SARS-CoV-2 Biyoloji Variant: Chape Iminitè, Transmisyon Ak Fòm
Nov 01, 2023
Nan fen ane 2020, apre yo fin sikile pandan prèske yon ane nan popilasyon imen an, sevè sendwòm respiratwa egi kowonaviris 2 (SARS-CoV-2) te montre yon gwo chanjman nan adaptasyon li a pou moun. Fòm SARS-CoV-2 ki gen anpil mitasyon sa yo te ogmante pousantaj transmisyon parapò ak variantes anvan yo epi yo te rele 'variants enkyetid' (VOCs). Deziyen Alpha, Beta, Gamma, Delta, ak Omicron, VOC yo te parèt poukont youn ak lòt, epi an vire, chak te vin rapidman dominan, rejyonalman oswa globalman, konkirans vèsyon anvan yo. Siksè chak VOC parapò ak varyant ki te deja dominan an te pèmèt pa chanje pwopriyete fonksyonèl intrinsèques viris la ak, nan divès degre, chanjman nan antijenisite viris ki bay kapasite nan evade yon repons iminitè prime. Ogmantasyon kapasite viris ki asosye ak VOC yo se rezilta yon entèraksyon konplèks nan byoloji viris nan yon kontèks chanje iminite imen akòz vaksen ak enfeksyon anvan. Nan revizyon sa a, nou rezime literati sou transmisibilite relatif ak antijenisite varyant SARS-CoV-2, wòl mitasyon nan sit klivaj Spike Furin ak pwoteyin ki pa gen Spike, enpòtans potansyèl rekonbinasyon pou siksè viris. , ak SARS CoV-2 evolisyon nan kontèks selil T, iminite natirèl, ak iminite popilasyon an. SARS-CoV-2 montre yon relasyon konplike ant antijenisite viris, transmisyon, ak virulans, ki gen enplikasyon enprevizib pou f.trajèktwa ak fado maladi COVID-19.
cistanche tubulosa-amelyore sistèm iminitè
Entwodiksyon
Depi premye aparisyon li nan Wuhan nan mwa desanm 2019, sevè sendwòm respiratwa egi kowonaviris 2 (SARS-CoV-2) te lakòz plis pase 641 milyon ka COVID-19 ak plis pase 6.6 milyon lanmò nan Desanm 2022. (ref. 1). SARS-CoV-2 (ansanm ak SARS-CoV, kòz SARS la) se yon manm espès kowonaviris ki gen rapò ak sendwòm respiratwa egi grav, sèl manm yon subgenus viris, Sarbecovirus, yo jwenn prensipalman nan baton fer cheval2. . Menm jan ak lòt kowonaviris, SARS-CoV-2 posede yon gwo jenom RNA, ki gen ladann ~30,000 nukleotid, ki gen replikasyon ki medyatè pa RNA-depandan RNA polymerase (RdRP) ak yon eksoribonukleaz anzim koreksyon ki asosye (ExoN). ). Sa a, ansanm ak nati diskontinu nan transkripsyon kowonaviris la, te lakòz kowonaviris ak gwo pousantaj rekonbinasyon, ensèsyon, efase, ak mitasyon pwen (byenke pousantaj yo pi ba pase pou lòt viris RNA akòz koreksyon an), jan yo te revize deja3. Siksè nouvo varyant jenetik ki pwodui, byenke gen tandans fè pwosesis echantiyon stochastic, pral depann anpil de seleksyon natirèl; an patikilye, seleksyon pozitif ki asosye ak mitasyon ki benefisye viris kote yo rive. SARS-CoV-2 pwouve ke li se yon patojèn imen ki trè kapab, men tou yon jeneralis an tèm de tropism lame, etabli enfeksyon nan yon varyete espès mamifè, ki gen ladan enfeksyon nan vizon kiltivatè4, yon rezèvwa ki estab nan ke blan. sèf5,6 ak enfeksyon ensidan anpil lòt espès bèt7. Yon fwa SARS-CoV-2 te nan imen, premye mwa evolisyon SARS-CoV-2 te karakterize pa adaptasyon limite ak chanjman fenotipik parapò ak evolisyon pita li8. Premye chanjman remakab la, yon sèl ranplasman Spike (D614G), te parèt byen bonè nan pandemi an e li te bay yon avantaj kwasans ~ 20% parapò ak variants anvan yo9. Yon liy ki defini pa D614G (PANGO lineage10 B.1) byen vit te vin dominan an Ewòp, ki bay yon endikasyon byen bonè nan potansyèl pou SARS-CoV-2 ogmante transmisibilite li nan imen. Jan nou te dekri anvan an 3,11, apati oktòb 2020, nouvo variants SARS-CoV-2 ki gen plis mitasyon te kòmanse parèt. Variant sa yo te distenge pa pi gwo kantite mitasyon ki pa sinonim prensipalman nan pwoteyin Spike a - patikilyèman ka a pou Omicron - ak pwopriyete fenotip diferan, ki gen ladan chanje transmisibilite ak antijenisite. Jiska dat, Òganizasyon Mondyal Lasante (ak ajans nasyonal sante piblik yo) te deklare senk (5) varyant SARS-CoV-2 varyant enkyetid (VOCs) sou baz ke yo montre ke yo gen anpil chanjman nan transmisibilite oswa chape iminitè, sa ki garanti siveyans sere. . Chak VOC te montre avantaj transmisyon sou vèsyon anvan yo epi yo te vin dominan, swa rejyonalman nan ka Alpha (PANGO lineage10 B.1.1.7), Beta (B.1.351), ak Gamma (P.1) - an Ewòp, Afrik di sid, ak Amerik di Sid, respektivman - oswa globalman, nan ka Delta (B.1.617.2/AY sublineages) ak anpil sublineages Omicron yo (B.1.1.1.529/BA sublineages, tankou BA.1, BA.2 ak BA). .5).
cistanche tubulosa-amelyore sistèm iminitè
Kontrèman ak atant ke viris yo sibi adaptasyon rapid lame apre spillover12,13, analiz seleksyon endike ke SARS-CoV-2 te manke nivo remakab nan adaptasyon obsèvab byen bonè nan pandemi an14. Apre sa, li te vin klè ke SARS-CoV-2 se yon viris jeneralis ki kapab itilize yon varyete pwoteyin manbràn anzim konvèti anjyotansin 2 (ACE2) pou antre nan selil15, sa ki pèmèt enfeksyon nan yon pakèt mamifè14,16. Sarbekoviris yo transmèt souvan ant diferan espès baton fer chwal17 ak espès ki pa baton ak ACE2-kapasite obligatwa (karakteristik zansèt yo dedui nan sarbekoviris18), ki rive genyen ladan l imen. Pwoteyin Spike SARS CoV-2 gen pwopriyete enpòtan ki responsab epi ki obligatwa pou transmisyon efikas moun-a-moun, an patikilye: lyezon ACE2 imen ak sit polibazik klivaj furin (FCS) nan junction S1-S219,20. . Kounye a SARS-CoV-2 S1–S2 FCS inik nan mitan arboviris, byenke sekans analogue yo obsève nan lòt betacoronaviruses. Antre SARS-CoV-2 nan selil Airway yo mande pou klivaj furin-medyatè nan FCS la, ki pèmèt fizyon manbràn. Se poutèt sa, FCS la se yon detèminan kle nan to transmisyon segondè SARS-CoV-2, kontribye nan gaye efikas li nan imen. Pli lwen optimize FCS nan kalite sovaj pandan pandemi an te lakòz yon klivaj furin amelyore nan pwoteyin Spike Alpha ak Delta22–25. Nan konsè ak lòt mitasyon, sitou sa yo ki amelyore ACE2 binding26,27, yo panse mitasyon ki optimize klivaj furin yo te kontribye nan amelyore transmisibilite, e konsa kapasite, nan Alpha ak Delta VOC yo, ak 65% ak 55% pi wo transmisyon relatif konpare ak la. variantes yo ranplase, respektivman 28-30. Kontrèman ak Alpha ak Delta, siksè evolisyonè Variant Omicron a pa lye ak optimize klivaj furin. Olye de sa, Omicron karakterize pa yon fenotip antre chanje31,32, makonnen ak siyifikatif chape iminitè31,33,34, ki pèmèt enfeksyon efikas nan moun ki pran vaksen oswa ki deja enfekte. Malgre ke transmisyon nan yon popilasyon nayif se lajman detèmine pa pwopriyete viral intrinsèques, jaden flè iminitè de pli zan pli konplèks kote SARS-CoV-2 sikile kounye a vle di ke antikò chape (kòm opoze a transmisibilite ke yo te amelyore pa byoloji viris pou kont li, yon karakteristik ki ta ka difisil pou optimize pi lwen pase sa ki reyalize pa Omicron) ap vin premye chofè siksè Variant. Anvan Omicron aparisyon (Bwat 1), chak nan varyant dominan yo te evolye soti nan zansèt pre-VOC, olye ke yo evolye youn ak lòt. Okontrè, vag siksesif yo kounye a te koze pa sublineages Omicron (pa egzanp, BA.5, youn nan sublineages li yo BQ.1, ak BA.2.75, yon sublineages BA.2). Nan nòt, li posib ke yon variant detekte, potansyèlman yon recombinant (Bwat 2), ta ka parèt ak transmisyon segondè lye nan byoloji intrinsèques ak nouvo pwopriyete antijenik. Kit yon varyant totalman roman parèt, oswa viris nan lavni evolye soti nan sublineaj Omicron yo ak nouvo chanjman antijenik (de pli zan pli pwobab kòm VOC anvan yo pa sikile ankò), li klè ke nouvo SARS-CoV-2 varyant ki genyen konbinezon inik nan mitasyon. ap kontinye parèt ak moun ki gen yon avantaj kondisyon fizik pral domine parapò ak variants anvan yo. Jouk jounen jodi a, varyasyon siksè yo te montre tou varyasyon nan karakteristik klinik ki enpòtan, ki gen ladan severite maladi, levasyon iminitè, ak sansiblite nan terapi (patikilyèman antikò monoklonal). Se poutèt sa, li enpòtan pou sante piblik ak klinik pou w konprann sa ki lakòz kapasite SARS-CoV-2. Varyan kondisyon fizik - siksè repwodiktif yon viris - depann sou yon varyete de faktè ki detèmine kapasite li nan enfekte, repwodui andedan, ak gaye ant tout lame yo. Nan Revizyon sa a, nou bay yon apèsi sou mitasyon yo obsève ki dekri kòm yon enpak sou enfeksyon SARS-CoV-2 ak transmisibilite epi nou diskite sou kapasite viral pou chape anba iminite selil T, natirèl, oswa iminite imoral11. Gade revizyon anvan nou an11 pou plis detay sou iminite umoral ki gen mwayen Spike.
