Konsepsyon an silico de yon vaksen chimerik milti-epitop pwomis kont Mikobakteri Tibèkiloz Pati 1

Résumé

Tibèkiloz (TB) se yon menas sante mondyal, touye apeprè 1.5 milyon moun chak ane. Eliminasyon Mycobacterium tibèkiloz, prensipal ajan ki lakòz TB a, se de pli zan pli difisil akòz aparisyon anpil tansyon ki reziste dwòg. Vaksen an konsidere kòm yon fason efikas pou pwoteje lame a kont patojèn, men sèlman vaksen TB a apwouve klinikman, Bacillus Calmette-Guérin (BCG), gen pwoteksyon limite nan adilt. Yo te jwenn vaksen milti-epitop pou amelyore iminite kont maladi lè yo seleksyone konbine epitop ki soti nan plizyè pwoteyin kandida.

Tibèkiloz se yon maladi enfektye ki koze pa bakteri Mycobacterium tibèkiloz ki afekte sitou poumon yo men ki ka afekte lòt ògàn yo tou. Iminite jwe yon wòl enpòtan nan devlopman ak tretman TB.

Nan ka iminite ensifizan, Mycobacterium tibèkiloz ka fasil anvayi kò imen an epi devlope nan tibèkiloz. Pa egzanp, yon sistèm iminitè konpwomèt akòz sèten maladi oswa tretman medikal ogmante risk pou enfeksyon TB. Anplis de sa, faktè tankou malnitrisyon, move kalite lavi, ak twòp estrès ka febli tou iminite, ki mennen nan devlopman nan TB.

Se poutèt sa, kenbe bon sante ak ranfòse iminite trè enpòtan pou anpeche tibèkiloz. Iminite yo ka ranfòse atravè yon rejim alimantè ki an sante, fòm regilye, fè egzèsis apwopriye, ak ase dòmi, ki ka efektivman diminye risk pou yo trape divès maladi, tankou tibèkiloz.

Iminite enpòtan tou pou tretman ak rekiperasyon lè TB te deja rive. Plis sistèm iminitè a pi fò, se plis kò a ka defann tèt li kont yon atak bacillus TB a epi pwodui ase antikò pou konbat maladi a. Se poutèt sa, kenbe bon jan nitrisyon, fè egzèsis apwopriye, ak yon atitid pozitif ka amelyore iminite ak ankouraje rekiperasyon.

An konklizyon, gen yon relasyon solid ant iminite ak TB. Kenbe bon sante ak amelyore iminite se youn nan fason enpòtan yo anpeche ak trete tibèkiloz. Ann fè fas ak lavi yon fason pozitif, kenbe yon vi ki an sante, epi rete lwen maladi. Soti nan pwennvi sa a, nou bezwen amelyore iminite nou an. Cistanche ka siyifikativman amelyore iminite, paske sann vyann gen yon varyete de eleman biyolojik aktif, tankou polisakarid, de dyondyon, Huang Li, elatriye. Konpozan sa yo ka ankouraje sistèm iminitè a Divès kalite selil nan sistèm nan, ogmante aktivite iminitè yo.

Klike sou benefis sante nan cistanche

Etid sa a te vize konsepsyon yon vaksen milti-epitop kont TB lè l sèvi avèk yon apwòch imino-enfòmatik. Atravè anrichisman fonksyonèl, nou idantifye uit pwoteyin ki sekrete pa M. tibèkiloz ki swa obligatwa pou patojèn, sekrete nan espas ekstraselilè, oswa toude. Lè sa a, nou analize epitop pwoteyin sa yo epi chwazi 16 epitop lenfosit T asistan ak aktivite entèferon-induit, 15 epitop lenfosit T sitotoksik, ak 10 epitop lineyè Bcell, epi konjige yo ak adjuvant ak Pan HLA DR-binding epitop (PADRE) lè l sèvi avèk apwopriye. linkers.

