Kontakte:joanna.jia@wecistanche.com/ WhatsApp: 008618081934791

Klike la a pou enfòmasyon sou Pati I (Entwodiksyon, materyèl, ak metòd) nan atik sa a.

Pwoteomik tou pre-yon sèl selil Profile nan tubulèr proximal ak glomerulus nan ren nòmal imen an--Pati II

Tara K. Sigdel¹, Pòl D. Piehowski², Sudeshna Roy¹, Juliane Liberto¹, Jozye R. Hansen², Adam C. Swensen², Rui Zhao³, Ying Zhu³, Priyanka Rashmi¹, Andre Schroeder¹, Izabella Damm¹, Swastika Sur¹, Jinghui Luo⁴, Yingbao Yang⁴, Wei-Jun Qian²* ak Minnie M. Sarwal¹* pou Consortium Kidney Precision Medicine Project (KPMP).

Rezilta yo

OCT Frozen Kidney Collection Se Metòd Prefere pou Pwoteomik Tisi Ren

Pou menm kantite tisi D ', OCT jelerente bay plis pwoteyin pase seksyon FFPE ki soti nan menm ren an (OCT jele: 1871 ± 92 vs FFPE: 296 ± 10 ng pwoteyin; p <0.0017) sijere ke posib degradasyon pwoteyin nan FFPE, malgre tisi a te entegre nan parafine. blòk pou<2 months.="" bulk="" proteomics="" data="" from="" the="" two="" human="">ren(#1, #2) te demontre yon sipèpoze enpòtan nan pwoteyin idantifye ak 84 pousan sipèpoze ant 2 ren OCT yo (limit repwodiksyon=13.52, 97.96 pousan valè nan limit repwodiksyon an) ak 83 pousan sipèpoze nan menm ren an. pwoteyin ant 2 ren FFPE yo (limit repwodiksyon=24.43, 98.5 pousan valè nan limit repwodiksyon) (Tablo Siplemantè 1 ak Figi 2B). Nan chak ren, kèlkeswa metòd depo tisi a, ~ 70 pousan nan pwoteyin estriktirèl ren (sitou matris ekstraselilè) yo te konsève, ki sijere ke kèk pwoteyin yo te pi preferans detekte pa chak metòd. Pou evalye ki anrichisman pwoteyin yo wè ant diferan metòd koleksyon, nou te jwenn ke proteomik tisi OCT te bay plis pwoteyin ak gwo kantite espèk ki pi gran pase oswa egal a 5 (rapò chans=1.460601; 95 pousan entèval konfyans {{21} }.238969, 1.722593; p=4.472e-06), ki ka reflete pi bon prezèvasyon tisi ren nan OCT (Figi 2C). Analiz pwoteomik nan tisi OCT tou pran echantiyon plis pwoteyin inik kòm konpare ak tisi FFPE (rapò chans=3.207089; 95 pousan entèval konfyans=2.371221, 4.370600; p=4.985e{{ 38}}) (Figi 2D). Anplis de sa, anpil nan pwoteyin inik sa yo te jwenn ki ba-abondans epi yo gen plis chans yo dwe rate, menm ak tan prezèvasyon trè kout nan tisi ren nan FFPE. Kèlkeswa metòd prezèvasyon tisi a, nou te note ke te gen gwo sipèpoze nan chemen byolojik komen yo. Chemen yo enkli ti pwosesis metabolik molekil (p=2.59E{-121 pou OCT ak p=2.15E{-109 pou FFPE), pwosesis metabolik asid karboksilik (p {{47} }}.62E-80 pou OCT ak p=1.93 E{-76 pou FFPE), pwosesis metabolik asid òganik (p=1.26E-76 pou OCT). ak p=3.62E{-80 pou FFPE) ak pwosesis metabolis dwòg (p=7.90E{-83 pou OCT ak p=4.01E{{64} } pou FFPE). Done sa yo mete aksan sou fason pwoteomik nan tisi ren yo trè repwodiktif, kèlkeswa metòd prezèvasyon tisi yo pou de metòd yo teste.

Pwoteomik tisi ren yo trè repwodiktif sou tisi ren jele OCT transpòte

Nou analize done ki te pwodwi nan de sit yo (UCSF ak Ohio State University) ki te swiv menm pwotokòl la pou fè pwoteomik esansyèl, jan sa dekri nan seksyon metòd la. Remakab, ~ 70 pousan pwoteyin yo te souvan idantifye nan menm bagay larentrete nan de sit diferan ak konte espèk Pi gran pase oswa egal a 5 (r=0.95, P < 0.0001)="" (done="" kri="" yo="" bay="" nan="" tablo="" siplemantè="" 2).="" sa="" ki="" pi="" enpòtan,="" de="">renanbake soti nan yon sit santral pwodui done trè korelasyon (r=0.89, P=0.0001) (Tablo Siplemantè 2), sipòte ke pwotokòl yo analyse tisi an plas yo te byen solid.

