Konsekans gwo konsomasyon sèl sou yon ekosistèm zantray natirèl nan sourit Wildling
Oct 30, 2023
Résumé: Holobiont mamifè a genyen yon kominote bakteri entesten konplèks ak entèdepandan. Chanjman nan konpozisyon sa a konsòsyòm bakteri yo konnen yo dwe yon eleman kle nan sante lame, iminite, ak maladi. Pami anpil lòt moun, abitid dyetetik yo se chofè ki gen enpak pou yon potansyèl dezòd nan entèraksyon mityalis bakteri-lame. Nan kontèks sa a, nou te deja demontre ke yon rejim ki gen anpil sèl (HSD) mennen nan yon kondisyon dysbiotic nan microbiota zantray murin, ki karakterize pa yon diminisyon oswa rediksyon nan byen li te ye-pwomosyon sante bakteri zantray. Sepandan, akòz yon anviwònman kontwole ak dezenfekte, sourit laboratwa konvansyonèl yo (CLM) posede yon mikwowota entesten mwens divès konpare ak sourit sovaj, ki mennen nan move rezilta tradiksyon pou etid mikrobyom zantray, paske yon divèsite mikwowota entesten redwi ta ka echwe pou dekri konplèks entèdepandan an. rezo mikrobyom la. Isit la, nou evalye efè HSD sou mikrobyota zantray nan CLM an konparezon ak sourit sovaj, ki gen yon ekosistèm zantray natirèl ki pi byen imite sitiyasyon an nan imen. Sourit yo te trete ak swa manje kontwòl oswa HSD ak mikrobiota zantray yo te pwofite lè l sèvi avèk metòd ki baze sou anplikon ki vize jèn ribosomal 16S la. Nan liy ak rezilta anvan yo, rezilta nou yo te revele ke HSD pwovoke pèt enpòtan nan divèsite alfa ak modulasyon vaste nan konpozisyon mikrobiota zantray nan CLM, ki karakterize pa diminisyon nan bakteri potansyèlman benefisye nan filòm Firmicutes tankou jenera Lactobacillus, Roseburia, Tuzzerella, Anaerovorax ak ogmantasyon nan Akkermansia ak Parasutterella. Sepandan, sourit sovaj ki trete HSD yo pa t montre menm chanjman an tèm de divèsite alfa ak pèt bakteri Firmicutes kòm CLM, e plis jeneralman, sovaj yo te montre sèlman ti chanjman nan konpozisyon mikrobiota zantray la sou HSD. Nan liy ak sa a, analiz fonksyonèl ki baze sou 16S sijere sèlman gwo chanjman nan fonksyon ekolojik mikrobiota zantray nan CLM konpare ak sourit sovaj sou HSD. Konklizyon nou yo endike ke mikrobyota zantray ki pi rich ak ki sòti nan sovaj pi rezistan a entèvansyon dyetetik tankou HSD, konpare ak mikrobiota zantray nan CLM, ki ka gen enplikasyon enpòtan pou rechèch mikrobyom tradiksyon nan lavni.
cistanche tubulosa-amelyore sistèm iminitè
Mo kle: mikrobyom; rejim alimantè ki gen anpil sèl; iminite; sovaj
1. Entwodiksyon
Zantray mamifè yo kolonize pa yon kominote bakteri konplèks ak divès, ki ansanm ak lame a kreye yon relasyon senbyotik delika [1,2]. Kominote bakteri sa a egzèse anpil fonksyon itil pou lame a, ki gen ladan fonksyon metabolik, imunomodulasyon, ak twofik [3-7] ak konpozisyon mikrobyota zantray la ka chanje pandan lavi, ann liy ak bezwen espesifik ak fizyoloji lame a [1,8, 9]. Anpil fonksyon benefik nan bakteri pwomosyon sante zantray yo medyatè pa metabolit anaerobik fèmantasyon ki sòti [10-13] ak kondisyon dysbiotic ta ka siyifikativman afekte sante lame [2,11,14,15]. Enkyetid k ap grandi pou enpak vi sou sante te mennen nan yon enterè syantifik ogmante nan patisipasyon microbiota zantray ak enplikasyon tradiksyon li yo [16,17]. Vreman vre, mikrobyota zantray la fòme pa tou de faktè ekstèn (egzanp, fòm, rejim alimantè, ak tretman medikal) ak intrinsèques (egzanp, jenetik lame, règleman iminitè ak metabolik) [8,18-20]. Anjeneral, li rekonèt ke eleman ekstèn kapab lakòz efè enpak, ak rejim alimantè kòm youn nan faktè prensipal ki kontribye nan afekte konpozisyon ak fonksyon mikrobiota nan zantray [1,2,21]. Konpozan dyetetik oksidantal yo, tankou gwo konsomasyon sèl, yo konnen ki fè mal omeyostazi lame lè yo afekte sistèm iminitè a ak chanje mikrobiota nan zantray ak maladi [18,22-37]. Nan microbiota zantray murin, yon rejim ki gen anpil sèl (HSD) asosye ak rediksyon bakteri ki fè pwomosyon sante ke yo rekonèt kòm pwodiktè asid gra chèn kout (SCFA) tankou Lactobacillus spp., Bifidobacterium, Blautia ak Faecalibaculum [28, 29,38-41], ansanm ak yon ogmantasyon nan abondans Akkermansia, yon lòt pwodiktè SCFA opòtinis ki te montre afekte iminite lame ak maladi nan diferan sistèm modèl [42,43]. Modèl bèt murin yo souvan itilize pou etidye ki jan faktè dyetetik ka fòme mikrobiota nan zantray, sistèm iminitè a, ak maladi [29,44-46]. Malgre ke itilizasyon sourit laboratwa konvansyonèl yo (CLM) se toujou yon opsyon valab pou anpil etid, pafwa li echwe pou byen tradui aplikasyon ki konsantre sou mikrobyota nan zantray [47-49]. Pou egzanp, rechèch imunolojik ak metabolomik nan modèl murin nan maladi entesten enflamatwa (IBD) ak obezite yo te montre mal predi rezilta tradiksyon nan syans mikrobiota zantray [50]. Sa a ta ka akòz anpil diferans nannan nan sistèm modèl sa yo, tankou diferan anatomi zantray, jenetik, ak fizyoloji [16,50]. Sepandan, yon lòt pwoblèm nan itilize CLM pou etidye entèraksyon microbiota-iminitè se domestikasyon konpozisyon bakteri zantray nan CLM, ki reflete nan rediksyon nan konpleksite ak rezistans nan mikrobiota nan zantray CLM konpare ak sourit sovaj [51]. Bezwen pou anviwònman sanitize ak kontwole fè fas a yon prezans redui nan patojèn potansyèl ak parazit, ki se kwè konsekan mennen nan yon sistèm iminitè mwens "edike" nan CLM konpare ak sourit sovaj [51-53]. Pou adrese pwoblèm sa a, C57BL / 6 transfè anbriyon ki sòti nan sourit yo te devlope modèl sovaj nan sourit nan sourit sovaj pou jwenn yon mikrobiota zantray ki sòti nan sovaj, pou simonte pwoblèm tradiksyon syans mikrobyota iminolojik-zantray [54]. Dènye etid ki enplike modèl sourit sa a te montre rezilta siperyè nan predi valè tradiksyon imunoterapi eksperimantal yo konpare ak CLM [54,55]. Anplis, mikrobyota zantray sovaj te pi rezistan ak rezistan nan tretman antibyotik ak rejim alimantè ki gen anpil grès konpare ak CLM, ki konparab ak sitiyasyon ki pi konplèks nan imen [54,55]. Sepandan, malgre efè HSD yo etabli sou mikrobyota zantray, sistèm iminitè a, ak divès kalite modèl maladi nan CLM, efè yo nan konsomasyon gwo sèl sou mikrobiota natirèl, ki sòti nan sovaj yo pa konnen. Nan etid sa a, nou evalye efè HSD sou diferan konpozisyon ekosistèm bakteri zantray ak fonksyon prediksyon CLM an konparezon ak sourit sovaj.
