Analiz sistèm VEGFA nan kansè nan selil ren: ekspresyon, pronostik, rezo règleman jen ak objektif règleman yo.

edmund.chen@wecistanche.com

Entwodiksyon

Kansinom selil ren (RCC), ki pi komen timè malfezan nan laren, se youn nan 10 kansè ki pi komen atravè lemond.1 Li reprezante apeprè 330,000 ka kansè atravè lemond, ak plis pase 140,000 lanmò chak ane.2 Pami subtip etewojèn RCC,ren renpapilary cell carcinoma (KIRP) klase dezyèm an tèm de ensidans, kontablite pou 10 pousan -15 pousan nan RCCs, apreren renclear cell carcinoma (KIRC) ak yon ensidans 75 pousan –80 pousan .3renchromophobe (KICH) se yon subtip ki ra nan RCC, ki reprezante apeprè 4 pousan -5 pousan nan RCC.4 RCC avanse se yon maladi fatal, ak yon 5-pousantaj siviv ane nan sèlman 11.7 pousan .5 Operasyon ak terapi vize. se prensipal metòd terapetik klinik yo pou RCC.6 Esè klinik enpòtan yo te montre ke itilizasyon inibitè iminitè pòs nan konbinezon ak ajan antianjyojenik se pi efikas nan klinik nan pasyan ki gen RCC.7,8 Sepandan, nouvo metòd imunoterapi ki baze sou tou fè fas a anpil defi. nan aplikasyon klinik. Gen yon bezwen ijan pou idantifye sib ki ka geri ou ak apwòch ki pi pwomèt pou tretman RCC.

Faktè kwasans endothelial vaskilè A (VEGFA), yon faktè anjyojenik kritik, se yon faktè enpòtan timè-espesifik nan pasyan ki gen RCC epi li jwe yon wòl enpòtan nan anjyogenesis timè ak pwogresyon. 9 1.10 Plizyè inibitè VEGFA yo klinikman itil.11,12 Sunitinib, inibitè avaskilè tirozin kinaz VEGF, te apwouve pou premye ak dezyèm liy tretman RCC avanse. Sepandan, sunitinib ka potansyèlman lakòzdomaj nan renak andikap kadyovaskilè.11 Malgre ke VEGFA yo konsidere kòm yon faktè esansyèl timè-espesifik nan pasyan ki gen RCC, nivo ekspresyon, rezo règleman jèn, valè pronostik, ak sib règleman VEGFA nan pasyan ki gen subtip etewojèn nan RCC (KIRC, KICH, ak KIRP) rete san klè. Se poutèt sa, li nesesè jwenn plis enfòmasyon itil sou relasyon ki genyen ant ekspresyon VEGFA ak ensidan RCC. Nan etid sa a, nou te itilize plizyè baz done gratis sou entènèt pou idantifye nivo ekspresyon, rezo règleman jèn, valè pronostik, ak sib règleman VEGFA nan pasyan ki gen RCC. Anplis de sa, etid sa a te vize plis eksplore relasyon ki genyen ant ekspresyon VEGFA ak ensidan RCC ak bay nouvo apèsi sou tretman an sib nan pasyan ki gen RCC.

Mo kle:Karsinom selil ren, ren ren selil klè karsinom, ren chromophobe, ren ren papilary selil karsinom, VEGFA, rezo règleman jèn, prediksyon sib

