Analiz pwoteomik kantitatif nan pasyan COVID-19: Fetuin-A ak tetranektin kòm modilateur potansyèl repons iminitè natirèl

REZIME

Tretman ka grav maladi coronavirus 2019 (COVID-19) trè enpòtan pou minimize lanmò ak domaj nan fen ògàn yo. Isit la nou te fè yon analiz pwoteomik echantiyon plasma ki soti nan pasyan COVID-19 modere, modere ak grav. Analiz te revele pwoteyin diferan eksprime ak diferan sib potansyèl terapetik ki gen rapò ak repons iminitè natirèl tankou fetuin-A, vitronectin (TN), ak paraoxonase -1 (PON1). Anplis de sa, chanjman pwoteyin nan plasma te montre deregleman konpleman ak kaskad koagulasyon nan pasyan COVID-19 konpare ak kontwòl ki an sante. An konklizyon, done pwoteomik nou yo sijere fetuin-A ak TN kòm sib potansyèl ki ta ka itilize pou dyagnostik ak siyati pou yon pi bon konpreyansyon patojèn maladi COVID-19.

Ògàn fen yo refere a tisi yo oswa ògàn ki finalman ranpli fonksyon espesifik nan kò imen an, tankou fwa a, ren, ak poumon. Domaj nan ògàn sa yo ka mennen nan yon varyete gwo maladi, tankou maladi ren kwonik, siwoz fwa, ak maladi kwonik obstriktif poumon. Iminite refere a repons iminitè kò a nan mikwo-òganis etranje patojèn ak tisi yo. Iminite kò a rete nòmal, sa ki ka anpeche ensidan an ak plis deteryorasyon maladi. Se poutèt sa, domaj nan fen ògàn yo se pre relasyon ak iminite, epi yo kominike afekte fonksyon iminitè a nan kò imen an.

Domaj nan fen ògàn yo ka lakòz domaj nan kantite ak kalite selil iminitè nan kò a. Pou egzanp, pasyan ki gen maladi fwa pral fè eksperyans leukopenia, fonksyon fwa nòmal, ak sentèz antikò redwi, ki pral fè yo pi fasil pou enfeksyon apre maladi; diminye fonksyon ren ap mennen nan uremi. Sendwòm, anemi, osteyopowoz, ak lòt maladi, faktè sa yo pral afekte fonksyon iminitè kò a tou. Nan lòt men an, repons iminitè kò a kapab tou afekte fen-ògàn yo, pou egzanp, repons iminitè twòp ka mennen nan epatit iminitè oswa nemoni anafilaktik. Entèaksyon domaj nan fen ògàn ak malfonksyònman iminitè fè kò a pi fasil pou maladi ak diminye lavi li.

Se poutèt sa, kenbe fonksyon nòmal fen-ògàn ak fonksyon iminitè solid se kle nan kenbe bon sante. Moun yo ta dwe anpeche domaj nan fen ògàn yo atravè yon bon vi, tankou yon rejim alimantè ki an sante, fè egzèsis apwopriye, ak detant, epi kenbe fonksyon iminitè nòmal nan prevansyon aktif ak tretman maladi. Li ka wè ke nou bezwen peye atansyon sou iminite nou an. Cistanche ka amelyore iminite, ak efè a bon. Polisakarid yo nan vyann lan ka kontwole repons iminitè a nan sistèm iminitè imen an, amelyore kapasite nan estrès nan selil iminitè, ak ranfòse selil iminitè yo. efè bakterisid.

Klike sou benefis sante nan cistanche

1. Entwodiksyon

Sendwòm respiratwa egi grav, coronavirus 2 (SARS-CoV-2), ki te koze maladi coronavirus 2019 (COVID-19) [1]. Maladi COVID-19 karakterize pa diferan fenotip klinik ki soti nan senptomatik, modere, ak modere ak grav oswa grav anpil, karakterize pa nemoni grav ak yon gwo risk pou yo mouri nan popilasyon granmoun aje espesyalman nan pasyan ki gen plis pase 70 ane. 2,3]. Vaksen yo te pwodwi an reta nan 2020 e pifò moun atravè lemond te pran vaksen ak omwen 2 dòz. Malgre diminisyon nan kantite moun ki enfekte yo ansanm ak ka grav yo rapòte, pwoblèm nan se byen lwen soti nan yo te rezoud ak kòz la nan pwogresyon nan maladi a nan kondisyon grav rete enkoni. Anplis de sa, SARS-CoV-2 menm jan ak lòt viris chanje sou tan, ak nouvo varyant yo ka gen yon modifikasyon nan pwopriyete orijinal yo tankou pwopagasyon ak severite maladi ki asosye, epi yo vin mwens (variant omicron) [4] oswa plis (delta). variant) [5] grav. Aparisyon potansyèl de nouvo variants toujou posib epi konprann mekanis yo nan chemen ki dèyè maladi COVID-19 trè kritik.

Li se byen li te ye ke malfonksyònman nan repons iminitè se pwoblèm nan pi gwo kont clearance nan viris la ak rekiperasyon nan maladi a. Anplis de sa, repons iminitè natirèl yo konsidere kòm faktè kle nan modulation pwogrè maladi a nan direksyon fenotip klinik ki senptomatik, modere, modere, grav oswa grav anpil [6,7]. Neutrophils ak monocyte/macrophages yo se eleman defans prensipal yo ki mennen repons iminitè natirèl yo pandan enfeksyon [8,9]. Pwoteyin Spike SARS-CoV-2 ka aktive macrophages dirèkteman atravè reseptè ACE2 ki prezan nan selil sa yo [10].