Anplis, nou te prevwa estrikti siperyè vaksen sa a, entèraksyon potansyèl li ak Toll-Like Receptor-4 (TLR4), ak repons iminitè li ta ka lakòz. Rezilta yo te montre ke vaksen sa a te gen yon gwo afinite pou TLR4, ki ta ka siyifikativman estimile CD4 plus ak CD8 plis selil yo sekrete faktè iminitè ak lenfosit B yo sekrete imunoglobulin, pou jwenn bon iminite umoral ak selilè. An jeneral, yo te prevwa pwoteyin milti-epitop sa a ki estab, an sekirite, trè antijenik, ak trè iminojenik, ki gen potansyèl pou sèvi kòm yon vaksen mondyal kont TB.

1. Entwodiksyon

Tibèkiloz (TB), yon maladi trè kontajye ki te koze pa Mycobacterium tibèkiloz, se Òganizasyon Mondyal Lasante (OMS) klase kòm kòz prensipal lanmò nan yon sèl ajan enfektye [1-3]. Nan 2021, kantite moun ki mouri TB ak nouvo ka yo te estime yo te rive nan 1.6 milyon ak 10.6 milyon, respektivman [4]. Kounye a, tretman klinik la nan TB se relativman ra, ak konbinezon an nan plizyè dwòg antimikwòb se sitou itilize.
Sik chimyoterapi sa a trè long, anjeneral, pran nèf a douz mwa, oswa menm pi long [5], ki ogmante risk pou yo gen mitasyon ki reziste dwòg nan M. tibèkiloz [6,7]. Nan dènye ane yo, chimyoterapi te vin mwens efikas paske nan aparisyon ak ogmante pwopòsyon nan milti-dwòg ak anpil dwòg-rezistan M. tibèkiloz [6]. Anpeche TB devlope ka pi efikas pase trete li. Vaksinasyon se byen li te ye kòm yon fason efikas pwoteje lame a kont bakteri patojèn [8].

Kounye a, Bacillus Calmette-Guérin (BCG), ki te devlope plis pase 100 ane de sa, se sèlman vaksen TB ki apwouve klinikman [9]. Malerezman, BCG sèlman pwoteje tibebe ki fenk fèt ak tibebe epi li lajman efikas kont adolesan ak adilt [2,10], byenke OMS rapòte ke 89 pousan nan ka TB nan 2021 se te granmoun [4]. Se poutèt sa, gen yon bezwen ijan pou devlope yon vaksen roman ak efikas kont TB, espesyalman pou adolesan ak adilt.

Devlopman vaksen TB a konplike pa plizyè karakteristik mikobakteri, tankou enfeksyon inaktif, pèsistans, ak evazyon iminitè [11-13]. Yo ta dwe fèt yon vaksen TB ideyal pou vize pwoteyin/chemen ki responsab pou pwopriyete sa yo nan M. tibèkiloz epi pou yo kapab pwovoke yon fason efikas CD4 plus ak CD8 plis T selil-medyatè repons iminitè [14].

Anplis, yon vaksen efikas ta dwe tou vize gwo konplèks istokonpatibilite lame a (MHC), ki trè polimòfik [15]. Karakteristik sa yo mete pi devan kondisyon trè wo pou adaptabilite nan vaksen an, ki evidamman pa ka reyalize pa yon sèl pwoteyin natirèl. Vaksen milti-epitop, yon pwoteyin recombinant ki fòme ak yon seri epitop (peptides) sipèpoze [16], se yon nouvo kalite kandida vaksen ki ka adrese pwoblèm ki anwo yo.

Nan dènye ane yo, vaksen milti-epitop yo te atire anpil atansyon akòz avantaj yo genyen nan pi wo iminite ak pi ba alèjisite pase vaksen konvansyonèl yo [17,18]. Kounye a, vaksen milti-epitop yo te fèt kont anpil mikwo-òganis patojèn, ki gen ladan Shigella spp. [19], viris afye-bouch [20], Helicobacter pylori [21,22], viris epatit B [23], Toxoplasma gondii [24], Leishmania infantum [25], viris Nipah [26], Onchocerca volvulus [27], Pseudomonas aeruginosa [28], ak viris leukoz [29].