Cistanche bon pouren

Optimizasyon nan kaptire selil ren yo lè l sèvi avèk mikrodiseksyon lazè (LCM)

Varye epesè nan seksyon OCT monte sou glisad PET soti nan menm bagay laren(n=2) yo te teste nan 5, 10, ak 20 μm epesè, an triple, pou repetibilite LCM. Seksyon 10 μm yo te jwenn ki pi pi bon nan tès LCM seri, lè l sèvi avèk sistèm Microdissection lazè Zeiss PALM MicroBeam (Cut Energy, 64; Cut Focus, 75). Selil koupe yo te kaptire sou bouchon adezif. Anplis repetibilite pwosesis LCM, nou menm tou nou te jwenn efikasite maksimòm kaptire nan selil catapulted nan 10 μm epesè seksyon OCT.

Pwoteomik nan selil sub-konpatiman nan ren nòmal imen idantifye pwoteyin glomerulè ak pwoksimal tubulèr anrichi ak inik.

Atravè 9 nòmal imen anrenprocessed by nscProteomics, with input of an average of 10–40 cells input each/Glom and PT fraction, we identified an average of ~2,560 proteins/sample. Interestingly, ~20% of the total proteins assessed by nscProteomics, from either sub-compartment overlapped across compartments/cells and bulk tissue, representing likely housekeeping or more structural kidney proteins that are not compartment specific. In a direct comparison of the two sub-compartments, 208 proteins were enriched (>2 fold) in Glom, and 67 were completely unique to Glom (absent in PT); and conversely, 247 proteins were enriched (>2 pliye) nan PT, ak 25 te inik nan PT (absan nan Glom) (Tablo Siplemantè 3). Malgre seri echantiyon relativman ti, nou menm tou nou te fè yon validation kwa-pakèt, trete chak pakèt kouri kòm yon seri endepandan. Menm ak yon ti seri inik nanren(2 nan pakèt 1, 4 nan pakèt 2), 210 pwoteyin Glom anrichi yo te trè korelasyon ant de seri endepandan yo, malgre done sa yo soti nan kowòt diferan nan nòmal.ren(r=0.83; Figi 3A) epi analize nan diferan moman. 246 Pwoteyin ki rich ak PT ta ka korelasyon tou ant de kowòt diferan nan ren nòmal (r=0.77; Figi 3B). Rezilta yo mete aksan sou ke nscProteomics se kapab idantifye sub-konpartiman pwoteyin espesifik konsève nan diferan inite fonksyonèl nan ren an reproductible.

Figi 3. (A) korelasyon yon ansanm de protéines 210 siyifikativman anrichi nanglomerulusant de pakèt diferan echantiyon ren endepandan. Pakèt 1 (kouri 1) te soti nan 2 ren ak Pakèt 2 (kouri 2) te soti nan 4 ren. Echèl koulè a ​​te chwazi pou dekri vizyèl abondans. Yon gwo korelasyon pozitif nan 0.83 ant abondans mwayèn nan menm seri pwoteyin ki soti nan de pakèt diferan Liy tirè wouj yo bay yon mezi pwopagasyon lè yo dekri entèval prediksyon 95 pousan pou valè abondans mwayen pwoteyin sa yo nan eksperyans repete nan lavni. (B) korelasyon de protéines 246 siyifikativman anrichi nantib proximalvs.glomerulusant de pakèt yo. Yon korelasyon pozitif 0.77 ant abondans mwayen menm pwoteyin sa yo ant de pakèt yo.

Pou rann kont espesifik nan apwòch la nscProtoemics pourenanaliz sub-lòj, nou konpare nscProteomics ren sub-konpatiman done Glom ak PT ak pwoteomik esansyèl nan menm seri tisi ren yo. Nou te jwenn ke ~ 25 pousan (n=656) nan pwoteyin yo idantifye nan tou de sub-konpatiman yo pa te menm detekte pa pwoteomik tisi esansyèl, paske yo te gen anpil chans nan abondans trè ba nan echantiyon an esansyèl; 118 Glom ak 74 PT pwoteyin anrichi pa t 'kapab detekte nan ren esansyèl, mete aksan sou limit la nan sèlman fè pwoteomik tisi esansyèl. Se sèlman 9 pousan nan pwoteyin Glom-espesifik, men yon pi gwo kantite 48 pousan PT-espesifik pwoteyin, te idantifye pa pwoteomik esansyèl ren, ki reflete abondans ki pi wo nan selil PT sou selil Glom nan nòmal la.ren. An reyalite, kèk makè li te ye pou selil glomerulè tankou podocin (NPHS2), eva-1 homolog B (EVA1B), MARCKS tankou 1 (MARCKSL1), faktè kwasans fibroblast 1 (FGF1), ak claudin 5 (CLDN5) te kapab. pa dwe idantifye pa pwoteomik bulk ren nan pwofondè estanda ~2,000.