CISTANCHE AP AMELYORE MALADI REN/REN

Materyèl ak metòd

UALCAN analizUALCAN (http://ualcan.path.uab.edu/analysis.html) se yon baz done sou entènèt ki itilize kòm yon zouti pou ekspresyon jèn sougwoup timè ak analiz siviv.13,Yo te itilize modil "Analiz Ekspresyon" nan baz done ALCAN pou analize done ekspresyon jèn TCGA, epi kritè tès depistaj yo te fikse jan sa a: (a) jèn: VEGFA; (b) done ansanm: KIRC, KICH, ak KIRP; (c) kondisyon fikse papòt: P-valè koupe =0.05. Yo te itilize tès t Elèv la pou analiz konparatif.Analiz ekspresyon jenetik pwofilAnaliz ekspresyon jenetik pwofil (GEPIA) (http://gepia.cancer-pku.cn/index.html) se yon platfòm gratis sou entènèt ki bay done ekspresyon sekans RNA nan 9736 timè ak 8587 echantiyon nòmal pou analize 14 ekspresyon mRNA diferans, methylation pwomotè, etap patolojik, ak pronostik korelatif nan etid sa a. Kritè tès depistaj yo te jan sa a: (a) jèn: VEGFA; (b) done ansanm: KIRC, KICH, ak KIRP; (c) kondisyon fikse papòt: P-valè koupe =0.05. Yo te itilize tès t Elèv la pou analize ekspresyon VEGFA ak etap patolojik RCC. Yo te itilize koub Kaplan-Meier pou analize pronostik pasyan ki gen RCC.analiz cBioPortalcBioPortal (http://cbioportal.org) se yon baz done ki louvri sou entènèt ki itilize pou vizyalize, etidye ak analize done jenetik kansè yo.15 Nan etid nou an, analiz chanjman jenetik VEGFA ak jèn vwazen li yo (top 5{{ 9}} modifye jèn vwazen VEGFA) te fèt lè l sèvi avèk baz done cBioPortal la. Kritè tès depistaj yo te jan sa a: (a) 446, 66, ak 274 echantiyon KIRC, KICH, ak KIRP, respektivman, te analize; (b) mRNA ekspresyon z-nòt relatif a tout echantiyon (log RNA Seq V2 RSEM) yo te jwenn lè l sèvi avèk yon papòt z-nòt nan ± 2.0; (c) jèn: VEGFA.STRING analizSTRING (https://string-db.org/cgi/input.pl) se yon baz done gratis sou entènèt ki itilize pou konstwi rezo entèraksyon pwoteyin-pwoteyin (PPI) ant pwoteyin sib yo.16 Nan etid sa a, nou te konstwi entèraksyon rezo PPI a pa kondisyon tès depistaj ak konfyans ki ba (0.150) ak espès defini kòm Homo sapiens.analiz GeneMANIAGeneMANIA (http://www.genemania.org) se yon zouti analiz pou konstwi PPI, jenere ipotèz sou fonksyon jèn, analize lis jèn, ak sekans jèn pou detèminasyon fonksyon.17 Nan etid sa a, nou te konstwi rezo entèraksyon pou eksplore wòl nan. nan VEGFA ak 50 tèt yo chanje jèn vwazen yo.Analiz MetascapeMetascape (https://metascape.org) se yon zouti analiz ak anotasyon fonksyon jèn ki senp ak pwisan ki ka ede itilizatè yo aplike metòd analiz bioenfòmatik ki popilè kounye a pou analiz jèn pakèt ak pwoteyin pou konprann fonksyon jèn oswa pwoteyin.18 etid, Gene Ontology (GO) fonksyon ak Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) chemen anrichisman analiz nan VEGFA ak chanje jèn vwazen li yo nan RCC yo te envestige lè l sèvi avèk Metascape.Analiz TRUSTTRUST (https://www.grnpedia.orgtrrust/) se yon baz done ki kontwole manyèlman nan rezo regilasyon transkripsyon imen yo ki genyen 8444 ak 6552 relasyon regilasyon transkripsyon-faktè-sib nan 800 faktè transkripsyon imen.19 Nan etid sa a, nou te eseye. idantifye faktè kle ki kontwole ekspresyon VEGFA ak jèn vwazen li yo chanje nan pasyan ki gen RCC lè l sèvi avèk baz done TRUST la.Analiz LinkedOmicsLinkedOmics (http://www.linkedomics.org) se yon platfòm piblik sou entènèt ki gen ladan done milti-omik ki soti nan tout 32 kalite kansè TCGA.20 Li bay metòd pou analize ak konpare done kansè milti-omik nan ak atravè kalite timè. Nan etid nou an, anrichisman sib kinaz, anrichisman sib miRNA, ak jèn yo eksprime diferan nan korelasyon ak VEGFA yo te fèt lè l sèvi avèk modil "LinkInterpreter" LinkedOmics. Kritè tès depistaj yo te fikse jan sa a: (a) yon kantite minimòm twa jèn (gwosè); (b) kalite kansè: KIRC, KICH, ak KIRP; (c) yon simulation de 500; (d) rechèch atribisyon: VEGFA ak 50 tèt yo chanje jèn vwazen yo; (e) sib dataset: RNA-seq (tip done).Analiz revèyTIMER (https://cistrome.shinyapps.io/timer/) se yon resous konplè pou analiz sistematik selil iminitè ki enfiltre timè yo, ki gen ladan selil B, CD4 plis selil T, CD8 plis selil T, netrofil, makrofaj, ak dendritik. cells.21 Nan etid nou an, korelasyon ki genyen ant nivo ekspresyon VEGFA ak enfiltrasyon nan selil iminitè yo te evalye pa "modil la jèn" nan TIMER.

Rezilta yo

Ekspresyon VEGFA nan pasyan ki gen RCCNou te konpare nivo ekspresyon VEGFA nan pasyan ki gen RCC ki gen tisi imen nòmal, epi nou te jwenn nivo transkripsyon VEGFA stratifye dapre kalite echantiyon, sèks, ak etap patolojik KIRC yo te siyifikativman regilasyon (P <{{0}} .001)="" (figi="" 1(a)="" rive="" (c)).="" menm="" jan="" an="" tou,="" nivo="" ekspresyon="" vegfa="" nan="" tisi="" kich="" yo="" te="" ogmante="" selon="" kalite="" echantiyon,="" sèks,="" ak="" etap="" kich="" 2="" (p=""><0.05) (figi="" 1="" (d)="" a="" (f)).="" sepandan,="" nivo="" ekspresyon="" vegfa="" nan="" tisi="" kirp="" te="" downregulated="" ki="" baze="" sou="" kalite="" echantiyon="" an="" ak="" sèks="" gason="" (p=""><0.05) (figi="" 1="" (g)="" ak="" (h)).="" anplis="" de="" sa,="" nou="" evalye="" korelasyon="" ki="" genyen="" ant="" ekspresyon="" diferan="" nan="" vegfa="" ak="" etap="" nan="" patolojik="" nan="" pasyan="" ki="" gen="" rcc.="" rezilta="" nou="" yo="" te="" montre="" yon="" korelasyon="" enpòtan="" ant="" ekspresyon="" vegfa="" ak="" etap="" patolojik="" la="" nan="" pasyan="" ki="" gen="" kirc="" (p="0.0471)" ak="" kirp="" (p="4.36e{-6)" (figi="" 2)="" .="" anplis,="" nou="" te="" itilize="" gepia="" pou="" evalye="" valè="" pronostik="" ekspresyon="" vegfa="" nan="" pasyan="" ki="" gen="" rcc.="" siviv="" an="" jeneral="" te="" pi="" long="" nan="" pasyan="" ki="" gen="" kirp="" ki="" gen="" ba="" olye="" ke="" wo="" nivo="" ekspresyon="" vegfa="" (p="0.00044)" (figi="" 3="" (c)).="" pousantaj="" siviv="" lan="" te="" pi="" wo="" nan="" pasyan="" ki="" gen="" kirp="" ki="" gen="" nivo="" ekspresyon="" vegfa="" ki="" ba="" pase="" wo="" anvan="" 100="" mwa="" (p="0.0016)" (figi="" 3="" (f)).="" sepandan,="" yo="" te="" jwenn="" yon="" rezilta="" kontrè="" apre="" 100="" mwa="" nan="" pasyan="" ki="" gen="" kirp="" (figi="" 3="">

