Pwopagasyon SARS-CoV-2 Omicron varyant ak yon tan double 2.0–3.3 jou ka eksplike pa evazyon iminitè.
Mar 30, 2022
Kontakte:joanna.jia@wecistanche.com/ WhatsApp: 008618081934791
Résumé
Omicron, roman an trè mitasyonSARS-CoV-2Variant of Concern (VOC, Pango filiation B.1.1.529) te ranmase premye nan kòmansman mwa Novanm 2021 nan Lafrik di sid. Rive nan fen 2 Novanm021, li te pwopaje epi apwoche fiksasyon an nan Lafrik di sid epi yo te detekte sou tout kontinan. Nou analize kwasans eksponansyèl Omicron sou peryòd kat semèn nan de pwovens ki pi peple nan Lafrik di sid la, Gauteng ak KwaZulu-Natal, rive nan estimasyon tan yo double nan, respektivman, 3.3 jou (95 pousan CI: 3.2-3.4 jou) ak 2.7 jou (95 pousan CI: 2.3-3.3 jou). Yo te obsève fwa doub menm jan oswa menm pi kout nan lòt kote: Ostrali (3.0 jou), Eta New York (2.5 jou), UK (2.4 jou), ak Denmark (2.0 jou). Regression log-lineyè sijere ke pwopagasyon an te kòmanse nan Gauteng alantou 11 oktòb 2021; sepandan, akòz stochasticity prezimable nan gaye inisyal la, estimasyon sa a ka kòrèk. Analiz ki baze sou filogenetik endike ke Omicron la
souch te kòmanse diverge ant 6 oktòb ak 29 oktòb 2021. Nou estime ke kwasans lan chak semèn nan rapò Omicron ak Delta se nan seri a nan 7.2-10.2, konsiderableman pi wo pase kwasans lan nan rapò a nan Delta ak Alpha (estime yo dwe). nan seri a nan 2.5-4.2), ak Alpha nan tansyon ki deja egziste (estime yo dwe nan seri a nan 1.8-2.7). Gwo kwasans relatif pa nesesèman vle di pi gwo enfeksyon Omicron. Yon modèl SEIR de souch sijere ke avantaj kwasans Omicron ka soti nan evazyon iminitè, ki pèmèt VOC sa a enfekte tou de moun ki refè ak konplètman pran vaksen an. Jan nou te demontre nan modèl la, evazyon iminitè a gen plis enkyetid pase ogmante transmisibilite, paske li ka fasilite pi gwo epidemi epidemi.
Mo kle:COVID{0}} pandemi; SARS-CoVs-2; Omicron variant; sekans genòm; mitasyon
Frederic Grabowski, Marek Kocha ´nczyk ak Tomasz Lipniacki *
Enstiti Rechèch Teknoloji Fondamantal, Akademi Syans Polonè, 02-106 Warsaw, Polòy;
1. Entwodiksyon
Omicron, roman anSARS-CoV-2Variant of Concern (VOC, Pango liyage B.1.1.529, Nextstrain clade idantifyan 21K) te rasanble an premye nan Lafrik di sid nan dat 2 Novanm 2021, (GISAID [1] ID asansyon sekans: EPI_ISL{{8} }). Konpare ak viris SARS-CoV-2 orijinal la,Omikron pote30 sibstitisyon asid amine ki pa sinonim, twa ti sipresyon, ak yon ti ensèsyon nan pwoteyin Spike [2]. Antou, laVariant Omicrongen 51 mitasyon nivo amino-asid, ak frè ak sè ki pi pre li te ye a gen 15 mitasyon (GISAID sekans aksesyon ID: EPI_ISL{_622806) ak sèlman nèf mitasyon komen, ki vle di yon distans 42 mitasyon nan dènye a. zansèt komen (ki baze sou pye bwa filojenetik ki te pwodwi pa Nextstrain [3]). Dat koleksyon jenom frè ak sè a, 13 septanm 2020, sijere plis pase yon ane nan evolisyon nan yon nich izole, petèt nan yon lame iminokonpwomi, men gen plis done ki nesesè yo eskli oswa konfime egzistans lan nan branch kache (gade [4] pou diskisyon). Liyaj la te kòmanse gaye rapidman nan pwovens Gauteng nan Lafrik di sid nan Novanm 2021, apwoche fiksasyon nan tout Lafrik di sid nan fen mwa sa a epi li te lakòz epidemi epidemi brid sou Lafrik di sid, Lè sa a, Ewòp, epi finalman lòt kontinan. Nan tout kote sa yo, Omicron te bat Delta VOC (lineage B.1.617.2), ki nan mwa Oktòb 2021 te reprezante plis pase 99 pousan nan jenom sekans nan \ Ewòp, Amerik di Nò, ak Oceania, plis pase 90 pousan nan Azi ak Amerik di Sid. , ak prèske 90 pousan nan Lafrik.
Pwopagasyon rapid nan Omicron tou de nan Lafrik di sid, ki gen yon enfeksyon sewoprevalans pwovoke toupatou [5], ak nan peyi Ewòp oksidantal yo, kote yon gwo pwopòsyon nan popilasyon an pran vaksen an [6], sijere levasyon iminitè ki ka lye ak segondè a. kantite mitasyon nan glikoprotein Spike viral, sib prensipal la nan netralize antikò [7]. Sa a se konfime pa yon kantite k ap grandi nan (i) etid in vitro ki montre Omicron rezistans nan iminite umoral bay pa vaksen an oswa pre-egziste antikò enfeksyon pwovoke, osi byen ke etid epidemyolojik ki endike (ii) siyifikativman, redwi efikasite vaksen kont enfeksyon ak Omicron ak (iii) pi gwo chans pou re-enfeksyon ak Omicron konpare ak Delta.