cistanche pou amelyorerenfonksyon

Validasyon Glom ak Makè PT jan nscProteomics evalye

Yo te rapòte majorite pwoteyin sub-lòj yo kòm detekte nanrenpa IHC nan done deja pibliye (Human Protein Atlas) (25). Pwoteyin yo ki swa pa detekte pa IHC (ki make ak *) oswa done ki pa disponib (ki make ak **) yo endike nan Figi 4A, B. Nou te pran 26 pi gwo pwoteyin glom rich yo ak 26 PT pwoteyin espesifik ak entèwoje yon sèl selil. done transcriptomic (scRNA Seq done) pou "kwa-omics" entegrasyon ak validation (Figi 4B). Rezilta analiz entegre pi gwo makè Glom ak PT pa proteomik ak transcriptomics te demontre yon korelasyon solid nan kèk nan li te ye Glom ak PT makè pwoteyin yo. Makè Podocyte tankou PODXL ak CLIC5 ak makè PT tankou PDZK1 ak ANPEP yo te trè rich nan tou de done. Apa de valide makè li te ye, nscProteomics te idantifye tou pwoteyin ki idantifye nan abondans ki ba nan swa seri done transkriptomik yo oswa ansanm done IHC. Pou egzanp, PITPNB se yon makè glomerulè trè rich pa done nscProteomics; sepandan, deteksyon jèn sa a te ba nan done transcriptomic epi li pa te detekte pa IHC (25). Yon ka menm jan an te obsève ak SLC5A1, ki gen siyal yo te amelyore nan done nscProteomics men se pa nan transcriptomic oswa IHC datasets (Figi 4C).

Figi 4. (A) Heatmap ki montre distribisyon diferans nan abondans pwoteyin nan 5 nòmalren(pakèt 2), nan 26 pwoteyin (soti nan 372) ki pi siyifikativman anrichi nan G (vs T) ak 26 pwoteyin (soti nan 411) ki pi siyifikativman anrichi nan T (vs G), ak valè korespondan nan 2 echantiyon Bulk yo montre pou konparezon. . Abondans pwoteyin yo mezire kòm log 2 transfòme entansite relatif. Gwoupman san sipèvizyon pwoteyin enpòtan mete aksan sou seri pwoteyin ki gen rapò ak mezi resanblans distans Euclidean nan pi gwo seri anrichi diferansye yo. Li te note ke echantiyon Bulk gwoup ansanm ak echantiyon PT; sa a espere depitib proximalyo abondans gaye nan laren. (B) Korelasyon nan trase ekspresyon jèn nan done scRNA-seq soti nan imenren. Yo te chwazi jèn ki kode pwoteyin Glom-espesifik ak PT-espesifik ki prezante sou heatmap la. Ogmante gwosè pwen koresponn ak yon pi gwo pousantaj selil nan popilasyon selil ki eksprime jèn nan, pandan y ap yon koulè pi fonse koresponn ak yon ekspresyon ki pi wo nan jèn nan. PT,proximal tubulaires; Podo, podocytes; Mesye, selil mezanjyal; LOH, Loop of Henle, Selil iminitè; Endo, selil andotelyal; DT, tib distal; CD, kolekte kanal. *Siyen akote senbòl jèn la endike ke pwoteyin lan pa te detekte sou glomeruli jan yo rapòte pa Human Protein Atlas (https://www.proteinatlas.org), **Done pa disponib sou Human Protein Atlas (https://www. proteinatlas.org). (C) Pwoteyin reprezantan ki demontre kijan nscProteomics pa sèlman idantifye makè pozitif tankou PODXL ak PDZK1, men tou, idantifye makè pwoteyin tankou transcriptomics oswa imunohistochimik yo rate.