Chanjman jenetik ak nivo methylation pwomotè ekspresyon VEGFA nan pasyan ki gen RCCChanjman jenetik nan VEGFA nan pasyan ki gen RCC yo te evalye lè l sèvi avèk TCGA. Rezilta nou yo te montre ke ekspresyon VEGFA te chanje pa 4 pousan nan pasyan ki gen KIRC (figi siplemantè 1 (a)). Sepandan, nivo methylation pwomotè ekspresyon VEGFA te pi ba nan pasyan ki gen KIRC pase nan moun nòmal (figi siplemantè 1 (b)). Anplis, nou te jwenn yon chanjman nan nivo ekspresyon VEGFA 8 pousan nan pasyan ki gen KICH (figi siplemantè 1 (c)). Menm jan an tou, ekspresyon VEGFA te chanje pa 4 pousan nan pasyan ki gen KIRP (figi siplemantè 1 (e)). Sepandan, nivo methylation pwomotè ekspresyon VEGFA te pi wo nan pasyan ki gen etap patolojik 1 KIRP pase nan moun nòmal (figi siplemantè 1 (f))

Vwazen chanjman jèn ak rezo entèraksyon VEGFA nan pasyan ki gen RCCYo te analize chanjman jèn vwazen ekspresyon VEGFA nan pasyan ki gen RCC lè l sèvi avèk lojisyèl cBioPortal. Nou te jwenn frekans chanjman jèn VEGFA ki pi gran oswa egal a 11,11 pousan, pi gran oswa egal a 20 pousan, ak pi gwo oswa egal a 9,09 pousan (50 jèn vwazen yo ki pi souvan chanje) nan pasyan ki gen KIRC, KICH, ak KIRP, respektivman (Tablo Siplemantè 1–3). Jèn vwazen VEGFA ki pi souvan chanje nan pasyan ki gen KIRC yo te VHL (72.22 pousan), PBRM1 (33.33 pousan), ak MUC16 (22.22 pousan) (Tablo Siplemantè 1). Anplis de sa, TRRAP (60.00 pousan), PABPC1 (60.00 pousan), ak MUC5B (60.00 pousan ) se te jèn vwazen VEGFA ki pi souvan chanje nan pasyan ki gen KICH (Siplemantè) Tablo 2). Twa jèn vwazen VEGFA ki pi souvan chanje nan pasyan ki gen KIRP yo te BAP1 (27.27 pousan), MS4A15 (18.18 pousan), ak TGM7 (18.18 pousan) (Tablo Siplemantè 3).

Lè sa a, nou te eksplore entèraksyon potansyèl ant VEGFA ak jèn vwazen li yo. Rezo PPI a te konstwi ak lojisyèl STRING. Nou jwenn 43 nœuds ak bor 95 nan rezo PPI yo nan pasyan ki gen KIRC (figi siplemantè 2 (a)). Anplis, peptidyl lysine trimethylation, peptidyl-lysine methylation, matris ekstraselilè, ak pwoteyin O-lye glycosylation se te fonksyon prensipal VEGFA ak jèn vwazen li yo nan pasyan ki gen KIRC (figi siplemantè 2 (b)). Nou jwenn tou 44 nœuds ak bor 125 nan rezo PPI yo nan pasyan ki gen KICH (figi siplemantè 2 (c)). VEGFA ak jèn vwazen li yo te gen fonksyon sa yo nan pasyan ki gen KICH: pwosesis O-glycan, lumèn Golgi, b pwoteyin O-lye glycosylation, antretyen estrikti epitelyal, ak òganizasyon cytoskeleton filaman entèmedyè (figi siplemantè 2 (d)). Anplis de sa, 30 nœuds ak 57 bor yo te jwenn nan rezo PPI yo nan pasyan ki gen KIRP (figi siplemantè 2 (e)). Devlopman estrikti nan misk, diferansyasyon selil nan misk, devlopman tisi nan misk, ak devlopman nan konstitiyan nan estriktirèl nan tisi nan misk yo te fonksyon prensipal yo nan VEGFA ak jèn vwazen li yo nan pasyan ki gen KIRP (figi siplemantè 2 (f)). VEGFA konekte ak jèn vwazen li yo nan yon rezo entèraksyon konplèks pa ko-ekspresyon, entèraksyon fizik, prevwa domèn pwoteyin pataje, ak ko-lokalizasyon (figi siplemantè 2 (b) a (f))

