Modèl enfliyans nan iminite natirèlman akeri soti nan enfeksyon subclinical sou dinamik epidemi ak pèsistans laraj nan chen domestik Pati 2

Enkòporasyon nan estrikti espasyal ak ensidans-depandan repons imen

Modèl ki pa espasyal la te pwolonje nan yon modèl patch espasyal ki gen ladan mouvman an medyatè imen nan chen ak ensidans-depandan repons imen yo eksplore twa senaryo iminite yo (Figi 3). Rezilta ki soti nan fòmilasyon modèl espasyal eksepte mouvman moun-medyatè ak ensidans-depandan repons imen yo prezante nan S2 ak S3 Fig.

Enkòpore sipozisyon adisyonèl sa yo ogmante parapò ak modèl ki pa espasyal la pwobabilite pou pèsistans raj nan absans iminite, ak maladi a pèsiste nan 82.9 pousan nan simulation pou senaryo A. Pwobabilite pèsistans lan ki asosye ak senaryo B, ak nivo ki ba nan natirèlman akeri iminite, te yon ti kras pi ba, nan 81.9 pousan. Nan senaryo iminite segondè a, C, laraj pa t pèsiste nan okenn simulation nan valè R0 sa a. Senaryo C te sipoze yon gwo pousantaj transmisyon epi pou chak ekspoze ki mennen nan enfeksyon klinik (ϕ=0.05), 9.5 fwa plis vin iminitè (({1-ϕ)ρ kote ρ=0}.5 ). Kòm yon rezilta, rediksyon rapid nan popilasyon an sansib nan plak redwi pwobabilite pou pèrsistans.

Moun ki gen sistèm iminitè febli yo gen plis tandans fè fòmasyon plak. Pa egzanp, moun ki pi gran ki gen yon sistèm iminitè febli, fimè alontèm, moun ki bwè twòp alkòl, oswa moun ki gen sèten kondisyon medikal (tankou dyabèt, tansyon wo, obezite, elatriye) pral gen yon pi gwo pousantaj nan fòmasyon plak. An menm tan an, kèk etid yo te montre tou ke enfeksyon lentiviral alontèm ki ba-klas (tankou cytomegalovirus, viris èpès senp, elatriye) nan kò a ka lakòz tou domaj nan sistèm iminitè a ak ogmante risk pou plak vaskilè. Se poutèt sa, iminite trè enpòtan nan lavi chak jou. Cistanche ka amelyore iminite. Sann vyann gen yon varyete de engredyan biyolojik aktif, tankou polisakarid, de dyondyon, ak Huangli, elatriye engredyan sa yo ka ankouraje sistèm iminitè a. Divès kalite selil, ogmante aktivite iminitè yo.

Klike sou poud extrait cistanche tubulosa

Pou tou de senaryo A ak B, ensidans medyàn lan te pi wo pase seri a konsidere kòm posib, sepandan, ensidans la te pi ba nan senaryo iminite ki ba (B) parapò ak senaryo ki pa gen iminite (A), ak yon medyàn nan 5,566/1{ {22}}0,000 (Senaryo A, IQR: 2,583/100,000) parapò ak 7,810/100,000 (Senaryo B, IQR: 3,485/ 100, 000; Fig 3). N bès popilasyon medyàn pou senaryo B te nan ranje ki posib, nan 15 pousan (IQR: 3 pousan), tandiske san iminite (Senaryo A) n bès te pi gwo nan 22 pousan (IQR: 5 pousan). Nan senaryo iminite ki ba a (B), yo prevwa seroprevalans nan yon nivo popilasyon laj, ak yon medyàn 0.97 pousan (IQR: 0.42 pousan). Enkòpore nivo ki ba nan iminite natirèlman akeri, Se poutèt sa, bese ensidans la prevwa ak bese n bès popilasyon an, malgre yon seroprevalans ki ba nan tout popilasyon an prevwa.

Dire iminite natirèlman akeri pou laraj yo pa te etabli, ak analiz prensipal yo sipoze yon dire mwayèn nan 1 ane, ki baze sou pèsistans la nan antikò detekte apre vaksinasyon nan etid jaden [36-38]. Sepandan, ogmante dire sa a a twa ane (δ=1/1095) pa t chanje anpil rezilta modèl yo (figi 4). Pou senaryo B, ogmante dire iminite a ogmante seroprevalans medyàn sèlman yon ti kras, soti nan 0.97 pousan (IQR:0.42 pousan) a 1.5 pousan (IQR: 0.7 pousan). Akòz woulman rapid nan popilasyon chen domestik, ak lavi mwayèn sipoze 2.2 ane (μ-1), chen seropozitif yo gen anpil chans pou yo mouri anvan iminite diminye, kidonk limite enfliyans nan pèsistans pi long nan iminite natirèlman akeri.