An patikilye, aparisyon pandemi COVID{0}} ranfòse aplikasyon teknoloji sa a [16,30–32]. Kòm pou TB, plizyè vaksen milti-epitop yo te fèt pou vize TB natirèlman aktif [33-39] ak TB inaktif [40,41]. Pami yo, twa kandida vaksen yo te fèt sou fòm ADN [34,36,40], e de nan yo te enkòpore epitop nan kolòn vètebral pwoteyin yo pou jenere vaksen recombinant [34,36].

Li ta dwe remake ke pwoteyin kandida yo pou kèk nan pi wo a vaksen milti-epitop yo chwazi owaza, epi pwoteksyon popilasyon an nan vaksen sa yo mande pou plis etid.

Anplis, de kandida vaksen TB milti-epitop ak gwo kouvèti popilasyon an te fèt, youn epitop te chwazi nan pwoteyin vesikil iminojèn exosomes ak pwopriyete patojèn [39], ak lòt la pa konsantre sou pwoteyin kandida, men dirèkteman chwazi trè konsève ak eksperimantal valide. epitop ki soti nan Immune Epitope Database (IEDB) [38]. Sepandan, pwoteyin kandida sa yo manke anrichisman fonksyonèl, epi kapasite kandida vaksen yo pou pwovoke sekresyon entèferon- (IFN-) rete pou amelyore.

Yon etid anvan te dedwi ke optimize rasyonèl nan epitop yo ka reyalize pa yon konbinezon de kapasite obligatwa MHC ak kapasite epitop la pou reyaji ak reseptè selil T [42]. Anplis de sa, yo te prevwa ke vaksen ak cytotoxik T lenfosit (CTL) A1, A2, A3, A24, ak B7 epitop obligatwa ta gen pwoteksyon nan prèske 100 pousan nan gwo gwoup etnik yo (Nwa, Azyatik, Panyòl, ak Caucasians).

Sepandan, jiska prezan pa te gen apwòch ki sanble pou konsepsyon yon vaksen TB. Nan etid sa a, nou te fèt yon vaksen TB milti-epitop ki trè promiscue lè l sèvi avèk divès karakteristik antijenik nan uit pwoteyin ki anrichi fonksyon. Kandida vaksen chimerik la genyen 15 epitop CTL, 16 epitop lenfosit T asistan (HTL) ki gen pwopriyete ki pwovoke IFN- -, ak 10 epitop lineyè selil B. Analiz iminitè-enfòmatik te demontre ke kandida vaksen sa a te 'tout-anglobe', sa ki fè li yon potansyèl potansyal pou reyalize 'The End TB' estrateji.

2. Materyèl ak metòd

2.1. Seleksyon pwoteyin ak rekipere sekans

Pou konstwi yon vaksen milti-epitop kont TB, nou te premye chwazi pwoteyin nan konplèks M. tibèkiloz la, ki depoze nan baz done a IEDB [43] epi yo te valide kòm MHC klas I ak II obligatwa epitop. Sekans asid amine (estrikti prensipal) pwoteyin ki soti nan souch M. tuberculosis H37Rv yo te jwenn nan baz done UniProt [44]. Yo te jwenn prediksyon endepandan aliyman nan antijèn potansyèl ki baze sou pwopriyete fizikochimik nan VaxiJen 2.0 sèvè [45], ki te sibi transfòmasyon otomatik ak kwa-covariance (ACC) nan sekans pwoteyin nan yon vektè inifòm nan pi gwo asid amine. pwopriyete yo, ak papòt antigenisite fikse nan 0.4 pou chak pwoteyin bakteri [45,46].

Yo te evalye anotasyon fonksyonèl nan pwoteyin lè l sèvi avèk Database for Annotation, Visualization, and Integrated Discovery (DAVID) 6.8 [47]. Pwoteyin sekrete yo te plis anrichi lè l sèvi avèk de kategori: espas ekstraselilè ak patojèn atravè baz done DAVID ak BioCyc [48], respektivman. Proteome Homo sapiens GRCh38.p13 te telechaje nan fòma FASTA nan baz done Sant Nasyonal pou Enfòmasyon Bioteknoloji (NCBI) [49]. BLASTp te itilize pou predi omoloji (E-valè =1e{-5) ant pwoteyin sekrete ak pwoteyin H. sapiens.