Pandan tout enfeksyon, selil iminitè yo lage plizyè pwoteyin, sitokin, ak medyatè pou kontwole enflamasyon epi kenbe omeyostazi fizyolojik kò a. Pwoteomik ki baze sou Plasma se yon apwòch pratik pou analize pwofil pwoteyin ak klasman chanjman ki asosye ak kondisyon fizyolojik oswa pwogresyon maladi [11]. Diferan etid pwoteomik yo te fèt pou idantifye ak karakterize pwofil pwoteòm nan diferan kòwòt COVID-19 lè l sèvi avèk tisi [12,13], selil [14], oswa plasma [15,16]. Se poutèt sa, nou te aplike pwoteomik ki baze sou plasma pou idantifye potansyèl pwoteyin natirèl ki asosye ak sistèm iminitè ki gen rapò ak maladi COVID-19 ak pwogresyon severite. Nou vize pou etidye modèl ekspresyon pwoteyin plasmatik nan pasyan ki ansante ak COVID{11}}enfekte epi evalye entèraksyon potansyèl ak repons iminitè natirèl yo.

2. Rezilta

2.1. Plasma pwofil pwoteomik

Pou evalye repons lame SARS-CoV-2, yo te fè yon analiz pwoteomik plasma nan yon gwoup pasyan COVID-19 ak kontwòl ki an sante. Nan etid nou an, yo te chwazi metòd iTRAQ 4plex ak anpil atansyon sou lòt metòd ki gen etikèt sou proteomik akòz repwodibilite segondè ak pwoteksyon proteom [17]. Anplis, pou yon pi bon pwofondè pwoteksyon total, nou konbine fraksyonman peptide echanj kasyon fò ak iTRAQ. Yon ilistrasyon sou workflow etid la prezante nan Fig. 1. Yo te idantifye yon total de 176 pwoteyin nan tout COVID-19 ak echantiyon plasma san kontwòl ak yon pousantaj dekouvèt fo<1% at the protein level. Nevertheless, our prime interest was to identify biomarkers and investigate the pathogenesis of COVID-19. Consequently, differentially expressed proteins analysis was performed for healthy control versus other COVID-19 groups (severe, moderate, and mild) by applying pairwise comparison. Supplementary Table S1 shows a list of differentially expressed proteins in all pairwise comparisons including 'severe v. Control', 'moderate v. Control', and 'mild v. Control'. The statistical criteria for the quantitative analysis were set with a cutoff for fold change with >1.20 pou moute-règleman ak<0.83 for down-regulation and a p-value of <0.05 (Supplementary Table S2). 

Rezilta yo revele ke kantite pwoteyin ki chanje nan mitan gwoup konparezon yo varye jan yo montre nan Fig. 2a. Rezilta konparatif yo te montre ke 27 pousan nan mezi pwoteyin diferansye eksprime sipèpoze nan tout twa gwoup (Fig. 2b). Dyagram Venn la te montre tou ke kantite pwoteyin inik nan konpasyon pa pè nan modere kont kontwòl gen yon nimewo ki pi wo konpare ak lòt gwoup yo. Sa a pa nesesèman reflete diferans ki genyen nan nivo idantifikasyon pwoteyin men nivo quantitative konsidere ke kritè estatistik yo te chwazi pou chanjman an pliye ak p-valè. Pou evalye si mezi pwoteyin diferan eksprime pou tout konparezon yo ka distenge pami gwoup COVID-19 oswa ou pa, yo te aplike analiz PCA. Enteresan, rezilta yo te montre ke te gen yon distenksyon klè nan mitan gwoup COVID-19 jan yo montre nan Fig. 3. Anplis de sa, pwoteyin diferan eksprime yo te prezante lè yo kreye yon trase vòlkan pou tout konparezon par nan kontwòl sante kont COVID{{ 7}} gwoup (figi 4). Yo te deja rapòte plizyè nan pwoteyin diferan eksprime nan seri done nou an kòm byomaketè pou COVID -19 [16,18].

Ontoloji jenetik ak analiz chemen ak zouti sou entènèt 'STRING' yo te fèt sou mezi pwoteyin ki eksprime diferan pou kontwòl sante ak pasyan COVID{{0}} kèlkeswa gwoup yo ye a. Pou analiz anrichisman go, majorite a. nan pwoteyin diferan eksprime yo te jwenn yo dwe patisipe nan règleman byolojik, rejyon ekstraselilè, ak regilatè fonksyon molekilè pou pwosesis la byolojik, konpleman selilè, ak fonksyon molekilè respektivman (materyèl siplemantè, Fig. S1). Anplis de sa, nou te etidye pwoteyin diferan eksprime yo ak patisipasyon yo nan analiz chemen lè l sèvi avèk baz done KEGG la. Kritè estatistik analiz anrichisman yo te chwazi yo dwe p <0.01 epi yo te plase tèm chemen an ki baze sou pliye anrichisman jan yo montre nan materyèl siplemantè a (figi S2). Pandan tout enfeksyon, selil ki domaje ak selil ki mouri yo kòmanse gwo repons iminitè epi lage diferan eleman selil ak andotoksin ki aktive kaskad koagulasyon san an [19]. Aktivasyon nan chemen sa yo mennen nan malfonksyònman andotelyal ak enflamasyon kòm byen ke eksitasyon nan migrasyon leucocyte ak enfiltrasyon tisi, kidonk deklanche deklanchman nan repons iminitè natirèl lokal [20]. Nan etid nou an, yo te jwenn sistèm konpleman an ki se modulatè santral iminite natirèl la ak chemen kaskad koagulasyon yo se youn ki pi enpòtan nan mitan lòt tèm chemen. Plizyè etid pwoteomik sou plasma nan pasyan COVID-19 te montre ke konpleman ak kaskad koagulasyon yo te youn nan chemen ki pi rich [21,22]. Sepandan, konsantre nan diskisyon nou an se sou twa pwoteyin fetuin-A, TN, ak PON-1 kòm nouvo sib potansyèl ki enplike nan repons iminitè natirèl nan enfeksyon SARS-COV-2 ak gravite COVID{{ 14}} maladi.