Sipoze pi wo R{{0}} valè 1.5 ak 2 te mennen nan chanjman sibstansyèl nan rezilta modèl yo (figi 4). Ogmante R0 te mennen nan yon pwobabilite pèsistans pi wo pou senaryo iminite segondè a, C, ak laraj ki pèsiste nan 13.8 pousan nan simulasyon pou yon R0 nan 1.5 ak 89.3 pousan pou yon R0 nan 2, parapò ak 0.0 pousan pou yon R{{20}} nan 1.2. Nan simulation pou senaryo C kote laraj te pèsiste, ensidans medyàn pou yon R0 1.5 te 1141/1{{50}}0,000 (IQR : 631/100,000) ak bès popilasyon an te 6.5 pousan (IQR: 0.8 pousan), ki konsistan avèk seri yo konsidere kòm posib (figi 4). Pou yon R0 nan 2, ensidans la te pi wo nan 3904/100,000 (IQR: 1313/100,000), sepandan, n bès nan popilasyon an te rete nan seri a posib nan 8.9 pousan (IQR: 1.7 pousan). Seroprevalans medyàn prevwa pou simulation senaryo C sa a te 6.8 pousan (IQR: 3.8 pousan) pou yon R0 1.5, ak 26.1 pousan (IQR: 8.1 pousan) pou yon R0 2. Pou senaryo A ak B, ogmante R0 a 1.5 dirije. pi wo ensidans ak pi gwo bès popilasyon an, plis ogmante pwodiksyon sa yo pi wo pase nivo yo konsidere kòm posib (Fig 4). Plis ogmante R0 a 2 te mennen nan laraj pa pèsiste anba senaryo a pa gen iminite (A) nan nenpòt simulation, epi sèlman pèsiste nan 20.5 pousan nan simulasyon anba senaryo a iminite ba (B).

Varyasyon espasyal nan seroprevalans prevwa

Nan yon nivo popilasyon, seroprevalans prevwa pou yon R{{0}} nan 1.2 te ba. Sepandan, varyasyon konsiderab espasyal nan seroprevalans ant plak ki te fèt, jan yo montre nan Fig 5. Yon echantiyon simulation de 30 moun ki soti nan yon sèl patch chwazi owaza pou chak nan simulation yo pou senaryo B te bay yon echantiyon seroprevalans medyàn prevwa nan {. {14}}. Sepandan, pou 11.1 pousan nan simulation kote seropozitif yo te detekte nan echantiyon an, seroprevalans medyàn prevwa a te 3.3 pousan, ak yon maksimòm de 13.3 pousan, parapò ak seroprevalans nan nivo popilasyon an nan 0.97 pousan (IQR: 0.42 pousan). Se poutèt sa, depann sou distribisyon echantiyon an, seroprevalans echantiyon yo ka varye anpil de seroprevalans nan nivo popilasyon an.

Diskisyon

Iminite nan modèl laraj kanin anjeneral konsidere sèlman sou vaksen an. Sepandan, antikò espesifik laraj nan moun ki pa vaksinen yo te detekte nan plizyè etid sou popilasyon chen domestik. Pandan ke gen toujou deba sou enpòtans antikò sa yo [16], gwo seroprevalans yo detekte nan kèk etid garanti konsiderasyon nan enplikasyon potansyèl yo. Nan etid sa a, yo te devlope yon modèl laraj chen domestik pou eksplore enfliyans enfeksyon subklinik ak iminite pou dinamik laraj.

Eksplorasyon modèl ki pa espasyal la te montre ke, nan absans lòt faktè ki limite ensidans laraj, iminite natirèlman akeri te kapab jwe yon wòl nan estabilize epidemi laraj. San yo pa estrikti espasyal ak sipoze transmisyon laraj te depann de frekans, ak yon valè R0 1.2, yo te prevwa entwodiksyon laraj la ap mennen nan rediksyon popilasyon chen domestik la nan absans iminite. Nan modèl ansyen ki pa espasyal nan laraj, yo te anpeche deplètman popilasyon an grasa sipozisyon transmisyon ki depann de dansite, oswa valè R0 ki ba ak gwo kwasans popilasyon [6,18,30]. Etid sou dinamik transmisyon maladi laraj yo te sijere sipozisyon sa yo potansyèlman ireyèl, ak prèv pou pi wo valè R0 ak transmisyon ki depann de frekans [9,18,27,34,35]. Modèl nou an sijere ke iminite natirèlman akeri ka fasilite pèsistans epidemi anba sipozisyon sa yo pa diminye ensidans la ak anpeche rediksyon nan popilasyon an sansib, kòm gen tout pouvwa a iminitè pwodwi pitit sansib ki ka vin enfekte. Sepandan, gen gwo pousantaj vaksinasyon ekspoze subklinik ta ka tou pouse ensidans nan nivo ki ba, ki mennen nan yon pwobabilite ogmante nan fennen stochastic soti nan epidemi an. Se poutèt sa, modèl ki pa espasyal la te prevwa ke enfeksyon endemik te gen plis chans nan nivo entèmedyè nan iminite akeri.

Pandan ke modèl ki pa espasyal la pèmèt eksplorasyon nan enplikasyon iminite akeri ak sipozisyon limite, li echwe pou pran aspè kle nan dinamik laraj. Etid anvan yo te endike enpòtans ki genyen nan estrikti espasyal, mouvman chen imen-medyatè, ak repons moun nan ogmante ensidans laraj kòm faktè enpòtan nan dinamik laraj [4,18,28,51,52]. Rezilta nan modèl espasyal ki enkòpore faktè sa yo te montre ke pèsistans raj la ka rive nan absans iminite, kòm estrikti espasyal ak entèvansyon imen aji pou limite ensidans la ak anpeche disparisyon popilasyon an.

Sepandan, prediksyon modèl pou ensidans chak ane ak n bès popilasyon rete pi wo nan absans iminite pase estimasyon anpirik yo. Ki enkli estrikti espasyal ki pi rafine ak pi wo nivo entèvansyon imen ta ka pwodui estimasyon reyalis nan absans iminite. Pou egzanp, Beyer (2010) konsidere estrikti espasyal sou echèl yon vilaj sèl ki gen 288 chen [28], konsiderableman pi ba parapò ak kapasite total pote 63,434 chen nan modèl sa a. Estrikti amann-echèl sa a te mennen nan pwodiksyon reyalis san enklizyon de iminite. Anplis de sa, sipoze yon repons pi fò nan gwo ensidans laraj atravè entèvansyon imen tou te mennen nan yon ensidans pi ba nan absans iminite (S2 Fig). Estime fòs repons sa a se trè difisil. Hampson et al. (2009) te jwenn ke nan Tanzani, touye chen ki bay enfeksyon redwi peryòd enfektye a pa anviwon 16 pousan.