2. Materyèl ak Metòd
2.1. Bèt ak rejim alimantè
Sourit C57BL/6 sovaj (7-8 semèn fi, n=20) te achte nan men Charles River epi yo te loje nan etablisman bèt nan University of Hasselt nan kondisyon estanda. Sourit sovaj (C57BL/6 background jenetik, gason n=12 ak fi n=11) [54] yo te loje nan etablisman bèt UHasselt nan kondisyon estanda. Syans sou bèt yo te apwouve pa Komite Etik sou Animal Experiments (ECAE) nan Hasselt University (ID201618A4V1, ID202235). Sourit yo te loje (4 sourit/kaj) nan yon chanm tanperati ki kontwole (21-23 ◦C) ak yon sik limyè/fè nwa 12:12 h. Rejim pirifye sa yo te achte nan men Ssniff (Soest, Almay): 0.5% NaCl/rejim kontwòl (E15430-04), ak 4% NaCl/HSD (E15431-34). Pou HSD, bèt yo te manje ak 1% NaCl nan dlo pou bwè a anplis E15431-34, jan sa dekri nan [28]. Sourit CLM yo te distribye egalman ant gwoup kontwòl (n=10) ak HSD (n=10). Pou sourit sovaj yo, gason ak fi yo te tou distribye egalman nan gwoup kontwòl ak HSD dyetetik (6 gason pou kontwòl, 6 gason pou HSD, 5 fi pou kontwòl, ak 6 fi pou HSD).
cistanche plant-ogmante sistèm iminitè
2.2. Ekstraksyon ADN
Ekstraksyon ADN mikwòb yo te fèt jan sa dekri nan [28], lè l sèvi avèk yon pwotokòl modifye nan QIAmp Fast DNA Stool Mini Kit (Qiagen, Hilden, Almay). An brèf, granules fekal yo te ajoute nan yon 2-mL Eppendorf ki gen 0.5 mm pèl vè ak 1.5 mL nan tanpon lysis (ASL) (Qiagen, Hilden, Almay). Chaplèt-bat te itilize pou fè mekanik homogenization granules yo. Ekstraksyon konplè te fèt dapre pwotokòl manifakti a ak modifikasyon minè (prolongasyon nan tan an enkubasyon proteinase K a 2 èdtan nan 70 ◦C). Konsantrasyon ADN yo te evalye lè l sèvi avèk yon espektrofotomèt NanoDrop ND-1000 (NanoDrop Technologies, Wilmington, DE, USA) epi estoke nan -20 ◦C anvan anplifikasyon jèn 16S rRNA.
2.3. 16S rRNA Gene Anplifikasyon ak Sekans
16S rRNA sekans jèn yo te anplifye lè l sèvi avèk yon Jadendanfan espesifik pou rejyon an V4 (F515 / R806), jan yo dekri deja [56]. Yon ti tan, yo te itilize 25 ng ADN pou chak reyaksyon PCR (30 µL) (KAPA HiFi HotStart ReadyMix, Roche, Basel, CH, USA) denaturasyon inisyal pou 30 s nan 98 ◦C, ki te swiv pa 25 sik (10 s nan 98 ◦). C, 20 s nan 55 ◦C, ak 20 s nan 72 ◦C). Reyaksyon yo te fèt an triple, pisin pou chak echantiyon, ak pirifye pa yon sistèm netwayaj mayetik ki baze sou pèl (Agencourt AMPure XP, Beckman Coulter, Brea, CA, USA). Preparasyon bibliyotèk te fèt pa yon PCR sik limite pou jwenn bibliyotèk endis la lè l sèvi avèk teknoloji Nextera (Nextera XT Index Kit, Illumina, San Diego, CA, USA), ki te swiv pa yon dezyèm etap netwayaj pèl mayetik AMPure XP. Lè sa a, echantiyon endèks yo te nòmalize nan menm konsantrasyon nan 4nM, pisin, ak sekans sou yon platfòm Illumina MiSeq PE300 ak yon pwotokòl 2 × 300 bp pè-fen dapre pwotokòl konpayi (Illumina, Inc., San Diego, CA, USA).
cistanche tubulosa-amelyore sistèm iminitè
Klike la a pou w wè pwodwi Cistanche Enhance Immunity
【Mande plis】 Imèl:cindy.xue@wecistanche.com / Whats App: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692
2.4. Pwosesis ak analiz estatistik done 16S rRNA Gene Sequencing
Sekans kri yo te trete lè l sèvi avèk yon tiyo QIIME 2 [57]. Apre filtraj longè ak bon jan kalite (paramèt defo), lekti yo te filtre ak asiyen nan inite taksonomik operasyonèl (OTU) lè l sèvi avèk DADA2 [58]. Algorithm VSEARCH (https://github.com/torognes/vsearch; jwenn aksè nan dat 9 Novanm 2022) ak baz done Silva v128 (https://www.arb-silva.de) te fè plasman taksonomi. /; jwenn aksè nan dat 9 Novanm 2{{40}}22). Lè sa a, tab la ASV te nòmalize pa rarefaction nan 6.147 pwofondè pou ke chak echantiyon rive nan plato a nan fen koub la rarefaction. Alpha-divèsite te evalye lè l sèvi avèk de mezi diferan: richès OTUs (Obsève), Chao1, Shannon, Simpson, Envès Simpson (InvSimpson) endèks ekolojik. Pou divèsite beta, diferans Bray-Curtis, resanblans Jaccard, ak metrik UniFrac Weighted and Unweighted [59] yo te kalkile ak trase pa Prensip Kowòdone Analiz (PCoA) pou vizyalize distans reyèl ant echantiyon yo. Pou nòmalize tab konte OTU a, yo te fè rarifikasyon nan yon pwofondè 6305 sekans pou chak echantiyon 100 fwa. Pwodiksyon an te jwenn nan plasman taksonomi OTU a, kòm yon tablo taksonomi, yo te itilize pou efondre tab OTU nòmalize a nan tab pou nivo taksonomi L2 (Filum), L5 (Fanmi), ak L6 (Jenus). Analiz estatistik yo te fè lè l sèvi avèk R (https://www.R-project.org/; jwenn aksè nan 25 Novanm 2022; Version 4.2.0). Pake R "vegan" (Vèsyon 2.6-4) [60] te itilize pou jenere mezi divèsite beta pou konpare diferans konpozisyon gwoup yo pa PCoA oswa pa analiz eleman prensipal (PCA). Pakè ak separasyon done yo te teste pa tès pèmitasyon ak pseudo-F rapò (fonksyon "Adonis" nan "vegan"). Separasyon an tèm de divèsite beta ant gwoup yo te teste pa Permutational Multivariate Analiz de divèjans lè l sèvi avèk Distans Matrice (PERMANOVA, fonksyon "Adonis" nan "vegan"), pandan y ap diferans ki genyen pou dispèsyon anndan gwoup yo te teste pa Multivariate omojeneite nan tès dispèsyon gwoup (PERMDISP). , fonksyon "betadisper" nan "vegan"). Taxa ki pa te prezan nan omwen 4 echantiyon yo te eskli nan analiz la. Diferans an tèm de abondans relatif taxon yo te premye evalye ak tès la Kruskal-Wallis preliminè ant 4 gwoup ak Lè sa a, plis evalye ak tès la Wilcoxon ant pè konparezon sa yo: CLM Control vs CLM HSD, Wildling Control vs Wildling HSD, CLM Control. kont sovaj Kontwòl, CLM HSD kont sovaj HSD. Pou evalyasyon diferans taksonomik ant wildling ak CLM, yo te itilize Lineary Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe: https://huttenhower.sph.harvard.edu/galaxy/; jwenn aksè nan dat 25 Novanm 2022) pou distenge karakteristik prensipal yo nan nivo genus. 