2.2. Prediksyon epitop selil T

Prediksyon ak seleksyon epitop yo se etap enpòtan nan konstriksyon vaksen milti-epitop yo. Molekil MHC I mare peptides kout (9-11 asid amine) paske fann peptide-lye molekil MHC I ki fòme ak yon sèl chèn fèmen [50]. NetMHCpan-4.1 [51] ki aksesib a lib yo te itilize pou prediksyon CTL epitopes, ki itilize NNLign_MA pou jenere pousantaj pousantaj (ranj pousan) ki baze sou yon konbinezon de afinite obligatwa MHC I ak ligand elite. .

Yo te detèmine "Klasman pousan" yon sekans rechèch lè w konpare nòt prediksyon li yo ak distribisyon nòt prediksyon pou MHC ki enpòtan yo te kalkile lè l sèvi avèk yon seri peptides natif natal yo chwazi owaza. Epitopes ki gen yon klasman pousan < 0.5 pousan yo te konsidere kòm liyan fò, pandan y ap epitop ki gen yon klasman pousan < 2 pousan yo te konsidere kòm lyan fèb [51].

Malgre ke yo ka prevwa jiska 12 supertip MHC klas I sou sèvè a, nou itilize sèlman A1, A2, A3, A24, ak B7 paske senk sipètip sa yo kouvri 100 pousan nan gwo ras imen yo [42] . Nou te chwazi lyan solid epi nou te prevwa antijenisite yo lè l sèvi avèk VaxiJen2.0 [45], answit, nou te prevwa iminojenisite klas I lè l sèvi avèk International Epitope Database (IEDB) [52], ki itilize 3-pliye kwa-validasyon.

Finalman, nou te ranje epitop ki te antijenik ak imunojèn dapre pousantaj klasman ak chwazi 15 epitop ki ba-nòt, twa pou chak supertip ak omwen youn pou chak pwoteyin kandida, eksepte pou yon pwoteyin kandida ki pa t 'kapab gen yon epitop fò CTL obligatwa. ki se antijenik ak iminojenik. Finalman, yo te prevwa valè IC50 pou chak epitop CTL nan NetMHC-4.0 [53].
Klas II molekil MHC mare nan peptides antijenik, ak HTL ka rekonèt konplèks la ki kapab lakòz. Tipikman, peptides antijenik varye nan longè soti nan 12 a 20 résidus asid amine, men peptides ant 13 ak 16 résidus nan longè yo souvan obsève [54].

{{0}}Mers yo te epitop MHC II ki pi abondan pou M. tibèkiloz epi yo te depoze nan IEDB. Kòm yon rezilta, nou te itilize NetMHCIIpan-4.0 [51,55] pou predi lyezon 15-mer peptides ak Human Leukocyte Antigen-DR (HLA-DR), HLADQ, HLA-DP, ak H-2–1 alèl. Te prediksyon an tou ki baze sou NNLign_MA ak yon klasman pousan nan <2 pousan ak <10 pousan konsidere kòm lyan fò ak fèb, respektivman [51].

Epitou, nou te prevwa 15-mer IFN pwovoke epitop pou pwoteyin kandida lè l sèvi avèk sèvè IFNepitope [56], ki sèvi ak yon apwòch ibrid machin vektè sipò ki pèmèt tès depistaj vityèl nan IFN- -pwovoke peptide/epitop nan yon peptide. bibliyotèk ki gen ladan lyan IFN- -MHC II ki ka endwi ak ki pa endizib ki aktive selil T-helper yo. Lè sa a, nou te prevwa antijenisite nan epitop ki pwovoke IFN yo [45], epi finalman, nou te chwazi 16 epitop ki pi promiscuous ki te fò MHC-II obligatwa, IFN-inducing, ak antijenik.

Li enpòtan pou sonje ke peptides siyal yo te retire nan pwoteyin kandida anvan prediksyon epitop la. Nan etid sa a, yo te teste peptides siyal yo lè l sèvi avèk SignalP 5.0 [57] ak TargetP2.0 [58].