Antigenic chape ak SARS-CoV-2 variants
Yon premye enkyetid konsènan evolisyon SARS-CoV-2 se te aparisyon potansyèl de varyant antijenik distenk ak kapasite pou evade iminite vaksen oswa enfeksyon akeri, jan sa montre nan sibstitisyon N439K Spike35. Anvan aktyalizasyon yo nan fen 2022, tout vaksen COVID-19 lajman itilize yo te baze sou antijèn Spike nan variants bonè yo, pifò itilize sekans referans Wuhan-Hu-1, echantiyon nan yon enfeksyon liy B nan Huanan. Market Seafood, souvan ak mitasyon ki estabilize pwoteyin Spike a nan yon konfòmasyon prefizyon36. Malgre ke yo te rapòte chanjman antijenik limite pou Alpha25,37,38, yo te obsève chape modere nan antikò ki sòti nan vaksen ak sera konvalesans pou Beta, Gamma, ak Delta nan eksperyans laboratwa23,37-39. Sepandan, etid epidemyolojik yo te bay prèv ke efikasite vaksen kont Delta ak Beta te lajman konsève40–42. Kidonk, malgre yon konsepsyon ki baze sou yon sekans pi bonè, premye jenerasyon vaksen SARS CoV-2 te bay yon pwoteksyon remakab kont maladi grav epi yo te pèmèt anpil nan mond lan retounen nan yon sanblab nòmal.
cistanche tubulosa-amelyore sistèm iminitè
Klike la a pou w wè pwodwi Cistanche Enhance Immunity
【Mande plis】 Imèl:cindy.xue@wecistanche.com / Whats App: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692
Bwat 1
Orijin varyant ki konsène SARS-CoV-2 ak konplèks Omicron
Sevè sendwòm respiratwa egi kowonaviris 2 (SARS-CoV-2) varyant enkyetid (VOCs) montre yon kantite pwopriyete diferan, youn nan pi entrigan yo se yon longè branch filogenetik relativman long souvan ak yon mank de entèmedyè jenetik anvan yo. deteksyon67,193,194. Alpha te detekte premye nan UK a pandan yon tan nan sikilasyon viris ki ba ak siveyans SARS-CoV-2 san parèy67,131. Delta te premye idantifye nan peyi Zend nan mwa avril 2021 (ref. 195) ak Lè sa a, te asosye ak yon nouvo vag epidemi nan UK196, jenere plizyè sublineages, kèk nan yo ki te menm plis transmisib pase paran Delta, pou egzanp, AY.4.2 (ref. . 197). Menm jan an tou, konplèks Omicron nan varyant gen yon longè branch long e menm plis mitasyon pase VOCs anvan yo43,44. Mank sekans entèmedyè te mennen nan plizyè ipotèz orijin VOC198: (1) sikilasyon nan rejyon jeyografik ki pa pran echantiyon; (2) sikilasyon kriptografik nan yon rezèvwa bèt apre zoonoz ranvèse yon variant bonè; (3) evolisyon nan yon enfeksyon kwonik nan yon lame iminosiprime oswa plizyè lame imen. Malgre ke gen prèv pou etabli rezèvwa bèt ki estab pou SARS-CoV-2, patikilyèman nan vizon kiltivatè ak sèf keu blan4,5,186, kounye a 'ipotèz enfeksyon kwonik' aparisyon varyant se pi bon sipòte nan sa yo. senaryo67,183. Enfeksyon kwonik yo konnen yo kondwi pwofil mitasyon ki trè menm jan ak sa yo ki nan VOCs113,184,199-201. Genyen tou prèv pou transmisyon limite kontinyèl nan enfeksyon kwonik ki lakòz epidemi lokalize113,182. Evolisyon alontèm nan prezans presyon antikò sub netralize konstan ta ka eksplike distans antijenik VOC, patikilyèman pou Omicron. Kontrèman ak lòt VOCs, Omicron te evolye divèsite remakab anvan yo te premye detekte epi kounye a divize an senk gwo liy (BA.1, BA.2, BA.3, BA.4, ak BA.5 (ref. 43); gade nan figi), ak anpil plis sublineages ke yo te detekte ki akimile plis chanjman antijenik157. BA.1 te lakòz yon vag mondyal enfeksyon nan fen 2021, men nan kòmansman 2022, li te ranplase pa BA.2. Nan mwa avril 2022, yo te rekonèt plis sublineages BA, BA.4 ak BA.5, epi, apati septanm 2022, BA.5 te kondwi yon nouvo vag Omicron entènasyonalman43. Linyon Omicron yo montre yon relasyon konplèks youn ak lòt, ki gen anpil chans enkli plizyè evènman recombination intra-VOC anvan deteksyon43,44. Pou egzanp, BA.4 ak BA.5 genyen tou pre idantik 5 'fen nan genòm nan jouk jèn nan M, men montre gwo divergence apre pwen sa a, sijere yon evènman rekonbinasyon resan. Menm jan an tou, BA.3 ta ka li gen yon pitit gason kokonbine nan zansèt BA.1 ak BA.2 viris44. Orijin filojenetik ipotetik konplèks Omicron ki montre yon modèl potansyèl rekonbinasyon nan mitan sublineages BA.1, BA.2, BA.3, BA.4, ak BA.5 yo montre nan figi a. Non pwoteyin endike apwoksimatif (~) breakpoints potansyèl yo.
"Konplèks" Omicron an - ki gen ladann souliniaj diferan BA.1, BA.2, BA.3, BA.4, ak BA.5 (Bwat 1) - kapab enfekte moun ki te pran vaksen yo ak moun ki te deja enfekte yo, sa ki lakòz defi a. seleksyon sekans vaksen yo ak vaksen inivèsèl yo devan diskisyon estrateji kontwòl SARS-CoV-2. Avèk plis pase 15 mitasyon domèn reseptè-obligatwa Spike (RBD) ak yon kantite sipresyon antijenik ak sibstitisyon nan domèn amino-tèminal (NTD)43,44, BA.1, BA.2, BA.4 ak BA.5. trè mal netralize ak vaksen premye jenerasyon ak antikò ki sòti nan enfeksyon pre-Omicron (Fig. 1). Anplis de sa, yo te demontre chape soti nan vas majorite nan antikò monoklonal terapetik aktyèl yo; kounye a, sèlman bebtelovimab - yon antikò monoklonal ki vize RBD nan pwoteyin Spike - yo te rapòte kenbe efikasite li kont tout SARS-CoV-2 varyant31,33,34,38,45-50. Gwo "chanjman" antijenik sa a te mennen kèk pwopoze ke liyaj Omicron yo ta dwe konsidere kòm yon souch separe oswa serotip konpare ak liyaj pre-Omicron51,52. Sa ki enpòtan, grandè chanjman antijenik sa a reflete nan done sou efikasite vaksen reyèl kont enfeksyon ak maladi sentòm41,53-57. Dòz rapèl yo oblije kenbe nenpòt efikasite vaksen kont Omicron, ki diminye kòm tit antikò diminye41,55. Vreman vre, efikasite vaksen kont maladi grav pou Omicron te rete wo 4 mwa apre yon dòz rapèl epi apre sa diminye byen vit, byenke rediksyon an te mwens rapid pase sa yo te wè apre vaksinasyon prensipal58. Akòz kout dire iminite pwoteksyon kont enfeksyon Omicron ak vaksen aktyèl yo, anpil manifakti vaksen ak akademisyen yo ap konsantre sou vaksen dezyèm jenerasyon, tankou boosters espesifik Omicron monovalan oswa bivalan59 (ki ap deplwaye kounye a), livrezon vaksen nan nen an. ankouraje pi gwo iminite mikoz60 oswa apwòch vaksen inivèsèl61. An komen ak kowonaviris imen sezonye yo, nan ki pwen iminite akeri alontèm ka anpeche reinfeksyon pa SARS-CoV-2 limite akòz yon konbinezon de diminye antikò ak flote antijenik viris - akizisyon enkreman de mitasyon ki pèmèt iminitè. levasyon62,63. Anplis chanjman etap nan antijenisite, evolisyon viris pandan enfeksyon ki pèsistan te pèmèt SARS-CoV-2 akimile mitasyon miltip nan kontèks yon sèl oswa kèk enfeksyon alontèm, kontribiye nan evènman chanjman antijenik lè variants sa yo ale. sou pou enfekte lòt moun (Kare 1).
Bwat 2
SARS-CoV-2 recombinants
Lè de viris RNA ko-enfekte menm selil la nan yon moun, gen yon gwo chans pandan replikasyon genòm pou polymerase a pral chanje soti nan yon modèl sekans genòm nan genomic eterològ la. Sa a lakòz yon viris recombinant ak yon pati nan genomic li soti nan yon 'paran' ak sekans jenomik ki rete nan lòt la (gade figi a, pati a). Depi 2020 (ref. 10), sistèm klasifikasyon PANGO te deziyen plizyè liy recombinant yo nan diferan kote epi yo deziyen yo pa prefiks filiaj 'X-'. Recombinants yo te idantifye san anbigwite lè varyasyon jenetikman diferan, tankou de varyant enkyetid, te sikile tanporèman ki mennen nan ko-enfeksyon. Pa ekzanp, premye linaj recombinant ki te plase, XA, se te yon recombinant ant Alpha (B.1.1.7) ak liyaj ki te deja sikile nan UK a, B.1.177 (ref. 202). XC se te yon recombinant ant Alpha ak Delta yo te jwenn nan Japon203. Depi nan kòmansman 2022, kantite recombinants idantifye te ogmante rapidman, ki te gen anpil chans akòz nivo segondè nan ko-sikilasyon ant Delta ak BA.1, oswa BA.1 ak BA.2, nan anpil peyi nan yon moman nan pwogresivman. restriksyon COVID-19. Yon lòt eksplikasyon se pi bon konfyans nan idantifye recombinants, akòz pi gwo divergence sekans nan mitan genomes de Delta, BA.1, ak BA.2. Yon egzanp recombinant se XD — yon Delta × BA.1 recombinant te jwenn premye nan mwa janvye 2022 an Frans204. XD gen de breakpoints genomic, ak yon zo rèl do ak yon pati nan domèn amino-terminal pwoteyin Spike soti nan Delta ak rès la nan pwoteyin Spike ki soti nan BA.1 (al gade figi a, pati b). Fonksyonèlman, XD te montre gen yon fenotip patojèn entèmedyè ant BA.1 ak Delta nan sourit transjenik ki eksprime anzim konvèti anjyotansin imen 2 (ACE2) anba kontwòl pwomotè keratin 18 la, sa ki lakòz pèdi pwa modere, sijere ke yon pati nan diferans lan. fenotip patojèn wonjè Delta ak BA.1 kat deyò pwoteyin Spike204. Yon dezyèm recombinant remakab nan UK a se BA.1 × BA.2 recombinant XE a, ki te premye detekte nan Angletè sou 19 janvye 2022. Anvan li te depase pa BA.5, XE gen ladann plis pase 2,500 genòm, sitou soti nan UK a. , ak done preliminè sijere yon ogmantasyon modès nan to kwasans konpare ak BA.2 (ref. 205).