(i) For two mRNA-based vaccines, BNT162b2 (Pfizer) and mRNA-1273 (Moderna), Liu et al. demonstrated a >21-fold and >8. 6-diminisyon pliye (Omicron kont D614G) nan ID50 (dòz enfektye), respektivman. Pou de vaksen vektè, Ad26.COV2.S (Johnson & Johnson) ak ChAdOx1 (AstraZeneca), tout echantiyon yo te jwenn nan pasyan ki pa gen yon istwa anvan enfeksyon SARS-CoV-2 te anba nivo deteksyon kont Omicron [8. ]. Apre twa vaksen mRNA omològ, gout mwayèn ID50 la te 6.5-pliye [8]. Planas et al. te montre ke sera ki soti nan swa BNT162b2 oswa ChAdOx1 moun k ap resevwa vaksen an (pran echantiyon 5 mwa apre vaksen konplè) apèn anpeche Omicron. Sera ki soti nan pasyan konvalesans COVID-19 (ki kolekte 6 oswa 12 mwa apre sentòm yo) te montre yon aktivite netralizasyon ki ba-a-absan kont Omicron, tandiske administrasyon yon dòz rapèl BNT162b2, ansanm ak vaksinasyon moun ki te enfekte deja, te pwodwi yon repons netralizasyon anti-Omicron, men ak tit 5–31-pliye pi ba pase kont Delta [9]. Yo te jwenn Omicron VOC 5.3–7.4-pliye mwens sansib pase Beta VOC lè yo teste ak echantiyon serom yo te jwenn nan moun ki te resevwa vaksen ak 2 dòz mRNA-1273 [10]. Yon meta-analiz 24 etid te montre yon diminisyon nan tit netralizasyon an (pa diferan anpil ant diferan vaksen) konpare ak viris zansèt la pou kat VOC anvan yo: Alpha (1.6-pliye), Gamma (3.{). {41}}pliye), Delta (3.9-pliye), ak Beta (8.{8-pliye) [11]. Pèt sa a nan aktivite netralizasyon se pa tankou sibstansyèl tankou nan ka a nan Omicron [8]. Rezilta sa yo ann amoni ak yon lòt etid ki montre aktivite netralize serik apèn detektab kont Omicron apre de dòz vaksen mRNA (epi toujou pi ba aktivite netralize apre dòz "booster" an relasyon ak viris sovaj ak Delta VOC) [ 12].
cistanche ak tongkat ali
(ii) Andrews et al. te montre yon diminisyon nan efikasite vaksen kont enfeksyon sentòm pa Omicron ki gen rapò ak Delta [13]. Mwatye yon ane apre vaksen de-dòz ChAdOx1, efikasite a te 42 pousan kont Delta, san okenn efè obsève kont Omi cron kòmanse 15 semèn apre dezyèm vaksen an ChAdOx1. Nan ka BNT162b2, pwoteksyon an 15 semèn apre vaksinasyon an te 63 pousan kont Delta ak 34-37 pousan kont Omicron. Booster BNT162b2 a ogmante pwoteksyon pi wo pase 93 pousan kont Delta ak 75 pousan kont Omicron [13]. Yon rapò ki soti nan Ajans Sekirite Sante UK konfime rezilta sa yo epi anplis endike ke efè "booster" mRNA kont Omicron, men pa kont Delta, diminye rapidman nan tan pou apeprè 40 pousan 10 semèn apre dòz "booster" [14]. Konklizyon sa yo ann amoni ak yon rapò ki soti nan Sant MRC pou analiz Maladi Enfektye Mondyal la ki endike yon risk siyifikativman ogmante nan yon ka Omicron konpare ak Delta pou moun ki gen estati vaksen AZ 2 plis semèn apre Dòz 2 (PD2), Pfizer 2 plis w PD2. , AZ 2 plis w apre Dòz 3 (PD3) ak PF 2 plis w PD3 eta vaksen ak rapò danje nan 1.86 (95 pousan CI: 1.67-2.08), 2.68 (95 pousan CI: 2.54-2.83) , 4.32 (95 pousan CI: 3.84-4.85), ak 4.07 (95 pousan CI: 3.66-4.51), respektivman [15].
(iii) Menm rapò a endike ke Omicron asosye ak yon 5.41 (95 pousan CI: 4.87-6.00)-plis pi gwo risk pou re-enfeksyon konpare ak Delta [15].