2.3. Prediksyon lineyè epitop selil B

Epitop selil B lineyè yo (16-mers) te prevwa lè l sèvi avèk ABCpred [59,60] ak yon papòt default 0.51. Anplis, pou ogmante fyab rezilta prediksyon yo, nou te itilize tou BepiPred 2.0 [61] pou predi epitop lineyè selil B yo. Epitop yo te jwenn nan de lojisyèl sa yo te sibi plis prediksyon antijenisite lè l sèvi avèk VaxiJen2.0 [45]. Finalman, nou chwazi dis epitop lineyè B-selil ki baze sou nòt segondè ABCpred ak antijenisite, ak omwen yon epitop chwazi pou chak pwoteyin kandida.

2.4. Konstriksyon kandida vaksen milti-epitop ak pwopriyete chimerik

Vaksen milti-epitop ki fèt la gen yon adjuvant HBHA (heparin-binding hemagglutinin), yon epitop Pan HLA DR-binding epitop (PADRE), 15 CTL, 16 HTL, 10 epitop lineyè selil B, ak yon etikèt His× 6 (Fig. 3). Linkers yo te itilize yo rantre nan epitop, anpeche pwodiksyon an nan epitop junction, ak amelyore pwosesyon an ak rejenerasyon nan epitop endividyèl nan vaksen chimerik [62].

Pou konstriksyon kandida vaksen sa a, adjuvant HBHA (UniProt ID: P9WIP9) te lokalize nan N-tèminal ak lye ak PADRE en a atravè yon linker EAAAK. Lè sa a, epitop HTL ansanm ak linkers GPGPG yo te lye ak PADRE. Anplis, epitop CTL ansanm ak linker AAY yo te konekte ak epitop HTL atravè linker HEYGAEALERAG, ki te tou rantre nan inite epitop CTL nan epitop lineyè B-selil ki lye lè l sèvi avèk linkers KK. Finalman, yon tag His× 6 te tache ak C-tèminal nan pwoteyin chimerik la.

2.5. Antijenisite, alèjisite, ak pwopriyete fizikochimik

Sèvè VaxiJen 2.0 [45] te prevwa antijenisite vaksen miltip-epitop la ak uit pwoteyin konpozan yo, alòske sèvè AllerTOP 2.0 te prevwa alèjisite pwoteyin sa yo [ 63]. AllerTOP 2.0 sèvi ak deskriptè E-asid amine, transfòmasyon ACC nan sekans pwoteyin, ak k-nearest neighbors (kNN) pou klasifikasyon alèrjèn.

Metòd la te reyalize 85.3 pousan presizyon ak 5-pliye kwa-validasyon. Pou prediksyon pwopriyete fizikochimik tankou mwatye lavi, pwen izoelektrik, endèks enstabilite, endèks alifatik, ak gwo mwayèn idropatik (GRAVY) vaksen miltip-epitop sa a, yo te itilize sèvè ExPASy ProtParam [64].
Anplis de sa, yo te evalye solubilite nan peptide vaksen milti-epitop lè l sèvi avèk sèvè proteinSol (PROSO II) [65] ki baze sou yon klasifikatè ki eksplwate diferans ki genyen sibtil ant pwoteyin ki ensolubl byen li te ye nan TargetDB ak pwoteyin yo idrosolubl nan tou de TargetDB ak PDB. 66]. Lè yo evalye lè l sèvi avèk 10-pliye validasyon kwa, li reyalize 71.0 pousan presizyon (zòn anba koub ROC=0.785).

2.6. Simulation iminitè

Pou karakterize pwofil repons iminitè a ak iminojenisite vaksen an, yo te fè simulation iminitè nan silico lè l sèvi avèk sèvè C-ImmSim [67]. C-ImmSim predi entèraksyon iminitè lè l sèvi avèk matris nòt pozisyon espesifik ki sòti nan teknik aprantisaj machin pou prediksyon peptide.
Li similye twa konpatiman ki reprezante twa rejyon anatomik separe yo jwenn nan mamifè yo: (i) mwèl zo a, kote selil souch ematopoyetik yo te similye pou pwodui nouvo lenfosit ak selil myeloid; (ii) timus la, kote selil T nayif yo te chwazi pou evite otoiminite; ak (iii) ògàn lenfatik la tankou gangliyon lenfatik.