61]. Lè sa a, rezilta LEfSe yo te montre kòm yon graf ba, ak yon papòt nòt Lineary Discriminant Analysis (LDA) ki pi wo pase 1.0. Chak fwa sa nesesè, yo te ajiste valè p nan konparezon miltip pa metòd Benjamini-Hochberg. Yo te konsidere yon pousantaj dekouvèt fo (FDR) mwens pase oswa egal a 0.05 kòm estatistik enpòtan: * p Mwens pase oswa egal a 0.05; ** p Mwens pase oswa egal a 0.01; *** p Mwens pase oswa egal a 0.001. Diferans fonksyonèl ant mikrobyom nan diferan kontni NaCl nan manje a (0.5% ak 4% NaCl kontni manje) te analize pa PICRUSt2, yon pake lojisyèl byoenfòmatik pou predi kontni metagenome fonksyonèl soti nan done sekans jèn rDNA 16s (https://huttenhower.sph. harvard.edu/picrust/; jwenn aksè nan dat 29 novanm 2022; PICRUSt2 2.4.1) [62]. Yo te aplike tiyo PICRUSt2 nan sekans reprezantan ak tablo abondans yo nan DADA2 lè l sèvi avèk paramèt estanda (https://github.com/picrust/picrust2/wiki/Full-pipeline-script; jwenn aksè nan 29 Novanm 2022). Soti nan pwodiksyon tiyo konplè a, prediksyon metagenomik pou KEGG Orthology ak MetaCyc chemen yo te bati kòm tab, ak fonksyon prediksyon kòm ranje ak echantiyon kòm kolòn, epi yo itilize yo konpare fonksyon mikrobyota zantray nan Wildling ak CLM sou rejim HSD. Fonksyon prediksyon kominote mikwòb ki kontribye pi plis nan varyasyon ant wildling ak CLM pa premye (PC1), dezyèm (PC2), ak twazyèm eleman prensipal (PC3) yo te chwazi pou plis analiz sou konsomasyon HSD nan de modèl yo. Lè sa a, matris la ak abondans fonksyon prediksyon yo te nòmalize, transfòme nan Centered Log Ratio (CLR) valè, ak rapò log2mean kalkile (HSD/Kontwòl) pou tou de wildling ak CLM. Finalman, rapò lòg2meyan yo te konpare ant gwoup pa tès Wilcoxon ak trase kòm yon trase cuneiform. Diferans ant gwoup yo te konpare estatistikman nan lojisyèl R lè l sèvi avèk Wilcoxon-tès ak fonksyon tès Kruskal-Wallis ak valè p ajiste pa metòd la Holm oswa Benjamini-Hochberg.
3. Rezilta yo
3.1. HSD afekte divèsite ak konpozisyon CLM ak mikrobyota Wildling Gut
Pou mennen ankèt sou enpak HSD sou yon ekosistèm mikwòb zantray ki sòti nan sovaj nan sourit, nou te manje HSD oswa alimantasyon kontwole sourit sovaj ak CLM. Sourit yo te kenbe sou rejim dyetetik pou de semèn epi yo te envestige konpozisyon mikrobyota nan zantray fekal pa sekans jèn 16S RNA soti nan granules fekal yo kolekte nan jou 14 (Figi 1A). Nan liy ak yon rapò anvan, pa gen okenn diferans fò yo te detekte an tèm de pwa kò ant gwoup kontwòl ak HSD nan CLM ak sourit sovaj [29]. Pou evalye diferan mikrobyota zantray ant de modèl CLM yo ak sourit sovaj yo nan debaz, nou te estime divèsite alfa (Obsève oswa Richès, Chao1, Shannon, Simpson, ak Endis Simpson Envès), divèsite beta (disimilasyon Bray-Curtis), ak prensipal la. diferans taksonomik. Nan liy ak etid anvan yo [54], mikrobyota zantray sovaj te karakterize pa pi gwo richès mikwòb (Figi 1B, tout endèks divèsite alfa), osi byen ke yon konpozisyon mikwòb diferan ak plis etewojèn pase CLM (Figi 1C, PERMANOVA p {{9} }.001 & PERMDISP p=0.0009, sovaj kont CLM; ak Figi S1). An tèm de siyati mikwòb, CLM ak sourit sovaj entesten mikrobiota te karakterize pa diferan takson bakteri (Figi S1). Nan liy ak Rosshart et al. [54], taksa bakteri ki soti nan sourit sovaj fè pati Intestinomonas, Desulfovibrio, Tuzzerella, Oscillobacter, Orodibacter, ak genus patojèn Helicobacter, ki karakterize pwofil ki pa domestik soti nan bwa nan modèl sa a (Figi S1).
Figi 1. Enpak HSD sou konpozisyon bakteri CLM (n=10/gwoup) ak sourit sovaj (n=11 pou Ctrl sovaj ak n=12 pou HSD sovaj). (A) Konsepsyon eksperimantal. C57BL/6 CLM oswa sourit sovaj yo te manje sou 0.5% NaCl (kontwòl, Ctrl) oswa gwo sèl 4% NaCl (HSD) ak zantray kominote bakteri zantray karakterize pa sekans anplikon jèn 16S rRNA. (B) Endèks pou divèsite alfa nan mikrobyota fekal nan CLM ak sovaj; de goch a dwat, yo montre endis sa yo: Obsève (OUT richès), Chao1, Shannon, Simpson, Simpson (Inverse Simpson). Diferans ant gwoup yo evalye estatistikman pa Wilcoxon-tès la. (C) Trase analiz kowòdone prensipal òdinasyon divèsite beta apati de metrik diferans Bray-Curtis ant CLM kont sovaj (anwo), kontwòl CLM kont CLM HSD (anba agoch), ak kontwòl sovaj kont sovaj HSD (anba adwat); separasyon ak omojèn ant gwoup yo te kalkile pa tès PERMANOVA ak PERMDISP respektivman. * p Mwens pase oswa egal a 0.05; ** p pi piti oswa egal a 0.01; **** p Mwens pase oswa egal a 0.0001. Figi 1. Enpak HSD sou konpozisyon bakteri CLM (n=10/gwoup) ak sourit sovaj (n=11 pou Ctrl sovaj ak n=12 pou HSD sovaj). (A) Konsepsyon eksperimantal. C57BL/6 CLM oswa sourit sovaj yo te manje sou 0.5% NaCl (kontwòl, Ctrl) oswa segondè sèl 4% NaCl (HSD) ak zantray kominote bakteri zantray karakterize pa sekans anplikon jèn 16S rRNA. (B) Endèks pou divèsite alfa nan mikrobyota fekal nan CLM ak sovaj; de goch a dwat, yo montre endis sa yo: Obsève (OUT richès), Chao1, Shannon, Simpson, Simpson (Inverse Simpson). Diferans ant gwoup yo evalye estatistikman pa tès Wilcoxon. (C) Trase analiz kowòdone prensipal òdinasyon divèsite beta apati de metrik diferans Bray-Curtis ant CLM kont sovaj (anwo), kontwòl CLM kont CLM HSD (anba agoch), ak kontwòl sovaj kont sovaj HSD (anba adwat); separasyon ak omojèn ant gwoup yo te kalkile pa tès PERMANOVA ak PERMDISP respektivman. * p Mwens pase oswa egal a 0.05; ** p Mwens pase oswa egal a 0.01; **** p Mwens pase oswa egal a 0.0001.