2.2. Nivo plasma TNF asosye ak sentòm maladi COVID-19

Tanpèt citokin pwovoke pa Sars-CoV2 se youn siyati ka grav maladi COVID-19 [23]. Yo te rapòte ke twòp lage TNF asosye ak gravite ak move pronostik pasyan ki gen maladi COVID-19 [24,25]. Nan etid nou an, mezi nivo plasma TNF yo te montre yon ogmantasyon espere nan gwoup COVID-19 yo konpare ak kontwòl ki an sante yo ki te konfime ak yon ogmantasyon plis nan echantiyon grav konpare ak echantiyon modere oswa modere.\

3. Diskisyon

Plizyè etid pwoteomik ki pa sible yo te anplwaye pou mennen ankèt sou chanjman ki fèt nan echantiyon serom/plasma COVID-19. Kantite pwoteyin idantifye nan etid sa yo varye akòz diferan metòd yo te itilize. Label-gratis quantification apwòch lè l sèvi avèk yon metòd akizisyon done-endepandan parèt pi wo pwoteksyon plasma pwoteòm [26]. Pou apwòch pwoteomik ki baze sou etikèt la, Orbitrap LC-MS/MS ki baze sou TMT metòd quantitative te montre pi wo pwoteksyon plasma / serom pwoteksyon ak kantite pwoteyin idantifye rive 900 [27]. Nan etid nou an, kantite total pwoteyin idantifye te 176, ki se trè pre de etid pibliye ki te itilize menm analizè mas (TripleTOF) kote yo te idantifye 179 ak 189 pwoteyin [28,29]. Pwoteyin sikile nan plasma pasyan COVID-19 prezante yon fenèt pou deteksyon pwogrè ak gravite maladi a, ansanm ak siyati enflamasyon ak repons iminitè natirèl ak adaptasyon.

Pwodiksyon ak divilgasyon twòp nan sitokin proenflamatwa yo konsidere kòm pwen kle nan chanjman fenotip klinik la soti nan estati modere a grav nan pasyan COVID-19. Pandan enfeksyon an, repons iminitè natirèl yo modile pa modèl molekilè ki asosye avèk domaj (DAMP) oswa modèl molekilè ki asosye avèk patojèn (PAMP) [30]. Pwoteyin faz egi (APP) tankou fetuin-A yo sistematik lage nan plasma pou sipòte pwosesis anti-enflamatwa pandan enflamasyon. Nan etid nou an, nou obsève yon klè desann-règleman nan plasmatic fetuin-A nan ka modere ak grav konpare ak kontwòl ki an sante (Fig. 4). Li te demontre ke fetuin-A ka anpeche medyatè bonè (TNF, IL-1, IL-6, ak INF) ak an reta (HMGB1) lage pa selil iminitè natirèl tankou makrofaj [31]. Analiz de TNF nan kòwòt COVID-19 nou an endike yon tandans ogmantasyon nan konsantrasyon plasmatik la konpare ak donatè ki an sante ki gen plis potensyalite nan ka grav (materyèl siplemantè, Fig. S3). Pandan enflamasyon, monosit aktive / makrofaj lage sitokin pro-enflamatwa ki atenye pa yon amine byogene omniprésente ki rele spermine [32]. Sepandan, efè anti-enflamatwa spermine yo depann sou fetuin-A. Se konsa, spermine pa t 'kapab anpeche fonksyon an nan monosit / makrofaj fetuin-A selil ki ensufizant [33]. Anplis de sa, yon diminisyon nan nivo fetuin-A ta ka gen rapò ak anomali vaskilè ak tronbozi detekte nan ka ki grav anpil akòz yon ogmantasyon nan kalsifikasyon vaskilè ak malfonksyònman andotelyal [34,35] ak estrès oksidatif [36] ki asosye ak nivo fetuin-A. .

Apre enfeksyon viral, apoptoz selil se youn nan mekanis defans lame yo. Sepandan, sou-akimilasyon nan selil apoptotik pou rezon ki genyen nan domaj nan clearance selil apoptotik ki asosye ak ipènflamasyon ak otoiminite [37]. Diminisyon nan nivo plasmatik fetuin-A ta ka omwen an pati patisipe nan pwosesis sa a paske li ogmante kapasite fagositoz pou netwaye selil apoptotik pa macrophages [38] ak vesik pa VSMC [39].

Dènyèman, yo te rapòte ke fetuin-A jwe yon wòl enpòtan pa sèlman kòm yon inibitè kalsifikasyon men kòm yon eleman milti-pwotektif nan diminye fibwoz ak enflamasyon ak modulation polarization macrophage [40].