Sepandan, ki jan repons sa a echèl ak ensidans ak varye tanporèlman ak espasyalman pa klè. Ki gen ladan relasyon sa a anpeche ensidans ireyèlman wo, sepandan kòm fòs nan efè sa a pa te seryezman estime, enfliyans li an parapò ak lòt faktè, tankou estrikti espasyal ak iminite, se difisil a etabli. Pandan ke enkli estrikti espasyal ki pi rafine oswa pi fò entèvansyon imen an ka diminye ensidans la nan nivo ki nan seri a konsidere kòm posib, faktè sa yo pa konte pou seroprevalans yo rapòte nan etid anpirik [16]. Enkli iminite pou yon R0 nan 1.2 te mennen nan pi ba ensidans, malgre ba seroprevalans prevwa parapò ak nivo obsève yo. Potansyèlman, iminite natirèlman akeri, nan konbinezon ak estrikti espasyal ak entèvansyon imen, ka kidonk aji pou diminye epidemi laraj, ki mennen nan enfeksyon endemik ki ba.

Pou yon valè R{{0}} 1.2, okenn nan senaryo yo konsidere yo pa pwodui nivo ensidans, bès popilasyon, ak seroprevalans yo konsidere kòm reyalis. Nan senaryo iminite segondè yo, pèsistans raj yo pa te prevwa pou rive akòz rediksyon popilasyon sansib la. Pou yon R0 1.2, iminite twoupo nan yon patch efektivman rive jwenn yon fwa plis pase 16.7 pousan (1- 1/R0=0.167). nan popilasyon an se iminitè. Rediksyon lokal sansib akòz ekspoze vaksinasyon an ka mennen nan rediksyon sibstansyèl nan transmisyon, malgre seroprevalans ki ba nan nivo popilasyon an. Sepandan, sipoze pi wo R{{20}} valè 1.5 ak 2 te mennen nan pèsistans raj nan 13.8 pousan ak 89.3 pousan nan simulasyon respektivman anba senaryo iminite segondè a, kòm papòt la pou atenn iminite bann bèt yo pi wo. . Pou yon R0 1.5, estimasyon ensidans ak bès popilasyon anba senaryo sa a te konsistan tou ak estimasyon anpirik yo. Sipoze pi gwo pousantaj transmisyon te mennen tou nan pi wo medyàn prevwa seroprevalans nan nivo popilasyon an nan 6.8 pousan ak 24.7 pousan pou valè R0 nan 1.5 ak 2 respektivman. Estimasyon sa yo pi pre nivo yo obsève nan etid anpirik, pou egzanp, Cleaveland et al. (1999) rapòte yon seroprevalans 7.4 pousan nan Tanzani ak Bahloul et al. (2005) nan 28.8 pousan nan Tinizi. Valè R0 ki pi wo yo rete nan ranje youn a de tipikman rapòte pou laraj kanin [9].

Sepandan, dapre senaryo iminite segondè a, yo te sipoze pousantaj ekspoze ki pi wo, ak pi ba pwobabilite pou devlope yon enfeksyon klinik pase yo anjeneral konsidere pou laraj kanin. Pa egzanp, pou yon R0 2 anba senaryo iminite wo a, yo te sipoze yon pousantaj 12.9 ekspoze pou chak chen ki bay enfeksyon pa jou, ak sèlman 5 pousan nan ekspoze sa yo ki mennen nan enfeksyon klinik. Paramètrizasyon sa a pou senaryo iminite segondè a konparab ak sa ki te sipoze pou dinamik lyssavirus nan baton, nan ki pwobabilite pou devlope iminite konsidere kòm pi wo [29,53]. Sepandan, Hampson et al. (2009) te estime ke an mwayèn, yon chen anraje mòde 2.15 lòt pandan peryòd enfektye li yo, ki 49 pousan devlope yon enfeksyon nan klinik, sijere ke yon pousantaj ekspoze de 12.9 pou chak jou se ireyèlman wo si mòde yo konsidere kòm sous la sèl nan ekspoze. Si gwo seroprevalans anpirik yo detekte nan kèk popilasyon se akòz pi gwo pousantaj ekspoze, li ka sijere ke wout transmisyon lòt pase ekspoze mòde yo mennen nan devlopman yon repons antikò, tankou nan ekspoze oral pandan kontak sosyal oswa manje sou moun ki enfekte. kadav [12,13,54].

Pandan ke gwo seroprevalans detekte nan etid anpirik ka reflete pi gwo pousantaj transmisyon, lòt faktè ka responsab tou. Yo te montre anpil varyasyon ant tès seroloji, ak prèv ke tès netralizasyon tankou tès rapid anpèchman fluorescent konsantre (RFFIT) ka mwens espesifik pou detekte ekspoze ki pa letal parapò ak ELISAs [21]. Pou egzanp, gwo seroprevalans 28 pousan detekte nan Laikipia, lè l sèvi avèk RFFIT la ak yon koupe ki ba, ka pasyèlman eksplike pa fo pozitif [22]. Sepandan, menm etid ki itilize ELISA ak pi wo koupe yo te jwenn seroprevalans segondè [23,24]. Pou egzanp, Cleaveland et al. (1999) te jwenn yon seroprevalans 7.4 pousan nan yon popilasyon chen domestik nan Tanzani lè l sèvi avèk yon ELISA, epi pa gen okenn fo pozitif yo te detekte sou yon zile ki pa gen laraj lè l sèvi avèk tès sa a, ki sijere gwo espesifik. Yon lòt posibilite se ke kwa-reaktivite ap fèt ak lòt lyssaviruses sikile, byenke nan absans plis done serolojik ak siveyans, sa a pa ka konfime [16].