HSD pwovoke yon rediksyon enpòtan nan divèsite bakteri (Figi 1B, tout endèks divèsite alfa) ak yon chanjman enpòtan nan konpozisyon CLM (Figi 1C, PERMANOVA p=0.001, PERMDISP p=0 .1, CLM Ctrl kont CLM HSD). Kontrèman, mikrobyota zantray sourit sovaj yo te karakterize pa pi gwo divèsite sou HSD (Figi 1B, endèks Obsève ak Chao1), yon fason diferan de CLM, epi yo te karakterize tou pa chanjman konpozisyon mikwòb mwens pwononse sou HSD konpare ak CLM (Figi 1C, PERMANOVA p=0.001, PERMDISP p=0.5, Wildling Ctrl vs Wildling HSD).
3.2. Konpozisyon mikwòb zantray sourit Wildling pi rezistan a HSD pase CLM
Diferans konpozisyon bakteri ant wildling ak CLM yo te plis karakterize taksonomik. Nan nivo phylum, phyla ki pi abondan an tèm de abondans relatif yo te: Firmicutes (CLM: 52 ± 12%, wildling: 32 ± 34%), Bacteroidota (CLM: 24 ± 23%, wildling: 57 ± 19%), Aktinobacteriota (CLM: 1{{10}} ± 7%, sovaj: 0.7 ± 1.3%) ak Verrucomicrobiota (CLM: 24 ± 23%, sovaj: 0%/pa detekte) (Figi 2). Pwofil mikwòb zantray la te montre plis diferan abondans pou tout phyla detekte nan echantiyon fekal ant sourit sovaj ak CLM (Figi 2). Patikilyèman, nwayo mikrobiota phyla Firmicutes, Bacteroidota, ak Verrucomicrobiota te siyifikativman diferan ant de modèl yo (Figi 2). Plis espesyalman, nan nivo fanmi an, yo te obsève yon kontribisyon diferan nan wildling vs CLM trip microbiota pou pifò nan bakteri yo te deja rapòte kòm HSD sansib [28], ki gen ladan Lactobacillaceae, Clostridiaceae, Peptostreptococcaceae, ak Akkermansiaceae (Figi 3). Nan liy ak sa a, tandans ki sanble yo te konfime nan nivo a genus ant wildling ak echantiyon CLM pou manm prensipal yo nan fanmi yo mansyone pi wo a; pami sa yo, ki pi reprezantan yo te Lactobacillus, Roseburia, Tuzzerella, Faecalibaculum ak Akkermansia (Figi S1 ak 4). Pou karakterize plis enpak HSD sou CLM ak konpozisyon mikrobiota zantray sovaj, nou analize tou enpak rejim alimantè a nan diferan nivo klasifikasyon. Nan nivo filòm, mikrobiota zantray CLM trete HSD te karakterize pa rediksyon siyifikatif nan Firmicutes ak anrichisman Verrucomicrobiota (Figi 2), men pa gen youn nan pi gwo phyla ki te afekte pa HSD nan echantiyon wildling (Figi 2). Nan nivo fanmi an, mikrobiota CLM nan zantray te karakterize pa siyifikatif rediksyon bakteri ki pwodui asid laktik tankou Lactobacillaceae, osi byen ke pwodiktè SCFA tankou Peptostreptococcaceae ak Clostridiaceae (Figi 3). Anplis de sa, nan HSD-manje CLM, nou obsève ogmantasyon nan Akkermansiaceae, Sutterellaceae, Defluvitaleaceae, ak Eggerthellaceae (Figi 3). Kontrèman, HSD te afekte diferan fanmi bakteri nan mikrobiota zantray sovaj, pami yo de Muribaculaceae ak Prevotellaceae ki gen anpil abondan, tou de yo te ogmante sou HSD (Figi 3). Modulation bakteri ki pi kontribye nan efè HSD nan CLM enkli ogmantasyon jenera Akkermansia, Parasutterella, ak Enterorhabdus, osi byen ke diminisyon nan Lactobacillus, Roseburia, Tuzzerella, (Eubacterium) oxidoreducens gwoup, Muribaculum ak Anaerovorax (Figi 4). Eksepte pou Roseburia, pa gen yonn nan jenere yo mansyone pi wo a te afekte pa HSD nan mikrobiota zantray sovaj, pandan y ap genus Anaerovorax a te montre yon tandans opoze ak sa ki nan CLM (Figi 4).
Figi 2. Efè HSD sou phyla bakteri ki soti nan mikrobyota zantray CLM (n=10/gwoup) ak sourit sovaj (n=11 pou Ctrl sovaj ak n=12 pou HSD sovaj). Konpozisyon total an tèm de abondans relatif phyla montre pa trase ba pou chak moun (anwo) ak bwat plot pou phyla espesifik (anba); konparezon estatistik yo te fèt ant gwoup pa Wilcoxon-tès. * p Mwens pase oswa egal a 0.05; ** p Mwens pase oswa egal a {{10}}.01; *** p Mwens pase oswa egal a 0.001; **** p Mwens pase oswa egal a 0.0001.
Figi 3. Konsekans konsomasyon manje ki gen anpil sèl sou fanmi bakteri CLM (n=10/gwoup) ak sourit sovaj (n=11 pou Ctrl sovaj ak n=12 pou HSD sovaj). Konpozisyon total nan nivo fanmi reprezante pa trase ba pou chak moun (an tèt) ak bwat pou fanmi espesifik (anba); konparezon estatistik yo te fèt ant gwoup pa Wilcoxon-tès. * p Mwens pase oswa egal a 0.05; ** p Mwens pase oswa egal a {{10}}.01; *** p Mwens pase oswa egal a 0.001; **** p Mwens pase oswa egal a 0.0001.
Figi 4. Chanjman nan jenerasyon bakteri nan CLM (n=10/gwoup) ak sourit sovaj (n=11 pou Wildling Ctrl ak n=12 pou Wildling HSD). An jeneral, kontribisyon abondans relatif nan nivo genus yo trase kòm yon trase ba sikilè pou chak moun (sou tèt) ak yon trase bwat pou jenera espesifik (anba); konparezon estatistik yo te fèt ant gwoup pa Wilcoxon-tès. * p Mwens pase oswa egal a 0.05; ** p Mwens pase oswa egal a 0.01; *** p Mwens pase oswa egal a 0.001; **** p Mwens pase oswa egal a 0.0001.
3.3. HSD afekte fonksyon mikwòb prediksyon nan CLM men se pa nan sourit Wildling
Pwodiksyon PICRUSt 2 pa t 'detekte okenn diferans enpòtan ant fonksyon kominote mikwòb nan HSD sovaj kont sourit sovaj ki pa trete pou tou de KEGG Orthology ak MetaCyc anotasyon chemen, ak sèlman eksepsyon nan HSD-induit ogmante fonksyon sou jèn recG pou yon helicase ki depandan ATP soti nan. KEGG Orthology la (Figi 5A). Enpak HSD sou CLM te karakterize pa yon diminisyon enpòtan nan fonksyon prediksyon pou KEGG Orthology, pami yo jèn spp (sakroz -6-fosfataz) ak pfkA (phosphofructokinase 1), tou de ki enplike nan metabolis lanmidon ak sikwoz, ki se nan liy. ak rezilta anvan [28] (Figi 5A). Anplis de sa, mikrobyota nan zantray nan HSD-manje CLM te karakterize pa diminye fonksyon prediksyon nan jèn ki enplike nan transpò manbràn (feoB pou transpò fè, AB 2P AB 2 pwoteyin pèmez, AB 2A AB 2 ATP pwoteyin obligatwa), biosentèz glutamin (glnA) , LacI fanmi transcriptional regilatè (lacI, galR) ak transketolase (tktA, tktB) (Figi 5A). Pou chemen MetaCyc, HSD siyifikativman anrichi microbiota zantray CLM nan fonksyon prediksyon ki asosye ak rediksyon nitrat (chemen denitrifikasyon), degradasyon galaktoz (degradasyon D-galakta, super chemen D-glukarat ak degradasyon D-galakta), degradasyon fenil-propanoat, gra. sovtaj asid, degradasyon succinate nan asid butanoik ak degradasyon asid amine (degradasyon amine aromat, degradasyon L-leucine) (Figi 5B). Anplis de sa, nan liy ak konklizyon anvan yo [28], HSD mikrobyota zantray nan CLM pèdi fonksyon prediksyon pou biosentèz asid amine (super chemen nan biosentèz L-alanine, biosentèz L-lizin), fèmantasyon asid melanje, ak siyati roman adisyonèl pèdi tankou N- acetylglucosamine/N-acetyl-mannosamine/N-acetylneuraminate degradasyon ak degradasyon deoxyribonucleosides (pyrimidine ak purin degradasyon, inosine5phosphate biosentèz III) (Figi 5B).