Rudloff et al. demontre ke fetuin-A se yon jèn sib HIF ki gen yon wòl pwoteksyon nan malfonksyònman ren ipoksi-induit [40]. Fetuin-A diminye surcharge kalsyòm macrophage akòz ipoksi. Nou fèk demontre ke SARS-CoV-2 kowonaviris Spike pwoteyin aktive -1-tankou makwofaj yo epi ogmante nivo kalsyòm intraselilè [41]; konsa fetuin-A ta ka jwe wòl nan kalsyòm scavenger kontwole omeyostazi selil yo ak modulation adekwat polarizasyon pou repons iminitè natirèl rezonab, kidonk evite twòp enflamasyon.

Sendwòm malfonksyònman ògàn miltip (MODS) oswa MODS ki gen rapò ak enfeksyon yo konsidere kòm youn nan gwo kòz lanmò nan COVID-19 ka grav [42]. Hyperinflammation ak disregulation iminitè pandan enfeksyon mennen nan fen domaj nan ògàn akòz echèk nan repons iminitè natirèl ak hypercytokinemia. Sou enfeksyon sistemik, endotoksin bakteri ak RNA viral yo rekonèt pa sistèm iminitè natirèl la ki deklannche ekspresyon ak liberasyon cytokines bonè (TNF ak INF). Anplis de sa, repons iminitè natirèl yo nan premye liy estimile pwodiksyon an nan medyatè an reta tankou bwat gwo-mobilite gwoup 1 (HMGB1) [43]. HMGB1 andedan oswa ekstraselilè ki eksprime nan pifò selil yo se yon alarmin ki lage sou eksitasyon oswa apre lanmò selil la [44]. Trè-lage HMGB1 deklanche pwodiksyon sitokin tankou IL-6 [45]. Ogmante konsantrasyon IL-6 te asosye ak rezilta grav nan sendwòm enflamatwa miltisistèm nan timoun (MIS-C) ki gen rapò ak enfeksyon SARS-CoV-2 [46]. IL-6 sekrete sitou pa monosit/makrofaj espesyalman lè polarize nan yon fenotip M{1-. Li te demontre tou ke HMGB1 ka polarize makrofaj atravè reseptè Toll-like (TLR) 4 [47].

Tetranektin (CLEC3B) se youn nan HMGB1-pwoteyin obligatwa yo ak entèraksyon li ta ka modile fonksyon byolojik la ak pwosesis enflamatwa pandan enfeksyon an. Pwoteyin TN ki trè pirifye te inibe lage HMGB1 nan makwofaj yo ki te pwovoke LPS nan dòz la [48]. Deregleman nan sistèm iminitè natirèl la ki mennen nan deklanchman iminitè a se yon avni komen nan COVID-19 ka grav ak sepsis. Li te demontre dènyèman ke konsantrasyon san vitronectin diminye dramatikman nan pasyan sepsis ki grav anpil [48]. Dènyèman, Yuming Li et al. [49] rapòte downregulation vitronectin nan ka grav nan pasyan COVID-19 lè l sèvi avèk metòd pwoteomik quantitative san etikèt. Nou konfime siyifikatif diminisyon plasmatik nan pwoteyin sa a nan etid nou an (Fig. 4) ak diferan gwoup ak ki baze sou metòd la etikèt-quantitative. Kidonk, vitronectin ka konsidere kòm yon makè potansyèl deregilasyon iminitè natirèl ki asosye ak gravite sentòm COVID-19.

Tetranectin patisipe nan sistèm fibrinoliz ki mennen nan kontwòl koagulasyon nòmal; konsa downregulation nan TN ki asosye ak maladi kadyovaskilè tankou maladi atè kowonè (CAD) [50]. Enpòtan pou remake, anpil ka grav nan SARS-COV-2 pasyan ki enfekte prezante malfonksyònman vaskilè petèt akòz defisi TN. N bès nan nivo serik TN akonpaye pa yon rediksyon nan paraoxonase 1 (PON1) nan diferan maladi kadyovaskilè. Nan etid nou an, règleman desann nan PON1 (Fig. 4) ta ka yon makè nan pwogresyon maladi a nan sentòm grav kòm li te rapòte ke se prezans nan enflamasyon ak estrès oksidatif ki asosye ak yon diminisyon nan serom PON1 nan maladi kadyovaskilè [51] . Anplis de sa, yon nivo ki ba nan PON1 ka agrave reyaksyon an proenflamatwa natirèl nan enfeksyon viris kòm li te demontre ke PON1 siprime overreaction macrophage ak soutni enflamasyon nan ateroskleroz [52]. Dysregulation nan TN egzèse enfliyans sou AMPK en efè tankou HIF1 ki kontwole fenotip ak fonksyon nan selil iminitè natirèl ak modil polarizasyon makrofaj nan direksyon pou fenotip M1-tankou DC spirasyon [53,54].

Ansanm, règleman ki desann nan vitronectin, fetuin-A, ak PON1 yo obsève nan ka modere ak grav ka asosye ak deregleman repons iminitè natirèl atravè disfonksyon monosit / makrofaj, ki mennen nan hyper-liberasyon nan sitokin ak pwogresyon nan COVID {{4} } maladi a grav.