Byolojik enpòtans Glom ak PT Pwoteyin anrichi

Nou te itilize done ki te pwodwi atravè pwotokòl devlope pou nscProteomics pou gade pwoteyin ki te siyifikativman rich nan swa selil glomerulè yo oswa nan selil glomerulè yo.proximal tubulairesselil yo. 208 Pwoteyin Glom anrichi yo te rich nan transpò vesikul (FDR 3.6E-15) ak règleman nan òganizasyon eleman selilè (FDR 9.75E-14) kòm pi gwo pwosesis byolojik yo ak lyezon pwoteyin cytoskeletal (FDR 2.63). E-19) ak aktin-obligatwa (FDR 2.40E-17) pami fonksyon molekilè ki pi wo a. Anplis de sa, sitoskelèt aktin (FDR 3.73 E-25) ak adezyon fokal (FDR 4.07E-20) se te pi gwo eleman selilè anrichi yo. Pwoteyin 247 PT anrichi yo te rich nan ti pwosesis metabolik molekil (FDR 7.55E-50) ak pwosesis metabolik dwòg (FDR 5.00E{-41) kòm pi gwo pwosesis byolojik. Pwoteyin yo te rich pou aktivite oksidoreductase (FDR 9.07E-34) ak aktivite katalitik (FDR 1.05E-27) nan mitan fonksyon molekilè ki pi wo yo.

nscProteomics Idantifye seri inik nan Glom ak PT Pwoteyin

Apa de pwoteyin anrichi nan Glom oswa seksyon PT yo, 92 pwoteyin yo te swa inik nan Glom (n=67) oswa inik nan PT (n=25), paske yo te idantifye sèlman nan swa selil glomerulè yo. oswa laproximal tubulairesselil (Tablo 1). Pwoteyin yo idantifye sèlman nan selil glomerulè yo te rich nan fonksyon molekilè tankou actin-obligatwa (FDR 4.92E-06), cytoskeletal pwoteyin obligatwa (FDR 3.47E-05), integrin-obligatwa (3.9E{). {11}}), elatriye. Nou itilize lis sa a pou n entèwoje done ki disponib piblikman ki te deja rapòte prezans yo nanglomerulus. Pami 67 pwoteyin yo idantifye sèlman nan seksyon Glom, 41 yo te rapòte yo dwe prezan nan laren(25). Nan 41 pwoteyin sa yo, yon ti gwoup 18 (43.9 pousan) an akò avèk nscProteomics ak 23 (56.1 pousan) yo rapòte ke yo pa ogmante nan Glom konpare ak tubules. Pami 25 pwoteyin yo idantifye sèlman nan seksyon PT, 20 yo te rapòte yo dwe prezan nan laren(25). Pwoteyin sa yo anrichi nan fonksyon molekilè tankou aktivite transpòtè anyon òganik (FDR 6.34E-05), aktivite transpò transmembran asid carboxylic (FDR 1.4E-04), solite: aktivite simpòtè sodyòm (FDR 1.8 E). -04), elatriye. Nan 25 pwoteyin espesifik PT yo, yon ti gwoup 19 pwoteyin (95.0 pousan ) an akò ak nscProteomics epi sèlman 1 (5.0 pousan ) se rapòte ke yo pa ogmante nan tubul konpare ak Glom.

Tablo 1. Pwoteyin anrichi nan glomerulèr akproximal tubulairesselil idantifye pa nscProteomics.

Diskisyon

Avèk avansman rapid nan jenomik sèl-selil ak analiz transcriptomic, toujou gen yon bezwen ki pa satisfè fè etid paralèl sèl-selil sou echantiyon presye imen nan jaden an nan proteomik (27). Pwoteyin pwofil soti nan yon sèl-selil ap fè fas antrav soti nan vèti a ke nou pa gen kapasite anplifikasyon pwoteyin fason nou ka anplifye nukleotid. Nan premye aplikasyon sa a nan pwoteomik tou pre-sèl selil sou imen anren, nou demontre ke gaya etikèt-gratis quantification pwoteomik se posib pou kòm kèk 40renselil yo, espesifik nan diferan sous-konpatiman LCM. Pwotokòl yo devlope pou pwoteomik ren tou pre-sèl selil yo pral benefisye lòt chèchè k ap travay nan domèn maladi ren yo.