Figi 5. Kont.
Figi 5. Efè HSD sou fonksyon metagenomik prediksyon zantray nan CLM (n=10/gwoup) ak wildling (n=11 pou wildling Ctrl ak n=12 pou wildling HSD) mikrobyota zantray. Pwodiksyon PICRUSt2 trase kòm trase cuneiform pou anotasyon KEGG Orthology (A) ak chemen MetaCyc (B) eksprime kòm rapò mwayen log2 nan konte fonksyon prediksyon ant echantiyon HSD ak Ctrl. Tout konparezon estatistik yo te fèt ant gwoup Ctrl ak HSD pa Wilcoxon-tès.
4. Diskisyon
Konplèks ak divès kalite mikrobyota zantray sovaj yo konnen yo pi rezistan nan sèten modèl maladi [51] ak rejim dyetetik, tankou konsomasyon ki gen anpil grès [54,55]. Sepandan, pa gen okenn etid anvan te evalye efè konsomasyon sodyòm segondè sou mikrobiota zantray murin ki sòti nan sovaj. Isit la, nou te envestige pou premye fwa ki jan HSD afekte mikrobiota zantray sovaj konpare ak CLM. Enteresan, rezilta nou yo te demontre ke konpare ak CLM, mikrobyom nan sovaj pi rezistan a twoub HSD nan tou de nivo konpozisyon ak prediksyon fonksyonèl. Li byen etabli ke gwo konsomasyon sèl ka agrave risk pou divès maladi, tankou maladi kadyovaskilè oswa maladi otoiminitè, lè li chanje konpozisyon mikrobyom zantray ak omeyostazi iminitè [25,29,31,34,63-65]. Nan liy ak rapò anvan yo, chanjman HSD-pwovoke nan mikrobiota zantray nan CLM yo te karakterize pa chanjman enpòtan nan divèsite mikwòb, konpozisyon, ak fonksyon prediksyon [28]. Bakteri ki fè pwomosyon sante tankou fanmi Peptostreptococcaceae ak jenera Lactobacillus, Roseburia, ak Tuzzerella diminye an tèm de abondans relatif nan CLM, pandan y ap Akkermansia siyifikativman ogmante nan gwoup HSDfed yo. Nou te detekte tou pi wo abondans relatif HSD nan Defluvitaleaceae, Enterorhabdus, ak Parasutterella. Enteresan, genus Parasutterella se yon eleman debaz nan mikrobiota zantray tou de CLM ak moun, kote li konpòte li kòm yon asakarolitik ak pwodiktè succinate [66]. Tou de Enterorhabdus ki soti nan fanmi Eggerthellaceae ak Parasutterella ki soti nan fanmi Sutterellaceae yo konnen yo dwe rich nan pasyan ki gen IBD [67,68], plis endike ki jan HSD ka afekte devlopman maladi. Sepandan, sa ki enteresan, sourit sovaj pa t montre yon antite ki sanble nan chanjman mikwòb HSD-induit, tankou CLM. Malgre sa, divèsite sovaj ogmante siyifikativman sou HSD pou mezi OTUs ak Chao1 yo obsève, epi sèlman kèk takson te enplike nan twoub HSD nan mikrobiota zantray sovaj, pami yo yon ogmantasyon nan Anaerovorax, makonnen ak yon diminisyon nan Erysipelatoclostridium, Roseburia, ak Lachnospiraceae. UCG-004 genus. Roseburia te sèlman siyati bakteri souvan pataje ant gwoup HSD konpare ak kontwòl korespondan yo, malgre HSD-manje CLM toujou karakterize pa yon pi gwo abondans nan bakteri sa a konpare ak HSD-manje sourit sovaj. Nan nòt, bakteri butyrate-pwodwi tankou Roseburia yo te montre yo gen pi ba abondans relatif nan pasyan ki gen kolit ilsè [69] ak rediksyon sa a te obsève tou yo dwe Koehle ak risk jenetik IBD nan sijè imen [70]. Sa a se nan liy ak konklizyon anvan yo, kote chanjman nan jenerasyon bakteri tankou Roseburia oswa Lactobacillus yo te jwenn ki asosye ak yon risk tansyon wo, pètèt ankouraje pa yon rejim Lwès [71]. Konpozisyon bakteri nan zantray la asosye tou ak motilite zantray ak fizyoloji [72].
benefis cistanche pou gason-ranfòse sistèm iminitè
Genus Anaerovorax te deja obsève nan sourit ki gen fizyoloji zantray nòmal ak mobilite redwi [73]; sepandan, anrichisman an nan Anaerovorax nan HSD pou sourit sovaj ka mennen nan yon wòl diferan nan taksa sa a nan yon kontèks omeyostazi zantray ak fonksyon apwopriye. Nan liy ak rezilta anvan yo, nou obsève yon ogmantasyon nan genus Akkermansia nan gwoup HSD nan CLM [28], pandan y ap mikrobyota nan zantray nan sourit sovaj yo te apovri nan genus sa a, ki se tou ki konsistan avèk etid pi bonè sou modèl sa a [51, 53–55]. Malgre ke genus Akkermansia a se yon pwobiotik potansyèl akòz efè pozitif li sou amelyore pwofil imunolojik ak metabolik lame (egzanp, nan obezite ak dyabèt tip 2) [42,74-77], wòl nan genus sa a se toujou klè akòz negatif li yo. korelasyon ak rezilta klinik nan kansè kolorektal [78], maladi Parkinson la [79,80] ak pasyan esklewoz miltip [81]. Konfòm ak rezilta anvan nou yo te jwenn ak chemen MetaCyc [28], CLM sou HSD te montre diminye fonksyon prediksyon mikwòb ki asosye ak metabolis lanmidon ak sikwoz pou òtoloji KEGG. Sepandan, chanjman minè nan konpozisyon bakteri zantray sourit sovaj ki manje HSD yo pa t rive pwovoke okenn varyasyon enpòtan nan fonksyon prediksyon bakteri, sa ki endike mikrobiota zantray ki sòti nan sovaj ak rezo metabolik/ekolojik yo pi estab epi yo ka adapte yo pi fasil. Varyasyon dyetetik HSD-induit konpare ak ekosistèm zantray CLM, ki jistifye plis envestigasyon. Ou dwe mansyone tou se enfliyans posib nan kominote a chanpiyon zantray sou rezo bakteri zantray la sou rejim diferan dyetetik. Etid anvan yo te deja sijere ki jan entèraksyon potansyèl ant bakteri ak fongis yo enplike nan omeyostazi sistèm iminitè lame ak devlopman maladi [82-85]. Nan kontèks sa a, CLM se plis limite pa pi ba konpleksite bakteri yo konpare ak sourit sovaj, ki ka anpeche etablisman an nan yon divès mikobiota zantray [54]. Etid nan lavni yo pral kapab detèmine kontribisyon nan kominote chanpiyon zantray nan anviwònman mikrobiota zantray ak iminite lame lè l sèvi avèk modèl wildling la. An rezime, etid nou an bay done sou ki jan gwo konsomasyon sodyòm afekte yon ekosistèm mikwòb zantray natirèl ki sòti nan sovaj an konparezon ak yon kominote bakteri zantray domestik nan CLM. Etid nou an te demontre ke HSD pa afekte takson bakteri ak mikrobiota nan zantray nan sourit sovaj menm jan li fè sa pou yon microbiota zantray domestik ki soti nan CLM. Divèjans sa a, jan yo te deklare anvan pou lòt rejim oswa kondisyon dyetetik tankou rejim ki gen anpil grès [54,55], endike ke rechèch nan lavni nesesè nan sistèm modèl natirèl murin pou refè ak estime enpak entèvansyon dyetetik sou ekosistèm zantray ki pi konplèks, tankou nan moun.