Yon lòt faktè ki ka kontribye nan diferans ki genyen ant seroprevalans obsève ak seroprevalans prevwa nan nivo popilasyon an se varyasyon espasyal. Jan yo montre nan Figi 5, seroprevalans prevwa yo pa t konsistan atravè peyizaj la, kidonk yo prevwa seroprevalans nan tout popilasyon an dwe diferan de seroprevalans echantiyon yo. Pou egzanp, echantiyon lokalize nan zòn kote te gen yon epidemi resan ka mennen nan pi wo detekte seroprevalans anpirik. Sepandan, anba senaryo ki ba-iminite a, pi wo a simulation echantiyon seroprevalence te 13.3 pousan, rete pi ba pase rapòte nan kèk etid anpirik [16]. Anplis de sa, etid anpirik te itilize nan pifò ka yo pi gwo gwosè echantiyon, ak nan yon seri de kote, ki ta dwe mennen nan yon apwoksimasyon pi pre nan seroprevalans nan nivo popilasyon an [eg 21,22].

Yon lòt defi nan entèpretasyon seroloji laraj la se ke li se kounye a enkoni si antikò ki soti nan ekspoze natirèl bay pwoteksyon kont re-ekspozisyon [16]. Gen prèv limite ki montre moun ki te deja pran vaksen yo montre yon repons anamnestik nan vaksen an ki konsistan avèk iminite [15,23,38,55]. Sepandan, menm nan moun ki pran vaksen an, estati seroloji se pa prèv definitif nan yon repons iminitè efikas, epi moun ki gen yon tit detekte ka toujou mourir nan maladi a [56]. Si antikò ki soti nan ekspoze ki pa letal pa bay okenn, oswa sèlman yon pati nan pwoteksyon, sa ta enfliyanse dinamik yo espere. Pou egzanp, iminite pasyèl kapab pèmèt pi wo seroprevalans rive nan popilasyon san rediksyon an menm nan transmisyon, potansyèlman ogmante pwobabilite pou pèsistans yap ogmante jiska nivo seroprevalans.

Rezilta etid sa a ta dwe konsidere nan yon kontèks siveyans ak kontwòl laraj. Nan etid sa a nou te sipoze tout chen yo pa te pran vaksen an, pou pèmèt konsiderasyon enfliyans nan iminite natirèlman akeri sou pèrsistans nan absans kontwòl. Nan Laikipia, vaksinasyon an mas te fèt sèlman depi 2015 e anvan pwen sa a byen lwen, majorite chen yo ta pa vaksinen [57]. Sepandan, nivo ki ba nan pwoteksyon vaksinasyon yo ka aji menm jan ak iminite natirèlman akeri, diminye ensidans laraj ak potansyèlman ankouraje pèsistans. Kitala et al. (2002) modle kouvèti 24 pousan nan distri Machakos, Kenya, epi li te jwenn ke nivo ba pwoteksyon sa a ogmante estabilite nan transmisyon ak mennen nan etablisman endemik.

Pandan ke yo pa nan sijè ki abòde papye sa a, travay nan lavni pou enkli tou de vaksen ak ekspoze ki pa letal ta ka mennen nan plis apèsi sou enfliyans nan iminite natirèlman akeri nan popilasyon chen domestik nan kontèks la nan estrateji kontwòl. Vaksinasyon an ka diminye enfliyans iminite natirèlman akeri sou dinamik, paske rediksyon transmisyon an ap diminye ekspoze a epi kidonk seroprevalans espere a. Kòm konsekans sa a, ak ensètitid sou enplikasyon seropozitif ki pa vaksinen yo, yo pa ta dwe pran gwo seroprevalans nan yon popilasyon kòm prèv ki montre pi ba pwoteksyon vaksinasyon obligatwa pou atenn iminite twoupo yo ak elimine laraj. Konklizyon etid sa a mete an kesyon tou itilizasyon seroloji pou siveyans laraj. Pandan ke seroloji ka bay yon mekanis pou fè siveyans laraj ki pa depann sou rapò ka klinik yo, defi yo nan entèprete seroloji laraj, anplis pri a nan aplikasyon an, limite posibilite nan estrateji sa a. Sepandan, bay kantite etid ki rapòte gwo seroprevalans laraj, atravè yon seri jeyografik lajè [16], yo ta dwe konsidere potansyèl pou gwo pousantaj transmisyon ki mennen nan ekspoze sub-klinik, an patikilye kòm pi wo valè R0 yo. endike nesesite pou pi wo pwoteksyon vaksinasyon pou kontwòl efikas.

Te gen plizyè limit nan metòd modèl yo itilize. Nan modèl la, Laikipia te trete kòm yon inite izole. An reyalite, konte a se kontinyèl ak lòt zòn ki gen popilasyon chen domestik. Potansyèlman, pèsistans raj rive nan yon echèl pi laj ak entwodiksyon laraj ki soti nan lòt popilasyon ki soutni maladi a nan Laikipia, jan yo montre nan popilasyon chen domestik nan N'Djamena, Chad, ak Bangui, Repiblik Afrik Santral [43,45]. Plis done yo nesesè pou amelyore paramètrizasyon mouvman chen medyatè imen ak evalye enfliyans tou de enpòtasyon ki soti andeyò konte a ak mouvman chen nan konte a [4]. Nan modèl la, li te sipoze tou ke kontak ant moun ki bay enfeksyon nan diferan plak te detèmine pa distans.