Aparisyon varyant FCS nan SARS-CoV-2
Konpare ak lòt arboviris li te ye, yon karakteristik inik nan SARS CoV-2 se prezans nan yon FCS nan pwoteyin Spike li yo ki ka koupe pa furin. Sepandan, FCS yo prezan nan anpil lòt kowonaviris beta nan subgenerasyon Embecovirus ak Merbecovirus, tankou kowonaviris imen OC43, kowonaviris imen HKU1, ak coronavirus sendwòm respiratwa Mwayen Oryan (Fig. 2a). Yo montre SARS-CoV-2 FCS la enpòtan anpil pou replikasyon viris optimal nan selil respiratwa imen64, transmisyon19,21 ak patojèn65. Furin, yon pwoteaz lame, pi abondan nan aparèy Golgi a, ki pèmèt klivaj pandan trafik viris la nan sifas selil la66. Kounye a li klè, sepandan, ke FCS nan premye SARS-CoV-2 varyant yo pa t 'optimal epi yo pa t' efikas ak furin19,24,65. Enteresan, youn nan wòl yo dekri pou mitasyon an sibstitisyon bonè, Spike D614G, te modèsman amelyore klivaj Spike (revize an detay deja). Yon kantite varyant ki vin apre SARS-CoV-2 genyen mitasyon ki toupre FCS, ki ogmante kantite rezidi debaz asid amine - sit rekonesans li te ye pou furin; pou egzanp, Alpha, Mu, ak Omicron gen mitasyon FCS P681H44,67,68, ki prevwa ogmante aktivite klivaj. Anplis, yon mitasyon diferan nan menm pozisyon an, P681R, amelyore replikasyon ak patojèn Delta VOC23,30,69 (Fig. 2b). Nan nòt, Omicron gen P681H, osi byen ke plis mitasyon N679K44, ki ansanm rezilta nan yon FCS19,23-25,32,70 optimize. Sa ki enpòtan, sepandan, optimize sit furin pou kont li pa amelyore transmisibilite oswa replikasyon SARS-CoV-2 epi li ka prejidis pou transmisyon efikas viris27, sa ki endike ke lòt mitasyon yo wè nan variants sa yo nesesè pou replikasyon ak transmisyon optimize. Mekanis egzak kote mitasyon FCS yo obsève amelyore klivaj furin rete yon sijè deba. Malgre ke gen prèv jistis fò ke P681R dirèkteman amelyore angajman furin ak klivaj nan sit la S1-S219,24,69, konsekans fonksyonèl P681H71 la mwens klè. Mekanistikman, li posib ke pozisyon T678 nan pwoteyin Spike a, ki sitiye tou pre rezidi P681 la, ka modifye post-tradiksyon ak yon sit glikozilasyon O-lye-74. En prolin yo konnen yo ankouraje O-lye glycosylation; Se poutèt sa, yon eksplikasyon altènatif ta ka retire nan P681, olye ke adisyon a nan histidine nan per se, mennen nan pèt nan sit la ki kapab obstrue glikozilasyon furin ak amelyorasyon ki asosye nan klivaj. Dènye apèsi sou biyoloji Omicron te defye ipotèz ke amelyore klivaj Spike esansyèl pou ogmante transmisyon viral. Tout linyon Omicron yo genyen P681H ak N679K43,44, ki poukont yo, oswa ansanm, amelyore klivaj sit S1-S2 nan pwoteyin Spike nan kalite sovaj 32,70. Sepandan, nan yon kontèks pwoteyin Omicron Spike konplè a, prèv ki montre klivaj sa yo amelyore se mwens klè, ak kèk etid ki jwenn ke junction S1-S2 a parèt pi mal fennen pase nan VOCs50,75 anvan yo, tandiske lòt moun montre efikasite klivaj ki konparab ak sa. nan Delta32,76,77. Kèlkeswa fenotip klivaj la, anpil gwoup te dekri kijan Omicron kapab itilize yon fason efikas pou antre selil altènatif. Vreman vre, alòske VOCs anvan yo tankou Delta yo trè depann sou priming fizyon pa transmembrane protease serine 2 (TMPRSS2) nan sifas selil la, Omicron tou kapab byen prepare pa proteaz endosomal, tankou cathepsin, nan yon fason ki sanble ak SARS-. CoV31,32,50,75,76,78,79. Mekanis altènatif sa a se ipotèz ki an pati responsab pou redwi severite Omicron, omwen nan modèl wonjè 32,75,78,80,81, akòz pi ba fusogenicity ak twopism tisi ki kapab chanje, ak yon patipri nan direksyon enfeksyon nan aparèy respiratwa anwo a. sou aparèy respiratwa ki pi ba yo. Plizyè etid te sijere mekanis molekilè pou fusogenicity redwi sa a ak chanje wout antre, ki gen ladan mitasyon nan RBD nan Spike nan Omicron31,82, H655Y83 oswa mitasyon nan domèn S231,32,76, espesyalman N969K32, byenke li se konteste si wi ou non karakteristik sa a konsève. atravè tout linaj Omicron32,84. Sepandan, liy Omicron yo kontinye montre gwo transmisibilite, omwen ekivalan a Delta85,86, sa ki vle di yon dekoupman potansyèl ant efikasite nan klivaj furin ak fusogenicity ak kontribisyon yo nan transmisibilite viris. Pi lwen pase sit S1-S2, betacoronaviruses mande tou klivaj nan yon dezyèm sit klivaj pwoteaz, ke yo rekonèt kòm sit la S2′. Apre klivaj nan sit S1-S2 la ak reseptè ki asosye, sit S2' la vin ekspoze nan domèn S2 nan pwoteyin Spike87. Klivaj S2′ dirèkteman libere peptide fizyon an, ki mennen nan fusion manbràn viris-lame 88–90. Pou SARS-CoV-2 antre nan selil Airway, sit sa a preferans koupe pa serin proteaz lame, tankou TMPRSS2, men li ka altènativman koupe pa kathepsin endolyosomal19,91. Yon kantite atik ki sot pase yo te sijere ke varyasyon nan NTD SARS-CoV-2, patikilyèman atravè renovasyon nan bouk ekstèn atravè akizisyon de sipresyon oswa ensèsyon, ka enfliyanse alosterikman tou de klivaj S1-S2 ak klivaj S2', ak kidonk fusion92–94. An jeneral, relasyon ki genyen ant itilizasyon pwoteaz, efikasite klivaj S1-S2, tropism, patojèn, ak transmisibilite SARS CoV-2 trè konplèks, e, pafwa, rezilta pami etid yo pa konsistan. Kidonk, plis travay nesesè pou konble twou vid ki genyen nan konesans ak konprann sistèm sa a nèt.
cistanche tubulosa-amelyore sistèm iminitè
Lòt pwoteyin estriktirèl ak ki pa estriktirèl ak enfeksyon
Plizyè etid resan te envestige konsekans mitasyon nan pwoteyin estriktirèl lòt pase pwoteyin Spike a, ki gen ladan manbràn (M), anvlòp (E), ak pwoteyin nukleokapsid (N). Liyage B.1.1 la defini pa yon pè sibstitisyon nan pwoteyin N - R203K ak G204R. Variants ki sòti nan B.1.1 (tankou Alpha, Gamma, ak Omicron) eritye menm mitasyon yo, tandiske Delta ak Beta poukont yo evolye R203M ak T205I, respektivman, ak pwopriyete fonksyonèl konvèjan. Espesyalman, yo montre mitasyon sa yo ogmante enfeksyon viral95-97, byenke mekanis egzak aksyon an rete diskite. Sou yon bò, done ki sòti nan yon viris-tankou patikil ki baze sou repòtè ki baze sou assay95 sijere ke mitasyon sa yo dirèkteman ogmante fòmasyon patikil viris, tandiske yon lòt rapò sijere yon wòl pou fosforilasyon nan pwoteyin N ki pèmèt restriksyon chape pa kinaz GSK3 la (ref. 97). ). Yon eksplikasyon altènatif se ke mitasyon R203K ak G204R yo entwodui yon nouvo sit règleman transkripsyon nan mitan jèn N nan, ki pèmèt ekspresyon yon fòm twonke nan pwoteyin N (ki rele 'N*' oswa 'N.iORF3'), ki ta ka. amelyore enfeksyon viris atravè antagonis entèferon amelyore98,99. Enteresan, gen plizyè lòt egzanp sou liy SARS-CoV-2 ki evolye nouvo sekans sit règleman transkripsyon yo ki ta ka lakòz ekspresyon pwodwi pwoteyin twonke, swa nan ankadreman oswa andeyò ankadreman, ki pi enpòtan nan pwoteyin ki pa estriktirèl 16. (NSP16)98.