Analiz anrichisman chemen GO ak KEGGFonksyon GO ak analiz anrichisman chemen KEGG nan VEGFA ak 50 pi gwo jèn vwazen ki chanje nan pasyan ki gen RCC yo te eksplore lè l sèvi avèk lojisyèl Metascape. Rezilta nou yo te montre ke eleman selilè ki gen rapò ak VEGFA ak jèn vwazen li yo nan pasyan ki gen KIRC yo te sitou patisipe nan manbràn sousòl, caveola, adherens junction, pati espèm, ak pati fib kontraktil (figi siplemantè 3 (a)). Anplis, morfogenesis vaskilè kardyovaskulèr, devlopman cardiomyocyte, règleman pozitif nan ekstansyon axon, ak adezyon selil-selil eterofil atravè molekil adhesion selil manbràn plasma yo te prensipal pwosesis byolojik ekspresyon VEGFA ak jèn vwazen li yo chanje nan pasyan ki gen KIRC (figi siplemantè). 3(b)). Fonksyon molekilè VEGFA ak pi gwo 50 jèn vwazen li yo chanje nan pasyan ki gen KIRC sitou enkli konstitiyan estriktirèl matris ekstraselilè, lyezon molekil adezyon selilè, ak aktivite katalitik, osi byen ke aji sou RNA (figi siplemantè 3 (c)). Chemen KEGG nan VEGFA ak jèn vwazen li yo nan KIRC te sitou patisipe nan chemen siyal AGE-RAGE nan konplikasyon dyabetik ak chemen siyal PI3K-Akt (figi siplemantè 3 (d)). Lumen Golgi, matris ekstraselilè, konplèks ATPase, ak Z disk yo te eleman selilè ki gen rapò ak ekspresyon VEGFA ak jèn vwazen li yo nan pasyan ki gen KICH (Figi Siplemantè 3 (e)). Anplis de sa, prensipal pwosesis byolojik ki enplike ekspresyon VEGFA ak pi gwo 50 jèn vwazen li yo chanje nan pasyan ki gen KICH yo te antretyen epitelyal gastwoentestinal la, règleman negatif òganizasyon eleman selilè a, ak gerizon blesi (figi siplemantè 3 (f)). . Fonksyon molekilè VEGFA ak jèn vwazen li yo nan pasyan ki gen KICH yo te aktivite ATPaz, aktin filaman obligatwa, ak pwoteaz obligatwa (figi siplemantè 3 (g)). Transpò kasèt ATP-obligatwa (ABC) ak enfeksyon viris lesemi selil T imen 1 te enplike nan analiz chemen KEGG VEGFA ak 50 pi gwo jèn vwazen li yo chanje nan pasyan ki gen KICH (figi siplemantè 3 (h)). Anplis de sa, eleman selilè ki gen rapò ak VEGFA ak jèn vwazen li yo nan pasyan ki gen KIRP yo te sitou patisipe nan lumèn Golgi a ak santriòl la (figi siplemantè 3 (I)). Anplis, omeyostaz tisi, omeyostaz selil myeloid, pwosesis O-glycan ak repons selilè a lipid yo te prensipal pwosesis byolojik ki enplike nan ekspresyon VEGFA ak jèn vwazen li yo chanje nan pasyan ki gen KIRP (figi siplemantè 3 (j)). Fonksyon molekilè VEGFA ak pi gwo 50 jèn vwazen li yo chanje nan pasyan ki gen KIRP sitou enkli aktivite koaktivatè transkripsyon, aktivite peptidaz sistenin-kalite, ak kalmodulin-obligatwa (figi siplemantè 3 (k)). Enfeksyon Vibrio cholerae, kadyomyopati dilate, ak enfeksyon cytomegalovirus imen te enplike nan analiz chemen KEGG nan VEGFA ak jèn vwazen li yo chanje nan pasyan ki gen KIRP (Figi Siplemantè 3 (l)).

CISTANCHE AP AMELIORE RENFEKSYON REN/REN

Objektif faktè transcription VEGFA nan pasyan ki gen RCCFaktè transkripsyon potansyèl, kinaz, ak sib miRNA nan VEGFA nan pasyan ki gen RCC yo te akeri lè l sèvi avèk lojisyèl TRRUST (Tablo 1). Faktè 1 alfa (HIF1A), faktè transcription AP-2 alfa (TFAP2A), ak reseptè estwojèn 1 (ESR1) se te faktè kle transkripsyon ki enplike nan rezo VEGFA ak jèn vwazen li yo nan pasyan ki gen KIRC. (P < 0.05).="" rora,="" setd2,="" vegfa,="" ak="" vhl="" gen="" jèn="" hif1a="" reglemante.="" anplis="" de="" sa,="" tfap2a="" kontwole="" fonksyon="" adra1a="" ak="" vegfa.="" nr5a2="" ak="" vegfa="" gen="" jèn="" reglemante="" nan="" esr1.="" plis="" toujou,="" sib="" kle="" faktè="" transkripsyon="" ki="" enplike="" nan="" rezo="" vegfa="" ak="" jèn="" vwazen="" li="" yo="" te="" transducer="" siyal="" ak="" activator="" nan="" transcription="" 3="" (stat3),="" faktè="" nikleyè="" nan="" kappa="" limyè="" polypeptide="" jèn="" enhancer="" nan="" b-selil="" 1="" (nfkb1),="" ak="" homeodomain.="" kominike="" pwoteyin="" kinaz="" 2="" (hipk2)="" nan="" pasyan="" ki="" gen="" kich="" (p="">< 0.01).="" jèn="" yo="" reglemante="" nan="" stat3="" yo="" te="" a2m,="" muc4,="" muc5b,="" tp53,="" ak="" vegfa.="" anplis="" de="" sa,="" nfkb1="" reglemante="" fonksyon="" a2m,="" muc5b,="" muc6,="" tnc,="" tp53,="" ak="" vegfa.="" tp53="" ak="" vegfa="" gen="" jèn="" reglemante="" nan="" hipk2.="" anplis="" de="" sa,="" bwat="" forkhead="" o3="" (foxo3),="" tfap2a="" (aktive="" enhancer-binding="" protein="" 2="" alpha),="" ak="" v-ets="" erythroblastosis="" viris="" e26="" oncogene="" homolog="" 1="" (ets1)="" te="" sib="" kritik="" faktè="" transcription="" vegfa="" ak="" jèn="" vwazen="" li="" yo="" nan="" pasyan="" ki="" gen="" kirp="" (="" p=""><0.05). anplis,="" bcl2l11="" ak="" vegfa="" gen="" jèn="" reglemante="" nan="" foxo3.="" anplis="" de="" sa,="" tfap2a="" kontwole="" fonksyon="" muc4="" ak="" vegfa.="" casp1="" ak="" muc4="" te="" jèn="" yo="" reglemante="" pa="">