An reyalite, karakteristik fizik ak jewografi imen yo pral enfliyan pou kontak, pou egzanp depann sou prezans nan wout ki konekte pwopriyete, oswa baryè fizik tankou kloti oswa rivyè ki separe yo [27]. Yon limit plis te echèk nan kaptire eterojenite nan sèten paramèt. Transmisyon laraj se trè eterojèn ak pifò moun pa transmèt ditou, tandiske lòt moun enfekte gwo kantite lòt moun [9]. Yo te sigjere yon distribisyon binomial negatif ki pi bon anfòm pou modèl dinamik sa yo [18], sepandan, itilizasyon algorithm Gillespie pou modèl stochasticity te anpeche ajiste distribisyon espesifik yo. Yo te montre tou varyasyon nan dire peryòd inaktif la enfliyanse pèsistans raj [4]. Gen ladan l eterojenite sa a ka ogmante pwobabilite pou pèsistans raj.

An konklizyon, rezilta nou yo sijere ke ekspoze vaksinasyon subclinical ta ka jwe yon wòl nan dinamik laraj nan chen domestik, limite ensidans maladi ak bès popilasyon an. Sepandan, konsiderasyon lòt faktè, tankou estrikti espasyal ak repons moun nan chen ki anraje, tou oblije apwoksimatif dinamik laraj reyalis. Senaryo pou iminite natirèlman akeri yo eksplore pou yon R0 1.2 te pwodui seroprevalans ki ba yo prevwa parapò ak sa yo obsève nan kèk etid anpirik. Seroprevalans ki pi wo yo ta ka eksplike pa pi wo pousantaj iminize enfeksyon subklinik nan popilasyon chen domestik, sepandan fo pozitif oswa varyasyon espasyal nan seroprevalans ka kontribye tou. Si gwo seroprevalans yo endike gwo pousantaj transmisyon, sa sipòte nesesite pou gwo pwoteksyon vaksinasyon pou kontwole efektivman maladi sa a.

Sipòte enfòmasyon

S1 Tèks. Lòt detay sou paramètrizasyon modèl. (PDF)

S2 Tèks. Metòd ak rezilta pou analiz sansiblite modèl ki pa espasyal la. (PDF) S1 Tablo. Rezilta modèl pou modèl ki pa espasyal atravè tout 25 konbinezon paramèt yo prezante kòm kat chalè nan Figi 2. (PDF)

S1 Fig. Enfliyans repons moun ki depann de ensidans sou rezilta modèl yo nan absans iminite natirèlman akeri (Senaryo A). (PDF)

S2 Fig. Konparezon rezilta modèl nan senaryo iminite (A, B, ak C) atravè diferan fòmilasyon modèl pou R0=1.2. (PDF)

S3 Fig. Konparezon rezilta modèl nan senaryo iminite (A, B, ak C) atravè diferan fòmilasyon modèl pou R0=1.5. (PDF)

S1 Kòd. Fichye sa a gen yon script r pou jenere ankadreman done evènman yo pou mouvman chen medyatè imen, yon script R pou kouri modèl simulation pou tou de modèl ki pa espasyal ak espasyal, ak yon CSV. Fichye a ki gen matris kontak pou modèl espasyal la ak fichye fòm plak yo itilize. (Zip)

Rekonesans

Nou remèsye Dr Stefan Widgren pou konsèy li sou itilizasyon pake SimInf pou travay sa a.

Kontribisyon otè

Konsepyalizasyon: Susannah Gold, Christl A. Donnelly, Rosie Woodroffe, Pierre Nouvellet.

Analiz fòmèl: Susannah Gold.

Envestigasyon: Susannah Gold.

Metodoloji: Susannah Gold, Pierre Nouvellet.

Sipèvizyon: Christl A. Donnelly, Rosie Woodroffe, Pierre Nouvellet.

Vizyalizasyon: Susannah Gold. Redaksyon - bouyon orijinal: Susannah Gold.

Redaksyon – revizyon ak koreksyon: Susannah Gold, Christl A. Donnelly, Rosie Woodroffe, Pierre Nouvellet.

Referans

1. Hampson K, Coudeville L, Lembo T, Sambo M, Kieffer A, Attlan M, et al. Estimasyon fado mondyal laraj endemik kanin. PLoS Negl Trop Dis. 2015; 9: e0003709. https://doi.org/10.1371/journal. and.0003709 PMID: 25881058

2. Rupprecht CE, Barrett J, Briggs D, Cliquet F, Fooks AR, Lumlertdacha B, et al. Èske laraj ka elimine? Dev Biol. 2008; 131: 95–121. PMID: 18634470

3. Òganizasyon Mondyal Lasante. Konsiltasyon ekspè OMS sou laraj: Dezyèm rapò. World Health Organ Tech Rep Ser. 2013; 982.