Malgre ke tout prèv yo baze sou yon kantite limite ka epi yo ka enfliyanse pa prejije nan nivo popilasyon an, yon moun ka espere ke rapò danje nan enfeksyon Omicron kont enfeksyon Delta se nan seri a 2-5 epi li depann prensipalman sou vaksen espesifik, pwopòsyon an. nan popilasyon an pran vaksen ak "rafòsman" dòz la, ak rezistans apre rekiperasyon nan COVID-19.
cistanche pou vann
Nan travay sa a, nou te estime tan varyant Omicron double nan Lafrik di sid dapre kantite nouvo ka COVID-19 chak jou nan de pwovens Sid Afriken ki pi peple yo, Gauteng ak KwaZulu-Natal [16]. Anplis de sa, nou te repete estimasyon sa a pou Ostrali, UK, Denmark, ak Eta New York, kat kote ki diferan anrapò ak istwa epidemi COVID-19 yo ak pwopòsyon manifakti vaksen COVID-19 yo. Nan tout kote sa yo, nouvo ka COVID-19 yo dwe rapòte relativman fyab epi yo gen pou yo fè tès depistaj jenom viral yo pa sekans. Baze sou done pou twa dènye kote yo, nou te montre ke kwasans chak semèn nan rapò Omicron ak Delta ka siyifikativman depase kwasans anvan yo chak semèn nan rapò a nan Delta a ka Alpha, ak rapò a nan ka Alpha a ak ka ki te koze pa pre-egziste. tansyon. Pou eskli pwopagasyon kache nan Variant Omicron a, ki kapab potansyèlman enfliyanse estimasyon ki anwo yo, nou te itilize yon pye bwa filojenetik Omicron ki soti nan Nextrain pou estime dat divergence souch la. Finalman, nou te anplwaye yon modèl matematik de souch pou demontre ke epidemi rapid obsève nan souch Omicron ka eksplike sèlman pa levasyon iminitè, ki elaji pisin nan moun ki sansib a enfeksyon.
2. Materyèl ak Metòd
2.1. Genomic analiz ki baze sou sekans
Tout done yo itilize nan etid sa a yo te rekipere apati 9 janvye 2022. Done GISAID [1] yo gen ladan jenom ak dat soumèt anvan 6 janvye 2022. Nan Figi 1 ka chak semèn nan Omicron, Delta, ak souch ki deja egziste yo te estime ki baze sou. sou done GISAID ak kantite kimilatif ka COVID-19 nan Gaut eng ak KwaZulu-Natal (DSFSI nan University of Pretoria, Pou Gauteng, done sa a te amande lè yo chanje kantite ka soti nan 8099 a 605 pou 23 Novanm). 2021 lè l sèvi avèk enfòmasyon ki soti nan Enstiti Nasyonal Sid Afriken pou Maladi Kontajye (NIC jwenn aksè nan 9 janvye 2022).
Dapre NICD, diferans lan soti nan yon adisyon retrospektiv nan 7494 rezilta tès antijèn yo. Done yo itilize pou Figi 1A, C yo bay nan Tablo Siplemantè S1. Yo te evalye mobilite nan Gauteng ak KwaZulu-Natal (Figi 1B) dapre Rapò Mobilite Kominotè COVID-19 Google yo. Mwayèn chak semèn yo te kalkile baze sou jou travay. LaDat divergence souch Omicronak pousantaj akimilasyon mitasyon (Figi 1D) yo te detèmine pa regresyon Poisson, sipoze ke kantite mwayèn mitasyon ap grandi lineyè ak tan.
Pyebwa filojenetik Omicron (ak dènye aktyalizasyon 3 janvye 2022) te rekipere nan Nextstrain [4]; Dat koleksyon echantiyon nan sekans genòm chwazi pa Nextstrain yo te rekipere nan GISAID. Done ki kapab lakòz yo bay yo kòm Tablo Siplemantè S2. Yo bay de lis ID GISAID ak rekonesans korespondan pou tout jenom yo kolekte soti 19 avril 2021 jiska 2 janvye 2022 nan Gauteng ak KwaZulu-Natal kòm Tablo Siplemantè S3 ak S4.
Figi 1. Kwasans ak divergence souch Omicron la. (A) Ka total chak semèn nan Omicron, Delta, ak lòt varyant nan de pwovens Sid Afriken, Gauteng ak KwaZulu-Natal. (B) Mobilite mwayèn jou travay chak semèn nan Gauteng (sèk ki ranpli) ak KwaZulu-Natal (triyang ranpli) nan espas travay (ble) ak sant detay ak rekreyasyon (woz). (C) Kwasans eksponansyèl souch Omicron nan semèn 45–48 nan 2021 (8 novanm–5 desanm) nan Gauteng ak nan semèn 46–49 nan KwaZulu Natal. (D) Akimilasyon mitasyon pa souch Omicron atravè lemond ki baze sou pye bwa filojenetik Nextstrain la. Liy vèt la montre tandans akimilasyon mitasyon ki detèmine pa regresyon lineyè a sipoze distribisyon Poisson kantite mitasyon nan yon moman. Entèval tan 95 pousan kredib la make an vèt limyè. Yo bay seri done pou panno yo (A, B) kòm Tablo Siplemantè S1; pye bwa filojenetik la (ak dat) yo bay kòm Tablo Siplemantè S2.
Nan Figi 2 ak 3, ka chak semèn nan Omicron, Delta, ak tansyon pre-egziste yo te estime ki baze sou done sekans ki soti nan GISAID ak done ka yo rasanble pa prè Hopkins University [17]. Ansanm done yo itilize pou Figi 2 ak 3 yo bay nan Tablo Siplemantè S5.
Tan an double Omicron (Figi 1C, 2B, E ak 3B, E) te estime pa log-lineyè regresyon nan (estime) kantite ka Omicron nan faz eksponansyèl kwasans li yo. Nouvo ka chak jou yo te rasanble pa semèn. Yo te itilize yon peryòd kat semèn apwopriye nan chak kote eksepte Ostrali, pou ki te itilize yon peryòd sis semèn.