Sib kinaz ak miRNA nan VEGFA nan pasyan ki gen RCC Nou te jwenn tou twa pi gwo sib kinaz ak sib miRNA nan rezo VEGFA ak LinkedOmics (Tablo 2). Rezo sib VEGFA miRNA nan KIRC te asosye ak ATAAGCT MIR-21 (P <0.05). anplis,="" sib="" kinaz="" vegfa="" yo="" te="" kinaz="" atm="" nan="" pasyan="" ki="" gen="" kich="" (p="">< 0.05).="" anplis="" de="" sa,="" kinaz="" cdk1="" ak="" kinaz="" aurkb="" te="" sib="" kinaz="" vegfa="" nan="" pasyan="" ki="" gen="" kirp="" (p=""><0.05). objektif="" mirna="" vegfa="" yo="" te="" (tcgatgg)="" mir-213,="" (tctgatc)="" mir-383,="" ak="" (caggtcc)="" mir-492="" nan="" pasyan="" ki="" gen="" kirp="" (p=""><>

Korelasyon jèn diferan eksprime ak ekspresyon VEGFA nan pasyan ki gen RCCNou jwenn done sekans mRNA sou 533 pasyan ki gen KIRC nan baz done TCGA LinkedOmics. Jan yo montre nan Figi Siplemantè 4 (a), 2 0, 158 jèn yo te gen rapò ak VEGFA. Pami yo, 11,417 ak 8741 jèn te montre korelasyon pozitif ak negatif, respektivman, ak ekspresyon VEGFA. Anplis de sa, 50 jèn enpòtan yo te pozitif ak negatif korelasyon ak ekspresyon VEGFA nan pasyan ki gen KIRC (P <0.05) (figi="" siplemantè="" 4="" (b)="" ak="" (c)).="" anplis,="" ekspresyon="" vegfa="" te="" gen="" yon="" gwo="" asosyasyon="" pozitif="" ak="" notch4="" (koyefisyan="" korelasyon="" pearson="0.7023," p="2.076e-80)" (figi="" siplemantè="" 5="" (a)),="" gpr4="" (korelasyon="" pearson="" {="0}." {19}}.702,="" p="2.63e–80)" (figi="" siplemantè="" 5(b)),="" ak="" trib2="" (pearson="" korelasyon="0.6972," p="8.902e–79)" )="" (siplemantè="" figi="" 5(c))="" ekspresyon.="" anplis="" de="" sa,="" nou="" analize="" done="" sekans="" mrna="" nan="" 66="" pasyan="" ki="" gen="" kich="" nan="" baz="" done="" tcga="" a="" epi="" nou="" te="" jwenn="" ke="" 19,216="" jèn="" yo="" te="" gen="" rapò="" ak="" ekspresyon="" vegfa.="" pami="" yo,="" 8820="" ak="" 10,396="" jèn="" te="" montre="" korelasyon="" pozitif="" ak="" negatif,="" respektivman,="" ak="" ekspresyon="" vegfa="" (figi="" siplemantè="" 4="" (d)).="" nou="" menm="" tou="" nou="" te="" idantifye="" 50="" jèn="" enpòtan="" ki="" te="" pozitif="" ak="" negatif="" korelasyon="" ak="" ekspresyon="" vegfa="" nan="" pasyan="" ki="" gen="" kich="" (figi="" siplemantè="" 4="" (e)="" ak="" (f)).="" anplis="" de="" sa,="" ekspresyon="" vegfa="" te="" asosye="" pozitivman="" ak="" ckmt2="" (pearson="" korelasyon="0.6474," p="4.236e-9)" (siplemantè="" figi="" 5="" (d)),="" rragd="" (pearson="" korelasyon="0" .6279,="" p="1.673e–8)" (figi="" siplemantè="" 5(e)),="" ak="" ppargc1a="" (korelasyon="" pearson="0.6086," p="5.93e–8)" (figi="" siplemantè)="" 5(f))="" ekspresyon.="" finalman,="" nou="" analize="" done="" sekans="" mrna="" nan="" 290="" pasyan="" ki="" gen="" kirp="" nan="" baz="" done="" tcga.="" anplis="" de="" sa,="" 20,023="" jèn="" yo="" te="" gen="" rapò="" ak="" ekspresyon="" vegfa.="" pami="" yo,="" 11,130="" ak="" 8893="" jèn="" te="" montre="" korelasyon="" pozitif="" ak="" negatif,="" respektivman,="" ak="" ekspresyon="" vegfa="" vegfa="" (figi="" siplemantè="" 4="" (g)).="" nou="" idantifye="" 50="" jèn="" enpòtan="" ki="" te="" korelasyon="" pozitif="" ak="" negatif="" ak="" ekspresyon="" vegfa="" nan="" pasyan="" ki="" gen="" kirp="" (figi="" siplemantè="" 4="" (h)="" ak="" (i)).="" ekspresyon="" vegfa="" te="" asosye="" pozitivman="" ak="" flt1="" (pearson="" korelasyon="0.8184," p="2.909e-71)" (siplemantè="" figi="" 5="" (g)),="" c6orf223="" (pearson="" korelasyon="0)." 7779,="" p="4.606e-60)" (figi="" siplemantè="" 5(h)),="" ak="" esm1="" (korelasyon="" pearson="0.7602," p="6.983e-56)" (figi="" siplemantè="" 5)="" (i))="">