Anplis de sa, analiz pwoteomik nou an te revele yon regilasyon nan APOE (materyèl siplemantè, Fig. S4) nan ka grav konpare ak kontwòl ki an sante. Nivo plasmatik APOE yo konnen yo modile fonksyon lipoprotein ak maladi kadyo-metabolik. Anplis de sa, APOE patisipe nan pwosesis enflamatwa a pa chanje polarizasyon makrofaj ak afekte fenotip pro-/anti-enflamatwa [55]. An akò ak sa a, yo te rapòte ke yon ogmantasyon nan nivo APOE ta ka asosye ak severite COVID -19 [56].

Nan kou enfeksyon, entèraksyon sistèm makrofaj-konpleman enpòtan pou repons iminitè natirèl yo ansanm ak modulasyon fonksyon konpleman ak tranzisyon soti nan kondisyon iminitè natirèl ak adaptasyon [57]. Konpleman entèaktif eleman ak reseptè diferan sou makrofaj kondwi pwosesis enflamatwa a ak pwodiksyon sitokin. Yo te rapòte nan diferan etid pwoteomik ke deregleman kaskad konpleman [58,59] nan pasyan COVID -19 ak aktivasyon sistèm konpleman an entansifye sitotoksisite selil T nan ka grav [60]. Nou rapòte yon ogmantasyon enpòtan nan konpleman 1q, 5, 6, 7 (materyèl siplemantè, Fig. S5) nan pasyan modere ak grav COVID-19. Plis pase pwosesis la nan clearance selil apoptotik, C1q kontwole polarizasyon monosit / makrofaj la ak inibit aktivite enflamasome [61]. Analiz anrichisman te montre yon lyen enpòtan ant eleman konpleman C1q, C5, C6, C7, ak kaskad koagulasyon, kote nou jwenn tou patisipasyon sistèm kallikrein-kinin atravè kininogen-1 ki modile reyaksyon iminitè natirèl atravè chemen bradykinin la.

Etid la prezan gen yon limit an tèm de gwosè echantiyon. Sepandan, rezilta nou yo te montre yon bon akò ak etid proteomik covid{0}} anvan yo kote nou te idantifye biomaketè ki montre ekspresyon menm jan an. Sa montre ke apwòch pwoteomik ki te swiv nan etid sa a valab, men petèt pa pi bon.

4. Konklizyon

Pandan enfeksyon SARS-COV-2, yon dezòd nan repons iminitè a se gwo pwoblèm ki mennen maladi COVID-19 ogmante nan ka grav. Chemen mekanik ki mennen nan malfonksyònman iminitè natirèl yo se kle nan rezoud konplikasyon ki asosye ak enfeksyon SARS-CoV-2 san kontwòl. Dapre sa nou konnen, sa a se premye etid ki sèvi ak apwòch iTRAQ sou echantiyon plasma/serom COVID-19. Nivo serik TN, fetuin-A, ak PON1 se makè potansyèl ki enplike omwen an pati nan sistèm iminitè natirèl la, espesyalman nan hyper-activation macrophage, epi, kidonk, yo ta ka konsidere kòm sib potansyèl pou tretman COVID-19.

5. Materyèl ak metòd

5.1. Etid konsepsyon ak popilasyon an

Kowòt etid nou an gen ladan 25 matyè: Kontwòl ki an sante (n=5) ak 20 pasyan ki enfekte SARS-COV{-2 gwoupe dapre severite maladi a (Fig. 1) nan modere (n=5) , Modere (n=5), Grav (n=5), ak Mouri (n=5). Gwoup ki mouri a te eskli depi nan konmansman an nan etid la akòz komorbidite nan sijè ki ta ka afekte espesifik nan efè COVID-19. Tout pasyan yo te rekrite nan Lopital Espesyalis Timoun King Abdallah (KASCH) ak King Abdulaziz Medical City (KAMC). Tout patisipan yo te siyen konsantman enfòme pandan yo te ranpli yon kesyonè sou sentòm klinik yo ak done demografik yo.

Koleksyon san: yo te kolekte 3-5 ml san venn nan chak pasyan. Yo te itilize tib EDTA pou kolekte echantiyon san; Lè sa a, plasma te separe pa santrifujasyon anvan depo nan 80 ◦C pou plis analiz.

5.2. iTRAQ proteomics preparasyon echantiyon plasma

Yo te mete senk echantiyon byolojik nan chak gwoup nan yon sèl echantiyon. Lè sa a, tout echantiyon plasma yo te sibi katouch Agilent Human14 Multiple Affinity Removal Spin pou retire 14 pwoteyin ki pi abondan nan plasma apre pwotokòl fabrikasyon an (Agilent, USA). Apre sa, yo te make dijere pwoteyin yo lè l sèvi avèk reyaktif 4-plex iTRAQ (Sciex, Kanada) swiv pwotokòl fabrikasyon an ak ti modifikasyon. Nan ti bout tan, 100 ug pwoteyin yo te denatire, redwi, ak alkylated lè l sèvi avèk 8 M ure / 100 mM Triethylammonium bicarbonate (TEAB), 50 mM Tris (2-carboxyethyl) fosfin (TCEP), ak methyl methanethiosulfonate (MMTS) respektivman. Lè sa a, echantiyon pwoteyin yo te dijere nan peptides lè l sèvi avèk tripsin ak yon rapò 1:40 (trypsin nan pwoteyin). Imedyatman, echantiyon peptide yo te make ak 114, 115, 116, ak 117 pou kontwòl sante, grav, modere, ak modere respektivman. Lè sa a, tout 4 echantiyon ki make yo te melanje ak pisin nan yon sèl echantiyon.