4. Colombi D, Poletto C, Nakoune´ E, Bourhy H, Colizza V. Mouvman alontèm makonnen ak peryòd enkubasyon etewojèn soutni laraj chen nan echèl nasyonal ann Afrik. PLoS Negl Trop Dis. 2020; 14: e0008317. https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0008317 PMID: 32453756

5. Hampson K, Dushoff J, Bingham J, Bru¨ckner G, Ali YH, Dobson A. Sik synchrone nan laraj chen domestik nan Afrik Sub-Saharan ak enpak efò kontwòl. Proc Natl Acad Sci. 2007; 104: 7717–7722. https://doi.org/10.1073/pnas.0609122104 PMID: 17452645

6. Kitala PM, McDermott JJ, Coleman PG, Dye C. Konparezon estrateji vaksinasyon pou kontwòl laraj chen nan distri Machakos, Kenya. Epidemiol Enfekte. 2002; 129: 215–222. https://doi.org/10.1017/ s0950268802006957 PMID: 12211590

7. Zinsstag J, Du¨rr S, Penny MA, Mindekem R, Roth F, Gonzalez SM, et al. Dinamik transmisyon ak ekonomi kontwòl laraj nan chen ak moun nan yon vil Afriken. Proc Natl Acad Sci. 2009; 106: 14996–15001. https://doi.org/10.1073/pnas.0904740106 PMID: 19706492

8. Cleaveland S, Dye C. Antretyen yon mikroparazit ki enfekte plizyè espès lame: laraj nan Serengeti. Parazitoloji. 1995; 111 Suppl: S33–47. https://doi.org/10.1017/s0031182000075806 PMID: 8632923

9. Hampson K, Dushoff J, Cleaveland S, Haydon DT, Kaare M, Packer C, et al. Dinamik transmisyon ak kandida pou eliminasyon kanin laraj. PLOS Biol. 2009; 7: e1000053. https://doi.org/10. 1371/journal. bio.1000053 PMID: 19278295

10. Fekadu M, Baer GM. Rekiperasyon nan maladi laraj klinik 2 chen vaksinen ak yon souch viris laraj ki soti nan peyi Letiopi. Am J Vet Res. 1980; 41: 1632–1634. PMID: 7224288

11. Gnanadurai CW, Zhou M, Li W, Leyson CM, Huang C, Salyards G, et al. Prezans antikò ki netralize viris nan likid epinyè serebral ki gen rapò ak raj ki pa letal nan chen. PLoS Negl Trop Dis. 2013; 7: e2375. https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0002375 PMID: 24069466

12. Bell JF, Moore GJ. Sensibilite Carnivora a viris laraj yo administre oralman. Am J Epidemiol. 1971; 93: 176–182. https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.aje.a121244 PMID: 5104866

13. Ramsden RO, Johnston DH. Etid sou enfeksyon nan bouch nan viris laraj nan Carnivora. J Wildl Dis. 1975; 11: 318–324. https://doi.org/10.7589/0090-3558-11.3.318 PMID: 1097742

14. Moore SM, Gilbert A, Vos A, Freuling CM, Ellis C, Kliemt J, et al. Antikò viris laraj ki soti nan vaksinasyon oral kòm yon korelasyon nan pwoteksyon kont enfeksyon letal nan bèt sovaj. Trop Med Enfekte Dis. 2017; 2: 31. https://doi.org/10.3390/tropicalmed2030031 PMID: 30270888

15. Smith TG, Millien M, Vos A, Fracciterne FA, Crowdis K, Chirodea C, et al. Evalyasyon repons iminitè nan chen nan vaksen laraj oral nan kondisyon jaden. Vaksen. 2019; 37: 4743–4749. https:// doi.org/10.1016/j.vaccine.2017.09.096 PMID: 29054727

16. Gold S, Donnelly CA, Nouvelles P, Woodroffe R. Antikò ki netralize viris laraj nan moun ki an sante, ki pa vaksen yo: Ki sa yo vle di pou epidemyoloji laraj? PLoS Negl Trop Dis. 2020; 14: e0007933. https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0007933 PMID: 32053628

17. Gilbert AT, Fooks AR, Hayman DTS, Horton DL, Muller T, Plowright R, et al. Dechifre Seroloji pou Konprann Ekoloji Maladi Enfektye nan Wildlife. EcoHealth. 2013; 10: 298–313. https://doi. org/10.1007/s10393-013-0856-0 PMID: 23918033

18. Rajeev M, Metcalf CJE, Hampson K. Chapit 20: Modèl dinamik transmisyon viris laraj kanin. Nan: Fooks A, Jackson A, editè. Laraj: baz syantifik maladi a ak jesyon li yo. 2020. pp 655–670.

19. Jemberu WT, Molla W, Almaw G, Alemu S. Ensidans Laraj nan Moun ak Bèt Domestik ak Konsyantizasyon Pèp la nan zòn North Gondar, peyi Letiopi. PLoS Negl Trop Dis. 2013; 7: e2216. https://doi. org/10.1371/journal.pntd.0002216 PMID: 23675547

20. Cleaveland S, Kaare M, Tiringa P, Mlengeya T, Barrat J. Yon kanpay vaksen kont laraj chen nan riral Afrik: enpak sou ensidans laraj chen ak blesi moun mòde chen. Vaksen. 2003; 21: 1965– 1973. https://doi.org/10.1016/s0264-410x(02)00778-8 PMID: 12706685

21. Cleaveland S, Barrat J, Barrat MJ, Selve M, Kaare M, Esterhuysen J. Yon sondaj seroraj sou chen domestik nan zòn riral Tanzani: rezilta yon tès rapid anpèchman fluorescent (RFFIT) ak yon ELISA bloke faz likid ki itilize nan paralèl. Epidemiol Enfekte. 1999; 123: 157–164. https://doi.org/10.1017/ s0950268899002563 PMID: 10487652