cistanche tubulosa-amelyore sistèm iminitè
Referans
1. Candela, M.; Biagi, E.; Turroni, S.; Maccaferri, S.; Figini, P.; Brigidi, P. Dinamik efikasite nan mikrobyota entesten imen an. Kritik. Rev Microbiol. 2015, 41, 165–171. [CrossRef] [PubMed]
2. Candela, M.; Biagi, E.; Maccaferri, S.; Turroni, S.; Brigidi, P. Microbiota entesten se yon faktè plastik ki reponn a chanjman nan anviwònman an. Tandans Microbiol. 2012, 20, 385–391. [CrossRef] [PubMed]
3. Boets, E.; Gomand, SV; Deroover, L.; Preston, T.; Vermeulen, K.; De Pretè, V.; Hamer, HM; Van den Mooter, G.; De Vuyst, L.; Courtin, CM Disponiblite sistemik ak metabolis nan asid gra chèn kout ki sòti nan kolon nan matyè ki an sante: Yon etid izotòp ki estab. J. Physiol. 2017, 595, 541–555. [CrossRef] [PubMed] 4. Tan, J.; McKenzie, C.; Potamitis, M.; Thorburn, AN; Mackay, CR; Macia, L. Wòl asid gra kout chèn nan sante ak maladi. Adv. Imunol. 2014, 121, 91–119. [PubMed]
5. Kumar, J.; Rani, K.; Datt, C. Molekilè lyen ant fib dyetetik, mikrobiota zantray, ak sante. Mol. Biol. Rep. 2020, 47, 6229–6237. [CrossRef] [PubMed]
6. Bilotta, AJ; Cong, Y. Gut microbiota metabolit règleman nan defans lame nan sifas mukozal: Enplikasyon nan medikaman presizyon. Precis. Clin. Med. 2019, 2, 110–119. [CrossRef]
7. Rooks, MG; Garrett, WS Gut mikrobyota, metabolit, ak iminite lame. Nat. Rev Immunol. 2016, 16, 341–352. [CrossRef]
8. Rodríguez, JM; Murphy, K.; Stanton, C.; Ross, RP; Kober, OI; Jij, N.; Avershina, E.; Rudi, K.; Narbad, A.; Jenmalm, MC Konpozisyon mikrobyota zantray la pandan tout lavi, ak yon anfaz sou lavi bonè. Mikwòb. Ekol. Sante Dis. 2015, 26, 26050. [CrossRef]
9. Arrieta, M.-C.; Stiemsma, LT; Amenyogbe, N.; Brown, EM; Finlay, B. mikrobyom nan entesten nan lavi bonè: Sante ak maladi. Devan. Imunol. 2014, 5, 427. [CrossRef]
10. Chung, WSF; Walker, AW; Louis, P.; Parkhill, J.; Vermeiren, J.; Boscher, D.; Duncan, SH; Flint, HJ Modilasyon mikrobiota zantray imen an pa fib dyetetik rive nan nivo espès yo. BMC Biol. 2016, 14, 3. [CrossRef]
11. Danneskiold-Samsøe, NB; Barros, HDdFQ; Santos, R.; Bicas, JL; Cazarin, CBB; Madsen, L.; Kristiansen, K.; Pastore, GM; Brix, S.; Júnior, MRM Entèaksyon ant mikrobyota manje ak zantray nan sante ak maladi. Manje Res. Ent. 2019, 115, 23–31. [CrossRef] 12. Scott, KP; Duncan, SH; Flint, HJ fib dyetetik ak mikrobiota nan zantray. Noutr. Toro. 2008, 33, 201–211. [CrossRef]
13. Donohoe, DR; Garge, N.; Zhang, X.; Solèy, W.; O'Connell, TM; Bunger, MK; Bultman, SJ Miwòm ak butyrate kontwole metabolis enèji ak otofaji nan kolon mamifè a. Selil Metab. 2011, 13, 517–526. [CrossRef]
14. Gomaa, EZ Mikwobyota / mikrobyom zantray imen nan sante ak maladi: Yon revizyon. Antonie Van Leeuwenhoek 2020, 113, 2019–2040. [CrossRef]
15. Requena, T.; Martínez-Cuesta, MC; Peláez, C. Rejim ak mikrobyota lye nan sante ak maladi. Fonksyon Manje. 2018, 9, 688–704. [CrossRef] [PubMed]
16. Ericsson, AC; Franklin, CL Microbiome nan zantray nan sourit laboratwa: Konsiderasyon ak pi bon pratik pou rechèch translasyonèl. Mamm. Genome 2021, 32, 239–250. [CrossRef] [PubMed]
17. Beresford-Jones, BS; Forster, SC; Stares, MD; Notley, G.; Viciani, E.; Browne, HP; Boehmler, DJ; Soderholm, AT; Kumar, N.; Vervier, K. Katalòg Bakteri Gastroentestinal Mouse a pèmèt tradiksyon ant mikrobyota sourit ak zantray imen atravè kat fonksyonèl. Cell Host Microbe 2022, 30, 124–138.e8. [CrossRef]
18. Fava, F.; Rizzetto, L.; Tuohy, K. Gut microbiota ak sante: Konekte aktè atravè sistèm metabolik la. Pwosedi. Noutr. Soc. 2019, 78, 177–188. [CrossRef]
19. David, LA; Materna, AC; Friedman, J.; Campos-Baptista, MI; Blackburn, MC; Perrotta, A.; Erdman, SE; Alm, fòm EJ Host afekte mikrobyota imen sou delè chak jou. Genomic Biol. 2014, 15, R89. [CrossRef]
20. Tanaka, M.; Nakayama, J. Devlopman mikrobiota nan zantray nan timoun piti ak enpak li sou sante nan lavi pita. Allergol. Ent. 2017, 66, 515–522. [CrossRef]
21. David, LA; Maurice, CF; Carmody, RN; Gootenberg, DB; Bouton, JE; Wolfe, BE; Ling, AV; Devlin, AS; Varma, Y.; Fischbach, MA Rejim rapidman ak repwodiktif chanje mikrobiom zantray imen an. Nature 2014, 505, 559–563. [CrossRef] [PubMed]
22. García-Montero, C.; Fraile-Martínez, O.; Gómez-Lahoz, AM; Pekarek, L.; Castellanos, AJ; Noguerales-Fraguas, F.; Coca, S.; Guijarro, LG; García-Honduvilla, N.; Asúnsolo, A. Konpozan nitrisyonèl nan rejim Lwès kont rejim Mediterane nan entèraksyon nan microbiota-iminitè nan zantray. Enplikasyon pou sante ak maladi. Nutrients 2021, 13, 699. [CrossRef] [PubMed]
23. Soverini, M.; Rampelli, S.; Turroni, S.; Schnorr, SL; Quercia, S.; Castagnetti, A.; Biagi, E.; Brigidi, P.; Candela, M. Varyasyon nan pwofil metagenome zantray imen apre sevraj kòm yon rezilta akizisyon Bifidobacterium nan mikrobyom lwès la. Devan. Microbiol. 2016, 7, 1058. [CrossRef] [PubMed]
24. Manzel, A.; Muller, DN; Hafler, DA; Erdman, SE; Linker, RA; Kleinewietfeld, M. Wòl nan "rejim rejyon lwès" nan maladi otoiminitè enflamatwa. Curr. Allergy Asthma Rep. 2014, 14, 404. [CrossRef] [PubMed]
25. Kleinewietfeld, M.; Manzel, A.; Titze, J.; Kvakan, H.; Yosef, N.; Linker, RA; Muller, DN; Hafler, DA klori sodyòm kondwi maladi otoiminitè pa endiksyon nan selil patojèn TH17. Nature 2013, 496, 518–522. [CrossRef] [PubMed]