5.3. Peptides fraksyonè ak desaling

Yo te fraksyone echantiyon iTRAQ la ki pa sou liy ki baze sou echanj kasyon lè l sèvi avèk kolòn vire Pierce Strong Cation Exchange (SCX) (Thermo Scientific, USA) swiv enstriksyon manifakti a. An brèf, kolòn vire a te premye kondisyone lè l sèvi avèk {{0}}.1 pousan asid fòmik ki te swiv pa chaje peptides ki make yo nan kolòn nan. Yo te fè de etap nan lave lè l sèvi avèk 0.1 pousan asid fòmik. Lè sa a, peptides yo te eliye nan 22 fraksyon lè yo chanje rapò 10 pousan konsantrasyon Acetonitrile ak fòma amonyòm soti nan 15 mM a 900 mM. Imedyatman, etap desalating ak netwayaj la te fèt pa sorbent polymeric ranvèse-faz lè l sèvi avèk Oasis HLB Cartridge (Waters, USA). Nan ti bout tan, katouch la te kondisyone ak ekilibre ak Acetonitrile ak 0.1 pousan asid fòmik respektivman. Lè sa a, peptides ki make yo te chaje ak de etap nan lave ak 0.1 pousan asid fòmik yo te aplike. Elisyon peptides yo te fèt lè l sèvi avèk 70 pousan acetonitrile.

5.4. NanoLC-MS/MS

Chak fraksyon (total 22) te chaje sou yon Ekspert nanoLC 425 (Eksigent, Dublin, CA, USA), makonnen ak yon TripleTOF 5600 (Sciex, Concord, Kanada) an twa kopi. Separasyon peptides sou NanoLC te fèt jan sa dekri deja [41]. MS1 ak MS/MS pou analiz iTRAQ yo te fikse jan sa a: ranje mas TOF 250-1500 ak tan akimilasyon 0.25 s. Kritè IDA yo te pou iyon ki pi gran pase 400 m/z ak yon eta chaj 2-5. Papòt abondans la depase 200 cps. CE a ajiste lè yo te tcheke paramèt reyaktif iTRAQ la. Paramèt sous ion yo te fikse jan sa a: gaz sous ion 1 (GS1), 25; Gaz rido (CUR), 25; IonSpray Voltage Floating (ISVF), 2250; Tanperati aparèy chofaj entèfas (HIT), 60.

5.5. iTRAQ analiz pwoteomik quantitative

Done kri MS iTRAQ yo te trete lè l sèvi avèk ProteinPilot Software (v 4.5, Sciex) pou idantifikasyon ak quantification. Paramèt yo te fikse jan sa a: kalite echantiyon, iTRAQ 4plex, Cys, Alkylation, MMTS, Dijesyon, Trypsin, Faktè espesyal, denaturasyon Urea, Espès, Homo sapiens, Baz done, UniProt Proteome Humans baz done (telechaje nan dat 29 oktòb 2019); FDR mondyal te tcheke.

Chanjman pliye ak valè p yo te kalkile dapre mwayèn entansite peptide ak tès t Elèv la respektivman. Done iTRAQ MS yo te depoze nan ProteomeXchange Consortium (http://proteomecentral.proteomexchange.org) ak idantifyan PXD037400.

5.6. Analiz bioenfòmatik

Yo te fè analiz PCA lè l sèvi avèk fonksyon 'prensipal' nan lojisyèl R estatistik. VolcaNoseR [62] te itilize pou jenere trase vòlkan yo. Yo te itilize zouti STRING sou entènèt [63] pou anrichisman Gene ak analiz chemen ak kritè estatistik ki tabli nan p < 0.05. Yo te aplike baz done Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) pou analiz chemen an.

5.7. Anzim-lyed immunosorbent assays (ELISA) mezi

Echantiyon yo te prepare jan sa te dekri anvan [64] lè l sèvi avèk faktè necrosis timè (TNF-) ak twous tès ELISA (SEKH-0047, Solarbio life sciences). Yon ti tan, yo te ajoute 100 ul echantiyon oswa estanda nan chak pi epi apre yo te enkube a 37 ◦C pou 1 h 30 min. Apre lave kat fwa ak tanpon lave, yo te ajoute yon antikò deteksyon Biotin-Conjugated (100 ul) anvan enkubasyon pou 1 èdtan nan 37 ◦C. Yo te fè yon dezyèm etap lave (kat fwa) epi yo te ajoute Streptavidin-HRP (100 ul) anvan enkubasyon pou 30 min. Apre lave, yo te ajoute yon solisyon Substrate (TMB) (100 ul) ak enkubasyon pou 15 min nan fè nwa a anvan yo ajoute solisyon sispann, epi yo te detekte mezi absorpsyon nan 450 nm.

Finansman

Atik sa a te sipòte pa yon sibvansyon nan King Abdullah Creole Research Center no. RC20/153/R ak RC20/205/R ak BioBank KAIMRC NGHA.

Apwobasyon etik ak konsantman pou patisipe

Komite etik King Abdullah International Medical Research Center (KAIMRC) te apwouve etid sa a ak IRB RC20/153/R ak RC20/205/R. Yo te jwenn konsantman enfòme ekri nan men tout patisipan yo nan etid la.