Pou efektivman prepare ak ranfòse vaksen an, nou te swiv apwòch la nan [68] kote de piki yo te administre kat semèn apa. Tout paramèt simulation yo te mete nan valè default, ak etap tan yo te mete sou 10 ak 94 (chak etap tan se uit èdtan).

2.7. Prediksyon rejyon dezòd

Rejyon intrinsèque dezòdone (IDR) yo prezan nan anpil pwoteyin. Rejyon dezòd la te prevwa lè l sèvi avèk DISOPRED3 [69], ki sèvi ak DISOPRED2 ak de lòt modil ki baze sou aprantisaj machin ki fòme sou gwo IDR pou idantifye rezidi dezòdone. Lè sa a, yo te anno

2.8. Prediksyon estrikti segondè ak siperyè

Sèvè PSIPRED 4.0 [70] te prevwa estrikti segondè vaksen ki fèt la, ki premye itilize PSI-BLAST pou idantifye sekans ki gen rapò ak pwoteyin rechèch la. Yo te prevwa estrikti siperyè vaksen sa a lè l sèvi avèk sèvè Iterative Threading Assembly Refinement (I-TASSER) [71].

Gen kat etap kle nan modèl ITASSER; a) idantifikasyon modèl threading; b) simulation asanble estrikti iteratif; c) seleksyon modèl ak rafineman; ak d) annotasyon fonksyonèl ki baze sou estrikti [72,73].

I-TASSER te pwodwi senk modèl, ki te tès depistaj lè l sèvi avèk ProSA-web [74], epi yo te chwazi modèl ki gen pi ba nòt Z la pou plis rafineman. ProSA-web konpare nòt modèl yo jwenn nan estrikti eksperimantal verifye depoze nan PDB. Yon trase nòt bon jan kalite lokal yo ede idantifye zòn pwoblèm nan modèl la, e menm nòt yo te reprezante lè l sèvi avèk yon kòd koulè sou prezantasyon estrikti 3D la. Sa a itil pou detèminasyon estriktirèl bonè ak rafineman.

2.9. Rafineman estrikti siperyè

Modèl 3D "koryas" kandida a vaksen ITASSER te jwenn rafine nan de etap lè l sèvi avèk de sèvè; premye ak ModRefiner [75] ki te swiv pa GalaxyRefine [76]. ModRefiner sèvi ak tras C pou afekte konstriksyon ak rafineman pwoteyin yo jwenn nan minimize enèji nivo atomik de etap.

Premyèman, tras C yo te itilize pou konstwi chèn prensipal la, ki te swiv pa rafineman rotamè chèn bò yo ak atòm zo rèl do yo lè l sèvi avèk jaden fòs konpoze ki baze sou fizik ak konesans. GalaxyRefine itilize plizyè modèl pou jenere estrikti debaz serye, pandan y ap modèl ki baze sou optimize ki te kreye bouk oswa tèminal ki pa fyab.

2.10. Validasyon estrikti siperyè

Estrikti rafine kandida vaksen an te valide pa simityè Ramachandran ki te pwodwi nan baz done PROCHECK [77] ak MolProbity [78]. Siplo Ramachandran evalye konfòmasyon zo rèl do pwoteyin yo lè yo divize résidus asid amine an de rejyon: pèmèt ak pa pèmèt. PROCHECK itilize stereochimi pou evalye kalite estrikti pwoteyin yo lè l konpare yo ak estrikti rafine yo nan menm rezolisyon an epi prezante rejyon ki bezwen plis analiz.

Molprobity valide modèl makromolekil lokal ak mondyal (pwoteyin ak asid nikleyik) pa yon melanj de X-ray, RMN, enfòmatik, ak kritè kritè [79]. Pouvwa ak sansiblite pou optimize plasman idwojèn ak analiz kontak tout atòm yo lajman itilize nan yon vèsyon ki ajou nan jeyometri kovalan ak kritè ang Torsion [80].