Ansanm ak pwoteyin N a, mitasyon nan pwoteyin M ak E yo te enplike tou nan modil enfeksyon SARS-CoV-2. Sibstitisyon nan pwoteyin M ak E nan BA.1 (Omicron) yo te montre diminye antre selil nan patikil ki tankou viris, byenke mitasyon sa yo konpanse pou plis sibstitisyon nan pwoteyin S ak N100. Pwoteyin kowonaviris E yo gen plizyè fonksyon, youn nan yo se aji kòm yon kanal kasyon, potansyèlman nan retikul endoplasmik (ER) ak konpatiman Golgi pou kontwole plizyè etap nan sik lavi viral101. Yo montre mitasyon T9I ki te jwenn nan pwoteyin Omicron E diminye aktivite chanèl ion sa a nan vitro102, byenke konsekans fonksyonèl li yo pa klè. Malgre ke ORF1ab fè de tyè nan genòm SARS-CoV-2, li rete rejyon kote enpak mitasyon variant yo pi piti konprann. Yon eksepsyon se yon sipresyon nan pozisyon 106-108 nan NSP6, yon mitasyon ki konsève nan mitan tout VOC yo eksepte Delta. NSP6 se yon pwoteyin transmembrane miltipasaj ki asosye ak fòmasyon òganèl replikasyon kowonaviris la - estrikti manbràn ki sòti nan ER ki pwodui pandan enfeksyon an, ki bay yon lòj pou replikasyon RNA viral ki pwoteje kont iminite natirèl103. Yon etid resan te montre ke NSP6 fòme homodimers ak medyatè fòmasyon nan yon 'zip ER' - kanal etwat ak eksklizif manbràn ki konekte 'vesik doub-manbràn', ki se sit prensipal la nan replikasyon genomic viral103. Li te jwenn ke sipresyon 106-108 nan NSP6 espesyalman amelyore fòmasyon nan ER zip sa a, ki endike yon potansyèl adaptasyon lame espesifik. Mekanis egzak amelyorasyon sa a rete yo dwe klè, byenke otè etid yo postule ke sipresyon an retire yon sit glycosylation ki lye O-potatif. Kounye a li rete klè poukisa Delta ak plizyè lòt varyant pa janm te obsève yo te genyen adaptasyon sa a malgre fasilite la ak ki sipresyon sa a ka rive. Anplis pwoteyin estriktirèl ak ORF1ab yo, gen kèk prèv trè limite ki montre chanjman adaptasyon nan pwoteyin akseswar, ki kouvri pita nan Revizyon sa a. Malerezman, karakterizasyon eksperimantal nan mitasyon ki pa Spike ak nenpòt adaptasyon ki asosye ak moun nan varyant SARS-CoV-2 rete byen lwen dèyè sa ki nan pwoteyin Spike a. Sa a se akòz yon kantite faktè, ki gen ladan omniprésente nan teknoloji pseudovirus yo itilize pou etidye fenotip Spike konpare ak konpleksite teknik nan jenetik ranvèse (anjeneral obligatwa pou syans virolojik nan mitasyon ki pa Spike) ak rate nan sistèm in vitro pou envestige ki pa. -Spike pwoteyin. Li klè nan travay aktyèl ke adaptasyon ki pa Spike kontribye lajman nan kondisyon fizik viris ak patojèn, ak devlopman kontinyèl nan sistèm yo etidye rejyon sa yo enpòtan anpil pou rechèch kontinyèl.
Repons selil T ak chape antijenik
Selil T yo se yon pati enpòtan nan repons iminitè adaptatif nan enfeksyon SARS-CoV-2, ak yon pwofon CD4+ selil T ak CD8+ T selil yo obsève nan pifò moun ki enfekte104. Plizyè etid sijere yon wòl enpòtan pou iminite selil T nan pwoteksyon kont COVID grav -19, byenke sa a gen plis chans pou yo gen plis nuans ak konplèks pase korelasyon ki byen karakterize nan pwoteksyon kont enfeksyon nan repons antikò netralize105,106. Malgre ke repons selil T asistan CD4+ yo gen anpil chans pou yo lajman enpòtan pou jenerasyon antikò, enpòtans selil T yo nan diminye severite maladi a ta ka relativman pi enpòtan nan senaryo kote repons antikò netralize yo diminye oswa yo poko detekte. Endiksyon bonè nan SARS-CoV-2-selil T espesifik yo wè pi souvan nan enfeksyon modere pase nan enfeksyon grav107, ak CD8+selil T yo ka patikilyèman enpòtan nan diminye rezilta grav nan pasyan ki gen defisi selil B108. Anplis de sa, yon repons selil T CD8+ totalman fonksyonèl mobilize 1 semèn apre premye dòz vaksen mRNA BNT162b2 (Pfizer–BioNTech), nan yon moman kote antikò netralize yo pa totalman pwovoke, sa ki ogmante posiblite pou vaksen bonè-. Pwoteksyon pwovoke ka sitou depann sou selil T109.
Figi 1|Pwopriyete sibstitisyon oswa efase asid amine nan varyete SARS-CoV-2 ki konsène yo
Etandone wòl entegral selil T yo nan iminite SARS-CoV-2, potansyèl la egziste pou presyon selektif mennen nan chape selil T, byenke nan ki pwen mitasyon SARS-CoV-2 afekte selil T yo kounye a. mal konprann. Repons selil T fonksyonèl yo dirije kont plizyè pwoteyin viris, ak grandè repons ki gen rapò ak nivo ekspresyon pwoteyin viral yo. Repons nan pwoteyin Spike, pwoteyin N, ak pwoteyin M domine, ak repons apresyab tou wè kont ORF3a ak pwoteyin ki pa estriktirèl NSP3 ak NSP12 (ref. 110). Kòm repons selil T yo vize epitop atravè genòm SARS-CoV-2, anprent yo nan chape selil T yo distribye pi lajman pase chanjman antikò yo, ki konsantre nan epitop dominan nan pwoteyin Spike a (Fig. 3) . Kèk etid te dokimante evolisyon intrahost nan epitop selil T, ki ta sèvi kòm prèv dirèk sou chape selil T. Mitasyon nan epitop CD8+ nan pwoteyin N (M322I ak L331F), pwoteyin M (L90F), ak pwoteyin Spike (L270F) yo te note nan variants minorite yo nan yon etid pandan enfeksyon egi, sa ki lakòz pèt epitop-espesifik. repons111. Enfeksyon SARS-CoV-2 pwolonje nan lame iminitè yo ka ofri pi gwo opòtinite pou chape selil T, menm jan ak egzanp yo dekri anpil nan enfeksyon VIH-1112. Aparisyon mitasyon NSP3 T504P ki te lakòz pèt yon repons epitop CD8+ te rapòte nan plizyè moun ki gen defisyans iminitè umoral, men repons selil T konsève nan kontèks enfeksyon kwonik SARS-CoV-2113, 114. Konklizyon sa yo limite a sa sèlman kèk ka, ki montre nesesite pou plis etid kowòt potansyèl yo evalye sistematikman risk pou yo chape T-selil nan sèten popilasyon pasyan yo. Plizyè mitasyon nan epitop iminodominan ORF3a ak N pwoteyin CD8+ selil T ki lakòz pèt konplè rekonesans te parèt poukont yo nan plizyè liy SARS-CoV-2115. Pami sa yo se N pwoteyin P13L, ki prezan nan Omicron nan yon epitop CD8+ ki restriksyon B*27:05. Bay ipotèz ke VOC yo parèt nan enfeksyon kwonik, li tante pou espekile ke prezans P13L nan Omicron VOC reflete seleksyon akòz presyon selil T pandan enfeksyon kwonik, anplis de konstelasyon mitasyon Spike ki gen anpil chans pou presyon antikò. . L452R yo te jwenn nan Delta, Epsilon, Kappa, ak BA.4/BA.5 varyant Spike pwoteyin rezilta nan pèt yon repons A*24:02-CD restriksyon8+116. Ranplasman Spike P272L te parèt nan plizyè liy atravè lemond, epi li mennen nan pèt dominan HLA A*02:01 CD8+ epitop117. Wòl selil T yo genyen nan kondwi chanjman sa a, anplis evazyon antikò ak afinite ACE2-ranfòse, pa sèten. Lòt mitasyon Spike nan VOC ki asosye ak pèt repons espesifik CD4+ yo enkli L18F, D80A, ak D215G nan Beta, ak D1118H nan Alpha118,119. Ki nivo obsèvasyon sa yo reprezante tou efè ensidan sou repons selil T ak mitasyon ki kondi pa lòt presyon se kounye a enkoni. Malgre pèt repons espesifik sa yo, plizyè etid montre ke repons jeneral T-selil pwovoke pa enfeksyon ak vaksen premye jenerasyon an konsève kont pifò VOCs105,118–120. Menm gwo mitasyon yo nan pwoteyin Spike Omicron yo lakòz sèlman yon modès mwens pase 30% rediksyon nan repons total CD4+ ak CD{8+, ak konsiderab varyasyon entè-endividyèl119,120. Pifò repons epitop CD4+ wo-frekans yo konsantre sou rejyon disrè nan NTD, tèminal karboksi, ak rejyon pwoteyin fizyon, ak anpil kèk nan RBD110 la. Pa gen okenn kote ki klè nan epitops spike CD8+110. Mitasyon ki konsantre nan Spike RBD ak NTD yo te jwenn nan anpil VOC ke yo panse ke yo te kondwi pa evazyon antikò ak ogmante afinite ACE2-ta ka gen yon enpak limite sou repons jeneral T-selil la. Kidonk, pifò epitop selil T yo konsève nan diferan VOC, e sa gen anpil chans pou kontribiye nan efikasite vaksen konsève kont entène lopital ak lanmò ak Omicron yo wè apre yon dezyèm dòz ak apre yon twazyèm dòz lè yo konpare ak pa gen vaksen121. Lòt rezon kle pou enpak modès varyasyon yo sou iminite selil T yo se lajè repons ki te pwodwi, ak chak repons monte nan 30-40 epitop apre enfeksyon110. Nan yon nivo popilasyon an, gen tou pi gwo eterojenite nan repons selil T a pase iminite antikò akòz plizyè polimorfism prezan nan jèn HLA imen. Nan yon nivo endividyèl, sepandan, rediksyon enpòtan nan repons CD8+ ki espesifik nan Spike a Omicron yo te rapòte nan ~ 15% nan donatè konvalesans ak vaksen yo117, ak yon lòt etid ki remake plis pase 50% pèt nan CD{{88} } Selil T ak CD8+ Repons selil T nan ~20% moun ki teste122. Malgre ke jeneralizasyon rezilta sa yo limite pa ti gwosè echantiyon yo ak distribisyon HLA nan popilasyon yo etidye yo, li sepandan mete aksan sou enpak potansyèl VOC yo sou repons selil T nan sèten moun ki gen iminite Spike-espesifik pwodwi sèlman atravè vaksinasyon an. Li sanble gen anpil chans ke levasyon antikò ak transmisyon amelyore ap kontinye pi gwo chofè VOCs émergentes pase siyifikatif T-selil chape. Li difisil pou nou predi si nou pral wè pèt epitop CD8+ ralanti ak sekans, menm jan ak adaptasyon alontèm nan grip H3N2. Chape selil T ka rive atravè plizyè mekanis98. Chanjman asid amine ki nan epitop yo oswa rejyon ki antoure yo ka deranje pwosesis antijèn, ak chanjman nan rezidi jete lank yo ka entèfere ak gwo konplèks istokonpatibilite (MHC) obligatwa nan epitopes123. Tou de mekanis sa yo ka lakòz pèt irevokabl nan repons selil T nan yon epitop patikilye. Chanjman ki afekte reseptè selil T yo nan konplèks peptide-MHC ka, okontrè, lakòz yon chape pasyèl oswa konplè. Dènye senaryo sa a ta ka simonte tou pa repons selil T de novo lè l sèvi avèk repètwa altènatif reseptè selil T, jan sa te dekri deja nan enfeksyon VIH-1124.