Yon etid resan pa Hoehne et al. demontre itilizasyon yon sèl-po Solid-Phase-enhanced Sample preparasyon (SP3) teknoloji pou analiz pwoteomik nan segman ren (4). Lè l sèvi avèk yon sèl glomeruli microdissected ak ~ 200 selil otè yo ilistre eterojenite nan pwoteòm yo soti nan glomeruli sèl soti nan modèl sourit ak pasyan imen. Yon lòt etid resan pa Song et al. (28) itilize tisi FFPE ki soti nan moun k ap resevwa transplantasyon ren pou kreye yon platfòm dyagnostik molekilè lè l sèvi avèk pwoteomik esansyèl. Nan maniskri sa a, nou te optimize ak analize an detay pwosesis la nan koleksyon tisi nan MS etabli yon pwotokòl estanda pou analiz pwoteomik nan ti echantiyon tisi. Premyèman, nou konpare metòd FFPE ak OCT nan depo tisi yo montre ke pandan ke gen yon gwo korelasyon ant de ansèyman done yo, tisi OCT bay pi wo kontni pwoteyin ak pi enpòtan kapasite nan idantifye pwoteyin ki ba abondans. Dezyèmman, pwotokòl MS pou pwoteomik esansyèl yo te optimize pou rezilta trè repwodiktif (r=0.95) ka jwenn nan sit diferan sou koupe seri, adjasan.renseksyon tisi yo. Twazyèmman, kote nou dekri yon apwòch pou koup mikrodiseksyon kaptire lazè pou redwi kantite echantiyon D 'a 10-40 selil ak yon teknoloji nano POTS ki fòme ak yon platfòm robotik pou okipe avèk presizyon volim piko-lit. Apwòch nou an pèmèt nou kontwole kantite D 'selil yo konsa amelyore repwodiksyon nan diferan echantiyon glom ak tubul. Akòz senplisite nan LCM ak presizyon nan teknoloji nano POTS, nou kwè ke etid nou an pral pèmèt adopsyon nan proteomik sou espesimèn presye klinik nan yon fason repwodiktif.

cistanche pou treterenfonksyon

Limit etid sa a gen ladan ti gwosè echantiyon an ak limit tisi ki pa t pèmèt nou fè validasyon espasyal tisi pa imunohistochimi. Pou pasyèlman soulaje limit sa a, nou bay analiz done entegre ak done scRNA Seq ki soti nan menm tisi yo pou konfime ke pwoteyin yo idantifye nanrensub-konpartiman yo idantifye tou nan menm selil tisi orijin nan pa transcription. Yon lòt limit se ke nou idantifye yon kantite restriksyon nan pwoteyin pa nscProteomics, gen anpil chans akòz ti materyèl antre, ki kouri risk pou kèk pwoteyin yo pa idantifye pa MS kòm yo ta ka renmen pi ba pase limit la nan deteksyon enstriman. Amelyorasyon nan sansiblite enstriman ak ekstraksyon pwoteyin nan ti echantiyon opinyon ka ede amelyore limit aktyèl sa a.

Nou rekonèt ke gen anpil varyab ki ka kontribye nan bon jan kalite a nan done yo. Tan nan depo, fiksatif FFPE (sa vle di, PFA vs Glutaraldehyde), longè tan nan fiksatif, tan nan frizè a / sou glas sèk / nan nitwojèn likid, apwòch pou solubilizasyon pwoteyin yo se kèk faktè ki ta ka kontribye nan rezilta proteomik. Li enpòtan pou reyalize ke menm byoloji derense pa toujou menm bagay la tou e sa se vre menm nan ren yo menm jan glomeruli nan menmrenbyopsi yo ka nan yon eta fonksyonèl diferan. Istolojikman,renkonpatiman yo trè eterojèn menm nan menm kondisyon maladi a. Lè nscProteomics kaptire menm rejyon yo nan ren yo soti nan diferan echantiyon opinyon, nscProteomics pèmèt pou entèwogasyon eterojenite nan konpatiman subselilè espesifik, ki se yon fòs nan teknoloji sa a.

Nou te obsève ke kèk pwoteyin sou-konpatiman idantifye pa nscProtoemics yo potansyèlman nouvo glomerulaire akproximal tubulairespwoteyin. Inovasyon nan analiz done entegre ak yon sèl selil RNA Seq nan menm bagay larenechantiyon, menm si preliminè, ta bay konfimasyon ke pwoteyin sa yo yo tout bon lokalize nan echantiyon yo / prevwa sou-rejyon yo.

Etid sa a bay apèsi sou konpleksite yo pa dekouvri nan modèl molekilè nanrensous-konpartiman nan sante ak sipòte aplikasyon an nan teknoloji sa a nan echantiyon maladi ren yo konprann perturbation nan pwoteyin nan diferan sub-konpatiman ren ki ka afekte preferans nan maladi ren diferan. Regilasyon diferans nan pwoteyin sa yo nan diferan maladi ren ta ka dekouvwi eterojenite klinik ak pronostik nan fenotip konplèks glomerular ak maladi Echafodaj ak dekouvri nouvo deklannche nan domaj ren ak rekiperasyon. Anplis de sa, bay mank nan nenpòt dwòg pwoteksyon ren, dekouvwi nouvo chemen sa yo nan rejyon espesifik nan ren an ka bay nouvo sib enpòtan pou konsepsyon dwòg rasyonèl pou adrese blesi espesifik nan diferan sous-konpatiman nan yon varyete de maladi ren.