CISTANCHE AP AMELIORE DOULÈ REN/REN

Enfiltrasyon selil iminitè ak ekspresyon VEGFA nan pasyan ki gen RCCPou plis revele relasyon ki genyen ant enfiltrasyon selil iminitè ak ekspresyon VEGFA nan pasyan ki gen RCC, nou egzamine korelasyon ki genyen ant enfiltrasyon selil iminitè ak ekspresyon VEGFA lè l sèvi avèk lojisyèl TIMER. Nivo ekspresyon VEGFA nan pasyan ki gen KIRC te asosye pozitivman ak enfiltrasyon selil CD8 plis T (Cor=0.197, P=3.36e{-5), CD4 plis selil T ( Kor= 0.301, P=4.41e-11), ak netrofil (Cor =0.223, P= 1.44e -6) (Figi Siplemantè 6(a)). Anplis de sa, nou analize korelasyon ki genyen ant enfiltrasyon selil iminitè ak ekspresyon VEGFA nan pasyan ki gen KICH. Enfiltrasyon B (Cor=0.349, P=4.39e{-3), CD8 plis T (Cor{= 0.398, P=1.03e -5), ak selil dendritik (Cor=0.253, P=4.18e{-2) yo te asosye pozitivman ak ekspresyon VEGFA (figi siplemantè 6 (b)) . Finalman, nivo ekspresyon VEGFA nan pasyan ki gen KIRC te asosye pozitivman ak enfiltrasyon B (Cor= 0.16, P=1.04e{-2), CD8 plis T (Cor= 0. {41}}.179, P=0.384e-3), ak CD4 plis selil T (Cor=0.157, P{=1.14e-2 ) (Figi siplemantè 6(c)). Sepandan, enfiltrasyon macrophage (Cor=-0.226, P=3.22e{-4) te asosye negatif ak ekspresyon VEGFA (figi siplemantè 6 (c)).

Diskisyon

VEGFA, yon manm nan fanmi VEGF a, se yon cytokine enpòtan ak yon pwodiktè dirijan anjyojenèz.22 Etid preklinik yo te rapòte ke VEGFA twòp eksprime nan pasyan ki gen RCC.23,24 Sepandan, nivo ekspresyon VEGFA nan pasyan ki gen RCC rete kontwovèsyal. .25,26 Angiogenesis timè jwe yon wòl enpòtan anpil nan pwogresyon RCC. Dwòg ki vize anjyogenesis timè yo te itilize nan tretman RCC pou prèske 20 ane.27 Sepandan, efè terapetik dwòg sa yo toujou pa ideyal, epi efè segondè yo bezwen redwi. Nou te chache revele rezo règleman jèn yo, valè pronostik, ak prediksyon sib VEGFA nan pasyan ki gen RCC.

Anplis, nou eksplore nivo ekspresyon VEGFA ak korelasyon ki genyen ant ekspresyon diferans VEGFA ak etap patolojik nan pasyan ki gen RCC. Ekspresyon VEGFA te kontwole nan pasyan ki gen KIRC ak KICH olye ke nan moun nòmal yo. Men, pasyan ki gen KIRP te gen yon ekspresyon VEGFA ki te kontwole. Konklizyon sa yo te sanble ak rezilta etid anvan yo nan pasyan ki gen KIRC, KICH, ak KIRP,26,28 epi yo te kontrèman ak rezilta etid anvan yo nan pasyan ki gen KICH.25 Nou te eseye eksplike rezilta konfli yo atravè chanjman jèn ak methylation pwomotè nan pasyan ki gen KICH. RCC. Nou te jwenn chanjman jenetik te fèt nan 4 pousan, 8 pousan, ak 4 pousan nan pasyan ki gen KIRC, KICH, ak KIRP, respektivman. Anplis, nivo methylation pwomotè VEGFA te pi ba nan pasyan ki gen diferan etap KIRC pase nan moun ki an sante; Kontrèman, nivo methylation pwomotè VEGFA te pi wo nan pasyan ki gen etap 1 KIRP. Sepandan, pa gen okenn diferans nan nivo methylation pwomotè nan VEGFA yo te jwenn ant pasyan ki gen KICH ak moun ki an sante. Se poutèt sa, nou sipoze ke chanjman jenetik ak metilation nan VEGFA ka lakòz prensipal ekspresyon VEGFA diferan nan pasyan ki gen RCC. Ekspresyon VEGFA ak etap patolojik KIRC ak KIRP. Anplis de sa, siviv pasyan ki gen KIRP ki gen nivo ekspresyon VEGFA ki ba te pi long pase pasyan ki gen KIRP ki gen nivo ekspresyon VEGFA ki wo. Miyò, nou te jwenn rezilta opoze apre 100 mwa nan pasyan ki gen KIRP ki baze sou koub siviv san maladi. Kidonk, nivo ekspresyon VEGFA a kapab yon endikatè pronostik nan pasyan ki gen KIRP. Gen kèk etid ki endike ke ekspresyon VEGF ka yon karakteristik esansyèl nan RCC avanse. Deteksyon ko-ekspresyon CD147/VEGF ka ede predi pronostik pasyan ki gen RCC avanse.29