Figi 2. Siksesyon souch SARS-CoV-2 nan UK a ak nan Denmark. (A, D) Estimasyon kantite ka chak semèn ki enfekte ak yon souch patikilye pandan semèn 2020 ak 2021. (B, E) Estimasyon kantite ka Omicron chak semèn ak estimasyon tan an doub ki baze sou regresyon log-lineyè nan kat antye- peryòd semèn (ranpli sèk). (CF) Pwopòsyon ka chak semèn nan yon souch emèjan ak souch ki te deja dominan an, ak estimasyon pousantaj kwasans rapò ki baze sou regresyon log-lineyè nan kat peryòd tout semèn (souspanèl koresponn ak rejyon lonbraj nan panno respektif (A., D). )). Yo bay yon seri done pou figi sa a kòm Tablo Siplemantè S5.
Figi 3. Siksesyon souch SARS-CoV-2 nan Eta New York ak nan Ostrali. (A, D) Estimasyon kantite ka chak semèn ki enfekte ak yon souch patikilye pandan semèn 2020 ak 2021. (B, E) Estimasyon kantite ka Omicron chak semèn ak estimasyon tan an doub ki baze sou regresyon log-lineyè nan kat (Panel ( B)) ak sis (Panel (E)) peryòd tout semèn (ranpli sèk). (C, F) Pwopòsyon nan ka chak semèn nan yon souch emerjan nan souch la te deja dominan, ak estimasyon an nan pousantaj kwasans rapò yo ki baze sou regresyon log-lineyè nan kat peryòd tout semèn (souspanèl yo koresponn ak rejyon lonbraj nan panno respektif yo (A) , D) Yo bay yon seri done pou figi sa a kòm Tablo Siplemantè S5.
To kwasans chak semèn (miltiplikasyon) nan rapò yo nan yon souch émergentes ak yon pre-egziste (Figi 2C, F ak 3C, F) yo te estime tou pa regresyon log-lineyè. Pou pèmèt konparezon ant souch émergentes, nou chwazi peryòd kat semèn nan kwasans ki pi rapid, pou nan omwen de nan semèn sa yo souch émergentes a gen pi ba konte pase sa yo ki te deja egziste. Kritè adisyonèl sa a asire ke peryòd analiz la kaptire aparisyon nouvo souch la. Nou itilize konvansyon rapò a kote to kwasans chak semèn (miltiplikasyon) de implique yon double rapò souch souch chak semèn.
2.2. Modeling Matematik
Modèl matematik la te fòmile kòm yon modèl pwolonje sansib-ekspoze-enfektye-rekipere (SEIR) amande ak yon lòj vaksen (V). Nou te sipoze ke peryòd inaktif la te menm jan ak peryòd enkubasyon an epi yo te distribye Erlang ak fòm paramèt m=6 (ki nan estrikti modèl la reflete pa enklizyon de sis souskonpartiman ekspoze) ak vle di 1/. σ=3 jou. Peryòd mwayèn enfeksyon an se 1/=3 jou (yon peryòd kout sa a reflete sipozisyon ke moun ki gen enfeksyon konfime yo byen vit izole epi yo pa ka enfekte moun ki sansib yo). Moun ki refè yo vin sansib a yon to $=1/ane.
Moun ki sansib yo pran vaksen an nan pousantaj ν=2/ane, epi iminite vaksen yo ap diminye nan to $ (menm ak pousantaj tranzisyon soti nan yon lòj ki refè a nan yon lòj sansib). Nou konsidere de modèl modèl—gade Figi 4A, B. Nan Modèl A, gen yon sèl pisin moun ki sansib pou Delta ak Omicron, tandiske nan Modèl B gen de lòt konpatiman moun ki sansib a Delta sèlman oswa sèlman. Omicron, epi ki manje ak pòs-Omicron refè oswa post-Delta refè, respektivman, nan pousantaj π=1.5/ane. Soti nan de lòt konpatiman sansib sa yo, gen tranzisyon nan lòj la nan moun ki sansib a tou de Delta ak Omicron (nan to $). Nan fason sa a, nou konte pou sipèpoze sèlman pasyèl nan pwoteksyon resipwòk apre enfeksyon. Nan Modèl A, transmisibilite nan Omicron se 4-pliye pi wo pase sa yo ki nan Delta, tandiske nan Modèl B transmisyon nan Omicron ak Delta se menm bagay la, men, akòz chwa espesifik nan paramèt tranzisyon, pisin nan total moun. sansib a Omicron se kat fwa pi wo pase moun ki sansib a Delta nan eta a fiks anvan aparans nan Omicron. Modèl B se simetrik parapò ak tou de tansyon yo; sepandan, lè nou enkli yon tranzisyon adisyonèl soti nan lòj vaksen an nan lòj la nan moun ki sansib sèlman nan Omicron (nan pousantaj π), nou konte pou diminye pi vit nan iminite apre vaksinasyon an nan Omicron.
Dinamik modèl yo gouvène pa yon sistèm ekwasyon diferans òdinè (18 ODE nan Modèl A, 20 ODE nan Modèl B). ODE yo ka sòti san anbigwite, sipoze sinetik mas-aksyon, ki baze sou modèl modèl nan Figi 4A, B, ak parametrize ak pousantaj sinetik yo bay nan Figi 4C. Nan premye jou ki montre nan Figi 4D–G, lè sistèm nan an ekilib ak Delta, yon sèl moun (nan yon popilasyon 106 moun) ekspoze a Omicron. Jan yo mete aksan sou plis nan Rezilta yo, premye faz eksponansyèl epidemi Omicron an prèske idantik nan tou de modèl yo.