22. Prager KC, Mazet JAK, Dubovi EJ, Frank LG, Munson L, Wagner AP, et al. Viris Laraj ak Viris Distemper Kanin nan Kanivò Sovaj ak Domestik nan Northern Kenya: Èske Chen Domestik Rezèv la? EcoHealth. 2012; 9: 483–498. https://doi.org/10.1007/s10393-013-0815-9 PMID: 23459924

23. Bahloul C, Taieb D, Kaabi B, Diouani MF, Hadjahmed SB, Chtourou Y, et al. Evalyasyon konparatif analiz espesifik ELISA ak RFFIT antikò nan evalyasyon iminite chen kont laraj. Epidemiol Enfekte. 2005; 133: 749–757. https://doi.org/10.1017/s095026880500381x PMID: 16050522

24. Laurenson K, Esterhuysen J, Stander P, Van Heerden J. Aspè epidemyoloji laraj nan distri Tsumkwe, Namibi. Onderstepoort J Vet Res. 1997; 64: 39–45. PMID: 9204502

25. Kayali U, Mindekem R, Ye´madji N, Oussigue´re´ A, Naa¨ssengar S, Ndoutamia AG, et al. Ensidans laraj kanin nan N'Djame'na, Chad. Prev Vet Med. 2003; 61: 227–233. https://doi.org/10.1016/j. anpeche.2003.07.002 PMID: 14554145

26. Kitala PM, McDermott JJ, Kyule MN, Gathuma JM. Siveyans aktif nan kominote a pou laraj nan distri Machakos, Kenya. Prev Vet Med. 2000; 44: 73–85. https://doi.org/10.1016/s0167-5877(99) 00114-2 PMID: 10727745

27. Brunker K, Lemey P, Marston DA, Fooks AR, Lugelo A, Ngeleja C, et al. Atribi peyizaj ki gouvène transmisyon lokal yon zoonoz endemik: viris laraj nan chen domestik. Mol Ecol. 2018; 27: 773– 788. https://doi.org/10.1111/mec.14470 PMID: 29274171

28. Beyer HL. Modèl epidemyolojik laraj nan chen domestik: dinamik ak kontwòl. Ph.D., University of Glasgow. 2010. Disponib: https://eleanor.lib.gla.ac.uk/record=b2768008

29. Blackwood JC, Streicker DG, Altizer S, Rohani P. Rezoud wòl iminite, patojèn, ak imigrasyon pou pèsistans raj nan baton vanpir. Proc Natl Acad Sci. 2013; 110: 20837–20842. https://doi.org/10.1073/pnas.1308817110 PMID: 24297874

30. Coleman PG, Dye C. Kouvèti vaksinasyon obligatwa pou anpeche epidemi laraj chen. Vaksen. 1996; 14: 185–186. https://doi.org/10.1016/0264-410x(95)00197-9 PMID: 8920697

31. Rupprecht CE, Hanlon CA, Hemachudha T. Laraj re-egzamine. Lancet Enfekte Dis. 2002; 2: 327–343. https://doi.org/10.1016/s1473-3099(02)00287-6 PMID: 12144896 32. Constantine DG. Transmisyon laraj pa wout ki pa mòde. Rep. Sante Piblik 1962; 77: 287–289. PMID: 13880956

33. Delpietro H, Segre L, Marchevsky N, Berisso M. Transmisyon laraj bay wonjè apre enjèstyon tisi ki enfekte natirèlman. Medsin (Mex). 1990; 50: 356–360. PMID: 2130231

34. Morters MK, Restif O, Hampson K, Cleaveland S, Wood JLN, Conlan AJK. Kontwòl raj kanin ki baze sou prèv: yon revizyon kritik sou rediksyon dansite popilasyon an. J Anim Ecol. 2013; 82: 6–14. https://doi. org/10.1111/j.1365-2656.2012.02033.x PMID: 23004351

35. Townsend SE, Sumantra IP, Pudjiatmoko, Bagus GN, Brum E, Cleaveland S, et al. Konsepsyon pwogram pou elimine kanin laraj nan zile: Bali, Endonezi kòm yon etid ka. PLoS Negl Trop Dis. 2013; 7: e2372. https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0002372 PMID: 23991233

36. Cliquet F, Verdier Y, Sagne´ L, Aubert M, Schereffer JL, Selve M, et al. Titrasyon antikò netralize nan 25,000 sera chen ak chat pran vaksen kont laraj an Frans, nan kad nouvo règleman yo ki ofri yon altènativ a karantèn. Rev Sci Tech Int Off Epizoot. 2003; 22: 857–866. https://doi. org/10.20506/rs.22.3.1437 PMID: 15005543

37. Minke JM, Bouvet J, Cliquet F, Wasniewski M, Guiot AL, Lemaitre L, et al. Konparezon repons antikò apre vaksinasyon ak de vaksen laraj ki inaktive. Veterinè Microbiol. 2009; 133: 283–286.

