rezilta rechèch NCBI yo. Sekans lonbraj kode peptides ki idantik. Tablo S5.

Yon lis résidus asid amine nan klip CPC yo egzamine knottin li te ye, peptides knottin modèl, ak Drosomycin. Yo montre mezi distans (Å) alfa-kabòn ak sant mas (atravè pseudo-atom) rezidi k ap patisipe nan motif klip kp idantifye yo. Kle: plis Knottins ofansif li te ye (toksin), Φ nan modèl silico, * pliye ki pa knottin, ± altène peptide putatif, make an vèt ak jòn pou delimiter peptides ki soti nan menm transkripsyon an. Figi S1: (A) Pwofil evalyasyon Prosa-web. Nòt Z nan modèl la reprezante kòm yon pwen nwa sou yon seri nòt Z nan estrikti li te ye nan PDB a (agòch) ak vizyalizasyon nan modèl la twa dimansyon LhKNOT ak résidus ki gen koulè soti nan ble a wouj nan lòd la ogmante. enèji rezidi (adwat). (B) Verifye pwofil evalyasyon an. Trase a montre nòt mwayèn ak anvan tout koreksyon 1D-3D pou LhKNOT epi panèl ki anlè a bay lis pousantaj résidus ki te fè nòt mwayèn 0.2 oswa pi wo.

Yon modèl ki pase gen omwen 80 pousan nan résidus li yo ki fè nòt pi wo a 0.2. (C) Pwofil evalyasyon VoroMQA. Nòt mondyal VoroMQA nan yon kontèks bon jan kalite nòt estrikti X-ray (agòch) ak trase nòt lokal la ak nòt jeneral pou LhKNOT (adwat). Figi S2. Ligplot ki montre entèraksyon LhKNOT ak silfat keratan (PDB: 1KES) gen ladan résidus clip CPC yo (R1-S3-R14). Liy vèt tirè yo montre entèraksyon kosyon idwojèn yo. Figi S3. Ligplot ki montre entèraksyon LhKNOT ak asid hyaluronik (PDB: 1HYA) gen ladan résidus clip CPC yo (R1-S3-R14).

Liy vèt tirè yo montre entèraksyon kosyon idwojèn yo. Figi S4. (A) Ligplot ki montre entèraksyon LhKNOT sovaj ki kominike avèk eparin atravè klip CPC prensipal la (R1-S3-R14). (B) Ligplot ki montre entèraksyon mutan R14A LhKNOT ki kominike avèk eparin atravè yon clip CPC segondè (R1-S3-R30). Liy vèt tirè yo montre entèraksyon kosyon idwojèn yo. Referans [94–111] yo site nan Materyèl siplemantè yo.

Kontribisyon otè:

Konsepyalizasyon, SS, SG, ak JA; metodoloji, JA, ak SS; validation, SS, SG, JA, JL, ak LVC; analiz fòmèl, JA, JL ak LVC; ankèt, JA, JL, ak LVC; resous, SS ak SG; gerizon done, JA, JL, ak LVC; ekri — preparasyon bouyon orijinal, JA; ekri-revizyon ak koreksyon, SS, SG, JA, JL ak LVC; vizyalizasyon, JA, ak JL; sipèvizyon, SS ak SG; administrasyon pwojè, SS ak SG Tout otè yo te li epi yo te dakò ak vèsyon ki te pibliye maniskri a.

Finansman:

Rechèch sa a pa te resevwa okenn finansman.

Deklarasyon Komisyon Konsèy Revizyon Enstitisyonèl:

Pa aplikab.

Deklarasyon Konsantman Enfòme:

Pa aplikab.

Deklarasyon Disponibilite Done:

Done yo prezante nan etid sa a disponib nan atik la ak Materyèl siplemantè.

Rekonesans:

Nou rekonesan anvè Brian Wey pou èd yo ak prediksyon jèn G. brasiliensis ak SA Tasnim Ahmed pou èd li nan fòma figi yo.