Kontribisyon otè yo

BA: Vin ansent ak fèt eksperyans yo epi analize ak entèprete done yo. FAM, H⋅S, KA, ak HA: Fè eksperyans yo. FA, HSA, ak MR: Analize ak entèprete done yo. FA, MJ, AH, ak MB: Kontribye reyaktif, materyèl, zouti analiz, oswa done epi ekri papye a. TB: Li te vin ansent ak konsepsyon eksperyans yo epi analize ak entèprete done yo.

Deklarasyon disponiblite done yo

Done ki asosye ak etid sa a te depoze nan iTRAQ MS done yo te depoze nan ProteomeXchange Consortium ak idantifyan PXD037400.

Deklarasyon Deklarasyon enterè a

Otè yo deklare ke yo pa gen okenn enterè finansye konkiran oswa relasyon pèsonèl ki ta ka parèt enfliyanse travay yo rapòte nan papye sa a.

Rekonesans

Otè yo pwolonje apresyasyon yo bay nimewo Pwojè Sipòte Chèchè yo (RSP-2023/17) nan King Saud University, Riyad, Arabi Saoudit.

Referans

[1] M. Almutlaq, et al., Classical and counter-regulatory renin-angiotensin system: potential key roles in COVID-19 pathophysiology, CJC Open 3 (8) (2021) 1060–1074.

[2] M. Ciccarelli, et al., Untargeted lipidomics revele pwofil lipid espesifik nan pasyan COVID-19 ak severite diferan nan rejyon Campania (Itali), J. Pharm. Biomed. Anal. 217 (2022), 114827.

[3] Q. Zhang, et al., Detèminan imen jenetik ak iminolojik nan nemoni COVID--19 kritik, Nature 603 (7902) (2022) 587–598.

[4] TF Aiello, et al., Enfeksyon ak variant Omicron SARS-CoV-2 ki asosye ak maladi mwens grav nan pasyan entène lopital ak COVID-19, J. Infect. 85 (5) (2022) e152–e154.

[5] CJH von Wintersdorff, et al., Enfeksyon ak SARS-CoV-2 Variant Delta montre katri fwa ogmante chaj viral nan pasaj siperyè yo konpare ak Alpha oswa ki pa varyant nan enkyetid, Sci. Rep. 12 (1) (2022), 13922.

[6] JL Schultze, AC Aschenbrenner, COVID-19 ak sistèm iminitè natirèl imen an, Cell 184 (7) (2021) 1671–1692.

[7] AD Lopez-Munoz, et al., Sifas selilè SARS-CoV-2 pwoteyin nukleokapsid modil iminite natirèl ak adaptasyon, Sci. Adv. 8 (31) (2022) eabp9770.

[8] MS Cardoso, et al., Entèaksyon fizik ak bakteri ak parazit Protozoan etabli reseptè scavenger SSC4D a kòm yon reseptè rekonesans modèl laj spectre, Front. Imunol. 12 (2021), 760770.

[9] X. Wei, et al., Deficiency EDIL3 amelyore remodèl kadyak negatif pa pyèj netrofil ekstraselilè (NET)-medyatè polarizasyon makwofaj, Cardiovasc. Res. 118 (9) (2022) 2179–2195.

[10] X. Cao, et al., Spike Pwoteyin nan SARS-CoV-2 Aktive Macrophages ak kontribye nan Endiksyon nan enflamasyon nan poumon egi nan sourit, 2020 bioRxiv.

[11] TE Angel, et al., Mass spectrometry-based proteomics: existing capabilities and future directions, Chem. Soc. Rev. 41 (10) (2012) 3912–3928.

[12] T. Wang, et al., Pwoteomik ak metabolomik karakterizasyon nan SARS-CoV-2-makak cynomolgus ki enfekte nan yon etap bonè, Front. Imunol. 13 (2022), 954121.

[13] X. Nie, et al., Multi-organ proteomic landscape of COVID-19 autopsies, Cell 184 (3) (2021) 775–791 e14.

[14] DE Gordon, et al., Yon kat entèraksyon pwoteyin SARS-CoV-2 revele objektif pou repurposing dwòg, Nature 583 (7816) (2020) 459–468.

[15] julian.knight@well.ox.ac.uk, CO-M.-oBACEa ak CO-M.-oBA Consortium, A blood atlas of COVID-19 defini karakteristik severite maladi ak espesifik, Cell 185 (5) (2022) 916–938 e58.

[16] Y. Mohammed, et al., Longitudinal plasma pwoteomik analiz revele nouvo biomake kandida nan COVID egi -19, J. Proteome Res. 21 (4) (2022) 975–992.

[17] TM Casey, et al., Analiz de reproductibilité de pwoteksyon proteome ak kantite lè l sèvi avèk isobaric mas tags (iTRAQ ak TMT), J. Proteome Res. 16 (2) (2017) 384–392.

[18] T. Shu, et al., Plasma proteomics idantifye biomarkers ak patojèn nan COVID -19, Iminite 53 (5) (2020) 1108–1122 e5.

[19] GY Chen, G. Nunez, Enflamasyon esteril: santi ak reyaji nan domaj, Nat. Rev Immunol. 10 (12) (2010) 826–837.

[20] CT Esmon, J. Xu, F. Lupu, Iminite natirèl ak coagulation, J. Thromb. Hemostasis 9 (Suppl 1) (2011) 182–188.

[21] J. Park, et al., Analiz pwofondè pwoteòm san pwofondè revele karakteristik fonksyonèl diferan nan pwoteyin plasma ant pasyan ki grav ak ki pa grav COVID-19, Sci. Rep. 10 (1) (2020), 22418.