26. Haase, S.; Wilck, N.; Kleinewietfeld, M.; Müller, DN; Linker, RA klori sodyòm deklannche Th17 medyatè otoiminite. J. Neuroimmunol. 2019, 329, 9–13. [CrossRef] [PubMed]
27. Hernandez, AL; Kitz, A.; Wu, C.; Lowther, DE; Rodriguez, DM; Vudattu, N.; Deng, S.; Herold, KC; Kuchroo, VK; Kleinewietfeld, M. Klori sodyòm inibit fonksyon sipresyon FOXP3+ selil T regilasyon yo. J. Clin. Investig. 2015, 125, 4212–4222. [CrossRef]
28. Hamad, I.; Cardilli, A.; Corte-Real, BF; Dyczko, A.; Vangronsveld, J.; Kleinewietfeld, M. Rejim segondè-sèl pwovoke rediksyon nan bakteri asid laktik ki pwodui nan zantray murin. Eleman nitritif 2022, 14, 1171. [CrossRef]
29. Wilck, N.; Matus, MG; Kearney, SM; Olesen, SW; Forslund, K.; Bartolomaeus, H.; Haase, S.; Mähler, A.; Balogh, A.; Markó, L. Salt-responsive comensal zantray modul TH 17 aks ak maladi. Nature 2017, 551, 585–589. [CrossRef]
30. Wei, Y.; Lu, C.; Chen, J.; Cui, G.; Wang, L.; Yu, T.; Yang, Y.; Wu, W.; Ding, Y.; Li, L. Rejim segondè sèl stimul trip Th17 repons ak agrave kolit TNBS-induit nan sourit. Oncotarget 2017, 8, 70. [CrossRef]
31. Li, FJ; Li, J.; MacGregor, GA Efè rediksyon sèl modès alontèm sou san presyon. Cochrane Database Syst. Rev 2013, 346, f1325. [CrossRef] [PubMed]
32. Hu, L.; Zhu, S.; Peng, X.; Li, K.; Peng, W.; Zhong, Y.; Kang, C.; Cao, X.; Liu, Z.; Zhao, B. Sèl segondè lakòz enflamasyon nan sèvo ak malfonksyònman mantal, akonpaye pa altènasyon nan mikrobiota nan zantray ak diminye pwodiksyon SCFA. J. alzayme Dis. 2020, 77, 629–640. [CrossRef]
33. Tubbs, AL; Liu, B.; Rogers, TD; Sartor, RB; Miao, EA Sèl dyetetik agrave kolit eksperimantal. J. Immunol. 2017, 199, 1051–1059. [CrossRef]
34. Muller, DN; Wilck, N.; Haase, S.; Kleinewietfeld, M.; Linker, RA Sodyòm nan mikro-anviwònman kontwole repons iminitè ak omeyostazi tisi yo. Nat. Rev Immunol. 2019, 19, 243–254. [CrossRef] [PubMed]
35. Burr, AH; Bhattacharjee, A.; Men, TW Modulation nitrisyonèl nan mikrobyom la ak repons iminitè. J. Immunol. 2020, 205, 1479–1487. [CrossRef] [PubMed]
36. Roca-Saavedra, P.; Mendez-Vilabrille, V.; Miranda, JM; Nebot, C.; Cardelle-Cobas, A.; Franco, CM; Cepeda, A. Aditif manje, kontaminan, ak lòt konpozan minè: Efè sou mikrobyota entesten imen—Yon revizyon. J. Physiol. Byochim. 2018, 74, 69–83. [CrossRef]
37. Côrte-Real, BF; Hamad, mwen .; Hornero, RA; Geisberger, S.; Roels, J.; Van Zeebroeck, L.; Dyczko, A.; van Gisbergen, MW; Kurniawan, H.; Wagner, A. Sodyòm perturbe respirasyon mitokondriyo ak pwovoke Tregs disfonksyonèl. Selil Metab. 2023, 35, 299–315.e298. [CrossRef] [PubMed]
38. Zagato, E.; Pozzi, C.; Bertocchi, A.; Schioppa, T.; Saccheri, F.; Guglietta, S.; Fosso, B.; Melocchi, L.; Nizzoli, G.; Troisi, J. Endogenous murin microbiota manm Faecalibaculum rodentium ak homolog imen li yo pwoteje soti nan kwasans timè entesten. Nat. Microbiol. 2020, 5, 511–524. [CrossRef] [PubMed]
39. Mao, G.; Li, S.; Orfila, C.; Shen, X.; Zhou, S.; Linhardt, RJ; Wi, X.; Chen, S. Depolymerized RG-I-anrichi pectin ki soti nan manbràn segman Citrus module microbiota zantray, ogmante pwodiksyon SCFA, ak ankouraje kwasans lan nan Bifidobacterium spp., Lactobacillus spp. ak Faecalibaculum spp. Fonksyon Manje. 2019, 10, 7828–7843. [CrossRef]
40. Miranda, PM; De Palma, G.; Serkis, V.; Lu, J.; Louis-Auguste, Deputy; McCarville, JL; Verdu, EF; Collins, SM; Bercik, P. Rejim segondè sèl agrave kolit nan sourit lè yo diminye nivo Lactobacillus ak pwodiksyon butyrate. Microbiome 2018, 6, 57. [CrossRef]
41. Chen, L.; Li, FJ; Dong, Y.; Huang, Y.; Wang, C.; Harshfield, GA; Zhu, H. Modest rediksyon sodyòm ogmante sikile asid gra chèn kout nan ipèrtansif ki pa trete: Yon esè owaza, doub-avèg, ki kontwole plasebo. Tansyon wo 2020, 76, 73–79. [CrossRef] [PubMed]
42. Lukovac, S.; Belzer, C.; Pellis, L.; Keijser, BJ; de Vos, WM; Montijn, RC; Roeselers, G. Diferans modulasyon pa Akkermansia muciniphila ak Faecalibacterium prausnitzii nan metabolis lipid periferik lame ak asetilasyon histon nan organoid zantray sourit. MBio 2014, 5, e01438-14. [CrossRef] [PubMed]
43. Dao, MC; Everard, A.; Aron-Wisnewsky, J.; Sokolovska, N.; Prifti, E.; Verger, EO; Kayser, BD; Levenez, F.; Chilloux, J.; Hoyles, L. Akkermansia muciniphila ak amelyore sante metabolik pandan yon entèvansyon dyetetik nan obezite: Relasyon ak richès mikrobyom zantray ak ekoloji. Gut 2016, 65, 426–436. [CrossRef] [PubMed]
44. Llewellyn, SR; Britton, GJ; Contijoch, EJ; Vennaro, OH; Mortha, A.; Colombel, J.-F.; Grinspan, A.; Clemente, JC; Merad, M.; Faith, JJ Entèaksyon ant rejim alimantè ak mikrobyota entesten an chanje pèmeyabilite entesten ak severite kolit nan sourit. Gastroenterology 2018, 154, 1037–1046.e1032. [CrossRef]
45. Berber, K.; Gerdes, LA; Cekanaviciute, E.; Jia, X.; Xiao, L.; Xia, Z.; Liu, C.; Klotz, L.; Stauffer, U.; Baranzini, SE Microbiota zantray ki soti nan pasyan esklewoz miltip pèmèt ansefalomyelit otoiminitè espontane nan sourit. Pwosedi. Natl. Acad. Sci. USA 2017, 114, 10719–10724. [CrossRef]
46. Sanchez, JMS; DePaula-Silva, AB; Libbey, JE; Fujinami, RS Wòl rejim alimantè nan reglemante mikrobyota nan zantray ak paralezi miltip. Clin. Imunol. 2022, 235, 108379. [CrossRef]
47. Mak, IW; Evaniew, N.; Ghert, M. Lost in translation: Modèl bèt ak esè klinik nan tretman kansè. Am. J. Transl. Res. 2014, 6, 114.