Figi 4. De modèl SEIR COVID-19 de souch ak vaksen. (A) Schema Modèl A, kote transmisibilite Omicron (O) kat fwa pi wo pase Delta (∆) epi tou de souch yo gen yon pisin komen nan moun ki sansib (10 pousan nan popilasyon an simulation nan pre- eta Omicron). (B) Scheme nan Modèl B, kote transmisyon nan Omicron (O) ak Delta (∆) se menm bagay la men gwoup total moun ki sansib a Omicron se kat fwa pi wo pase nan Delta (40 pousan kont 10 pousan nan popilasyon an simulation nan eta pre-Omicron an). Modifikasyon esansyèl ki gen rapò ak Modèl A yo montre an ble. (C) Valè paramèt pousantaj tou de modèl yo. Modèl varyant-espesifik paramèt yo ble. (D) Inisyal dinamik dinamik Omicron nan tou de modèl yo montre kwasans ki sanble ak tan doub idantik nan fennèt tan 4-semèn nan nan premye faz eksponansyèl epidemi epidemi an, men se pa nan pwen tan pita yo. (E) Rapò Omicron ak Delta nouvo ka chak jou ak to kwasans li nan tou de modèl yo. (F) Dinamik epidemi enfeksyon Omicron nan Modèl A (G).
3. Rezilta yo
3.1. Divèjans ak kwasans souch Omicron nan Lafrik di sid
Delta VOC te vin varyant dominan nan Gauteng ak KwaZulu-Natal nan mwa jen 2021, sa ki lakòz yon vag epidemi ki te monte nan kòmansman Jiyè 2021 nan Gauteng ak nan fen mwa Out 2021 nan KwaZulu-Natal, Figi 1A. Yo te estime kantite ka Omicron (oswa yon lòt variant) lè yo miltipliye kantite ka total COVID-19 ki konfime pa semèn pa pwopòsyon genòm Omicron (oswa yon lòt variant) pami tout genòm yo kolekte nan yon semèn (gade Tablo Siplemantè). S1). Ant Jiyè ak Oktòb 2021 nan Gauteng ak nan mwa septanm ak oktòb nan KwaZulu-Natal, kantite ka COVID-19 chak semèn t ap diminye malgre pa gen okenn rediksyon enpòtan nan mobilite popilasyon an nan espas travay ak sant magazen ak rekreyasyon (Figi 1B). Aparisyon Variant Omicron a te lakòz epidemi epidemi rapid rapid nan tou de pwovens yo konsidere (Figi 1A). Nan Figi 1C nou montre kwasans eksponansyèl ka variant Omicron nan semèn 45-48 nan 2021 (8 Novanm-5 Desanm) nan Gauteng ak nan semèn 46-49 nan Kwazulu-Natal. Metòd sa a, kontrèman ak analize sèlman pwopòsyon nouvo jenom souch [18], te pèmèt nou swiv kwasans Omicron apre fiksasyon li nan semèn 47-48 nan 2021. Tan an doubl Omicron, estime ki baze sou regresyon log-lineyè nan la. kantite ka chak semèn nan peryòd kat semèn yo, egal a 3.3 jou (95 pousan CI: 3.2-3.4 jou) nan Gauteng, ak 2.7 jou (95 pousan CI: 2.7-3.3 jou) nan KwaZulu-Natal.
Regresyon log-lineyè a sijere ke kwasans eksponansyèl Omicron te kòmanse nan Gauteng alantou 11 oktòb, 2021; sepandan, kwasans epidemi inisyal la trè stochastik epi li ka detounen anpil pa superspreaders nan kaskad enfeksyon [19]. Pwofil akimilasyon mitasyon nan Figi 1D endike souch Omicron an te kòmanse divèjan ant 6 oktòb ak 29 oktòb 2021 (95 pousan CrI), nan yon pousantaj mwayèn akimilasyon mitasyon egal a 0.33/ semèn (95 pousan CrI: 0.26–0.40 pa semèn). Sa a pi ba pase mwayèn (global) SARS-CoV-2 to akimilasyon mitasyon ki egal a apeprè 0.45/semèn (ki baze sou estimasyon Nextstrain [3] apati 15 janvye 2021 [20]). Yon sipozisyon yon pousantaj mitasyon ki pi wo ta bay yon dat divergence pita.
3.2. Siksesyon SARS-CoV-2 Variants Enkyetid
Nan Figi 2 nou analize dinamik epidemi COVID-19 Omicron te kondwi nan UK a ak Denmark epi konpare yo ak epidemi ki te koze ladan l pa de VOC anvan yo, Alpha, ak Delta. Nan tou de peyi sa yo, variant Alpha a te depase tansyon ki deja egziste, apwoche fiksasyon, epi apre sa li te depase pa variant a Delta, ki tou apwoche fiksasyon; an Desanm 2021, Omicron te vin souch dominan an (Figi 2A, D). Nou estime tan double Omicron a se 2.4 ak 2.0 jou nan UK a ak nan Denmark, respektivman, dapre kwasans prèske eksponansyèl li nan peryòd 4-semèn ki soti 22 novanm rive 19 desanm 2021. , Figi 2B, E. Tan kout double Omicron se nan egalite ak pwogrè rapid li nan dominasyon sou Delta VOC la. Nan peryòd 4-semèn konsidere a, rapò Omicron: Delta ogmante eksponansyèlman ak yon to kwasans chak semèn 8.1 nan UK a ak 10.2 nan Denmark. Sa a se pi vit pase kwasans lan pi bonè nan Delta a: rapò Alpha, estime yo dwe 3.2 nan UK a ak 4.2 nan Denmark, ak anpil pi vit pase kwasans lan nan Alpha ki gen rapò ak tansyon pre-egziste, ki te 2.7 nan UK a ak 2.0. nan Denmark. Tout done yo itilize nan Figi 2 yo bay nan Tablo Siplemantè S5.