2.11. Epitops selil B diskontinu

Epitop selil B discontinu nan estrikti pwoteyin natif natal yo te prevwa lè l sèvi avèk ElliPro [81]. ElliPro aplike twa algoritm pou apwoksimatif fòm pwoteyin kòm yon elipsoid, kalkile endèks pwotrusion rezidi (PI), ak grap rezidi vwazen yo baze sou valè PI yo. ElliPro bay chak epitop pwodiksyon ak yon nòt ki dekri kòm valè PI mwayèn pou rezidi epitop la. Yon elipsoid ak yon valè PI 0.9 konsiste de 90 pousan nan rezidi pwoteyin ki genyen yo, pandan y ap rès 10 pousan nan rezidi yo kouche deyò elipsoid la. Pou chak rezidi epitop, valè PI a kalkile apati sant mas rezidi a ki deyò pi gwo elipsoid posib la.

2.12. Docking molekilè nan pwoteyin chimerik

Molekilè anbafe vaksen an (ligand) ki fèt ak Toll-Like Receptor -4 (TLR4) (PDB ID: 3FXI) reseptè iminitè yo te fèt lè l sèvi avèk Patchdock [82]. Lè sa a, 10 premye modèl yo te rafine lè l sèvi avèk FireDock [83]. PatchDock ranplase reprezantasyon sifas pwen Connolly molekil yo ak plak konkav, konvèks ak plat.

Lè sa a, modèl yo te bay nòt ki baze sou anfòm jewometrik ak desolvasyon atomik. [82]. FireDock optimize konfòmasyon chèn bò ak oryantasyon kò rijid la epi jenere yon pwodiksyon yon konplèks 3D rafine ki baze sou enèji obligatwa a [83]. Nou te chwazi premye modèl Firedock ki baze sou enèji mondyal kòm konplèks debakadè a. Finalman, yo te prevwa enèji obligatwa ak kontni disosyasyon nan konplèks debakadè a lè l sèvi avèk sèvè PRODIGY [84].

2.13. Simulation dinamik molekilè

Simulation molekilè dinamik yo te fèt sou pwoteyin lè l sèvi avèk sèvè wèb la rapid ak aksesib gratis, kowòdone entèn sèvè analiz mòd nòmal (iMODS) [85], ak rezilta ki konsistan ak optimal yo te jwenn nan sèvè PatchDock-FireDock. Nan kowòdone entèn yo, Nòmal Mode Analiz (NMA) jenere mouvman kolektif kritik pou fonksyon makromolekilè. iMODS prezante mekanis pou eksplore mòd sa yo tankou analiz vibrasyon, animasyon mouvman, ak trajectoire morphing ki te fèt prèske entèaktif nan rezolisyon diferan [85].

2.14. Tradiksyon ranvèse, optimize kodon, ak klonaj in silico vaksen an

Pou byen eksprime kandida vaksen an nan selil Escherichia coli, yo te pwodwi cDNA nan silico atravè optimize kodon ak tradiksyon ranvèse lè l sèvi avèk Zouti Adaptasyon Kodon Java (JCAT) [86].

Optimizasyon te enplike (i) evite rho-endepandan terminateurs transcriptional, ii) evite prokaryotic ribosome obligatwa sit, (iii) evite sit klivaj nan anzim restriksyon NcoI ak XhoI, ki sèvi kòm sit restriksyon N-tèminal ak C-tèminal pou ensèsyon cDNA. modèl vaksen an, epi (iv) optimize sèlman yon pati nan aplike mutagenezis ki dirije sou sit la. Kodon Adaptasyon Index (CAI) ak kontni GC te prevwa bon jan kalite a nan cDNA a ak yon kodon opal stop (TGA) antre apre tag His× 6 la. Lè sa a, fragman ADN optimize kandida vaksen chimerik la te entegre nan fil ranvèse pET-28a(plus) lè l sèvi avèk zouti SnapGene [87].

For more information:1950477648nn@gmail.com