Kidonk, an konklizyon, nou prezante yon workflow nscproteomics pou manyen 10-40renselil; amelyorasyon nan teknoloji sa a pote pwomès la diminye materyèl opinyon nan lavni nan nivo a sèl selil. Devlopman nan lavni tankou volim pwosesis optimize ak plis rafineman nan platfòm LC-MS la ap fèt.

Deklarasyon Disponibilite Done yo

Ou ka jwenn seri done yo pwodwi pou etid sa a nan PRIDE PXD015058 ak 10.6019/PXD015058.

Kontribisyon otè

TS ak MS konsèptualize etid la. TS, JLi, JH, ACS, RZ, YZ, PR, ID, SS, JLu, ak YY te ede nan pwosesis echantiyon ak jenerasyon done eksperimantal, TS, PP, SR, AS, W-JQ, ak MS kontribye nan analiz done ak preparasyon maniskri. Tout otè kontribye nan atik la epi apwouve vèsyon an soumèt.

Finansman

Finansman pou travay sa a te soti nanrenPrecision Medicine Project, NIDDK NIHUG3 -DK114937 (MS) ak R01 DK109720-02 (MS), DP3 DK110844 (W-JQ), R01 DK122160 (W-JQ), ak sipò nan men Divizyon Multi -Transplantasyon ògàn (MS).

Konfli enterè

Otè yo deklare ke rechèch la te fèt nan absans nenpòt relasyon komèsyal oswa finansye ki ta ka entèprete kòm yon konfli potansyèl de enterè.

Rekonesans

Nou rekonèt èd Zoltan Laszik ak Gyula Szabo nan UCSF pou èd ak pwosesis tisi. Samir Parekh ak Brad Rovin nan Ohio State University (OSU), pou kolaborasyon mas spesifikasyon sou pwoteomik esansyèl ak QC pou tisi pwoteomik esansyèl ki pataje ant UCSF ak OSU, ak Jeff Hodgin ak Matthias Kretzler nan University of Michigan pou jantiyès bay aksè a. referans larenechantiyon. Kèk nan travay eksperimantal ki dekri la a te fèt nan Laboratwa Syans Molekilè Anviwònman an, Laboratwa Nasyonal Pasifik Nòdwès, yon etablisman nasyonal itilizatè syantifik patwone pa Depatman Enèji anba Kontra DEAC05-76RL0 1830.

Materyèl siplemantè

Ou ka jwenn Materyèl Siplemantè pou atik sa a sou Entènèt: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmed.2020.00499/full#supplementary-material

Abreviyasyon yo

nscProteomics, pwoteomik tou pre-sèl selil; KPMP,renPwojè Medsin Precision; PT,proximal tubulaires; Glom, glomerulaire; LCM, lazè kaptire mikrodiseksyon; μPOTS, Microliter Processing nan yon sèl po pou echantiyon tras; OCT, Optimal tanperati koupe; FFPE, formalin-fiks parafine entegre; UM, University of Michigan; OSU, Ohio State University; DDM, n-dodecyl -D-maltoside; scRNA Seq, Sekans RNA yon sèl selil; IHC, imunohistochimi.

Soti nan: 'Proteomik tou pre-selil-selil Profiling nan tubulèr proximal ak glomerulus nan ren imen nòmal la' paTara K. Sigdel¹, Pòl D. Piehowski², Sudeshna Roy¹, Juliane Liberto¹, Jozye R. Hansen², Adam C. Swensen², Rui Zhao³, Ying Zhu³, Priyanka Rashmi¹, Andre Schroeder¹, Izabella Damm¹, Swastika Sur¹, Jinghui Luo⁴, Yingbao Yang⁴, Wei-Jun Qian²* ak Minnie M. Sarwal¹* pou Consortium Kidney Precision Medicine Project (KPMP).

---ORIGINAL RESEARCH atik Avant. Med., 17 septanm 2020|https://doi.org/10.3389/fmed.2020.00499

Referans

1. Lee JW, Chou CL, Knepper MA. Sekans gwo twou san fon nan tubul ren microdissected idantifye transcriptom espesifik segman nefwon yo. J Am Soc Nephrol. (2015) 26:2669–77. doi: 10.1681/ASN.2014111067 PubMed Abstract|CrossRef Tèks konplè|Google Scholar

2. Cisek K, Krochmal M, Klein J, Mischak H. Aplikasyon an nan milti-omik ak byoloji sistèm yo idantifye objektif ki ka geri nan kwonik.renmaladi. Nephrol Dial transplantasyon. (2016) 31:2003–11. doi: 10.1093/ndt/gfv364 PubMed Abstract|CrossRef Tèks konplè|Google Scholar

3. Wu H, Humphreys BD. Pwomès la nan sèl-selil RNA sekans pourenankèt maladi. Kidney Int. (2017) 92:1334–42. doi: 10.1016/j.kint.2017.06.033 PubMed Abstract|CrossRef Tèks konplè|Google Scholar