Nan Figi 3, nou analize epidemi analòg Omicron nan Eta New York ak Ostrali, epi ankò konpare yo ak epidemi ki te koze pa de VOC anvan yo, Alpha, ak Delta. Nan Eta New York, variant Alpha a te rive nan fen faz dezyèm vag la epi an konsekans te lakòz yon ogmantasyon aparan men relativman modès nan ka yo. Lè sa a, Delta te bat li, ki, sa ki lakòz twazyèm vag epidemi an, byen vit rive fikse. Nan Ostrali, akòz fèmen pòt sevè ak règ fwontyè strik, te gen relativman kèk ka COVID-19 anvan variant Delta a. Nan tou de rejyon yo, Omicron te vin varyant dominan nan yon mwa apre premye deteksyon li (Figi 2A, D). Nou estime tan double Omicron a se 2.5 ak 3.0 jou nan Eta New York ak Ostrali, respektivman (Figi 2B, E). Nan peryòd 4-semèn yo konsidere a, yo te jwenn rapò Omicron/Delta a grandi yon fason eksponansyèl ak yon pousantaj chak semèn 7.7 nan Eta New York ak 7.2 nan Ostrali. Sa a siyifikativman pi wo pase to kwasans Delta/Alpha ak Alpha/pre-egziste yo nan Eta New York, yo estime 2.5 ak 1.8, respektivman. Tout done yo itilize nan Figi 3 yo bay nan Tablo Siplemantè S5.
3.3. De-souch modèl matematik
Pou korwore si wi ou non vag rapid obsève nan ka Omicron ki deplase Delta yo ka atribiye a evazyon iminitè a, jan referans yo site nan Entwodiksyon an te sigjere anpil, nou analize de varyant yon modèl matematik pandemi COVID{0}} (Figi 4). Nan Modèl A (Figi 4A), transmisibilite nan Omicron se kat fwa pi wo pase sa yo ki nan Delta ak tou de tansyon pataje yon pisin komen nan moun ki sansib. Nan Modèl B (Figi 4B), transmisibilite nan Omicron ak Delta se idantik men, nan eta a fiks anvan aparans nan Omicron, pisin total moun ki sansib a Omicron se kat fwa pi wo pase moun ki sansib a Delta. Modèl yo te estriktire ak parametrize (Figi 4C) konsa ke tan an double nan ka Omicron nan tou de modèl yo se egal a 2.5 jou (Figi 4D), ki bay manti apeprè nan mitan an nan seri a nan tan an doub obsève nan sis kote jeyografik konsidere deja. . Anplis de sa, rapò nouvo Omicron ak nouvo ka Delta an konfòm nan tou de modèl yo e egal a 6.9 jou (Figi 4E), sèlman yon ti kras pi ba pase nan kat kote yo te detèmine rapò sa a.
Malgre ke gen faz inisyal eksponansyèl ki pa distenge, nan pwen tan pita yo, de modèl yo montre trajectoire divergent ki diferan ansibleman an tèm de pik kantite nouvo ka Omicron chak jou. Dapre modèl la, ak ogmante transmisibilite Omicron (Modèl A), kantite maksimòm nouvo ka chak jou se pi ba pase 1 pousan nan popilasyon an (Figi 4F). Nan modèl la ak pisin nan ogmante nan moun ki sansib a Omicron (Modèl B), premye faz kwasans eksponansyèl la dire pi lontan, ki kontribye nan reta ak, sa ki pi enpòtan, elve maksimòm sa a pi wo a 3 pousan nan popilasyon an (Figi 4G).
ki kote pou achte cistanche
4. Diskisyon
Nou te demontre kwasans eksponansyèl souch Omicron nan pwovens Sid Afriken Gauteng ak KwaZulu-Natal nan peryòd kat semèn ki kòmanse, respektivman, 8 ak 15 novanm 2021, ak fwa yo double egal a 3.3 jou (95 pousan). CI:3.2-3.4 jou) ak 2.7 jou (95 pousan C:2.3-3.3 jou). Dapre pwofil akimilasyon mitasyon an, nou te jwenn ke souch Omicron a te kòmanse divèjan ant 6 oktòb ak 29 oktòb 2021, ki dakò ak dat regression log-lineyè ki sijere kantite ka chak semèn nan premye pwovens Gauteng ki afekte a,11. Oktòb 2021. Miyò, yon gaye inapèsi anvan Oktòb 2021 ta vle di ke to kwasans souch la pi ba pase sa yo estime ki baze sou to kwasans eksponansyèl nan peryòd kat semèn analize nan Gauteng.