Anplis, 50 jèn vwazen VEGFA ki pi souvan yo te chanje nan pasyan ki gen RCC dapre frekans sa yo: Pi gwo pase oswa egal a 11.11 pousan (KIRC), Pi gwo pase oswa egal a 20 pousan (KICH), ak Pi gwo pase oswa egal a 9.09. pousan (KIRP). Lè sa a, nou eksplore entèraksyon potansyèl ak fonksyon VEGFA ak jèn vwazen li yo; sa yo te jwenn yo gen rezo koneksyon konplèks ak sere. Nan pasyan ki gen KIRC, jèn sa yo te enplike sitou nan methylation pwoteyin. Sepandan, nan pasyan ki gen KICH, jèn VEGFA vwazen yo te fonksyone nan glikozilasyon pwoteyin ak antretyen estrikti selil yo. Anplis de sa, jèn VEGFA vwazen yo te sitou ki gen rapò ak kwasans fib nan misk ak diferansyasyon nan pasyan ki gen KIRP. Chanjman dinamik nan methylation pwoteyin yo esansyèl pou detèminasyon sò selil yo ak devlopman selil yo. Methylation Pwoteyin rive sitou sou chenn bò Lys ak Arg rezidi.30 Pou egzanp, methylation histon souvan obsève nan kansè ak methylation nan Lys ak rezidi Arg.31 Methylation aberan ak O-glycosylation se modifikasyon komen timè epigenetic. Aberrant O-glycosylation kontribye nan devlopman kansè nan endiksyon dirèk pwopriyete onkojenik nan selil kansè yo.32 KIRP se yon timè malfezan nan selil kansè yo.renparenchyma ki gen yon estrikti papilè oswa tubulèr ak yon aks veso fib. Ensidan KIRP ka asosye ak ensidan RCC ak stroma ki sanble ak angioleyomyoma (ke yo rele tou misk lis oswa stroma leyomyoma), akòz resanblans sibstansyèl nan fenotip imunoistochimik yo.33 Prèv ki pi wo a revele ke jèn VEGFA vwazen ta ka gen enpak sou ensidan an ak pwogresyon nan RCC.

CISTANCHE AP AMELIORE DYALIZ REN/REN

Anplis de sa, analiz GO anrichisman revele ke fonksyon yo nan VEGFA ak jèn vwazen li yo nan pasyan ki gen KIRC yo sitou ki gen rapò ak lyezon molekil adezyon selilè ak aktivite katalitik, osi byen ke aji sou RNA. Molekil adezyon selil epitelyal (EPCAM) dènyèman te genyen atansyon kòm yon pwoteyin kandida pou dyagnostik, pronostik, ak tretman timè divès kalite. EPCAM se yon makè molekilè prognostik endepandan nan RCC, epi li ka bay enfòmasyon oksilyè pou pi bon pronostik.34 Nou te jwenn ke aktivite ATPaz, aktin filaman obligatwa, ak proteaz obligatwa yo te fonksyon yo molekilè nan VEGFA ak jèn vwazen li yo nan pasyan ki gen KICH. Yo konnen chanjman mòfolojik ak fonksyonèl mitokondriyo yo rive nan pasyan ki gen KICH35; Altènasyon aktivite ATPaz ka yon mekanis potansyèl patojèn. Sepandan, plis etid yo oblije konfime mekanis sa a. Nan etid nou an, fonksyon molekilè VEGFA ak jèn vwazen li yo chanje nan pasyan ki gen KIRP sitou enkli aktivite koactivateur transcription, aktivite peptidaz sistenin-tip, ak kalmodulin-obligatwa. Calmodulin se yon pwoteyin entraselilè kalsyòm-obligatwa yo rapòte ki asosye ak sik selilè a. Pasyan ki gen RCC yo konnen yo montre yon korelasyon pozitif ant kontni timè kalmodulin ak to kwasans timè.36 Nou te jwenn ke chemen siyal AGE-RAGE nan konplikasyon dyabetik, chemen siyal PI3K-Akt, aksyon transpò ABC, ak viris lesemi selil T imen. 1 enfeksyon yo te sitou patisipe nan analiz chemen KEGG nan VEGFA ak jèn vwazen li yo nan pasyan ki gen RCC; pwosesis sa yo gen rapò ak ensidan kansè ak pwogresyon.37 Kidonk, reglemante chemen siyal sa yo ka yon sib potansyèl tretman RCC.