4. Hohne M, Frese CK, Grahammer F, Dafinger C, Ciarimboli G, Butt L, et al. Pwoteòm sèl-nephron konekte mòfoloji ak fonksyon nan proteinuricrenmaladi. Kidney Int. (2018) 93:1308–19. doi: 10.1016/j.kint.2017.12.012 PubMed Abstract|CrossRef Tèks konplè|Google Scholar

5. Wu H, Malone AF, Donnelly EL, Kirita Y, Uchimura K, Ramakrishnan SM, et al. Transcriptomic yon sèl selil nan yon imenrenechantiyon byopsi alogref defini yon repons enflamatwa divès. J Am Soc Nephrol. (2018) 29:2069–80. doi: 10.1681/ASN.2018020125 PubMed Abstract|CrossRef Tèks konplè|Google Scholar

6. Wilson PC, Humphreys BD. Transcriptomic ren ak organoid sèlil: fen kòmansman an. Pedyatr Nephrol. (2019) 35:191–7. doi: 10.1007/s00467-018-4177-y PubMed Abstract|CrossRef Tèks konplè|Google Scholar

7. Wu H, Kirita Y, Donnelly EL, Humphreys BD. Avantaj nan yon sèl-nwayo sou yon sèl-selil sekans RNA nan granmounren: kalite selil ki ra ak eta selil nouvo revele nan fibwoz. J Am Soc Nephrol. (2019) 30:23–32. doi: 10.1681/ASN.2018090912 PubMed Abstract|CrossRef Tèks konplè|Google Scholar

8. Shen Y, Tolic N, Massillon C, Pasa-Tolic L, Camp DG, Hixson KK, et al. Pwoteomik ultrasansib lè l sèvi avèk wo-efikasite sou-liy mikwo-SPE-nanoLC-nanoESI MS ak MS / MS. Anal Chem. (2004) 76:144–54. doi: 10.1021/ac030096q PubMed Abstract|CrossRef Tèks konplè|Google Scholar

9. Solèy L, Zhu G, Zhao Y, Yan X, Mou S, Dovichi NJ. Yon analiz ultrasensitive ak rapid anba-up nan kantite femtogram nan dijere pwoteòm konplèks. Angew Chem Int Ed Engl. (2013) 52:13661–4. doi: 10.1002/anie.201308139 PubMed Abstract|CrossRef Tèks konplè|Google Scholar

10. Zhu Y, Piechowski PD, Zhao R, Chen J, Shen Y, Moore RJ, et al. Platfòm pwosesis nanodroplet pou pwofil pwoteòm pwofon ak quantitative selil mamifè 10-100. Nat Commun. (2018) 9:882. doi: 10.1038/s41467-018-03367-w

PubMed Abstract|CrossRef Tèks konplè|Google Scholar

11. Xu K, Liang Y, Piechowski PD, Dou M, Schwarz KC, Zhao R, et al. Benchtop-konpatib echantiyon pwosesis workflow pou pwofil proteome nan<100 mammalian="" cells.="" anal="" bioanal="" chem.="" (2018)="" 411:4587–96.="" doi:="">

PubMed Abstract|CrossRef Tèks konplè|Google Scholar

12. Waanders LF, Chwalek K, Monetti M, Kumar C, Lammert E, Mann M. Kantitatif analiz pwoteomik nan ilo pankreyas sèl. Proc Natl Acad Sci USA. (2009) 106:18902–7. doi: 10.1073/pans.0908351106 PubMed Abstract|CrossRef Tèks konplè|Google Scholar

13. Wisniewski JR, Ostasiewicz P, Mann M. Segondè rekiperasyon FASP aplike nan analiz pwoteomik nan tisi kansè microdissected formalin-fixed paraffin-embedded rekipere makè kansè nan kolon li te ye. J Proteome Res. (2011) 10:3040–9. doi: 10.1021/pr200019m PubMed Abstract|CrossRef Tèks konplè|Google Scholar

14. Chen Q, Yan G, Gao M, Zhang X. Ultrasensitive protéome profilage pou 100 selil vivan pa piki selil dirèk, dijesyon sou entènèt ak analiz nano-LC-MS/MS. Anal Chem. (2015) 87:6674–80. doi: 10.1021/acs.analchem.5b00808 PubMed Abstract|CrossRef Tèks konplè|Google Scholar

15. Li S, Plouffe BD, Belov AM, Ray S, Wang X, Murthy SK, et al. Yon platfòm entegre pou izolasyon, pwosesis, ak pwofil pwoteomik ki baze sou espektometri mas nan selil ki ra nan san antye. Mol Cell Proteomics. (2015) 14:1672–83. doi: 10.1074/MCP.M114.045724 PubMed Abstract|CrossRef Tèks konplè|Google Scholar