Anvan epidemi Omicron yo, varyant Delta a te souch dominan nan Gauteng ak KwaZulu-Natal, ak nan mwa septanm ak oktòb, epidemi COVID-19 la t ap bese san rediksyon mobilite enpòtan, ki sijere ke popilasyon an nan pwovens sa yo te ka rive yon iminite twoupo pasajè nan variant Delta a. Gen iminite nan nivo popilasyon an te aparamman simonte pa Variant nan Omicron. Yo te konfime potansyèl Omicron pou kreye epidemi rapid lè yo analize pwopagasyon li nan UK, Denmark, Eta New York ak Ostrali. Nan kote sa yo, tan double Omicron te nan 2.0–3.0 jou. Anplis de sa, baze sou kantite relativman wo nan sekans jenom echantiyon nan kote sa yo, nou estime kwasans lan chak semèn nan rapò Omicron ak Delta nan ranje a nan 7.2-10.2, konsiderableman pi wo pase kwasans lan nan rapò a nan Delta a Alpha. (estime yo dwe nan ranje 2.5-4.2), ak Alpha nan tansyon ki deja egziste (estime yo dwe nan ranje 1.8-2.7). Konklizyon sa yo nan liy ak kapasite Omicron yo obsève pou enfekte moun ki pran vaksen ak moun ki refè, ki bay li yon avantaj natirèl sou Delta [15].
Miyò, epidemi Alpha a te fèt nan sezon fredi 2020/2021, lè pwopòsyon moun ki te pran vaksen an te trè ba. Nan vire, rediksyon nan efikasite vaksen pou Delta an referans a Alpha [11,21] te sibstansyèlman pi ba pase nan ka a nan Omicron an relasyon ak Delta [15]. Sa a sijere ke, nan Kontrèman ak Omicron, varyant Alpha ak Delta yo vin dominan tanporèman sitou akòz pi gwo enfeksyon yo epi yo pa akòz levasyon iminitè enpòtan. Nan sis kote yo konsidere yo, yo te jwenn tan pou double Omicron nan 2.0-3.3 jou, ki konparab ak tan doub pandan premye epidemi pandemi COVID-19 nan prentan 2020. Pou tan sa a, tan doub te estime ant 1.86 ak 2.88 jou pou Lachin, Itali, Lafrans, Almay, Espay, UK, Swis, ak Eta New York [19]. Isit la, yo te jwenn kwasans chak semèn nan rapò Omicron ak Delta nan ranje 7.2-10.2, konsiderableman pi wo pase rapò anvan yo nan Alpha ak Delta nan moman yo te genyen dominasyon. Konklizyon sa yo sigjere fòtman ke Omicron pral depase Delta epi li pral vin (tannman) souch dominan an.
Omicron akimile plis pase 30 mitasyon nan pwoteyin Spike li yo, ak 15 sibstitisyon nan domèn reseptè-obligatwa (RBD, résidus 319-541) pou kont li [2]. Anpil nan mitasyon RBD sa yo panse yo diminye puisans antikò netralize [22], ki an akò ak prèv k ap grandi ke Omicron gen yon kapasite plizyè pli ogmante pou enfekte tou de moun ki pran vaksen ak moun ki refè, jan yo diskite nan Entwodiksyon an. Analiz ki baze sou modèl matematik nou an nan dinamik COVID-19 montre klèman de pwen ki gen rapò ak premye faz epidemi an. Premyèman, si yo analize sèlman done epidemyolojik ki graj, nan premye semèn epidemi yo, evazyon iminitè a ka pa distenge ak ogmante transmisibilite. Dezyèmman, ke yo te kapab fè distenksyon ant de senaryo yo ki baze sou prèv tanjansyèl ki sipòte levasyon iminitè a se yon enpòtans esansyèl pou predi enpak yon nouvo souch sou dinamik epidemi alontèm. Evasyon iminitè a pi konsyan pase ogmante transmisibilite, paske eskive pwoteksyon bay vaksen oswa enfeksyon ak varyant anvan (yo) rann yon pati enpòtan nan popilasyon an sansib a yon variant émergentes, ankouraje pi gwo epidemi. Epidemi sa yo ka difisil pou kwape pa fèmen akòz ogmante fatig fèmen, men nan ka Omicron posib pa pral lakòz yon nimewo pwopòsyonèl gwo kantite moun ki mouri, jan yo sijere pa estimasyon bonè nan mòtalite Omicron ki asosye [5,23].
Referans
1 Shu, Y.; McCauley, J. GISAID: Inisyativ mondyal pou pataje tout done grip yo—soti nan vizyon rive nan reyalite. Eurosurveillance 2017, 22, 30494. [CrossRef] [PubMed]
2. Enplikasyon plis Aparisyon ak pwopagasyon SARS-CoV-2 B.1.1.529 Variant of Concern (Omicron) pou Inyon Ewopeyen/EEA—Premye Mizajou.
3. Hadfield, J.; Megill, C.; Bell, SM; Huddleston, J.; Potter, B.; Callender, C.; Sagulenko, P.; Bedford, T.; Neher, RA Nextstrain: Suivi an tan reyèl nan evolisyon patojèn. Bioinformatics 2018, 24, 4121–4123. [CrossRef] [PubMed]
4. Kupferschmidt, K. Ki kote Omicron 'etranj' soti? Syans 2021, 374, 1179. [CrossRef] [PubMed]
5. Madhi, SA Iminite Popilasyon Sid Afriken ak Covid Sevè-19 ak Omicron Variant. medRxiv 2021. [CrossRef]
6. Ritchie, H.; Mathieu, E.; Rodés-Guirao, L.; Apèl, C.; Giattino, C.; Ortiz-Ospina, E.; Hasell, J.; Macdonald, B.; Beltekian, D.; Roser, M. Pandemi kowonaviris (COVID-19). 2020.