Ansanm ak potansyèl chape selil T, SARS-CoV-2, tankou anpil lòt viris, dirèkteman desann ekspresyon MHC klas I (MHC-I) sou selil ki enfekte yo evite rekonesans selil T, ki pi byen dekri pou pwoteyin akseswar ORF8 ( ref. 125,126). ORF7a (kòm byen ke ORF3a ak ORF6 (ref. 127,128)) te rapòte tou pou downregulate MHC-I (ref. 128,129), byenke li pa klè si wi ou non sa a se yon efè espesifik oswa senpleman rezilta a nan fragmantasyon Golgi ki pa espesifik130. Travay resan yo te montre ke sibstitisyon komen yo wè nan VOC yo pa chanje kapasite ORF8 pou siprime ekspresyon MHC-I, eksepte yon kodon sispann twò bonè nan asid amine 27 nan Alpha, sa ki lakòz ekspresyon yon fòm ORF8 twonke, ki pa fonksyonèl. (ref. 126,131). Malgre trunke ORF8, nan yon kontèks enfeksyon, Alpha toujou desann espresyon MHC-I, sa vle di ke variant sa a, oswa pètèt SARS-CoV-2 an jeneral, te evolye mekanis redondants pou anpeche chemen sa a126.
Figi 2|Sit klivaj Furin ak siksè Variant
Iminite natirèl ak varyant SARS-CoV-2
Iminite natirèl se yon pati entegral nan defans lame kont patojèn, ak yon wòl kle nan kontwòl viral bonè ak akor nan repons iminitè adaptasyon. Repons iminitè natirèl yo patikilyèman kritik kont viris nouvo, tankou patojèn zoonotik, pou ki anjeneral pa gen okenn iminite adaptasyon pre-egziste. Li se etone lè nouvo viris zoonotik yo efikas nan gaye ant moun atravè antagonism efikas nan defans lame natirèl, malgre dènye replikasyon ak transmisyon siksè nan yon espès lame ki byen lwen, ak sistèm iminitè natirèl li yo tipikman divergent. Yon konsekans solidite sistèm iminitè natirèl imen an se ke pwopòsyon viris zoonotik ki kontinye lakòz pandemi yo trè ba, ak pwopriyete ki te evolye nan espès rezèvwa SARS-CoV-2, espesyalman tropism lame jeneralis ( ki te rive gen ladan l imen) makonnen ak akizisyon FCS li yo nan pwoteyin Spike a, petèt nan yon espès lame entèmedyè, se te karakteristik enpòtan pou kòmanse pandemi COVID-19. Li enpòtan pou remake ke viris SARS ki gen rapò SARS-CoV la pa t etabli tèt li nan popilasyon imen an, malgre yo te trè transmèt tou, yo te atribiye deradication li a yon gaye mwens asymptomatik konpare ak SARS-CoV-2, ki fè li pi fasil yo idantifye. enfeksyon. Sa ki enpòtan, kòm SARS-CoV-2 VOC yo te parèt, li te vin klè ke yo ap akeri adaptasyon yo pi efikasman enfekte moun, e sa an pati se atravè evazyon iminitè natirèl amelyore. Vreman vre, Alpha133,134 ak VOCs77,135,136 ki pi resan yo te evolye sansiblite redwi a entèferon, ki konsistan avèk sa a se yon presyon selektif kle pou transmisyon viris nan imen. Surprenante, olye ke adapte yo espesyalman antagonize pwoteyin imen, Alpha ak Omicron sublineages BA.4 ak BA.5 te an pati reyalize sa a pa upregulating ekspresyon an nan iminite natirèl siprime pwoteyin viral, patikilyèman nan pwoteyin ORF6 (ref. 77). ORF6 inibit transpò nikleyè nan faktè transcription, ki gen ladan STAT1 ak IRF3 (ref. 137), ki kontwole ekspresyon an nan pwoteyin antiviral ak medyatè pro-enflamatwa idrosolubl. Alpha te ogmante ekspresyon ORF9b tou (ki anpeche siyal enfim nan RNA sensing138) ak N pwoteyin (ki sequesters RNA viral pou anpeche aktivasyon mekanis deteksyon98), osi byen ke ekspresyon de novo nan N*/N.iORF3 - amino-tèminal la. fòm twonke nan pwoteyin N, ki montre kèk antagonis entèferon men ki eksprime nan nivo ki ba98. Nivo ogmante nan pwoteyin sa yo gen anpil chans rezilta nan mitasyon nan rejyon regilasyon ki modile sentèz RNA subgenomic ak ekspresyon pwoteyin. Sa a mete aksan sou enpòtans ki genyen nan chanjman deyò pwoteyin Spike a nan detèmine pwopriyete VOC, patikilyèman nan rejyon regilasyon. Kritikman, mitasyon nan sekans Kozak nan pwoteyin N ki espere enfliyanse ekspresyon nan pwoteyin Alpha N ak pwoteyin ki sipèpoze ORF9b parèt tou nan VOC dominan Delta ak Omicron, men enpak konplè yo sou antagonism iminitè natirèl nan VOC sa yo rete yo dwe detèmine. . Relasyon ki genyen ant SARS-CoV-2 ak iminite natirèl la trè konplèks. Pou egzanp, antagonist viral ORF9b parèt negatif reglemante atravè fosforilasyon pa kinas lame, ki sijere anpèchman iminitè natirèl li yo ta ka etenn nan kèk pwen pandan enfeksyon, petèt yon fwa repons lame yo deklanche nan selil ki enfekte133. Tankou yon mekanis switch enflamatwa, ki esansyèlman kontwole repons lame a enfeksyon, ta ka mennen sentòm ak gaye viral ki vin apre pa chanje deklanchman selilè.
Yo sigjere omwen 15 pwoteyin SARS-CoV-2 pou kontribiye nan antagonis repons natirèl jiska dat (revize an detay yon lòt kote139,140). Pwoteyin sa yo tipikman te idantifye atravè ekran repòtè yo kote yo eksprime pwoteyin SARS-CoV-2 ki enterese pandan yon repons iminitè natirèl in vitro simulation epi yo evalye kapasite li pou antagonize repons lan. Eksperyans sa yo pa tipikman bay insight mekanistik men yo efikas nan dekouvri fonksyon pwoteyin nouvo. Plizyè nan VOC yo montre chanjman asid amine nan anpil nan pwoteyin ki enplike kòm antagonist sistèm iminitè natirèl, tankou NSP1, NSP3, NSP6, ORF3a, ORF6, ORF7b, ORF8, ak N pwoteyin. Kit sa yo kodaj mitasyon reflete adaptasyon pi byen antagonize iminite natirèl imen an poko etabli nan pifò ka yo.
Anplis, kontribisyon pwoteyin sa yo nan fenotip VOC yo mal konprann, paske sa mande pou jenerasyon rigoureux mutan izojenik lè l sèvi avèk jenetik ranvèse ak evalyasyon enpak yo sou replikasyon, pwodiksyon entèferon, ak sansiblite. Osi byen ke diminye endiksyon an nan entèferon, Alpha ak Omicron VOC yo pi rezistan a anpèchman pa efè antiviral yo126,133-135,141. Sa a te pi byen dekri kòm ki gen rapò ak adaptasyon Spike ki diminye sansiblite nan faktè restriksyon transmembrane entèferon-induced (IFITM)76,134,142. Efè egzak pwoteyin IFITM pandan replikasyon SARS-CoV-2 se kontwovèsyal, ak kèk etid ki montre ke pwoteyin IFITM anpeche antre selilè SARS-CoV-2, nan yon fason ki sanble ak grip19,76,134,142, tandiske lòt moun. sijere ke nan kèk kontèks yo amelyore enfeksyon, nan yon fason ki sanble ak sa ki dekri pou OC43 ak HKU1 (ref. 76,134,143-145). Wòl egzak pwoteyin IFITM gen anpil chans yo dwe espesifik kontèks, tankou chemen an patikilye antre yon viris patikilye itilize nan yon kalite selil oswa liy selil yo bay, itilizasyon viris vivan kont pseudoviris, ak nivo pwoteyin IFITM eksprime. Manm fanmi IFITM yo se ti pwoteyin transmembrane entèferon-stimile ki asosye ak diferan manbràn selilè; IFITM1 imen an jeneralman asosye ak manbràn sifas selilè yo, tandiske IFITM2 ak IFITM3 yo pi lokalize nan endosomes an reta ak bonè, respektivman76,146. Mekanis egzak kote pwoteyin IFITM gen enpak sou antre viral yo pa konplètman rezoud, men yo panse ke anpèchman fizyon glikoprotein viral ak manbràn lame yo patisipe147,148. Plizyè VOC yo te montre yo gen diferan degre nan sansiblite nan anpèchman pwoteyin IFITM oswa amelyorasyon, byen souvan ki asosye ak chemen antre espesifik oswa fenotip klivaj furin. Pou egzanp, Omicron, ki pi efikas nan antre endozomal pase variants bonè ak lòt VOCs, parèt montre pi gwo anpèchman (oswa nan kèk ka amelyorasyon) pa pwoteyin endosomal IFITM, byenke sa parèt trè depann sou sistèm selil yo itilize a32, 76,145. Sa a se petèt akòz Omicron swa gen konpwomi levasyon natirèl akòz evite iminite adaptasyon, patikilyèman nan kontèks la nan antikò Spike pwovoke vaksen oswa oblije adapte yo sèvi ak pwoteyin IFITM kòm kofaktè pou antre. Li poko klè ki jan antagonis amelyore nan iminite natirèl ta ka enfliyanse transmisyon viris. Nou fè ipotèz ke kapasite SARS-CoV-2 pou pwopaje avèk efikasite se yon gwo lyen ak kapasite li pou evade ak antagonize repons iminitè natirèl nan premye selil ki rankontre viris la nan pasaj la. Vreman vre, efikasite nan evènman enfeksyon espere enfliyanse gaye viral nan Airway la e konsa chans pou simen yon enfeksyon pwodiktif nan tout. Repons entèferon tip I yo te montre yo enpòtan nan detèmine efikasite enfeksyon ak rezilta pou lòt viris, epi yo te byen karakterize pou enfeksyon lentiviral nan makak149.