Konfli enterè:

Otè yo pa deklare okenn konfli enterè.

Referans

1. Penczykowski, RM; Laine, AL; Koskella, B. Konprann ekoloji ak evolisyon entèraksyon lame-parazit atravè echèl yo. Evol. Appl. 2015, 9, 37–52. [CrossRef] [PubMed]

2. Lambrechts, L.; Felous, S.; Koella, JC Entèaksyon koevolusyonè ant jenotip lame ak parazit. Tandans Parasitol. 2006, 22, 12–16. [CrossRef]

3. Quicke, DL parazit gèp; Springer: Dordrecht, Oland, 1997.

4. Poirié, M.; Colinet, D.; Gatti, J. Insights nan fonksyon ak evolisyon nan venen gèp parazitoid. Curr. Opinyon. Ensèk Sci. 2014, 6, 52–60. [CrossRef] [PubMed]

5. Kraaijeveld, AR; Godfray, HCJ Evolisyon rezistans lame ak kont-rezistans parazitoid. Adv. Parasitol. 2009, 70, 257–280. [CrossRef] [PubMed]

6. Burke, GR; Strand, MR Analiz sistematik nan yon asenal parazit gèp. Mol. Ekol. 2014, 23, 890–901. [CrossRef] [PubMed]

7. Yan, Z.; Fang, Q.; Wang, L.; Liu, J.; Zhu, Y.; Wang, F.; Li, F.; Warren, JH; Ye, G. Insights nan konpozisyon an venen ak evolisyon nan yon gèp endoparasitoid pa konbine analiz pwoteomik ak transcriptomic. Sci. Rep. 2016, 6, 19604. [CrossRef]

8. Lue, C.; Driskell, AC; Leips, J.; Buffington, ML Revizyon sou genus Leptopilina (Hymenoptera, Cynipoidea, Figitidae, Eucoilinae) ki soti nan Lès Etazini, ki gen ladan twa espès ki fèk dekri. J. Hymenoptera. Res. 2016, 53, 35–76. [CrossRef]

9. Seyè a, mwen menm; Hudgins, AD; Rajwani, R.; Morales, J.; Govind, S. Exploiter modèl natirèl Drosophila-parazitoid pou entegre iminite ensèk ak jenomik fonksyonèl. Curr. Opinyon. Ensèk Sci. 2014, 6, 61–67. [CrossRef]

10. Lee, MJ; Kalamarz, ME; Paddibhatla, I.; Ti, C.; Rajwani, R.; Govind, S. Virulence faktè ak estrateji nan Leptopilina spp.: repons selektif nan Drosophila gen tout pouvwa a. Adv. Parasitol. 2009, 70, 123–145. [CrossRef]

11. Buchon, N.; Silverman, N.; Cherry, S. Iminite nan Drosophila melanogaster — Soti nan rekonesans mikwòb rive nan fizyoloji òganis antye. Nat. Rev Immunol. 2014, 14, 796–810. [CrossRef]

12. Govind, S. Iminite natirèl nan Drosophila: Patojèn ak chemen. Ensèk Sci. 2008, 15, 29–43. [CrossRef]

13. Kounatidis, I.; Ligoxygakis, P. Drosophila kòm yon sistèm modèl pou debouche kouch iminite natirèl nan enfeksyon. Louvri Biol. 2012, 2, 120075. [CrossRef]

14. Schlenke, TA; Morales, J.; Govind, S.; Clark, AG Kontrèman estrateji enfeksyon nan parazitoid gèp jeneralis ak espesyalis nan Drosophila melanogaster. PLoS Pathog. 2007, 3, 1486–1501. [CrossRef]

15. Qiu, P.; Pan, PC; Govind, S. Yon wòl pou chemen Drosophila Toll/Cactus nan ematopoyez lav. Devlopman 1998, 125, 1909–1920. [CrossRef]

For more information:1950477648nn@gmail.com