[22] CB Messner, et al., Pwoteomik klinik ultra-wo debi revele klasifikasyon enfeksyon COVID-19, Cell Syst 11 (1) (2020) 11–24 e4.

[23] C. Huang, et al., Karakteristik klinik pasyan ki enfekte ak nouvo coronavirus 2019 nan Wuhan, Lachin, Lancet 395 (10223) (2020) 497–506.

[24] DM Del Valle, et al., Yon siyati cytokine enflamatwa predi COVID-19 severite ak siviv, Nat. Med. 26 (10) (2020) 1636–1643.

[25] FX Danlos, et al., Nivo segondè nan TNF-alfa nan pasyan ki gen COVID-19 refractory tocilizumab, Eur. J. Kansè 149 (2021) 102–104.

[26] H. Li, et al., Pwoteomik plasma ak karakterizasyon metabolomik sivivan COVID-19 6 mwa apre egzeyat, Cell Death Dis. 13 (3) (2022) 235.

[27] B. Shen, et al., Pwoteomik ak metabolomik karakterizasyon nan seri pasyan COVID-19, Cell 182 (1) (2020) 59–72 e15.

[28] J. Sarif, et al., Gradyan Plasma nan reseptè aktivatè plasminojèn ki ka fonn Urokinase-kalite lye ak patojèn pwoteòm plasma ak transkriptòm iminitè epi li stratifye rezilta nan COVID grav -19, Front. Imunol. 12 (2021), 738093.

[29] M. Villar, et al., Karakterizasyon pa pwoteomik serom quantitative biomarkers pronostik ki gen rapò ak iminitè pou COVID-19 sentòm, Front. Imunol. 12 (2021), 730710.

[30] H. Wang, AE Sama, wòl anti-enflamatwa fetuin-A nan blesi ak enfeksyon, Curr. Mol. Med. 12 (5) (2012) 625–633.

[31] W. Li, et al., Yon pwoteyin epatik, fetuin-A, okipe yon wòl pwoteksyon nan enflamasyon letal sistemik, PLoS One 6 (2) (2011), e16945.

[32] M. Zhang, H. Wang, KJ Tracey, Règleman nan aktivasyon macrophage ak enflamasyon pa spermine: yon nouvo chapit nan yon istwa fin vye granmoun, Crit. Swen Med. 28 (4 Suppl) (2000) N60–N66.

[33] H. Wang, et al., Fetuin pwoteje fetis la kont TNF, Lancet 350 (9081) (1997) 861–{862.

[34] M. Ketteler, et al., Asosyasyon ki ba fetuin-A (AHSG) konsantrasyon nan serom ak mòtalite kadyovaskilè nan pasyan sou dyaliz: yon etid kwa-seksyonèl, Lancet 361 (9360) (2003) 827-833.

[35] K. Caglar, et al., Serum fetuin-yon konsantrasyon ak malfonksyònman endothelial nan maladi ren kwonik, Nephron Clin. Pratike. 108 (3) (2008) c233–c240.

[36] NF El-Malkey, et al., Fetuin-A egzèse yon efè pwoteksyon kont eksperimantal pwovoke iskemi entesten/reperfusion pa siprime lanmò selil otofajik, Exp. Biol. Med. (Maywood) 246 (11) (2021) 1307–1317.

[37] IK Poon, et al., Clearance selil apoptotik: byoloji debaz ak potansyèl terapetik, Nat. Rev Immunol. 14 (3) (2014) 166–180.

[38] HP Jersmann, I. Dransfield, SP Hart, Fetuin/alpha2-HS glycoprotein amelyore fagositoz nan selil apoptotik ak makropinositoz pa macrophages imen, Clin. Sci. (Lond.) 105 (3) (2003) 273–278.

[39] JL Reynolds, et al., Wòl multifonksyonèl pou fetuin pwoteyin serik-a nan anpèchman kalsifikasyon selil vaskilè lis nan misk imen, J. Am. Soc. Nefròl. 16 (10) (2005) 2920–2930.

[40] S. Rudloff, et al., Fetuin-A se yon sib HIF ki pwoteje entegrite tisi pandan estrès ipoksik, Nat. Komin. 12 (1) (2021) 549.

[41] T. Barhoumi, et al., SARS-CoV-2 coronavirus Spike pwoteyin pwovoke apoptoz, enflamatwa, ak repons estrès oksidatif nan THP-1-tankou makrofaj: wòl potansyèl nan anzim konvèti anjyotansin. inibitè (perindopril), Front. Imunol. 12 (2021), 728896.

[42] C. de Roquetaillade, et al., Timing and causes of death in grav COVID-19 patients, Crit. Swen 25 (1) (2021) 224.

[43] CS Zhu, et al., Regilasyon andojèn ak modulation famasi nan lage ak aksyon HMGB1 sepsis-induit: yon revizyon mete ajou, Cells 10 (9) (2021).

[44] H. Yang, H. Wang, U. Andersson, Vize enflamasyon kondwi pa HMGB1, Front. Imunol. 11 (2020) 484.

[45] N. Kamiya, HK Kim, Elevasyon proinflammatory cytokine HMGB1 nan likid synovial pasyan ki gen maladi Legg-calve-perthes ak korelasyon ak IL-6, JBMR Plus 5 (2) (2021), e10429.

For more information:1950477648nn@gmail.com