Mekanism nan efè estwojèn ki tankou nan glikozid dezè Cistanche: Sur soti nan rezo famasi ak transcriptomics
Apr 22, 2025
3. Rezilta eksperimantal yo
3.1 Rezilta analiz famasi rezo a
3.1.1 Rezo analiz de estwojèn ki tankou efè nan eleman aktif GCS '
Yon total de 40 konpoze nan GCs (Tab 1) yo te analize lè l sèvi avèk laTCMSP, Simmap, Elatriye, KoudakQusarbaz done. Apre yo fin retire kopi yo, yo te ranmase 183 objektif yo. Soti nan laGeneCardsakOmimBaz done, "estwojèn deficiency" oswa "nivo estwojèn ki ba" yo te itilize kòm mo kle pou rekipere objektif ki gen rapò ak objektif. Konbine objektif yo nan tou de sous ak retire kopi a nan 1,712 objektif maladi.
SeCytoscape v3.9.1, yon "konpoze - sib" (CT) rezo te vizualiz (Figi 1). Rezo a enkli 223 nœuds: 40 nœuds ki reprezante eleman aktif nan GCS ak 183 nœuds ki reprezante objektif yo, ki konekte pa 253 bor. Sèvi ak platfòm la dyagram Venn sou entènèt, entèseksyon an nan 40 GCS-espesifik jèn yo sib ak estwojèn-tankou jèn sib bay 72 sipèpoze "GCS-estwojèn ki tankou" jèn sib (Figi 2).
Sipleman Cistanche pou malfonksyònman seksyèl gason
3.1.2 Depistaj nan objektif debaz yo ak analiz rezo PPI
Yo te analize paramèt topolojik rezo a (degre, ant santral, ak santral fermeture). Valè medyàn yo nan paramèt sa yo te itilize kòm limit. Objektif satisfè tout twa kritè papòt yo te chwazi kòm objektif debaz pou efè yo estwojèn-tankou nan GCs. Yo te idantifye yon total 24 objektif debaz. SeCytoscape v3.9.1, yon "konpoze - sib nwayo - estwojèn -tankou" rezo te vizualiz (Figi 3). Anplis de sa, yo te yon rezo PPI nan objektif debaz yo konstwi (Figi 4).
3.1.3 Ale fonksyonèl ak KEGG chemen anrichisman analiz
Soti nan analiz la GO fonksyonèl, 35 antre enpòtan yo te idantifye. Baze sou korije P-valè, tèt 20 wout yo te chwazi (Figi 6). Sa yo prensipalman ki enplike fonksyon molekilè tankou sitokin reseptè obligatwa, estwojèn reseptè obligatwa, kwasans faktè reseptè obligatwa, ak aktivite reseptè nikleyè.
Analiz KEGG anrichisman chemen idantifye 83 chemen siyifikatif siyal. Top 20 wout yo, klase pa korije p-valè, yo te vizualiz (Figi 7). Kle estwojèn ki gen rapò ak chemen enkli:
Faktè necrosis timè (TNF) chemen siyalizasyon
Interleukin -17 (il -17) siyal chemen
Ipoksi-inducible faktè -1 (HIF -1) siyal chemen
Estwojèn siyal chemen
Chemen sa yo jwe wòl kritik nan efè yo estwojèn ki tankou nan GCs.
3.2 Entegrasyon ak done transcriptomic
3.2.1 analiz korelasyon ant objektif prevwa ak done transkriptomik
Sèvi ak laHGNCBaz done, 24 jèn yo sib nwayo prevwa pa famasi rezo yo te konvèti nan jèn rat omolog, sa ki lakòz 31 jèn. Apre yo fin retire kopi yo, 29 jèn rete. Pa konpare ak done transcriptomic, tout 29 objektif debaz (eksepteMcl1akGCG) te montre chanjman ekspresyon jèn. Rezilta yo montre nan tablo 2.
3.2.2 Analiz korelasyon ant chemen KEGG soti nan rezo famasi ak transkriptomik
Apre konvèti jèn yo sib debaz nan jèn rat omolog, yo te KEGG chemen anrichisman analiz fèt. Yo te idantifye yon total 1 0 8 chemen (avèk padjust <0. 05) pou jèn sib debaz yo. Analiz anrichisman KEGG nan done sekans transkriptomik idantifye 107 wout (ak padjust <0.05). Rezilta yo nan analiz la korelasyon ant rezo famasi ak transcriptomics yo montre nan Figi 8.
Te gen 68 chemen sipèpoze, ki gen ladan:
Estwojèn siyal chemen
Kan siyal chemen
TNF siyal chemen
Chemen yo sipèpoze matirite pou plis pase 60% nan wout yo total.