Finalman, lefèt ke kounye a chak VOC te evolye endepandamman de yon viris zansèt ki sikile byen bonè pandan pandemi an vle di ke chak VOC te pran yon chemen mitasyon diferan pou jwenn adaptasyon diferan pou moun. Kòm yon konsekans, VOCs, oswa tout bon lòt varyant SARS-CoV-2, kapab potansyèlman rekonbine pou ini adaptasyon kode poukont yo e konsa avantaj fenotip ki soti nan diferan jenom varyant (Bwat 2).
Figi 3|Enpak potansyèl varyant SARS-CoV-2 sou repons selil T ak iminite natirèl.
Distans antijenik nan detèmine transmisyon ak kondisyon fizik
Iminite popilasyon k ap chanje tout tan kreye yon peyizaj fizik dinamik pou varyant viris paske kondisyon fizik yo depann anpil de iminite akeri yo menm jan ak seri mitasyon inik yo. Malgre ke konpleksite tankou lajè ak dire iminite yo se konsiderasyon enpòtan150,151, kantite moun kimilatif ekspoze a SARS-CoV-2, atravè enfeksyon ak/oswa vaksinasyon, rezilta nan yon popilasyon anpil mwens sansib a pi sikile ( ak sot pase) variants ak yon kantite tout tan-diminye nan imunolojik nayif, konplètman sansib lame (Fig. 4). Byen bonè nan pandemi COVID-19, lè fraksyon nan lame nayif la te pi gwo, te gen ti benefis evolisyonè nan kado antijenik parapò ak variants sovaj. Olye de sa, seleksyon an te favorize variants ki kapab maksimize siksè repwodiktif atravè adaptasyon karakteristik byolojik intrinsèques yo tankou chanjman konformasyon nan pwoteyin Spike ki te koze pa D614G, mitasyon definitif PANGO liy B.1, oswa fenotip klivaj furin ranfòse makonnen ak ogmantasyon ACE2 obligatwa. ekspoze pa Alpha27,29. Kòm iminite nan popilasyon an lame a te ogmante, kado antijenik yon Variant te jwe yon wòl de pli zan pli enpòtan nan siksè repwodiktif li, parapò ak chanjman byolojik intrinsèques152. Answit, Delta VOC te vin dominan globalman, li te deplase varyant anvan yo nan peyi ki gen popilasyon iminitè ki pasyèlman ak pwoteksyon vaksinasyon modere a wo23,153. Done netralizasyon viris yo te endike modere iminitè chape soti nan antikò netralize pa Delta VOC23,37-39, ak done efikasite vaksen yo te endike ke kado antijenik pa t 'moun prensipal la nan ogmante transmisibility40-42,154,155, ki endike kapasite nan segondè nan Delta te plis rezilta nan intrinsèque. pwopriyete viral tankou optimize nan klivaj Spike Furin22,23,69. Konpare ak variantes anvan yo, Omicron te montre yon degre san parèy nan nouvote antijenik31,33,34, san mank konparab ak yon evènman chanjman antijenik ki sanble ak grip51. 'Chanjman' isit la, akimilasyon nan mitasyon kontribye nan distans antijenik, pwobableman rive omwen an pati nan kontèks la nan enfeksyon kwonik oswa enfeksyon kwonik (Bwat 1). Yon konparezon nan dinamik transmisyon nan kay ki te pran vaksen ak moun ki pa vaksen yo te endike ke chape iminitè te yon eleman enpòtan nan ogmante transmisibilite nan Omicron (BA.1) parapò ak Delta pandan peryòd yo nan ko-sikilasyon 86.
Figi 4|Variant dominan SARS-CoV-2, vaksen, enfeksyon, ak lanmò depi kòmansman ane 2020 nan UK a
Omicron sublineage BA.2 a te pwouve menm plis kapab enfekte tou de moun ki pa vaksen ak moun ki pran vaksen an, potansyèlman kondwi pa pwopriyete iminitè evaziv ki sanble ak sa yo ki nan BA.1 men ak pi gwo transmissibility intrinsèque156. Dènyèman BA.4, BA.5, BA.2.75 ak sublineages yo te montre non sèlman menm pi gwo evazyon nan iminite pase variants pre-Omicron, men tou chape soti nan iminite ki te pwodwi nan enfeksyon anvan ak Omicron, patikilyèman BA.1 (ref. 46). –49,157–159). Sa a te lajman atribiye nan mitasyon nan pozisyon antigenik RBD ki pisan, patikilyèman L452R ak F486V nan egzanp lan nan BA.4/BA.5 (ref. 160). Malgre ke gen posiblite pou plis optimize SARS-CoV-2 pou transmisyon nan imen, kounye a li sanble gen anpil chans ke nouvote antijenik la ak evazyon iminitè nan variants émergentes yo pral detèminan prensipal nan kapasite varyant ak siksè evolisyonè ale pi devan. . Kontinwe, konpreyansyon konpleksite yo nan kwa-pwoteksyon ant varyant se yon gwo priyorite rechèch.
Severite relatif varyant SARS-CoV-2
Gen yon enperatif pou konprann ki jan virulans nan SARS-CoV-2 varyant ta ka evolye an repons a chanje presyon seleksyon an. Virilans patojèn, ansanm ak iminite, sansiblite endividyèl, predispozisyon maladi, ak lòt faktè lame, se yon gwo kontribitè nan severite maladi a epi li defini nan literati evolisyonè a kòm ogmante morbidite ak mòtalite moun akòz enfeksyon. Virilans pa nesesèman diminye ak tan nan popilasyon an lame a, olye, done modèl yo jeneralman montre yon echanj ant pousantaj transmisyon ak virulans161,162. Sepandan, previzibilite nan evolisyon virulans konplike pa plizyè mekanis, ki gen ladan konpetisyon andedan-lame, chanje wout transmisyon ak tropism, ak entèraksyon ak sistèm iminitè a. Pou egzanp, onn epidemi repete, ki karakteristik yon patojèn antijenik evolye, ka chwazi pou pi wo virulans patojèn163. Evalye virulans relatif varyant SARS-CoV-2 atravè gravite maladi a nan imen yo se yon defi akòz chanje estati iminitè a ak devlopman nan entèvansyon medikal pandan pandemi an, byenke li posib pou konpare gravite maladi a nan variants ki enfekte menm bagay la. popilasyon nan yon peryòd bay164. Apwòch sa a sijere enkonsistans nan direksyon chanjman nan severite maladi ant varyant SARS-CoV-2 ki dominan siksesif: variants ki gen siksè yo te montre severite maladi a ogmante lè Alpha te ranplase B.1.177, epi kòm Delta te ranplase Alpha, sa ki gen rapò ak chanjman relatif nan transmisibilite164. Kontrèman, Omicron te montre severite maladi redui nan peryòd kote li te ko-egziste ak Delta, yon diminisyon ki sanble reflete yon konbinezon konplèks de faktè ki gen ladan tou de to enfeksyon ki pi wo nan moun ki gen kèk degre nan enfeksyon anvan yo ak yon virilans intrinsèque pi ba164–. 168. Eksplikasyon pwopoze pou pi ba severite maladi a nan enfeksyon Omicron yo enkli fusogenicity redwi nan pwoteyin Spike a, ki mennen nan mwens domaj tisi, ak twopism ki chanje ki limite plis nan aparèy respiratwa anwo a (akòz itilizasyon TMPRSS2 chanje)32,75,78,79. Etid anvan sa yo te konpare virulans varyant ki egziste nan menm popilasyon an, byenke yo pa t 'kapab detèmine virulans 'intrinsèk' variants ki pa sipèpoze ki te sikile nan popilasyon ki gen diferan eta iminitè, tankou Alpha ak Omicron. Etandone ke estati iminitè a nan yon moun enfliyanse gravite sentòm yo anplis de chans pou enfeksyon an, 'distans' antijenik ant ekspoze sot pase yo ak yon varyant diverge gen potansyèl pou fasilite aparisyon maladi a nan yon moun ki otreman pwoteje, ki reprezante a. potansyèl pou divèjans ant potansyèl nannan lakòz domaj ak vyolans aktyèl nan moun ki enfekte.
Bwat 3
Fòm ak antigenisite
Fòm Darwinyen209, anjeneral yo refere kòm jis 'fòmite', diferan de kapasite replikasyon: kapasite yon viris pou pwodui pitit enfektye, mezire eksperimantal nan selil kiltive, nan kilti tisi, oswa nan lame endividyèl210,211. Kontrèman, definisyon an pi laj nan kondisyon fizik se siksè repwodiktif kidonk li trè depann de kontèks souvan varye sou tan ak ant kote. Kondisyon fizik yon varyant kowonaviris 2 (SARS-CoV-2) nan sendwòm respiratwa grav grav pral depann de pwofil iminitè k ap chanje popilasyon lame kote l ap sikile a, epi siksè yon varyant endividyèl se parapò ak chanjman an. pwopriyete varyant konpetisyon nan popilasyon an viris ak pwosesis echantiyon stochastic. Kòm iminite nan popilasyon an lame ogmante, kondisyon yo ka lakòz yon Variant deja trè transmisib, tankou nan yon popilasyon iminitè nayif, kounye a yo te mwens anfòm parapò ak varyant ki pi evolye (Fig. 4b). Malgre ke transmisibilite intrinsèque baze sou pwopriyete byolojik viris la sèlman, transmisyon aktyèl depann de pwopriyete sa yo nan kontèks iminite popilasyon an, ki gen ladan entèraksyon iminite lame a soti nan ekspoze sot pase yo, antijenisite varyant, ak efè stochastic. Anplis, byenke li posib ke varyant yo ka diferan nan antijenisite relatif yo - nivo nan repons iminitè yo estimile - varyasyon nan degre nan resanblans antijenik ak lòt varyant anjeneral gen pi gwo enpak. Kòm iminite nan popilasyon lame a ogmante, distans antijenik yon varyant ak varyant ki te deja sikile ka detèmine kapasite li pou enfekte, repwodui andedan, ak gaye ant lame yo. Evolisyon an nan kado antijenik Se poutèt sa vin detèminan kritik nan siksè repwodiktif Variant ak kapasite.