38. Tepsumethanon W, Polsuwan C, Lumlertdaecha B, Khawplod P, Hemachudha T, Chutivongse S, et al. Repons iminitè a vaksen laraj nan chen Thai: Yon rapò preliminè. Vaksen. 1991; 9: 627–630. https://doi.org/10.1016/0264-410x(91)90186-a PMID: 1950096

39. Dodds WJ, Larson LJ, Christine KL, Schultz RD. Dire iminite apre vaksen kont laraj nan chen: etid rechèch Fon defi Laraj la. Èske J Vet Res. 2020; 84: 153–158. PMID: 32255911

40. Moore MC, Davis RD, Kang Q, Vahl CI, Wallace RM, Hanlon CA, et al. Konparezon repons anamnestik nan vaksen kont laraj nan chen ak chat ak estati vaksinasyon aktyèl ak demode. J Am Vet Med Asoc. 2015; 246: 205–211. https://doi.org/10.2460/javma.246.2.205 PMID: 25554936

41. Coyne MJ, Burr JHH, Yule TD, Harding MJ, Tresnan DB, McGavin D. Dire iminite nan chen apre vaksinasyon oswa enfeksyon natirèlman akeri. Vet Rec. 2001; 149: 509–515. https://doi.org/10.1136/vr. 149.17.509 PMID: 11708635

42. Woodroffe R, Donnelly CA. Risk pou kontak ant chen sovaj Afriken an danje Lycaon pictus ak chen domestik: opòtinite pou transmisyon patojèn. J Appl Ecol. 2011; 48: 1345–1354. https://doi. org/10.1111/j.1365-2664.2011.02059.x

43. Laager M, Mbilo C, Madaye EA, Naminou A, Le´chenne M, Tschopp A, et al. Enpòtans ki genyen nan estrikti rezo kontak popilasyon chen nan transmisyon laraj. PLoS Negl Trop Dis. 2018; 12: e0006680. https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0006680 PMID: 30067733

44. Ferguson EA, Hampson K, Cleaveland S, Consunji R, Deray R, Friar J, et al. Eterojeneite nan pwopagasyon ak kontwòl maladi enfeksyon: konsekans pou eliminasyon raj kanin. Sci Rep 2015; 5: 18232. https://doi.org/10.1038/srep18232 PMID: 26667267

45. Bourhy H, Nakoune´ E, Hall M, Nouvellet P, Lepelletier A, Talbi C, et al. Revele siyati mikwo-echèl transmisyon maladi zoonotik endemik nan yon anviwònman vil Afriken. PLOS Pathog. 2016; 12: e1005525. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1005525 PMID: 27058957

46. ​​Sant pou rezo enfòmasyon syans latè entènasyonal. Gridded Population of the World, Version 4 (GPWv4): Population Count, Revizyon 11. Palisades, NY: NASA Socioeconomic Data and Applications Center (SEDAC); 2018. https://doi.org/10.7927/H4JW8BX5

47. Done espasyal ak kat–Mpala. [site 9 mas 2021]. Disponib: https://mpala.org/data/spatial-data-andmaps/

48. Widgren S, Bauer P, Eriksson R, Engblom S. SimInf: Yon pake R pou simulation pwopaje maladi stochastic ki baze sou done. ArXiv160501421 Q-Bio Stat. 2018 [site 12 Nov 2020]. Disponib: http://arxiv.org/abs/1605.01421

49. Conan A, Akerele O, Simpson G, Reininghaus B, Rooyen J van, Knobel D. Population Dynamics of Owned, Free-Roaming Dogs: Implications for Rabies Control. PLoS Negl Trop Dis. 2015; 9: e0004177. https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0004177 PMID: 26545242

50. Morters MK, McKinley TJ, Restif O, Conlan AJK, Cleaveland S, Hampson K, et al. Demografi popilasyon chen ki pa t 'gratuit ak aplikasyon pou maladi ak kontwòl popilasyon an. J Appl Ecol. 2014;

51: 1096–1106. https://doi.org/10.1111/1365-2664.12279 PMID: 25657481 51. Beyer HL, Hampson K, Lembo T, Cleaveland S, Kaare M, Haydon DT. Metapopulasyon dinamik nan laraj ak efikasite nan vaksinasyon an. Proc R Soc B Biol Sci. 2011; 278: 2182–2190. https://doi.org/10. 1098/RSPB.2010.2312 PMID: 21159675

52. Laager M, Le´chenne M, Naissengar K, Mindekem R, Oussiguere A, Zinsstag J, et al. Yon modèl metapopulasyon transmisyon laraj chen nan N'Djamena, Chad. J Theor Biol. 2019; 462: 408–417. https://doi. org/10.1016/j.jtbi.2018.11.027 PMID: 30500602

53. Hayman DTS, Luis AD, Restif O, Baker KS, Fooks AR, Leach C, et al. Antikò matènèl ak antretyen yon lyssavirus nan popilasyon baton Afriken elvaj sezonye. Rupprecht CE, editè. PLOS YONN. 2018; 13: e0198563. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0198563 PMID: 29894488

54. Dimitrov DT, Hallam TG, Rupprecht CE, Turmelle AS, McCracken GF. Modèl entegre iminoloji baton laraj, epizootioloji, ak demografi maladi. J Theor Biol. 2007; 245: 498–509. https://doi.org/ 10.1016/j.jtbi.2006.11.001 PMID: 17184793

55. Gilbert A, Greenberg L, Moran D, Alvarez D, Alvarado M, Garcia DL, et al. Antikò repons nan bèt nan vaksinasyon ak komèsyal modifye vaksen kont laraj vivan nan Gwatemala. Prev Vet Med. 2015; 118: 36–44. https://doi.org/10.1016/j.prevetmed.2014.10.011 PMID: 25466762

56. Moore SM, Hanlon CA. Antikò Espesifik Laraj: Mezire Ranplasan Pwoteksyon kont yon Maladi Fatal. PLoS Negl Trop Dis. 2010; 4: e595. https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0000595 PMID: 20231877

57. Ferguson AW, Muloi D, Ngatia DK, Kiongo W, Kimuyu DM, Webala PW, et al. Apwòch ki baze sou volontè nan kanpay vaksinasyon chen pou elimine laraj imen: Leson nan Konte Laikipia, Kenya. PLoS Negl Trop Dis. 2020; 14: e0008260.

For more information:1950477648nn@gmail.com