16. Chen W, Wang S, Adhikari S, Deng Z, Wang L, Chen L, et al. Teknoloji senp epi entegre ki baze sou pwent vire aplike pou pwofil pwoteòm pwofon. Anal Chem. (2016) 88:4864–71. doi: 10.1021/acs.analchem.6b00631 PubMed Abstract|CrossRef Tèks konplè|Google Scholar

17. Huang EL, Piechowski PD, Orton DJ, Moore RJ, Qian WJ, Casey CP, et al. SNaPP: platfòm nanoproteomics senplifye pou analiz pwoteomik mondyal repwodiktif nan kantite pwoteyin nanogram yo. Andokrinoloji. (2016) 157:1307–14. doi: 10.1210/en.2015-1821 PubMed Abstract|CrossRef Tèks konplè|Google Scholar

18. Steffes MW, Schmidt D, McCrery R, ​​Basgen JM, Etid Entènasyonal Nephropathy Dyabetik G. Nimewo selil glomerulè nan matyè nòmal ak nan pasyan dyabetik tip 1.renEnt. (2001) 59:2104–13. doi: 10.1046/j.1523-1755.2001.00725.x

PubMed Abstract|CrossRef Tèks konplè|Google Scholar

19. Tyanova S, Temu T, Cox J. MaxQuant platfòm enfòmatik pou pwoteomik fizi ki baze sou spèktrometri mas. Nat Protoc. (2016) 11:2301–19. doi: 10.1038/nprot.2016.136 PubMed Abstract|CrossRef Tèks konplè|Google Scholar

20. Perez-Riverol Y, Csordas A, Bai J, Bernal-Llinares M, Hewapathirana S, Kundu DJ, et al. Baz done PRIDE ak zouti ak resous ki gen rapò an 2019: amelyore sipò pou done quantification. Asid Nukleik Res. (2019) 47:D442–50. doi: 10.1093/var/gky1106 PubMed Abstract|CrossRef Tèks konplè|Google Scholar

21. Estanda I. Metòd debaz pou detèmine repetibilite ak repwodiksyon yon metòd mezi estanda, Presizyon (verite ak presizyon) metòd mezi ak rezilta yo. Pati Standard Ògàn Int. (1994) 2:5725.

22. Bland JM, Altman DG. Metòd estatistik pou evalye akò ant de metòd mezi klinik. Lancet. (1986) ​​1:307–10. doi: 10.1016/S0140-6736(86)90837-8 PubMed Abstract|CrossRef Tèks konplè|Google Scholar

23. Lundgren DH, Hwang SI, Wu L, Han DK. Wòl konte espèk nan pwoteomik quantitative. Ekspè Rev Proteomik. (2010) 7:39–53. doi: 10.1586/epr.09.69 PubMed Abstract|CrossRef Tèks konplè|Google Scholar

24. Webb-Robertson BJ, Mccue LA, Waters KM, Matzke MM, Jacobs JM, Metz TO, et al. Analiz estatistik konbine nan entansite peptide ak ensidan peptide amelyore idantifikasyon peptides enpòtan nan done MS ki baze sou proteomik. J Proteome Res. (2010) 9:5748–56. doi: 10.1021/pr1005247 PubMed Abstract|CrossRef Tèks konplè|Google Scholar

25. Uhlen M, Fagerberg L, Hallstrom BM, Lindskog C, Oksvold P, Mardinoglu A, et al. Pwoteomik. Kat ki baze sou tisi nan pwoteòm imen an. Syans. (2015) 347:1260419. doi: 10.1126/science.1260419 PubMed Abstract|CrossRef Tèks konplè|Google Scholar 26. Schroeder AW, Sur S, Rashmi P, Damm I, Zarinsefat A, Kretzler M, et al. Roman imenrenSous-ansanm selil yo idantifye pa Mux-Seq. bioRxiv [Preprint]. (2020) doi: 10.1101/2020.03.02.973925 CrossRef Tèks konplè|Google Scholar

27. Marx V. Yon rèv pwoteomik yon sèl selil. Metòd Nat. (2019) 16:809–12. doi: 10.1038/s41592-019-0540-6 PubMed Abstract|CrossRef Tèks konplè|Google Scholar

28. Song L, Fang F, Liu P, Zeng G, Liu H, Zhao Y, et al. Pwoteomik kantitatif pou kontwole aksidan transplantasyon ren. Proteomics Clin Appl. (2020) 14:e1900036. doi: 10.1002/prca.201900036

PubMed Abstract|CrossRef Tèks konplè|Google Scholar