Yon apwòch konplemantè pou mezire severite SARS-CoV-2 varyant enplike itilizasyon modèl bèt (revize nan plis pwofondè deja modèl bèt yo te enkli wonjè nayif, tankou sourit transjenik ki eksprime ACE2 imen anba kontwòl pwomotè keratin 18 la. eksprime abondans nan selil epitelyal170) oswa hamster, ki gen pwoteyin ACE2 ki eksprime natif natal yo itilize avèk efikasite pa tout SARS-CoV-2 VOCs32,171. Patojèn nan modèl wonjè sa yo pi souvan mezire kòm yon fonksyon pousantaj pèdi pwa, pafwa. ansanm ak itilizasyon koub siviv ak mezi modèl fonksyon poumon yo te lajman refè done severite ekivalan ki soti nan etid epidemyolojik sou imen, tankou Delta ki pi patojèn pase pi bonè variants ak Omicron ki mwens patojèn pase Delta32,69,75,173,174. Sepandan, modèl yo gen plizyè limit, jan yo montre dènye prèv epidemyolojik ki soti nan Hong Kong ki sijere ke Omicron sublineage BA.2 montre yon severite maladi ki sanble ak sa yo ki nan variants premye vag175, tandiske modèl wonjè jeneralman montre ke Omicron se mwens grav pase variants anvan yo32,75,173,174,176. Enkonsistans sa a kapab kapab eksplike pa adaptasyon kontinyèl SARS-CoV-2 nan lame imen, sa ki lakòz adaptasyon koncomitan lwen rat ak lòt modèl bèt32,80,177,178. Gravite maladi apre enfeksyon SARS-CoV-2 gen rapò ak plizyè faktè risk, tankou laj avanse, morbidite klinik gason tankou obezite ak iminodefisyans, ak plizyè makè enflamatwa179. Jan nou revize yon lòt kote, plizyè etid jenetik ki sot pase yo te konsantre sou karakteristik ki ta ka eksplike poukisa kèk moun gen plis sansib a enfeksyon SARS-CoV-2 ak lòt moun devlope sentòm ki pi grav. Sepandan, gen yon bezwen ijan pou konbine rezilta sa yo ak done ki soti nan varyant espesifik ak entèvansyon (ki se, vaksen, dwòg, ak monok, ak monoklonal antikò) ki ta ka dirèkteman afekte fenotip yo obsève179. Anplis de sa, byenke rezilta ki pi komen ak ki fasil pou mezire nan enfeksyon egi yo se entène lopital oswa lanmò, rezilta ki pi difisil pou mezire tou diferan anpil pami variants, tankou sentòm prensipal181 oswa sendwòm COVID-19 apre egi, byenke sa yo gen anpil chans. diferan anpil pa sitiyasyon iminitè anvan tou.
cistanche tubulosa-amelyore sistèm iminitè
Konklizyon
SARS-CoV-2 ap sikile pandan 3 zan nan popilasyon imen an, li enfekte plizyè santèn milyon moun. Li rete, sepandan, yon viris imen relativman nouvo ki kontinye evolye ak jwenn adaptasyon nan nouvo espès lame li yo. Ansanm done sekans jenom SARS-CoV-2 san parèy ki te pwodwi globalman te revele prèv ki montre mitasyon benefisye ki parèt nan eksperyans laboratwa gide an tan reyèl an tan reyèl pou pi byen konprann pwopriyete entèraksyon ki genyen ant viris la ak lame a. Malgre ke nou gen yon konpreyansyon ekstraòdinè sou byoloji SARS-CoV-2, kondisyon fizik viris la trè dinamik e kapasite SARS-CoV-2 pou enfekte, repwodui anndan, epi gaye,d pami popilasyon imen an depann de. klèman sou kontèks iminitè espesifik la nan diferan peryòd pandemi an. Kounye a, Omicron se dominan atravè lemond, ak enfeksyon yo te kondwi pa emerjan BA.2 ak BA.5 sublineages. Malgre ke konpreyansyon nou sou SARS-CoV-2 ap amelyore, evolisyon viris se natirèlman enprevizib, ak yon senaryo ki gen anpil chans nan lavni se aparisyon nan yon nouvo VOC ki se antijenik ak, potansyèlman, fenotip distenk nan premye fòm Omicron yo. An menm tan an, iminite popilasyon kont SARS-CoV-2 kontinye akimile epi li ka byen konpanse nan ka yon varyasyon nan lavni ki parèt ak pi gwo severite, ki mennen nan pi modere maladi egi. Tout zansèt VOC yo te evolye soti nan yon viris zansèt pre-VOC ki te prezan pandan premye vag pandemi an, yo te pran chemen diferan men souvan konvèjan pou enfekte ak gaye pami moun yo pi efikasman, ak reziste antikò, iminite selil T, ak innat, e iminite. Adaptasyon ki nesesè yo, jan nou te diskite nan tout Revizyon sa a, se yon melanj de chanjman nan lame a atravè pwopriyete viris intrinsèques ak chape nan iminite natirèl oswa adaptasyon (Bwat 3). Ipotèz dominan an se ke variants soti nan enfeksyon kwonik nan moun ki iminitè, kote viris la kapab etabli yon enfeksyon ki pèsistan akòz fonksyon iminitè ki gen pwoblèm fonksyon67fonksyon an eksplike etap chanjman nan evolisyon w pèdi rapid wè anvan Aparisyon nan nouvo varyant67,183,184. Sepandan, li ta dwe remake ke varyan nan lavni yo pral pwobableman sòti dirèkteman nan VOC anvan oswa kontanporen, pi resamman egzanp pa avalans nan 'dezyèm jenerasyon' varyant Omicron ki sòti nan BA.2, tankou BA.2.75, BJ.1, ak BA.2.,10.4 (ref. 185). Pandan ke rekonbinasyon intralineage sèvi kòm yon opòtinite pou viris la jwenn adaptasyon aditif ak avantaj fenotip nan varyant ki byen lwen ki gen rapò sikile, anvan Aparisyon XBB, recombinants te egzèse sèlman yon ti enpak sou kou a nan pandemi kounye a (Bwat 2). Anplis de sa, byenke kounye a gen prèv trè limite pou etabli sikilasyon alontèm ak evolisyon nan espès rezèvwa bèt, siveyans entansif ak aktif nan espès sansib yo bezwen kòm zoonoz ranvèse yo te dokimante4,5,186. Gen anpil peyi ki gen kapasite sekans ki ba oswa kote ki te deja bon siveyans ki ap diminye oswa pwogresivman koupe sekans tout ansanm. Sa a se anbarasman paske yon mank de siveyans jenomik pral vle di varyant nan lavni yo pral detekte pi ta oswa yo ka sikile nan nivo ki ba anvan deteksyon evantyèlman. Kidonk, gen yon nesesite pou siveyans toupatou ak ekitab pou detekte rapidman potansyèl nouvo VOC nan mitan moun ak kominote sa yo anvan yo gaye pi plis.
Referans
1. Òganizasyon Mondyal Lasante. https://www.who.int/news/item/05-05-2022-14.9-milyon excess-deaths-were-associated-with-the-covid-19-pandemic-in{{11 }}ak-2021 KI MOUN KI (2022).
2. Gorbalenya, AE et al. Espès kowonaviris ki gen rapò ak sendwòm respiratwa grav grav: klasifye 2019-nCoV ak non li SARS-CoV-2. Nat. Microbiol. 5, 536–544 (2020).
3. Peacock, TP, Penrice-Randal, R., Hiscox, JA & Barclay, WS SARS-CoV-2 yon ane sou prèv pou adaptasyon viral kontinyèl. J. Gen Virol. https://doi.org/10.1099/jgv.0.001584 (2021).
4. Lu, L. et al. Adaptasyon, pwopagasyon, ak transmisyon SARS-CoV-2 nan vizon kiltivatè ak moun ki asosye nan Netherlands. Nat. Komin. 12, 6802 (2021).
5. Marques, AD et al. Plizyè entwodiksyon SARS-CoV-2 Alpha ak Delta nan sèf keu blan nan Pennsylvania. mBio 13, e02101-22 (2022).
6. Hale, VL et al. Enfeksyon SARS-CoV-2 nan sèf keu blan. Nature 602, 481–486 (2022).
7. Bashor, L. et al. Evolisyon SARS-CoV-2 nan bèt yo sijere mekanis pou seleksyon rapid variant. Pwosedi. Natl Acad. Sci. USA 118, e2105253118 (2021).
8. MacLean, OA, Orton, RJ, Singer, JB & Robertson, DL Pa gen okenn prèv pou diferan kalite nan evolisyon SARS-CoV-2. Evolisyon viris. https://doi.org/10.1093/ve/veaa034 (2020).
9. Volz, E. et al. Evalye efè mitasyon Spike SARS-CoV-2 D614G sou transmisibilite ak patojèn. Selil 184, 64–75.e11 (2021).
10. O'Toole, Á., Pybus, OG, Abram, ME, Kelly, EJ & Rambaut, A. Pango deziyasyon liy ak plasman lè l sèvi avèk SARS-CoV-2 sekans nukleotid jèn spike. BMC Genom. 23,
11. 121–121 (2022). Harvey, WT et al. SARS-CoV-2, mitasyon pike, ak chape iminitè. Nat. Rev Microbiol. 19, 409–424 (2021).
12. Woolhouse, ME, Taylor, LH & Haydon, DT Biyoloji popilasyon milti-lame patojèn. Syans 292, 1109–1112 (2001). 13. Parrish, CR et al. Transmisyon viris kwa-espès ak aparisyon nouvo maladi epidemi. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 72, 457–470 (2008).
14. MacLean, OA et al. Seleksyon natirèl nan evolisyon SARS-CoV-2 nan baton te kreye yon viris jeneralis ak patojèn imen ki gen anpil kapasite. PLoS Biol. 19, e3001115 (2021).
15. Conceicao, C. et al. Pwoteyin Spike SARS-CoV-2 gen yon gwo tropism pou pwoteyin ACE2 nan mamifè yo. PLoS Biol. 18, e3001016 (2020).
16. Delaune, D. et al. Yon nouvo SARS-CoV-2 ki gen rapò ak coronavirus nan baton ki soti nan Kanbòdj. Nat. Komin. 12, 6563 (2021).