Nou menm tou nou analize objektif ak regilatè VEGFA nan pasyan ki gen RCC. Premye nou te eksplore sib faktè transkripsyon VEGFA ak jèn vwazen li yo nan pasyan ki gen RCC, epi nou te jwenn ke HIF1A, TFAP2A, ak ESR1 te faktè regilasyon enpòtan nan pasyan ki gen KIRC. HIF-1 se yon regilatè jèn kle ki enplike nan repons selilè a ipoksi. HIF-1 twòp ekspresyon ki asosye ak patojèn RCC; nplis de sa, polimorfis fonksyonèl HIF1A ka mennen nan sansiblite nan RCC, ak polimòfis HIF1A ka afekte repetisyon RCC, pwogresyon, ak siviv.38 Sepandan, TFAP2A ak ESR1 pa te rapòte nan pasyan ki gen RCC. Nou te jwenn tou ke STAT3, NFKB1, ak HIPK2 te siyifikativman reglemante faktè nan pasyan ki gen KICH. Pwoteyin STAT3 yo se faktè kle transkripsyon ki anòmal aktive nan yon varyete de maladi malfezan, ki gen ladan RCC.39 Anpèchman STAT3 ka anpeche migrasyon selil RCC ak envazyon.40

NFKB1 gen rapò ak patojèn anpil timè malfezan, ki gen ladan RCC. Fonksyonèl polimorfism pwomotè NFKB1 ki asosye ak yon risk ogmante nan RCC.41 HIPK2 jwe yon wòl inik nan règleman an nan apoptoz selil ak pwopagasyon, osi byen ke reparasyon domaj ADN ak lòt pwosesis debaz; konsa, HIPK2 te atire plis atansyon. Fosforilasyon FOXM1 pa HIPK2 fè pwomosyon aktivite transkripsyon ak pwopagasyon selil FOXM1 nan pasyan ki gen RCC, ki ka yon mekanis tretman potansyèl RCC.42 Nan ​​etid nou an, yo te jwenn FOXO3, TFAP2A, ak ETS1 yo se sib faktè transkripsyon kritik nan VEGFA ak jèn vwazen li yo. nan pasyan ki gen KIRP. FOXO3-espresyon fosfofructokinase-M medyatè inibit kwasans selil RCC, migrasyon, ak envazyon,43 FOXO3 ka itilize kòm yon nouvo biomarker kòm yon nouvo sib terapetik nan tretman RCC.44 ETS1 parèt kòm yon faktè transcription kle nan ekstraselilè. renovasyon matris pandan anjojenèz; li ka patisipe nan anjyogenesis RCC.45 Nou te eksplore plis sib kinaz ki asosye ak VEGFA (ATM nan KICH, osi byen ke CDK1 ak AURKB nan KIRP) ak sib miRNA ki asosye ak VEGFA (MIR-21 nan KIRC; MIR{). {23}}, MIR-383, ak MIR-492 nan KIRP). Pandan deseni ki sot pase a, anpil etid te montre ke maladi pwoteyin kinaz oswa mitasyon jwe yon wòl kozatif nan ensidan kansè. Rechèch kansè te demontre wòl enpòtan anpil pwoteyin kinaz nan tumorigenesis imen ak pwogresyon kansè, ki fè molekil sa yo kandida efikas pou nouvo terapi vize.46 Inibitè kinaz yo te revolisyone tretman sèten kalite timè malfezan.47 miRNA yo se yon klas ki pa-. kodaj RNAs ki jwe yon wòl esansyèl nan règleman ekspresyon jèn yo. Inibitè miRNA diminye ekspresyon jèn sib lè yo kominike avèk 3' rejyon ki pa tradui jèn sib yo. Wòl enpòtan yo nan reglemante ekspresyon jèn timè yo ak ekspresyon onkojèn amelyore wòl yo nan tumigenesis.48 Dekouvèt sib miRNA ka evantyèlman klarifye mekanis ki kache nan tumigenesis ak devlopman dwòg antikansè.49 Etid sa a bay yon referans epi mete aksan sou enpòtans ki genyen nan plis. analiz de faktè reglemante, kinaz, ak miRNA kòm sib potansyèl terapetik pou tretman RCC.

Nou eksplore korelasyon ki genyen ant jèn diferan eksprime ak ekspresyon VEGFA nan pasyan ki gen RCC. Plis pase 10, 000 jèn yo te korelasyon pozitif ak negatif ak ekspresyon VEGFA nan pasyan ki gen RCC. Pami yo, yo te jwenn jèn ki gen pi gwo korelasyon ak VEGFA nan pasyan ki gen RCC: NOTCH4, GPR4, ak TRIB2 nan KIRC; CKMT2, RRAGD, ak PPARGC1A nan KICH; ak FLT1, C6orf223, ak ESM1 nan KIRP. Sepandan, vize jèn ki gen rapò ak kansè sa yo ka bay yon terapi adjuvant pou RCC. Immunoinfifiltration RCC gen rapò ak pronostik klinik.50 Transpò selil iminitè yo nan sit kansè yo te fèt sitou atravè veso sangen yo. Kòm espere, nou te jwenn ke ekspresyon VEGFA nan pasyan ki gen RCC te asosye pozitivman ak enfiltrasyon selil iminitè, ki gen ladan CD8 plis selil T, CD4 plis selil T, makrofaj, netrofil, ak selil dendritik. Nou espere amelyore enfiltrasyon selil iminitè RCC yo lè nou devlope dwòg ki aji sou VEGFA oswa objektif regilasyon ki gen rapò ak VEGFA. An konklizyon, lè nou eksplore nivo ekspresyon ak rezo règleman jèn nan VEGFA nan pasyan ki gen RCC, nou te bay plis Sur nan etid la ak tretman nan RCC. Anplis de sa, nou te idantifye nouvo sib terapetik ak biomarkers pronostik pou prediksyon egzat sou siviv pasyan RCC.