48. Payne, KJ; Crooks, GM Angajman iminitè selil iminitè: Tradiksyon soti nan sourit ak moun. Iminite 2007, 26, 674–677. [CrossRef]
49. Seok, J.; Warren, HS; Cuenca, AG; Mindrinos, MN; Baker, HV; Xu, W.; Richards, DR; McDonald-Smith, GP; Gao, H.; Hennessy, L. Genomic repons nan modèl sourit mal imite maladi enflamatwa moun. Pwosedi. Natl. Acad. Sci. USA 2013, 110, 3507–3512. [CrossRef] [PubMed]
50. Nguyen, TLA; Vieira-Silva, S.; Liston, A.; Raes, J. Ki jan enfòmasyon sourit la pou rechèch mikrobyota zantray imen? Dis. Modèl. Mech. 2015, 8, 1–16. [CrossRef]
51. Rosshart, SP; Vassallo, BG; Angeletti, D.; Hutchinson, DS; Morgan, AP; Takeda, K.; Hickman, HD; McCulloch, JA; Badger, JH; Ajami, NJ Miwowota zantray sourit sovaj ankouraje kapasite lame ak amelyore rezistans maladi. Cell 2017, 171, 1015–1028.e1013. [CrossRef] [PubMed]
52. Suzuki, TA; Phifer-Rixey, M.; Mack, KL; Sheehan, MJ; Lin, D.; Bi, K.; Nachman, MW Host detèminan jenetik nan mikrobyota nan zantray nan sourit sovaj. Mol. Ekol. 2019, 28, 3197–3207. [CrossRef] [PubMed]
53. Maurice, CF; CL Knowles, S.; Ladau, J.; Pollard, KS; Fenton, A.; Pedersen, AB; Turnbaugh, PJ Make varyasyon sezonye nan mikrobiota zantray sourit sovaj la. ISME J. 2015, 9, 2423–2434. [CrossRef] [PubMed]
54. Rosshart, SP; Herz, J.; Vassallo, BG; Hunter, A.; Mi, MK; Badger, JH; McCulloch, JA; Anastasakis, DG; Sarshad, AA; Leonardi, I. Sourit laboratwa ki fèt nan sourit sovaj gen mikrobyota natirèl ak modèl repons iminitè imen. Syans 2019, 365, eaaw4361. [CrossRef] [PubMed]
55. Hild, B.; Dreier, MS; Oh, JH; McCulloch, JA; Badger, JH; Guo, J.; Thefaine, CE; Umarova, R.; Hall, KD; Gavrilova, O. Ekspozisyon Neonatal nan yon mikrobyom ki sòti nan bwa pwoteje sourit kont obezite rejim alimantè a. Nat. Metab. 2021, 3, 1042–1057. [CrossRef] [PubMed]
56. Caporaso, JG; Lauber, CL; Walters, WA; Berg-Lyons, D.; Lozupone, CA; Turnbaugh, PJ; Fierer, N.; Knight, R. Modèl mondyal divèsite 16S rRNA nan yon pwofondè dè milyon de sekans pou chak echantiyon. Pwosedi. Natl. Acad. Sci. USA 2011, 108, 4516–4522. [CrossRef] [PubMed]
57. Bolyen, E.; Rideout, JR; Dillon, MR; Bokulich, NA; Abnet, CC; Al-Ghalith, GA; Alexander, H.; Alm, EJ; Arumugam, M.; Asnicar, F. Reproducibl, entèaktif, évolutive ak extensible microbiome done syans lè l sèvi avèk QIIME 2. Nat. Biotechnol. 2019, 37, 852–857. [CrossRef]
58. Callahan, BJ; McMurdie, PJ; Rosen, MJ; Han, AW; Johnson, AJA; Holmes, SP DADA2: Enferans echantiyon segondè-rezolisyon ki soti nan done anplikon Illumina. Nat. Metòd 2016, 13, 581–583. [CrossRef]
59. Lozupone, C.; Lladser, ME; Knights, D.; Stombaugh, J.; Knight, R. UniFrac: Yon metrik distans efikas pou konparezon kominote mikwòb. ISME J. 2011, 5, 169–172. [CrossRef]
60. Oksanen, J.; Simpson, G.; Blanchet, F.; Kindt, R.; Legendre, P.; Minchin, P.; O'Hara, R.; Solymos, P.; Stevens, M.; Szoecs, E.; et al. Vegan: Pake Ekoloji Kominotè. Vèsyon 2.6-4. 11 oktòb 2022. Disponib sou Entènèt: https://CRAN.R-project.org/package= vegan (aksede sou 26 novanm 2022).
61. Segata, N.; Izard, J.; Waldron, L.; Gevers, D.; Miropolsky, L.; Garrett, WS; Huttenhower, C. Metagenomic biomarker dekouvèt ak eksplikasyon. Genomic Biol. 2011, 12, R60. [CrossRef]
62. Douglas, GM; Maffei, VJ; Zaneveld, JR; Yurgel, SN; Brown, JR; Taylor, CM; Huttenhower, C.; Langille, MG PICRUSt2 pou prediksyon fonksyon metagenom. Nat. Biotechnol. 2020, 38, 685–688. [CrossRef]
63. Neal, B.; Wu, Y.; Feng, X.; Zhang, R.; Zhang, Y.; Shi, J.; Zhang, J.; Tian, M.; Huang, L.; Li, Z. Efè sibstitisyon sèl sou evènman kadyovaskilè ak lanmò. N. Engl. J. Med. 2021, 385, 1067–1077. [CrossRef]
64. Arroyo Hornero, R.; Hamad, mwen .; Côte-Real, B.; Kleinewietfeld, M. Enpak konpozan dyetetik sou selil T regilasyon ak maladi. Devan. Imunol. 2020, 11, 253. [CrossRef] [PubMed]
65. Wu, GD; Chen, J.; Hoffmann, C.; Bittinger, K.; Chen, YY; Keilbaugh, SA; Bewtra, M.; Knights, D.; Walters, WA; Knight, R.; et al. Lyen modèl dyetetik alontèm ak enterotip mikwòb zantray. Syans 2011, 334, 105–108. [CrossRef] [PubMed]
66. Ju, T.; Kong, JY; Stothard, P.; Willing, BP Defini wòl Parasutterella, yon manm ki te deja pa karakterize nan mikrobiota debaz zantray la. ISME J. 2019, 13, 1520–1534. [CrossRef] [PubMed]