7. Greaney, AJ; Loes, AN; Crawford, KHD; Starr, TN; Malone, KD; Chu, HY; Bloom, JD Kat jeyografik konplè nan mitasyon nan domèn reseptè SARS-CoV-2 ki afekte rekonesans pa antikò plasma imen poliklonal. Cell Host Microbe 2022, 29, 463–476.e6. [CrossRef] [PubMed]
8. Liu, L.; Iketani, S.; Guo, Y.; Chan, JF; Wang, M.; Liu, L.; Luo, Y.; Chu, H.; Huang, Y.; Nair, MS; et al. Evasyon antikò frapan manifeste pa Variant Omicron nan SARS-CoV-2. Lanati 2021, 1–8. [CrossRef] [PubMed]
9. Planas, D.; Saunders, N.; Maes, P.; Benhassine, FG; Planchais, C.; Jako, F.; Staropoli, mwen; Lemoine, F.; Pere, H.; Voyeur, D.; et al. Anpil chape nan SARS-CoV-2 Omicron nan netralizasyon antikò. bioRxiv 2021. [CrossRef]
10. Doria-Rose, NA; Shen, X.; Schmidt, SD; O'Dell, S.; McDaniel, C.; Feng, W.; Tong, J.; Eaton, A.; Magliano, M.; Tang, H.; et al. Ranfòse mRNA-1273 Ranfòse SARS-CoV-2 Omicron netralizasyon. medRxiv 2021. [CrossRef]
11. Cromer, D.; Stein, M.; Reynaldi, A.; Schlub, TE; Wheatley, AK; Juno, JA; Kent, SJ; Ke trik nouvèl, JA; Khoury, DS; Davenport, MP Netralize tit antikò kòm prediktè pwoteksyon kont varyant SARS-CoV-2 ak enpak pou ranfòse: Yon meta-analiz. Lancet Microbe 2021, 3, e52–e61. [CrossRef]
12. Garcia-Beltran, WF; Denis, KJS; Hoelzemer, A.; Lam, EC; Nitido, AD; Sheehan, ML; Berrios, C.; Ofoman, O.; Chang, CC; Hauser, BM; et al. Ranfòsman vaksen COVID-19 ki baze sou mRNA pwovoke iminite netralize kont SARS-CoV-2 Omicron variant. Selil 2022. [CrossRef] [PubMed]
13. Andrews, N.; Stowe, J.; Kirsebom, F.; Toffa, S.; Rickeard, T.; Gallagher, E.; Gower, C.; Kall, M.; Groves, N.; O'Connell, AM; et al. Efikasite vaksen COVID-19 kont varyant enkyetid Omicron (B.1.1.529). medRxiv 2021. [CrossRef]
14. SARS-CoV-2 Variants of Concern ak Variants ki anba envestigasyon an Angletè Technical Briefing 33.
15. Rapò 49: Kwasans, Distribisyon Popilasyon ak Chape Iminitè Omicron nan Angletè.
16. Marivate, V.; Combring, HM Sèvi ak done ki disponib pou enfòme epidemi COVID-19 nan Lafrik di sid: yon etid ka. Done Sci. J. 2020, 19, 1–7. [CrossRef]
17. Dong, E.; Du, H.; Gardner, L. Yon tablodbò entèaktif ki baze sou entènèt pou swiv COVID-19 an tan reyèl. Lancet enfekte. Dis. 2020, 20, 533–534. [CrossRef]
18. Grabowski, F.; Preibisch, G.; Gizi ´ski, S.; Kocha ´nczyk, M.; Lipniacki, T. SARS-CoV-2 Variant of Concern 202012/01 Gen yon avantaj replikatif de fwa epi li akeri konsènan mitasyon yo. Viris 2021, 13, 392. [CrossRef] [PubMed]
19. Kocha ´nczyk, M.; Grabowski, F.; Lipniacki, T. Evènman super-gaye inisye faz kwasans eksponansyèl COVID-19 ak R0 pi wo pase okòmansman estime. R. Soc. Louvri Sci. 2020, 7, 200786. [CrossRef] [PubMed]
20. Nextstrain Clock. Disponib sou Entènèt: https://nextstrain.org/ncov/gisaid/global?l=clock (aksede sou 15 janvye 2021).
21. Bernal, JL; Andrews, N.; Gower, C.; Gallagher, E.; Simmons, R.; Thelwall, S.; Julia, S.; Elise, T.; Natalie, G.; Gavin, D.; et al. Efikasite Vaksen Covid-19 kont Variant B.1.617.2 (Delta). N. Engl. J. Med. 2021, 385, 585–594. [CrossRef] [PubMed]
22. Callaway, E.; Ledford, H. Ki jan Omicron move? Sa syantifik yo konnen byen lwen tèlman. Nature 2021, 600, 197–199. [CrossRef] [PubMed]
23. Leonard, JA; Hong, VX; Patel, MM; Kahn, R.; Lipsitch, M.; Tart of, SY Rezilta klinik nan mitan pasyan ki enfekte ak Omicron (B.1.1.529) SARS-CoV-2 variant nan sid Kalifòni. medRxiv 2022. [CrossRef]