17. Lin, XD et al. Gwo divèsite coronavirus nan baton ki soti nan Lachin. Viroloji 507, 1–10 (2017).
18. Starr, TN et al. ACE2 obligatwa se yon karakteristik zansèt ak evolyab nan arbovirus. Nature 603, 913–918 (2022).
19. Peacock, TP et al. Sit klivaj furin nan pwoteyin Spike SARS-CoV-2 obligatwa pou transmisyon nan firè yo. Nat. Microbiol. 6, 899–909 (2021).
20. Hofmann, M. et al. Antre selil SARS-CoV-2 depann de ACE2 ak TMPRSS2 epi yo bloke pa yon inibitè pwoteaz ki pwouve klinikman. Selil 181, 271–280.e8 (2020).
21. Zhu, Y. et al. Yon ekran CRISPR nan tout genòm yo idantifye faktè lame ki kontwole antre SARS-CoV-2. Nat. Komin. 12, 961 (2021).
22. Peacock, TP et al. Variant SARS-CoV-2 ki asosye ak enfeksyon nan peyi Zend, B.1.617, montre klivaj pi wo nan furin. Preprint nan bioRxiv https://doi.org/10.1101/ 2021.05.28.446163 (2021).
23. Mlcochova, P. et al. SARS-CoV-2 B.1.617.2 Replikasyon variant Delta ak evazyon iminitè. Nature 599, 114–119 (2021).
24. Lubinski, B. et al. Aktivasyon klivaj pwoteyin Spike nan yon kontèks mitasyon SARS-CoV-2 P681R: yon analiz ki soti nan premye aparans li nan liy A.23.1 idantifye nan Uganda. Microbiol. Spectre. 10, e0151422 (2022).
25. Brown, JC et al. Ogmantasyon transmisyon SARS-CoV-2 liy B.1.1.7 (VOC 2020212/01) se pa yon avantaj repwodiksyon nan selil prensipal Airway oswa chape antikò. Preprint nan bioRxiv https://doi.org/10.1101/2021.02.24.432576 (2021).
26. Starr, TN et al. Analiz pwofon mutasyon domèn reseptè SARS-CoV-2 revele kontrent sou plisman ak ACE2 obligatwa. Selil 182, 1295–1310.e20 (2020).
27. Liu, Y. et al. Ranplasman Spike N501Y a amelyore enfeksyon ak transmisyon SARS-CoV-2. Nature 602, 294–299 (2022).
28. Campbell, F. et al. Ogmantasyon transmisibilite ak pwopagasyon mondyal SARS-CoV-2 varyant enkyetid apati jen 2021. Eurosurveillance 26, 2100509 (2021).
29. Davies, NG et al. Estimasyon transmisibilite ak enpak SARS-CoV-2 liy B.1.1.7 nan Angletè. Syans 372, eabg3055 (2021).
30. Liu, Y. et al. Mitasyon Delta Spike P681R amelyore kapasite SARS-CoV-2 sou variant Alpha a. Rep. Selilè 39, 110829 (2022).
31. Willett, BJ et al. SARS-CoV-2 Omicron se yon variant iminitè pou sove ak yon chemen antre selil ki chanje. Nat. Microbiol. https://doi.org/10.1038/s41564-022-01143-7 (2022).
32. Peacock, TP et al. Chemen antre ki chanje ak distans antijenik kat variant SARS-CoV-2 Omicron pou separe domèn pwoteyin Spike. Preprint nan bioRxiv https://doi.org/10.1101/2021.12.31.474653 (2022).
33. Cao, Y. et al. Omicron chape anba majorite antikò ki netralize SARS-CoV-2 ki egziste deja yo. Nature 602, 657–663 (2022).
34. Zhou, J. et al. Enfeksyon zouti Omicron nan hamster ki pran vaksen oswa ki te deja enfekte. Preprint nan bioRxiv https://doi.org/10.1101/2022.05.20.492779 (2022).
35. Thomson, EC et al. Variant N439K ki sikile nan SARS-CoV-2 spike kenbe kondisyon fizik pandan y ap evade iminite antikò. Selil 184, 1171–1187.e20 (2021).
36. Hsieh, C.-L. et al. Konsepsyon ki baze sou estrikti nan pikèt SARS-CoV-2 ki estabilize ak prefizyon. Syans 369, 1501–1505 (2020).
37. Garcia-Beltran, WF et al. Plizyè varyant SARS-CoV-2 chape nan netralizasyon pa iminite umoral vaksen an pwovoke. Selil 184, 2372–2383.e9 (2021).
38. Newman, J. et al. Netralize aktivite antikò kont 21 SARS-CoV-2 varyant nan granmoun aje ki pran vaksen ak BNT162b2. Nat. Microbiol. 7, 1180–1188 (2022).
39. Davis, C. et al. Redwi netralizasyon varyant enkyetid Delta (B.1.617.2) SARS-CoV-2 apre vaksinasyon an. PLoS Pathog. 17, e1010022 (2021).
40. Lopez Bernal, J. et al. Efikasite vaksen Covid-19 kont variant B.1.617.2 (Delta). N. Engl. J. Med. 385, 585–594 (2021).
41. Andrews, N. et al. Efikasite Vaksen Covid-19 kont Variant Omicron (B.1.1.529). N. Engl. J. Med. https://doi.org/10.1056/NEJMoa2119451 (2022).
42. Abu-Raddad, LJ, Chemaitelly, H. & Butt, AA Efikasite vaksen BNT162b2 Covid-19 kont variants B.1.1.7 ak B.1.351. N. Engl. J. Med. 385, 187–189 (2021).
43. Tegally, H. et al. Aparisyon SARS-CoV-2 Omicron linaj BA.4 ak BA.5 nan Lafrik di sid. Nat. Med. https://doi.org/10.1038/s41591-022-01911-2 (2022).
44. Viana, R. et al. Ekspansyon epidemi rapid nan varyant Omicron SARS-CoV-2 nan Sid Afrik. Nati https://doi.org/10.1038/s41586-022-04411-y (2022).
45. Cele, S. et al. Omicron anpil men enkonplètman chape Pfizer BNT162b2 netralizasyon. Nature 602, 654–656 (2022).
46. Willett, BJ et al. Pwopriyete antijenik diferan nan SARS-CoV-2 Omicron linaj BA.4 ak BA.5. Preprint nan bioRxiv https://doi.org/10.1101/2022.05.25.493397 (2022).
47. Tuekprakhon, A. et al. Antikò chape nan SARS-CoV-2 Omicron BA.4 ak BA.5 soti nan vaksen ak BA.1 serom. Selil https://doi.org/10.1016/j.cell.2022.06.005 (2022).
48. Cao, Y. et al. BA.2.12.1, BA.4, ak BA.5 antikò chape soti nan enfeksyon Omicron. Nati https://doi.org/10.1038/s41586-022-04980-y (2022).
49. Khan, K. et al. Omicron BA.4/BA.5 chape netralize iminite pwovoke pa enfeksyon BA.1. Nat. Komin. 13, 4686 (2022).
50. Meng, B. et al. Chanje itilizasyon TMPRSS2 pa SARS-CoV-2 Omicron afekte tropism ak fusogenicity. Nati https://doi.org/10.1038/s41586-022-04474-x (2022).
51. Simon-Loriere, E. & Schwartz, O. Towards SARS-CoV-2 serotypes? Nat. Rev Microbiol. 20, 187–188 (2022).
52. van der Straten, K. et al. Katografi antijenik lè l sèvi avèk sera ki soti nan sekans ki konfime SARS-CoV-2 nan enfeksyon enkyetid revele divèjans antijenik nan Omicron. Iminite https://doi.org/10.1016/j.immuni.2022.07.018 (2022).
53. Accorsi, EK et al. Asosyasyon ant 3 dòz vaksen mRNA COVID-19 ak enfeksyon sentòm SARS-CoV-2 Omicron ak Delta ki te koze. JAMA 327, 639–651 (2022).
54. Kherabi, Y., Launay, O. & Luong Nguyen, LB COVID-19 vaksen kont variant Omicron: done reyèl sou efikasite. Viris 14, 2086 (2022).
55. Kirsebom, FCM et al. Efikasite vaksen COVID-19 kont variant omicron (BA.2) nan Angletè. Lancet enfekte. Dis. https://doi.org/10.1016/S1473-3099(22)00309-7 (2022).
56. Ferdinands, JM et al. Diminisyon 2-dòz ak 3-efikasite dòz vaksen mRNA kont COVID-19-ki asosye depatman ijans ak rankont swen ijan ak entène lopital pami adilt pandan peryòd dominasyon varyant Delta ak Omicron - VISION Network, 10 eta , Out 2021-Janvye 2022. MMWR Morb. Mòtèl. Wkly Rep. 71, 255–263 (2022).
57. Collie, S., Champion, J., Moultrie, H., Bekker, L.-G. & Gray, G. Efikasite vaksen BNT162b2 kont Variant Omicron nan Lafrik di sid. N. Engl. J. Med. 386, 494–496 (2021).
58. Higdon, MM et al. Dire efikasite vaksinasyon kont COVID-19 ki te koze pa variant omikwon an. Lancet enfekte. Dis. 22, 1114–1116 (2022).
59. Fang, Z. et al. Vaksen mRNA espesifik pou Omicron poukont li epi kòm yon rapèl eterològ kont SARS-CoV-2. Nat. Komin. 13, 3250 (2022). 60. Alu, A. et al. Vaksen COVID-19 nan nasal: soti nan ban rive nan kabann. eBioMedicine 76, 103841 (2022).
61. Dolgin, E. Tiyo vaksen Pan-coronavirus pran fòm. Nat. Rev. Dwòg Discov. 21, 324–326 (2022).
62. Eguia, RT et al. Yon kowonaviris imen evolye antijenik pou sove iminite antikò. PLoS Pathog. 17, e1009453 (2021).
63. Edridge, AWD et al. Iminite pwoteksyon coronavirus sezon an se kout dire. Nat. Med. 26, 1691–1693 (2020).
64. Hofmann, M., Kleine-Weber, H. & Pöhlmann, S. Yon sit klivaj miltibaz nan pwoteyin Spike SARS-CoV-2 esansyèl pou enfeksyon nan selil nan poumon imen. Mol. Selil 78, 779–784.e5 (2020).
65. Johnson, BA et al. Pèt sit klivaj furin diminye patojèn SARS-CoV-2. Nature 591, 293–299 (2021).
66. Misumi, Y. et al. Ekspresyon fonksyonèl nan furin demontre lokalizasyon entraselilè li yo ak aktivite andoproteaz pou trete pro albumin ak konpleman pro-C3. J. Biol. Chem. 266, 16954–16959 (1991).